单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-19	Roles of ACSL4/GPX4 and FSP1 in oxalate-induced acute kidney injury 2025-Jun-17, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02557-y PMID:40527896	研究论文	本研究探讨了ACSL4/GPX4和FSP1在草酸盐诱导的急性肾损伤（AKI）中的作用及其调控机制	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了草酸盐诱导的AKI小鼠模型中肾小管细胞铁死亡的发生，并验证了ACSL4和FSP1在调控铁死亡中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究草酸盐诱导的AKI中铁死亡的关键调控基因及其机制	草酸盐诱导的AKI小鼠模型和小鼠肾小管上皮细胞系（MTECs）	分子生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型和体外细胞模型	RNA测序数据和细胞实验数据	NA
22	2025-06-19	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞研究奠定了基础	首次提供了深海管虫羽状物的单细胞转录组图谱，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能不适用于其他物种或组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
23	2025-06-19	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jun-17, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型中的长链非编码RNA（lncRNA），揭示了其在高级别胶质瘤免疫微环境中的调控作用	首次鉴定出与高级别胶质瘤免疫抑制和促炎微环境相关的lncRNA特征，并揭示了这些lncRNA在免疫细胞中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境重塑中的作用	高级别胶质瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型和GBM患者样本
24	2025-06-19	Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06682-1 PMID:40528211	研究论文	本研究通过基于通路的癌症转录组分析，揭示了膀胱癌内在异质性，并识别了四种具有不同分子、功能和表型特征的内在亚型	首次通过单细胞转录组数据识别膀胱癌纯肿瘤细胞，并基于通路分析揭示内在异质性亚型，这些亚型与现有转录分类重叠有限且展现出前所未有的预测和预后价值	研究主要依赖公开数据集(GSE135337和TCGA)，缺乏更大规模独立队列验证	探索癌症内在基因表达谱对膀胱癌分类和预后的贡献程度及机制	膀胱癌(BLCA)患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	机器学习算法	转录组数据	来自GSE135337和TCGA数据集的膀胱癌样本
25	2025-06-19	Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06738-2 PMID:40528218	研究论文	通过单细胞转录组学解码缺血中海马亚区和胶质细胞的反应	揭示了全球脑缺血期间海马CA1和CA3-DG亚区胶质细胞和血管细胞的分子特征和功能差异，发现了一种在缺血后海马中出现的独特少突胶质细胞亚型	研究仅使用Sprague-Dawley大鼠模型，结果可能无法完全推广到人类	了解缺血前后海马亚区的细胞和分子变化，以深入了解中风病理和恢复机制	Sprague-Dawley大鼠的海马CA1和CA3-DG区域	神经科学	中风	单细胞RNA测序	四血管闭塞(4-VO)手术模型	转录组数据	Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及）
26	2025-06-19	Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation 2025-Jun-17, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04380-9 PMID:40528244	研究论文	本研究探讨了机械张力通过上调Dalrd3表达和tRNA m3C修饰促进骨缝干细胞向成骨分化的机制	首次揭示了Dalrd3在机械张力诱导的骨缝干细胞成骨分化中的关键作用及其通过调控Id3翻译的分子机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明机械力驱动骨缝重塑的分子机制	骨缝干细胞(SuSCs)	骨生物学	颅面畸形	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠快速上颌扩张(RME)模型	基因表达数据	NA
27	2025-06-19	Clonal sharing of CD8+ T-cells links skin and joint inflammation in psoriatic arthritis 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了银屑病关节炎（PsA）患者皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的表型和克隆性联系	首次揭示了皮肤和关节炎症中CD8+ T细胞的克隆共享现象，并发现这些细胞在两个部位具有相似的细胞毒性和组织驻留表型	样本量较小（仅6例皮肤样本和5例配对滑膜组织/滑液样本），且空间转录组学数据仅来自1例配对样本	验证银屑病关节炎患者皮肤和关节炎症在CD8+ T细胞表型和克隆性方面存在联系的假设	银屑病关节炎患者的皮肤和关节组织中的CD8+ T细胞	免疫学	银屑病关节炎	scRNAseq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本
28	2025-06-19	Single-Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma In Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Jun-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了其与浸润性乳腺癌（IBC）进展的复杂基因型-表型关系	首次在DCIS中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，以及基底膜完整性丧失在癌症侵袭过程中的关键作用	样本量有限，且仅针对DCIS和匹配的正常乳腺组织进行研究	识别DCIS进展为浸润性乳腺癌的关键分子事件	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，仅提及临床标本包含DCIS和正常导管混合物
