单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-29	Single-cell transcriptional analysis of murine mesenteric lymph nodes following oral lyso-phosphatidylserine nanoparticle administration reveals cellular heterogeneity in tolerance features 2025-Sep, Journal of pharmaceutical sciences IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.xphs.2025.103919 PMID:40712826	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析口服含溶血磷脂酰丝氨酸纳米颗粒后小鼠肠系膜淋巴结的免疫细胞反应，揭示其诱导免疫耐受的细胞异质性特征	首次利用单细胞转录组技术系统解析LysoPS纳米颗粒口服后肠系膜淋巴结中各免疫细胞的耐受特征及细胞间通讯机制	研究仅限于小鼠模型，人体内的耐受机制尚未明确	阐明LysoPS纳米颗粒通过口服途径诱导免疫耐受的细胞分子机制	小鼠肠系膜淋巴结中的B细胞、T细胞和NK细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型样本
22	2025-09-29	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	提出一种名为MouSSE的新方法，用于小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中的细胞因子活性估计	开发了首个专门针对小鼠数据的单细胞水平细胞因子活性预测方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	仅针对小鼠数据设计，未验证在人类数据上的适用性	准确估计小鼠单细胞水平细胞因子活性	小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症、感染反应	scRNA-seq、空间转录组、基因集评分方法	改进的VAM（方差调整马氏距离）技术	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	使用免疫字典数据库和外部scRNA-seq及ST数据集进行验证
23	2025-09-29	Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.11.02.514917 PMID:40950142	研究论文	介绍Tensor-cell2cell v2计算工具，用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化	首次通过耦合张量成分分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯，保留各模态的独立性和数据结构	NA	开发能够分析多种配体类型协调活动的细胞通讯推断工具	脑类器官发育过程中的细胞间通讯	计算生物学	NA	单细胞转录组学，耦合张量成分分析	张量分解模型	单细胞转录组数据	NA
24	2025-09-29	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Aug-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	提出一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute	采用改进的生成对抗插补网络(GAIN)与多任务判别器，专注于预定义标记基因，在填补缺失值的同时保留真实生物零值	NA	提高单细胞RNA测序数据的生物学相关性和计算效率	头颈鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的单细胞RNA测序数据	生物信息学	头颈癌、肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	改进的生成对抗插补网络(GAIN)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万细胞的数据集
25	2025-09-29	Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667742 PMID:40766582	研究论文	通过单细胞研究探讨大麻二酚在人体中的抗炎作用及对T效应记忆细胞分化的影响	首次在人体中通过单细胞测序技术系统评估大麻二酚对免疫细胞的调节作用	样本量较小（23名参与者），缺乏长期随访数据	评估大麻二酚对免疫系统的调节作用及其临床安全性	接受口服大麻二酚治疗的23名人类参与者	免疫学	肾脏疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, 细胞因子检测, 串联质谱	NA	单细胞测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质检测数据	23名人类参与者
26	2025-09-29	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了斑马鱼视神经横断后视觉通路自发再生的时空动态过程	首次通过多技术整合系统揭示了斑马鱼视觉系统从损伤到功能恢复的完整再生过程，并识别了关键细胞群体	研究仅观察了5周内的再生过程，长期再生效果和分子机制仍需进一步探索	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空协调机制	成年斑马鱼的视网膜、视神经和大脑视觉通路	神经再生研究	视神经损伤	苏木精-伊红染色、免疫组织化学、透射电子显微镜、单细胞RNA测序、视动反应行为评估	斑马鱼视神经损伤模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确具体样本数量，研究持续观察5周再生过程
