单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-10-02	The multifaceted role of YAP in the tumor microenvironment and its therapeutic implications in cancer 2025-Oct-01, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01551-9 PMID:41028521	综述	本文综述了YAP在肿瘤微环境中的多重作用及其在癌症治疗中的意义	系统阐述了YAP/TAZ作为肿瘤微环境核心调节因子的多重功能，包括整合机械信号传导、驱动免疫逃逸程序，并探讨了靶向YAP/TAZ-TEAD轴联合免疫治疗的新策略	存在肿瘤选择性和耐药机制等挑战	探讨YAP在肿瘤微环境中的作用机制及其治疗意义	肿瘤微环境中的YAP/TAZ信号通路	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
22	2025-10-02	Artemisia annua-derived extracellular vesicles reprogram breast tumor immune microenvironment via altering macrophage polarization and synergizing recruitment of T lymphocytes 2025-Oct-01, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-025-01210-1 PMID:41029711	研究论文	本研究从青蒿中分离细胞外囊泡并验证其通过改变巨噬细胞极化和协同招募T淋巴细胞来重编程乳腺癌免疫微环境的能力	首次发现青蒿来源的细胞外囊泡能够通过激活NF-κB信号通路和抑制PPARγ通路，促进巨噬细胞从M2型向M1型极化，并增强T淋巴细胞向肿瘤微环境的浸润	青蒿细胞外囊泡在乳腺癌治疗中的临床应用潜力仍需进一步验证	探索青蒿来源细胞外囊泡对乳腺癌免疫微环境的重编程作用及其治疗潜力	乳腺癌肿瘤微环境、巨噬细胞极化、T淋巴细胞招募	肿瘤免疫学	乳腺癌	梯度离心、透射电镜、纳米颗粒追踪分析、单细胞RNA测序、mRNA测序、超高效液相色谱-质谱联用	NA	测序数据、显微镜图像、色谱数据	体外和体内实验样本（具体数量未明确说明）
23	2025-10-02	Spatial Transcriptomics of Human Decidua Identifies Molecular Signatures in Recurrent Pregnancy Loss 2025-Oct-01, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf080 PMID:41031483	研究论文	通过空间转录组学分析人类蜕膜组织，揭示复发性流产的分子特征	首次在人类早期妊娠蜕膜中识别出两个空间功能域（植入区和腺体分泌区），发现FOSL2是调控dNK1细胞空间转化的关键因子	样本数量有限，仅针对早期妊娠阶段进行研究	探究复发性流产患者母胎界面免疫耐受的分子机制	健康供体和复发性流产患者的早期妊娠蜕膜组织	空间转录组学	复发性流产	空间转录组分析、单细胞染色质可及性分析、转录因子占据分析	NA	空间转录组数据、单细胞数据	健康供体和复发性流产患者的蜕膜组织样本
24	2025-10-02	Macrophage transition to a myofibroblast state drives fibrotic disease in uropathogenic E. coli-induced epididymo-orchitis 2025-Oct-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI193793 PMID:41031892	研究论文	本研究揭示了尿路致病性大肠杆菌诱导的附睾睾丸炎中S100a4+巨噬细胞向肌成纤维细胞转化驱动纤维化疾病的机制	首次通过单细胞RNA测序发现S100a4+巨噬细胞在感染过程中向肌成纤维细胞转化，并阐明其通过TGF-β/STAT3信号通路促进胶原合成的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究睾丸巨噬细胞在UPEC诱导的附睾睾丸炎纤维化过程中的作用机制	小鼠模型和人类睾丸及附睾样本	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	基因表达数据	未明确具体样本数量，包括小鼠模型和人类组织样本
25	2025-10-02	Comparative single-cell genomics of two uncultivated Naegleria species harboring Legionella cobionts 2025-Sep-30, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00352-25 PMID:40862623	研究论文	本研究通过单细胞基因组测序技术，对两种携带军团菌共生体的未培养耐格里属阿米巴进行基因组比较分析	首次从单细胞样本中同时获得高度完整的真核和细菌共生体基因组，并鉴定出类似植物病原菌TAL效应蛋白的新型军团菌效应蛋白	研究仅针对两种未培养的耐格里属物种，样本来源有限	探索环境中原生动物与细胞内细菌病原体的宿主-病原体相互作用进化机制	两种未培养的耐格里属阿米巴及其携带的军团菌共生体	环境基因组学	军团菌病	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	两个单细胞样本（分别来自两种耐格里属物种）