29	2025-06-19	Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma 2025-Jun-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	研究论文	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并提出了针对胆碱能-星形胶质细胞轴的新预防策略	首次揭示了胆碱能代谢通过双重促转移机制（免疫抑制和血脑屏障破坏）促进脑转移，并发现AChE抑制剂多奈哌齐具有显著的预防效果	研究样本量相对有限（875例RNA测序数据和280例组织微阵列验证），且机制研究主要基于体外实验	探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略	肺腺癌患者及其脑转移病灶	肿瘤学	肺腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例RNA测序病例和280例组织微阵列验证病例，以及26个脑转移灶和8个正常脑样本的单细胞RNA测序
30	2025-06-19	Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming 2025-Jun-16, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02377-9 PMID:40518526	research paper	该研究通过单细胞多组学分析揭示了FABP1+肾细胞癌通过PLG-PLAT轴在脂肪酸重编程下驱动肿瘤血管生成的机制	发现了FABP1+肿瘤亚群通过PLG-PLAT功能轴促进血管生成的新机制，并提出了靶向该轴可能增强酪氨酸激酶抑制剂治疗敏感性的潜在策略	研究结果主要基于单细胞和空间转录组学分析，需要更多体内外实验验证	探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程与肿瘤血管生成的关系	FABP1+肾细胞癌亚群及其与内皮细胞的相互作用	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞多组学分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，涉及肾细胞癌患者样本和临床前模型
31	2025-06-19	Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair 2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188345 PMID:40519169	review	本文综述了局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	强调了局部补体激活在肾脏疾病中的致病作用及其作为治疗靶点的潜力	主要基于动物模型研究，人类临床数据有限	探讨局部补体激活在肾脏纤维化和修复中的作用	肾脏疾病（肾小球和肾小管间质疾病）	NA	慢性肾脏病（CKD）	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学	NA	NA	动物模型和人类肾脏活检样本
32	2025-06-19	A multi-type programmed cell death gene signature predicts survival and reveals therapeutic targets in osteosarcoma 2025-Jun-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02944-y PMID:40522389	研究论文	本研究通过整合多种程序性细胞死亡相关基因，构建了一个预测骨肉瘤生存和治疗靶点的基因特征模型	首次整合18种程序性细胞死亡相关基因构建骨肉瘤预后模型，并揭示了溶酶体依赖性细胞死亡、凋亡和失巢凋亡等关键通路	研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究验证模型的临床适用性	开发骨肉瘤预后预测模型并识别潜在治疗靶点	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	生物信息学	骨肉瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO回归	LASSO	基因表达数据	来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤患者数据
33	2025-06-19	Whole genome sequencing and single-cell transcriptomics identify KMT2D inactivation as a potential new driver for pituitary tumors: a case report 2025-Jun-16, BJC reports DOI:10.1038/s44276-025-00155-0 PMID:40523964	研究论文	通过全基因组测序和单细胞转录组学技术，发现KMT2D失活可能是垂体肿瘤的新驱动因素	首次发现组蛋白甲基转移酶KMT2D可能是垂体神经内分泌肿瘤的新驱动基因	仅基于单个病例报告，需要更大样本验证	探索垂体神经内分泌肿瘤的潜在驱动基因和分子特征	一名50多岁混合型生长激素-催乳素细胞瘤患者	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	全基因组测序, 单细胞RNA测序, 全基因组DNA甲基化分析	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	1例患者肿瘤样本
34	2025-06-19	From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells 2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-025-00672-7 PMID:40524169	research paper	该研究探讨了不同培养平台如何改变hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）的功能和转录组表型	使用微流控BBB芯片平台（AKITA plate）和hiPSC衍生的星形胶质细胞共培养系统，研究了其对ECs功能和转录组的影响	需要进一步研究这些复杂细胞培养系统的特性	改进疾病模型和药物开发平台	hiPSC衍生的内皮细胞（ECs）和星形胶质细胞	生物医学工程	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	微流控BBB芯片平台（AKITA plate）	转录组数据	NA