27	2025-09-29	Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.467 PMID:40640979	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示无菌小鼠免疫系统发育不全的分子机制	首次应用液滴单细胞RNA测序系统比较无菌小鼠与特定病原体小鼠的免疫细胞差异，发现烟酰胺脱氢酶缺失等新型调控通路	研究主要聚焦骨髓和外周血细胞，未全面评估其他免疫器官；机制验证仍需进一步实验支持	探究微生物群缺失导致免疫缺陷的具体分子机制	无菌小鼠和特定病原体小鼠的骨髓与外周血免疫细胞	免疫学	免疫缺陷疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	无菌小鼠和特定病原体小鼠的骨髓与外周血样本（具体数量未明确说明）
28	2025-09-29	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了大足黑山羊粗毛密度的时空变化模式及其相关基因	首次应用高分辨率微型相机成像技术分析山羊皮肤图像，结合多组学数据系统解析粗毛密度的遗传调控机制	研究主要聚焦于单一山羊品种，结果在其他品种中的普适性需要进一步验证	探究山羊粗毛密度的遗传调控机制和时空变化规律	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型相机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫组织化学染色	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载转录组数据
29	2025-09-29	CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146568 PMID:40724819	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示CXCL12在雄激素性脱发中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用机制	首次发现CXCL12通过自分泌和旁分泌信号通路协调调控真皮成纤维细胞和毛乳头细胞的纤维化过程，并证明CXCL12阻断可逆转脱发病理过程	研究基于睾酮诱导的小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明CXCL12在介导雄激素性脱发中基质-免疫相互作用的病理机制	睾酮诱导的雄激素性脱发小鼠模型	单细胞转录组学	雄激素性脱发	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量
30	2025-09-29	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出DeepSAS框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中阐明衰老细胞的异质性及其相关基因	开发了首个基于深度图表示学习的本征-hoc框架，能够从单细胞数据中识别稳健且具有生物学基础的衰老表型	NA	表征衰老细胞并识别衰老相关基因，以增进对衰老和年龄相关疾病的理解	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞	生物信息学	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq、Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
31	2025-09-29	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	本研究通过整合代谢组学和空间转录组学分析胰腺囊性癌前病变，发现多胺代谢紊乱可作为肿瘤恶性进展的生物标志物	首次将囊液代谢组学与空间细胞转录组学相结合，系统揭示了多胺代谢通路在胰腺癌前病变恶性进展中的关键作用	样本量相对有限（125例患者），需要更大规模研究验证多胺生物标志物的临床效用	识别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险相关的代谢标志物	125例低级别或高级别异型增生IPMN患者（部分伴发胰腺导管腺癌）的囊液和组织样本	数字病理	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本，包含IPMN组织和鼠源Kras;Gnas IPMN细胞系
32	2025-09-29	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓系白血病中微观和宏观状态的演化过程	首次系统比较单细胞与批量转录组数据的信息含量，建立理论框架解释离散疾病表型如何在单细胞尺度隐藏而在宏观聚集水平显现	研究主要基于慢性髓系白血病模型，在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	解析单细胞转录组数据中疾病状态识别的挑战，阐明离散疾病定义状态如何从噪声数据中产生	慢性髓系白血病细胞	单细胞测序分析	慢性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
33	2025-09-29	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学技术揭示癌症相关成纤维细胞在多种癌症类型中保守的空间亚型和细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种保守的空间CAF亚型，这些亚型具有跨癌症类型和空间组学平台的稳定性	研究涉及多种癌症类型和平台，但未明确说明样本来源的具体临床特征和样本收集的时间跨度	探索癌症相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的空间组织和相互作用	癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其在肿瘤微环境中的空间分布	空间转录组学	癌症	单细胞空间多组学、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	单细胞空间多组学数据	超过1400万个细胞，涵盖10种癌症类型，使用7种空间转录组学和蛋白质组学平台
34	2025-09-29	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空图谱分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	首次整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，在细胞类型和脑区特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个大脑）	阐明热量限制延缓大脑衰老的分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑（超过50万个细胞）和12个脑切片