26	2025-10-02	Thymic Stromal Lymphopoietin Promotes Ozone-induced Inflammation in the Airway 2025-Sep-30, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0281OC PMID:41025995	研究论文	本研究探讨胸腺基质淋巴细胞生成素在臭氧诱导的气道炎症中的作用机制	首次揭示TSLP通过调控常规1型树突状细胞促进臭氧诱导的中性粒细胞气道炎症的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明TSLP在臭氧诱导的气道炎症中的具体作用机制	BALB/c小鼠、TSLP受体缺陷小鼠、常规1型树突状细胞	呼吸系统免疫学	气道炎症性疾病	单细胞RNA测序、支气管肺泡灌洗液分析、细胞因子检测	NA	基因表达数据、细胞计数数据、炎症指标数据	多组小鼠模型（包括野生型和基因缺陷型）
27	2025-10-02	Lactylation-related gene signatures for prognosis and treatment response prediction in radiation-resistant non-small cell lung cancer 2025-Sep-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03597-7 PMID:41026305	研究论文	本研究通过分析乳酸化相关基因特征，预测辐射抵抗性非小细胞肺癌的预后和治疗反应	首次系统探索乳酸化修饰与NSCLC辐射抵抗的关系，建立了基于乳酸化相关辐射抵抗基因的预后模型	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	探索乳酸化与肺癌辐射抵抗的潜在关系，为个体化放疗提供新靶点	非小细胞肺癌患者和肿瘤组织	生物信息学	肺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 数据库挖掘	Cox回归模型, 基因特征模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	基于TCGA数据库和GSE197236数据集的NSCLC样本
28	2025-10-02	Integrative multi-omics analysis identifies AEBP1 and EFEMP2 as key regulators of immune heterogeneity and therapeutic response in glioblastoma 2025-Sep-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03500-4 PMID:41026376	研究论文	通过整合多组学分析揭示胶质母细胞瘤免疫异质性与治疗反应的关键调控基因	首次通过免疫相关基因集对GBM进行分型，结合单细胞RNA测序发现AEBP1/EFEMP2作为新型预后标志物，并筛选出潜在靶向药物	研究样本量有限，需进一步实验验证候选基因的生物学功能	解析胶质母细胞瘤免疫微环境特征并寻找预后生物标志物	胶质母细胞瘤患者样本与肿瘤微环境	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、转录网络分析、分子对接、Cox/LASSO回归分析	多组学整合分析模型	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	未明确标注具体样本数量
29	2025-10-02	Neutrophil-enriched gene signature correlates with teplizumab therapy resistance in different stages of type 1 diabetes 2025-Sep-30, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176403 PMID:41026533	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了与teplizumab治疗反应相关的免疫特征，发现中性粒细胞富集基因特征与治疗抵抗相关	首次在1型糖尿病不同阶段中鉴定出与teplizumab治疗抵抗相关的中性粒细胞富集基因特征，并开发了26基因血液标志物预测模型	研究样本主要来自小鼠模型和有限的人类队列，需要在更大规模人群中验证预测模型的普适性	探索teplizumab在1型糖尿病治疗中反应异质性的免疫学机制	非肥胖糖尿病(NOD)小鼠和1型糖尿病患者的血液及胰腺样本	生物信息学	1型糖尿病	单细胞转录组测序，弹性网络逻辑回归模型	弹性网络逻辑回归	基因表达数据	来自NOD小鼠的配对外周血和胰腺样本，以及人类TN10(阶段2)和AbATE(阶段3)队列数据
30	2025-10-02	Mechanisms of immune escape and extramedullary tropism in leukemia cutis 2025-Sep-30, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2025029121 PMID:41026928	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了急性髓系白血病皮肤浸润的免疫逃逸机制和归巢特性	首次通过单细胞和批量转录组分析系统揭示皮肤白血病微环境的免疫特征，发现T细胞耗竭表型和HLA II类分子下调等免疫逃逸机制	样本量有限（10例患者23份活检），部分分析基于单个病例的系列样本	探究急性髓系白血病皮肤浸润的免疫微环境特征和分子机制	10例孤立性皮肤和皮下组织髓外白血病患者的23份活检样本	癌症生物学	白血病	批量转录组测序、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	10例患者的23份皮肤白血病活检样本，另含7例骨髓复发对照样本
