单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-23	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	research paper	研究通过工程化抗体的Fc区域，探索了抗体在结核病控制中的潜在机制及其治疗应用	通过设计52种Fc变体，构建了能够增强结核分枝杆菌限制能力的抗体，并发现了几种依赖中性粒细胞的Fc工程化抗体	可能不存在单一Fc特征能够普遍驱动结核分枝杆菌的控制	探索抗体在结核病控制中的机制及其治疗潜力	结核分枝杆菌（Mtb）	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
22	2025-07-23	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤（ATI）严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多种组学技术探索其表达及生物学通路	样本量在部分验证队列中较小（如KPMP队列仅44例），且未明确说明标志物的临床转化潜力	开发非侵入性ATI生物标志物以实现早期检测和药物开发	肾病患者（活检确诊）的血浆样本及ATI相关分子机制	蛋白质组学	肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据	主队列434例（活检确诊肾病），验证队列KPMP 44例/ARIC 4610例/CHROME 268例
23	2025-07-23	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的进程	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调控OCT4和KLF4影响细胞命运，为冠状动脉疾病提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探索Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	细胞生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本及人类冠状动脉疾病相关数据
24	2025-07-23	PanIN and CAF transitions in pancreatic carcinogenesis revealed with spatial data integration 2024-Aug-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.07.001 PMID:39116880	研究论文	本研究介绍了一种新的成像、空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序整合流程，用于描述肿瘤发生过程中的肿瘤细胞状态转变	开发了一种半监督分析流程，结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次在FFPE样本中实现了对人类胰腺上皮内瘤变（PanINs）及其微环境的单细胞水平研究	研究依赖于FFPE样本，可能影响单细胞数据的质量	解析胰腺癌发生过程中肿瘤细胞状态转变的时空动态	胰腺上皮内瘤变（PanINs）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序、高维成像蛋白质组学	半监督学习框架	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、成像蛋白质组数据	一组匹配的低级别（LG）和高级别（HG）PanIN病变样本
25	2025-07-23	cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.16.608287 PMID:39229233	研究论文	提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据的差异表达	利用核嵌入方法，通过计算受试者分布之间的成对差异/距离，能够检测包括聚合变化在内的更难以捉摸的变异	NA	开发一种稳健的方法来评估单细胞数据的差异表达	单细胞RNA测序和高维流式或质谱流式数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式	核嵌入	单细胞数据	模拟和真实数据集（来自质谱流式数据和单细胞RNA测序）
26	2025-07-23	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	本文开发了一种新的计算模型，用于预测肝细胞癌（HCC）免疫治疗反应并发现生物标志物	结合数学模型、计算机模拟和高通量空间多组学数据，提出了一种新的患者结果预测和生物标志物发现方法	模型参数基于文献数据，可能需要进一步实验验证	促进免疫治疗剂量方案设计和潜在生物标志物识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱流式细胞术、Visium空间转录组分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据	来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本
27	2025-07-23	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	research paper	本文介绍了一种名为aKNNO的方法，用于单细胞和空间转录组学聚类，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO方法通过优化的自适应k近邻图，能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型，超越了现有通用和专用方法的性能	NA	开发一种能够同时识别丰富和稀有细胞类型的单细胞和空间转录组学聚类方法	单细胞和空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集
28	2025-07-23	A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49242-9 PMID:38898015	研究论文	开发了一种名为CTMM的新模型，用于检测和量化单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性个体间变异	提出CTMM模型，首次系统地建模和量化单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性个体间变异	模型在scRNA-seq样本量较小的情况下校准测试具有挑战性	阐明细胞类型特异性生物学并识别与复杂性状相关的基因和细胞类型	人类诱导多能干细胞分化为内胚层过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CTMM (Cell Type-specific linear Mixed Model)	基因表达数据	未明确说明样本数量，但提到样本量较小
29	2025-07-23	Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179709 PMID:38888968	研究论文	本研究探讨了小鼠肾脏同种异体移植耐受性中浸润性细胞毒性CD8+ T细胞功能失调的作用	揭示了细胞毒性CD8+ T细胞在移植肾内被重编程为耗竭/调节样表型的机制，并提出了一种称为'防御性耐受'的新概念	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索肾脏同种异体移植耐受性的机制	小鼠肾脏同种异体移植模型中的CD8+ T细胞	免疫学	肾脏移植	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞过继转移	小鼠移植模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠移植模型
30	2025-07-23	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了炎症性神经病变中IL-21产生的CD4+ T细胞的克隆扩增及其在疾病发展中的作用	发现IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中克隆扩增，并揭示了IL-21信号通路、Tfh/Tph分化及CXCR6介导的细胞定位作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索炎症性神经病变中致病性CD4+ T细胞的关键特性及其作用机制	炎症性神经病变小鼠模型中的CD4+ T细胞	免疫学	炎症性神经病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-Seq)	IL-21受体敲除(IL-21R-KO)小鼠模型	单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据	炎症性神经病变小鼠模型的周围神经组织
