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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-03 |
Myeloid cells mediate interferon-driven resistance to immunotherapy in advanced renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.013
PMID:41175876
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肾细胞癌中干扰素信号通路对免疫检查点阻断治疗耐药性的影响 | 开发了推断细胞类型特异性干扰素诱导基因的混合效应模型,揭示了髓系细胞在干扰素驱动的免疫治疗耐药中的关键作用 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证机制 | 探究干扰素信号在肾细胞癌免疫治疗耐药中的作用机制 | 肾细胞癌患者的肿瘤免疫微环境 | 单细胞基因组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 混合效应模型 | 单细胞转录组数据 | 多个临床试验队列的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-11-03 |
Stress-NRF2 response axis polarizes tumor macrophages and undermines immunotherapy
2025-Oct-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013063
PMID:41176316
|
研究论文 | 本研究揭示了NRF2转录因子在肿瘤相关巨噬细胞极化中的关键作用及其对免疫治疗的负面影响 | 首次发现NRF2介导的应激反应轴能够极化肿瘤巨噬细胞,形成免疫抑制性“应激-TAMs”,并证明靶向NRF2可增强免疫治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型,在人类癌症中的临床转化仍需进一步验证 | 探索肿瘤相关巨噬细胞中NRF2激活状态如何影响免疫治疗反应 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、MC38结肠肿瘤模型、MMTV-PyMT乳腺肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、乳腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、三维细胞培养、体内肿瘤模型 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 多种小鼠肿瘤模型及人类癌症样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-03 |
Niche Environment Remodeling Promotes Long-Term Endometrium Stromal Stem Cell Engraftment and Tissue Regeneration in Thin Endometrium
2025-Oct-31, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.10.053
PMID:41176621
|
研究论文 | 通过改造干细胞微环境促进子宫内膜基质干细胞长期定植和薄型子宫内膜组织再生 | 首次提出通过免疫抑制和血管重建双重策略改造干细胞微环境,显著提高干细胞移植存活率 | 研究主要基于大鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 开发治疗薄型子宫内膜的新型干细胞疗法 | 大鼠薄型子宫内膜模型和人类子宫内膜基质干细胞 | 再生医学 | 子宫内膜疾病 | 单细胞RNA测序,mRNA工程,异种移植模型 | 动物模型 | 基因表达数据,病理学数据 | 大鼠模型和人类干细胞异种移植实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-03 |
A novel spatial framework to validate arsenic exposure gene expression profiling in bladder cancer using multiplex FISH and AI-powered digital pathology
2025-Oct-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23396-y
PMID:41168438
|
研究论文 | 本研究开发了一种结合多重荧光原位杂交和AI数字病理的空间框架,用于验证膀胱癌中砷暴露相关基因表达特征 | 首次将mFISH与AI驱动的数字病理整合,在单细胞分辨率下验证砷暴露相关三基因风险模型的空间分布特征 | 仅为探索性试点研究,样本量较小(5例膀胱肿瘤标本) | 验证砷暴露相关基因表达特征在膀胱癌中的空间分布及其临床意义 | 膀胱癌肿瘤标本 | 数字病理 | 膀胱癌 | 多重荧光原位杂交, AI辅助数字病理, 空间转录组学 | HoverNet | 全切片图像, 基因表达数据 | 5例膀胱肿瘤标本 | NA | 空间转录组学, 多重荧光原位杂交 | NA | NA |
| 25 | 2025-11-03 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2025-Oct-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12126-3
PMID:41168710
|
研究论文 | 提出一种基于条件变分自编码器的新方法sysVI,用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 采用VampPrior和循环一致性约束,解决了现有方法在整合跨系统数据时无法同时保持批次校正和保留生物信号的难题 | 未提及方法在超大规模数据集上的性能表现和计算效率 | 开发能够有效整合跨系统单细胞RNA测序数据的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-03 |