31	2025-10-02	Molecular cartography of the human down syndrome and trisomic mouse brain 2025-Sep-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63752-0 PMID:41027953	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术绘制了唐氏综合征人类和小鼠大脑的分子图谱	首次结合单核测序、空间转录组学和蛋白质组学方法，在妊娠中期人类皮层和Ts65Dn三体小鼠模型中系统研究唐氏综合征的神经发育异常机制	研究主要聚焦于妊娠中期发育阶段，对出生后神经退行性加速过程的分子机制覆盖有限	揭示唐氏综合征异常皮质发生的分子机制	人类妊娠中期皮层组织和三体小鼠模型(Ts65Dn)大脑	基因组学	唐氏综合征	单核测序、空间转录组学、蛋白质组学、RNA原位杂交	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	小鼠大脑中超过240,000个细胞的空间转录组分析
32	2025-10-02	DUSP6 is upregulated in metastasis and influences migration and metabolism in pancreatic cancer cells 2025-Sep-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-12967-8 PMID:41028058	研究论文	本研究探讨DUSP6在胰腺癌转移中的作用及其对细胞迁移和代谢的调控机制	首次揭示DUSP6在胰腺癌转移中独立调控细胞迁移和代谢的双重功能，并发现其与糖酵解变化无关的迁移调控机制	未明确DUSP6调控迁移行为的具体分子机制，且研究主要基于细胞模型	探究DUSP6在胰腺导管腺癌转移过程中的功能及其对细胞迁移和代谢的调控作用	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	转录组分析、单细胞RNA-seq、基因集富集分析、代谢分析	NA	基因表达数据、代谢数据	NA
33	2025-10-02	Impaired immune metabolism in COPD driven by dysfunction of CXCL16 + alveolar macrophages: multivariate causal evidence 2025-Sep-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10163-7 PMID:41028288	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了CXCL16+肺泡巨噬细胞功能障碍是COPD免疫代谢异常的关键因果机制	首次通过多组学整合分析确定CXCL16在肺泡巨噬细胞中的下调是COPD的新型因果机制，并发现其通过破坏免疫代谢稳态驱动疾病进展	NA	识别COPD中肺泡巨噬细胞衍生的因果因子及其在疾病发病机制中的作用	人类肺组织样本，肺泡巨噬细胞	生物医学研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序，双样本孟德尔随机化分析，批量RNA测序，细胞间通讯分析	NA	基因组数据，转录组数据	涉及欧洲和东亚人群的1283个肺泡巨噬细胞特异性基因分析
34	2025-10-02	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of cerebral cavernous malformations 2025-Sep-30, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-10011-x PMID:41028361	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在脑 cavernous malformations研究中的应用进展	首次系统总结单细胞测序在CCMs研究中揭示内皮细胞异质性和炎症作用的新发现	主要基于已有研究进行综述，缺乏原始实验数据验证	探索单细胞测序技术在脑 cavernous malformations研究中的应用价值	脑 cavernous malformations中的内皮细胞、壁细胞、成纤维细胞、星形胶质细胞和免疫细胞	单细胞测序	脑 cavernous malformations	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
35	2025-10-02	ERO1A-positive tumor epithelial cells in colorectal cancer progression: a multi-omics perspective 2025-Sep-30, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02184-z PMID:41028408	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定出ERO1A阳性上皮细胞是结直肠癌进展的关键驱动因素，并开发了基于ERO1A+Epi_TME_Score的预后预测模型	首次通过整合21个多中心队列的多组学数据鉴定ERO1A阳性上皮细胞亚群，揭示其通过特定信号通路与肿瘤微环境细胞互作的机制，并开发了优于现有111个模型的预后预测工具	NA	探索结直肠癌中肿瘤上皮细胞在肿瘤微环境塑造和癌症进展中的作用机制	结直肠癌患者样本（2,767例）及相关的肿瘤上皮细胞亚群	数字病理	结直肠癌	单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、生物信息学分析、体外实验、体内实验	风险预测模型（ETSRM）	转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	21个多中心结直肠癌队列共2,767例样本