35	2025-09-29	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	综述	本文综述了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿技术工具	批判性评估单细胞测序、荧光技术和Hi-C等高分辨率技术在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并探讨CRISPR噬菌体工程等新兴技术的潜力	NA	研究质粒介导的抗生素抗性基因在复杂微生物组中的传播机制	质粒-宿主相互作用和抗生素抗性基因传播	微生物组学	抗生素耐药性	单细胞测序、荧光技术、Hi-C、CRISPR噬菌体工程	NA	基因组数据、染色质构象数据	NA
36	2025-09-29	New Multiomic Studies Shed Light on Cellular Diversity and Neuronal Susceptibility in Parkinson's Disease 2025-Mar, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society IF:7.4Q1 DOI:10.1002/mds.30097 PMID:39812497	综述	本文综述多组学技术在帕金森病细胞多样性和神经元易感性研究中的最新进展	整合空间转录组学、表观基因组学和蛋白质组学等多组学方法研究帕金森病	NA	揭示帕金森病神经元易感性网络并筛选疾病修饰因子用于新疗法开发	多巴胺能神经元和神经胶质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序、空间转录组学、表观基因组学、蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
37	2025-09-29	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	通过脂质性状的局部遗传协方差分析识别早发性阿尔茨海默病的新基因位点	首次使用SUPERGNOVA方法分析EOAD与脂质性状的局部遗传协方差，并发现ANKDD1B、CUZD1和MS4A64三个新的致病基因	研究依赖于公开数据库的汇总统计数据，样本量存在差异（EOAD: 19,668 vs 脂质性状: 1,320,016）	探索早发性阿尔茨海默病与脂质通路的共享遗传结构	早发性阿尔茨海默病患者和血脂性状人群	遗传学	阿尔茨海默病	全基因组关联分析(GWAS)、SUPERGNOVA局部遗传协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	多性状遗传协方差分析模型	基因组汇总统计数据、转录组数据、蛋白质组数据、DNA甲基化数据	EOAD样本19,668例，血脂性状样本1,320,016例
38	2025-09-29	Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110737 PMID:39286507	研究论文	本研究揭示了非洲鳉鱼尾部鳍再生过程中位置信息通过瞬时再生激活细胞状态调控再生速度的机制	首次发现基底表皮中的瞬时再生激活细胞状态能够传递位置信息，并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦截肢位置与再生生长速率的关系	研究仅限于非洲鳉鱼尾部鳍再生模型，尚未验证在其他脊椎动物或组织中的普适性	探究脊椎动物附肢再生过程中位置信息传递的分子机制	非洲鳉鱼的尾部鳍再生过程	发育生物学	组织再生	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因表达数据、组织形态数据	非洲鳉鱼尾部鳍再生样本
39	2025-09-29	KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421 PMID:37851080	研究论文	通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响	首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型癌细胞具有独特细胞因子谱，能局部和系统性调节髓系细胞浸润	样本量相对有限（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证	表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用	人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、患者来源类器官培养、纵向血液分析	NA	单细胞RNA测序数据、类器官功能数据、血液免疫分析数据	18例人类PDAC样本，匹配的血液和肿瘤样本，患者来源PDAC类器官
40	2025-09-29	Analysis of Donor Pancreata Defines the Transcriptomic Signature and Microenvironment of Early Neoplastic Lesions 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0013 PMID:37021392	研究论文	本研究首次通过脑死亡供体胰腺组织揭示了早期胰腺肿瘤病变的转录组特征和微环境	首次利用无热缺血时间的供体胰腺组织，结合多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统表征了健康成人胰腺和早期胰腺上皮内瘤变的微环境特征	样本量相对有限（30例供体），且仅针对脑死亡供体组织，可能存在选择偏倚	探究健康成人胰腺和早期胰腺肿瘤病变的转录组特征及微环境差异	30例不同年龄和种族的脑死亡供体胰腺组织，包含胰腺上皮内瘤变（PanIN）病变	数字病理	胰腺癌	多重免疫组化（multiplex IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	组织样本、转录组数据、空间转录组数据	30例脑死亡供体胰腺组织