Genome-wide association, single-cell, and spatial transcriptomics analyses reveal the role of the STK24-expressing positive cells in LUAD progression and the tumor microenvironment, identifying STK24 as a potential therapeutic target
2025-Oct-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07111-z
PMID:41168822
|
研究论文 | 本研究通过整合基因组关联分析、单细胞转录组学和空间转录组学,揭示了STK24阳性细胞在肺腺癌进展和肿瘤微环境中的作用 | 首次整合GWAS、单细胞和空间转录组学数据,发现STK24作为新的凋亡相关基因在LUAD中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证部分相对有限 | 探索STK24在肺腺癌进展和肿瘤微环境中的作用机制 | 肺腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | GWAS, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 机器学习 | 多种机器学习算法, 预后模型 | 基因组数据, 转录组数据, 空间位置数据 | 整合多个公共数据库样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 27 | 2025-11-03 |
Ex vivo lung-organoid model for aberrant basaloid cell induction and activation
2025-Oct-30, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00396-z
PMID:41168897
|
研究论文 | 本研究开发了一种外植体小鼠肺类器官模型,用于诱导和激活肺纤维化特异性异常基底样细胞 | 开发了首个能够诱导和激活肺纤维化特异性异常基底样细胞的外植体肺类器官模型,并识别出两种ABC亚群及其细胞间相互作用机制 | 研究基于小鼠模型,与人类疾病存在物种差异;模型尚未在更广泛的肺纤维化亚型中验证 | 研究肺纤维化中异常基底样细胞的诱导机制和功能作用 | 小鼠肺类器官和异常基底样细胞 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,细胞间相互作用分析 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-03 |
Clonally expanded effector CD4+ cytotoxic T lymphocytes are associated with severe neurological adverse events after immune checkpoint inhibitor therapy
2025-Oct-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012350
PMID:41167637
|
研究论文 | 本研究通过单细胞基因组学分析揭示了免疫检查点抑制剂治疗后严重神经系统不良事件与克隆扩增的CD4+细胞毒性T淋巴细胞之间的关联 | 首次在单细胞水平上识别出与n-irAEs特异性相关的CD4+ CTL克隆扩增及其效应基因表达谱 | 样本量较小(仅17例患者),且仅分析了外周血细胞而未直接研究中枢神经系统 | 探究免疫检查点抑制剂诱导的神经系统不良事件的免疫学机制和风险因素 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者,包括8例急性神经毒性患者 | 单细胞基因组学 | 癌症治疗相关神经系统不良事件 | 单细胞RNA测序,T细胞受体谱分析 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据,TCR序列数据 | 17例癌症患者(8例n-irAEs患者),共186,435个免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-03 |
Low-density lipoprotein receptor interacts with clusterin to regulate A1/A2 astrocyte polarization and ameliorate hemorrhagic brain injury
2025-Oct-30, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115539
PMID:41175961
|
研究论文 | 本研究探讨低密度脂蛋白受体与clusterin相互作用调控星形胶质细胞A1/A2极化并改善出血性脑损伤的机制 | 首次揭示LDLR通过相互作用蛋白CLU调控星形胶质细胞极化状态,为出血性脑损伤提供新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探索LDLR对星形胶质细胞极化的影响及其分子机制 | C57BL/6J小鼠星形胶质细胞 | 神经科学 | 脑出血 | 单细胞测序, 质谱分析, 免疫共沉淀 | NA | 单细胞测序数据, 蛋白质组数据 | 小鼠脑出血模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-03 |
SerpinB2 promotes the proliferation of glioma cells by regulating the cell cycle through the Wnt/β-catenin signaling pathway
2025-Oct-30, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111148
PMID:41176096
|