36	2025-10-02	Crosstalk between the microbiota and intestinal dendritic cells in IBD 2025-Sep-30, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-025-01062-9 PMID:41028655	综述	本文总结了肠道常规树突状细胞在炎症性肠病中的功能及其与微生物群的相互作用	整合了单细胞测序技术对cDCs研究的新进展，并探讨微生物群对cDCs功能的影响机制	肠道cDCs数量有限且与其他髓系细胞表型重叠，其在IBD中的确切作用机制仍不明确	阐明微生物群与肠道树突状细胞在炎症性肠病中的相互作用机制	肠道常规树突状细胞(cDCs)和肠道微生物群	免疫学	炎症性肠病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
37	2025-10-02	Single-nucleus transcriptomics reveal the morphogenesis and artemisinin biosynthesis in Artemisia annua glandular trichomes 2025-Sep-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63770-y PMID:41028755	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学构建了青蒿腺毛发育的高分辨率细胞图谱，系统阐明了青蒿素在腺毛中的生物合成机制	首次在单细胞分辨率水平揭示了青蒿腺毛的发育过程，并精确定位了青蒿素合成的主要细胞位置	NA	阐明青蒿腺毛的发育过程和青蒿素的生物合成机制	青蒿腺毛分泌细胞	单细胞转录组学	疟疾	单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
38	2025-10-02	NQO1/p65/CXCL12 Axis-Recruited Tregs Mediate Resistance to Anti-PD-1 Plus Lenvatinib Therapy in PIVKA-II-Positive Hepatocellular Carcinoma 2025-Sep-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202511152 PMID:41028931	研究论文	本研究揭示了PIVKA-II阳性肝细胞癌中通过NQO1/p65/CXCL12轴招募Tregs导致抗PD-1联合乐伐替尼治疗耐药的机制	首次发现PIVKA-II高表达通过NQO1稳定p65蛋白，激活NF-κB/CXCL12轴招募Tregs介导治疗耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模临床试验验证普乐沙福的疗效	探究PIVKA-II阳性肝细胞癌对免疫联合治疗耐药的机制及解决方案	肝细胞癌患者肿瘤组织及肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外和体内实验验证	NA	临床数据，单细胞转录组数据	156例手术切除患者和104例接受抗PD-1联合乐伐替尼治疗的患者，其中22例进行单细胞测序分析
39	2025-10-02	Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis revealed high plasticity subpopulation and promising diagnosis model for clear cell renal cell carcinoma 2025-Sep-30, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00563-9 PMID:41029360	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组分析，识别透明细胞肾细胞癌的高可塑性亚群并构建诊断模型	首次在单细胞分辨率下整合多组配对ccRCC样本数据，使用CopyKAT算法精准识别肿瘤细胞，并发现具有肿瘤干细胞特性的高可塑性亚群	NA	开发透明细胞肾细胞癌的可靠生物标志物和诊断模型	透明细胞肾细胞癌肿瘤细胞和配对癌旁正常组织	数字病理学	肾癌	单细胞转录组测序、批量转录组分析、空间转录组学	多种机器学习算法	转录组数据	多个单细胞数据库中的配对ccRCC样本
40	2025-10-02	Single-cell RNA sequencing reveals the adverse role of cDC3s in the response of ulcerative colitis patients to anti-TNF-α therapy 2025-Sep-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06909-1 PMID:41029683	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示cDC3s在溃疡性结肠炎患者抗TNF-α治疗反应中的不利作用	首次在单细胞水平揭示cDC3s在抗TNF-α治疗反应中的动态变化及其作为预测生物标志物的潜力	样本量有限，需要更大规模研究验证发现	探究溃疡性结肠炎患者对抗TNF-α治疗产生不同反应的免疫机制	溃疡性结肠炎患者的肠道黏膜组织	单细胞测序分析	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	细胞轨迹分析，配体-受体相互作用分析	单细胞转录组数据	UC患者治疗前后肠道黏膜组织样本