35	2025-06-19	Exploring T-cell metabolism in tuberculosis: development of a diagnostic model using metabolic genes 2025-Jun-16, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02768-0 PMID:40524207	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核病患者外周血单个核细胞，开发基于代谢基因的诊断模型	首次利用T细胞相关代谢差异表达基因构建结核病诊断模型，并揭示免疫代谢重编程在结核病进展中的关键作用	样本量较小（仅7人），需要更大规模验证	阐明活动性结核与潜伏感染免疫调控机制，开发新型诊断方法	结核病患者外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理	结核病	scRNA-seq	XGBoost, SVM-RFE, Boruta	RNA测序数据	7人（2健康对照+2潜伏感染+3活动性结核）
36	2025-06-19	Integrative analysis of bulk and single-cell gene expression profiles to identify bone marrow mesenchymal cell heterogeneity and prognostic significance in multiple myeloma 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06637-6 PMID:40524208	研究论文	通过整合大量和单细胞基因表达谱数据，识别骨髓间充质细胞的异质性及其在多发性骨髓瘤中的预后意义	发现了一种独特的HMGhMSC亚克隆，其在肿瘤微环境中具有强效调控作用，并基于此构建了新的预后模型	研究样本量有限，且未进行实验验证HMGhMSC亚克隆的功能	探究骨髓间充质干细胞（MSCs）在多发性骨髓瘤中的异质性及其对疾病进展和预后的影响	健康供体和多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（10X）、Seurat、SCENIC、CellChat、COX和LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	使用GSE4581和GSE136337数据集作为训练集和验证集，具体样本数量未明确说明
37	2025-06-19	Prognostic analysis of bladder cancer with neddylation-related genes 2025-Jun-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00463-y PMID:40524221	研究论文	本研究探讨了neddylation修饰在膀胱癌(BLCA)进展中的作用及其预后意义	通过WGCNA分析鉴定了1412个neddylation相关枢纽基因，并利用LASSO和Cox回归分析确定了6个关键基因(CUL1、PUM2、UBE2D3、HIF3A、COPS2和DDB1)，构建了具有良好诊断效率的预后模型	研究主要基于TCGA数据库的基因表达数据，临床样本验证仅限于RT-qPCR，未涉及更多实验验证	探索neddylation在膀胱癌进展中的作用及其预后价值	膀胱癌(BLCA)患者	生物信息学	膀胱癌	WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析、RT-qPCR、单细胞测序	预后模型	基因表达数据	TCGA数据库中的BLCA样本及临床样本(数量未明确说明)
38	2025-06-19	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	通过多组学分析揭示三阴性乳腺癌异质性免疫微环境中UQCRFS1促进肿瘤进展的作用	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组等多组学方法系统分析TNBC免疫微环境异质性，并鉴定出UQCRFS1作为新的促癌因子	样本量较小（仅9例初治TNBC患者），需要在更大队列中验证发现	解析三阴性乳腺癌免疫微环境异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌患者的肿瘤微环境细胞和UQCRFS1基因	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blot	LASSO-Cox回归模型（MCI模型）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据	9例初治TNBC患者的单细胞数据+多个公共TNBC队列验证
39	2025-06-19	Cancer-associated fibroblasts promote drug resistance in ALK-driven lung adenocarcinoma cells by upregulating lipid biosynthesis 2025-Jun-16, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00400-7 PMID:40524253	research paper	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过上调脂质生物合成促进ALK驱动的肺腺癌细胞对药物产生耐药的机制	揭示了CAFs通过重编程脂质代谢促进ALK-TKIs耐药的分子网络，并提出通过靶向脂质代谢或诱导铁死亡来克服耐药的新治疗策略	研究主要基于3D球体共培养模型，尚未在体内模型或临床样本中验证	探究CAFs驱动的分子网络如何影响ALK驱动肺腺癌细胞的治疗敏感性	ALK重排肺腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境	肺腺癌	单细胞RNA测序，3D球体共培养	3D球体共培养模型	基因表达数据	NA
40	2025-06-19	Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression 2025-Jun-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088 PMID:40526981	research paper	本研究揭示了巨噬细胞中Atp6v0d2通过调节XBP1介导的胆固醇代谢抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的关键作用	首次发现巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过XBP1/内质网应激通路调控胆固醇代谢和巨噬细胞表型转换，并阐明了其通过Trem2+巨噬细胞胞葬作用影响MASH进展的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明Atp6v0d2在MASH发病中的功能机制并探索其作为治疗靶点的潜力	骨髓源性巨噬细胞和MASH肝脏组织	分子病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型	Atp6v0d2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	多种基因工程小鼠模型（Atp6v0d2fl/fl;Lyz2-cre、Atp6v0d2-/-等）在两种饮食诱导肥胖模型（GAN和CDAHFD）中的研究