研究论文 | 本研究揭示SerpinB2通过Wnt/β-catenin信号通路调控细胞周期促进胶质瘤细胞增殖的分子机制 | 结合转录组测序与单细胞转录组分析,首次阐明SerpinB2通过Wnt/β-catenin通路调控细胞周期促进胶质瘤增殖的作用机制 | NA | 阐明SerpinB2在胶质瘤细胞增殖中的分子调控机制 | 胶质瘤细胞、胶质瘤组织、荷瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 转录组测序,单细胞转录组分析,CCK-8检测,伤口愈合实验,流式细胞术,q-PCR,Western blotting | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |
| 31 | 2025-11-03 |
A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients
2025-Oct-29, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05995-6
PMID:41162434
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了正常个体和反复种植失败患者子宫内膜组织的空间基因表达特征 | 首次构建了正常和反复种植失败条件下子宫内膜组织的空间转录组图谱 | 样本量较小(仅8个组织样本),仅研究了黄体中期阶段 | 探究反复种植失败患者子宫内膜组织的空间转录组特征 | 4名正常个体和4名反复种植失败患者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组数据 | 8个子宫内膜组织样本(4个正常对照,4个RIF患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 32 | 2025-11-03 |
Implication of an exosome-based gene signature for estimating clinical outcomes of triple-negative breast cancer and assisting in individualized therapy
2025-Oct-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-16751-6
PMID:41162433
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于外泌体基因特征的三阴性乳腺癌预后评估模型 | 首次构建基于外泌体相关基因的TNBC预后特征模型,并发现FAM129B作为潜在治疗靶点 | 研究样本量未明确说明,需要进一步临床验证 | 开发三阴性乳腺癌预后评估工具并指导个体化治疗 | 三阴性乳腺癌患者和TNBC细胞系(MDA-MB-231, MDA-MB-468) | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | LASSO分析, 转录组学, 基因突变分析, siRNA转染, EdU检测, 伤口愈合实验 | LASSO回归模型 | 转录组数据, 基因突变数据, 实验数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-11-03 |
Integrated bulk and single-cell transcriptomics identify RELB, S100A9, and SOCS1 as key autophagy-endoplasmic reticulum stress genes linking T2DM with MAFLD
2025-Oct-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-21641-y
PMID:41162503
|
研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,鉴定出RELB、S100A9和SOCS1作为连接2型糖尿病与代谢相关脂肪性肝病的关键自噬-内质网应激基因 | 首次整合批量转录组、单细胞转录组分析和实验验证,系统揭示T2DM与MAFLD的共同分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,需要在人类临床样本中进一步验证 | 揭示2型糖尿病与代谢相关脂肪性肝病之间的共同分子机制 | 基因表达数据、大鼠模型肝组织 | 生物信息学 | 2型糖尿病, 代谢相关脂肪性肝病 | 批量转录组测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫组织化学 | 机器学习, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 四个GEO数据集, T2DM伴MAFLD大鼠模型 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-11-03 |
The role of miR-21 in early-stage lung adenocarcinoma: clinical and bioinformatics insights
2025-Oct-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-21742-8
PMID:41162544
|
研究论文 | 本研究探讨miR-21在早期肺腺癌中的临床意义及其分子机制 | 结合临床样本与生物信息学分析,系统揭示miR-21在肺腺癌中的调控网络和预后价值 | 样本量有限(50例患者),主要依赖公共数据库验证 | 识别肺腺癌发病机制中的关键miRNA和基因 | 早期肺腺癌患者和健康对照者 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析, 免疫组化 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | 50例早期肺腺癌患者和50例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-11-03 |
Targeting LAG3 to alter the tumor immune reactivity of CD8+T cells is a potential therapy for skin cutaneous melanoma
2025-Oct-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22377-5
PMID:41162565