31	2025-07-23	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自调节CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来降低CRS的严重程度	开发了能够分泌托珠单抗衍生单链可变片段（Toci）的自调节CAR-T细胞，不仅降低了CRS相关毒性，还显示出优于传统CAR-T细胞的体内抗肿瘤效果	研究主要基于人源化NSG-SGM3小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	提高CAR-T细胞治疗的安全性和有效性	CAR-T细胞和细胞因子释放综合征（CRS）	细胞治疗	癌症	scRNA-seq分析	人源化NSG-SGM3小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型中的免疫细胞
32	2025-07-23	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本研究通过局部递送血管生成因子促进临界尺寸骨缺损的血管修复和骨再生	创新性地结合电纺PCL纤维与电喷雾PLGA微球递送Spp1和Cxcl12因子，首次在单细胞水平揭示临界骨缺损中血管生成障碍的核心机制	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未开展临床研究	解决临界尺寸骨缺损修复中的血管生成障碍问题	临界尺寸骨缺损的再生组织	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序、电纺/电喷雾技术	小鼠临界尺寸骨缺损模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验动物数量
33	2025-07-23	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏期逆转的新调控因子	首次采用整合的单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞的转录组和表观基因组特征	样本仅限于使用三种不同的潜伏逆转剂处理的CD4+ T细胞，可能无法涵盖所有HIV潜伏调控机制	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	潜伏感染HIV的原代CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞
34	2025-07-23	Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01798-5 PMID:37460676	研究论文	研究健康胶质细胞在成年前脑中是否能竞争性替代病变的人类胶质细胞	首次证明年轻健康的胶质祖细胞可以竞争性替代成年小鼠脑中的衰老和病变胶质细胞，并揭示了YAP1/MYC/E2F定义的竞争优势表型	研究仅在嵌合小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索健康胶质细胞替代病变胶质细胞的潜力及其机制	人类胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用人类胚胎干细胞衍生的胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠
35	2025-07-23	Marmosets contain multitudes 2024-Apr-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97866 PMID:38661001	research paper	通过单细胞RNA测序揭示狨猴携带来自其兄弟姐妹的遗传差异细胞的程度	使用单细胞RNA测序技术首次在狨猴中揭示了其携带兄弟姐妹遗传差异细胞的情况	NA	研究狨猴细胞水平的遗传多样性	狨猴及其兄弟姐妹的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
36	2025-07-23	Stimulator of Interferon Genes Pathway Activation through the Controlled Release of STINGel Mediates Analgesia and Anti-Cancer Effects in Oral Squamous Cell Carcinoma 2024-Apr-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040920 PMID:38672274	研究论文	研究STINGel（一种缓释STING激动剂配方）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的镇痛和抗癌效果及其机制	开发了STINGel缓释配方，显著增强了STING激动剂的抗肿瘤效果，并首次深入研究了其在OSCC诱导疼痛中的镇痛机制	研究仅使用了两种OSCC模型，尚未在更广泛的癌症类型或临床环境中验证	探索STINGel在OSCC治疗中的镇痛和抗癌作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）模型	癌症治疗	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	OSCC动物模型	基因表达数据、行为学数据	两种OSCC模型（口面部癌症模型和后爪模型）
37	2025-07-23	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	提出了一种名为BuDDI的方法，通过域适应技术整合批量样本和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，模拟细胞类型特异性扰动响应，无需在训练中使用单细胞扰动数据	未明确提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种方法，将批量样本和单细胞RNA测序数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
38	2025-07-23	Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics 2024-Apr, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2023.103068 PMID:38176357	research paper	本文提出了一种称为空间特征度量LDDMM的新算法，用于计算微分同胚空间中的测地线，以支持空间转录组数据的跨模态对齐	首次提出空间特征度量LDDMM算法，扩展了LDDMM算法家族，以支持空间特征对标记粒子的作用，并一致扩展到组织尺度	未提及具体的数据验证或实验结果的局限性	开发算法以实现分子和细胞尺度群体在共同坐标系中的统计平均整合	小鼠大脑中的细胞结构和基因表达	computational anatomy	NA	MERFISH	LDDMM	spatial transcriptomic data	NA
39	2025-07-23	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证了5-ALA标记的特异性，并揭示了非肿瘤细胞也能被标记的现象	需要进一步研究系统比较5-ALA与其他潜在FGS替代物的性能	确定5-ALA在GBM手术中标记各种细胞类型的特异性	人类GBM手术标本、细胞培养和共培养模型、小鼠胶质瘤模型的急性切片培养	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型和表达测序技术）	NA	图像、RNA测序数据	人类GBM手术标本、细胞培养模型和小鼠胶质瘤模型切片
40	2025-07-23	Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae064 PMID:38827413	研究论文	介绍了一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法，用于联合分析空间信息和基因表达	STew方法能够有效利用空间信息揭示与基因表达的共同变异，并在聚类准确性和空间域连续性方面表现优异	NA	开发一种可扩展的方法来联合分析空间转录组数据中的空间信息和基因表达	人类背外侧前额叶皮层和小鼠主嗅球数据，以及来自10× Visium、Slide-seqV2和10× Xenium的空间转录组数据	空间转录组学	银屑病	空间转录组技术	多视图表示学习方法	基因表达数据和空间信息数据	包含数千个空间位置的数据集