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了CD8+T细胞在皮肤黑色素瘤中的功能异质性,并证明LAG3抑制可抑制肿瘤增殖和转移 | 首次将CD8+T细胞分为CD8+LAG3+T细胞和CD8+LAG3-T细胞两个亚群,并证实LAG3抑制剂ZYF0033和单克隆抗体Miptenalimab能显著增强免疫细胞浸润并抑制肿瘤进展 | 研究主要在鼠类模型中进行,需要进一步临床验证;CD8+T细胞在SKCM中的具体作用机制仍需深入探索 | 探索CD8+T细胞在皮肤黑色素瘤免疫治疗中的作用和机制 | 皮肤黑色素瘤( SKCM )中的CD8+T细胞亚群 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞间通讯分析, 差异基因表达分析, 免疫浸润分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-11-03 |
A prognostic risk prediction model for gastric cancer based on the EFNA4 and ETS1 regulatory axis in tumor cells
2025-Oct-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-21728-6
PMID:41162582
|
研究论文 | 基于EFNA4和ETS1调控轴构建胃癌预后风险预测模型 | 首次发现EFNA4和ETS1在胃癌中的表达模式,并构建基于肿瘤细胞特征的整合预后模型 | EFNA4高表达与良好预后的矛盾机制尚未完全阐明,需要进一步探索 | 开发胃癌预后风险预测模型 | 胃癌组织和相关基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 风险特征模型 | 基因表达数据 | 373个TCGA-STAD数据集样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-11-03 |
Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents
2025-Oct-29, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
PMID:41162609
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研究论文 | 开发了一个转化框架,将全氟庚酸暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪性肝病联系起来 | 首次整合人类和体外数据,揭示短链未受监管的PFAS同系物PFHpA与青少年MASLD风险的关联 | 样本量相对较小(n=136),且研究对象仅限于接受减肥手术的肥胖青少年 | 阐明PFAS对代谢功能障碍相关脂肪性肝病发展的影响 | 青少年肥胖患者(平均年龄16.8岁)和人类肝脏球状体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、LUCID模型 | LUCID | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年肥胖患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 38 | 2025-11-03 |
scGSDR: Harnessing gene semantics for single-cell pharmacological profiling
2025-Oct-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08788-0
PMID:41162674
|
研究论文 | 开发了整合基因语义知识的单细胞药物反应预测模型scGSDR | 通过整合细胞状态和基因信号通路知识来增强基因语义理解,并采用可解释性模块识别耐药表型相关通路 | NA | 提高单细胞水平药物反应预测的准确性 | 单细胞药物反应数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 注意力机制模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-11-03 |
Cross-expression meta-analysis of mouse brain slices reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03747-8
PMID:41163012
|
研究论文 | 本研究通过跨表达分析揭示小鼠脑切片中邻近细胞间基因表达的协调模式 | 提出'跨表达'概念,避免使用人工注释数据库和细胞类型标签,同时控制细胞内在过程 | 仅基于基因表达和细胞位置矩阵进行分析,未考虑其他潜在影响因素 | 研究邻近细胞间基因表达的协调机制 | 小鼠脑组织切片 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学,meta分析 | 跨表达网络 | 基因表达数据,空间位置数据 | 约2500万个细胞,695个切片来自52个大脑 | 多种技术平台 | 空间转录组学 | 8种不同技术 | 整合多个图谱级小鼠脑数据集 |
| 40 | 2025-11-03 |
Systematic discovery of subcellular RNA patterns in the gut epithelium
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03786-1
PMID:41163196
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研究论文 | 本研究通过APEX-seq和MERFISH技术系统绘制了肠道上皮细胞中亚细胞RNA定位图谱 | 首次系统发现肠道上皮中亚细胞RNA定位模式,揭示颗粒结构定位特征及调控机制 | 研究主要基于小鼠肠道类器官和组织,人类样本验证尚需进一步研究 | 探索肠道上皮细胞中亚细胞RNA定位模式及其调控机制 | 小鼠肠道类器官和成年小鼠肠道组织 | 空间转录组学 | NA | APEX-seq, MERFISH, 空间转录组学 | NA | RNA空间定位数据 | 小鼠肠道类器官和成年小鼠肠道组织样本 | NA | 邻近标记技术, 空间转录组学 | APEX-seq, MERFISH | APEX-seq用于邻近标记,MERFISH用于空间转录组分析 |