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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-13 |
A comprehensive single-cell atlas of monoallelic expression across various tissues in zebrafish
2026-Jun-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281338.125
PMID:42209155
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序和全基因组测序,构建了斑马鱼多种组织中的单等位基因表达综合图谱 | 首次在斑马鱼中构建单细胞水平的单等位基因表达图谱,揭示了MAE在发育过程中的动态变化及其对组织特化的贡献 | 研究仅限于斑马鱼的两个发育阶段,可能未完全覆盖MAE的整个动态过程;此外,部分基因的MAE检测可能受限于细胞类型分辨率和测序深度 | 系统表征斑马鱼发育过程中单等位基因表达的动态特征及其功能意义 | 斑马鱼胚胎和成体组织的细胞 | 基因组学 | 不适用 | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | 最大似然估计 | 单细胞RNA测序数据, 全基因组测序数据 | 50,819个细胞,涵盖37种细胞类型 | Illumina | 单细胞RNA测序, 全基因组测序 | Illumina NovaSeq | 未提供具体平台配置细节 |
| 22 | 2026-06-13 |
A 3D morphogenetic blueprint for metastatic outgrowth in breast cancer
2026-Jun-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.03.009
PMID:41923644
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序、空间转录组学、AI支持的三维成像及小鼠功能研究,揭示了乳腺癌转移扩增的三维形态发生蓝图 | 首次发现转移性小梁形态发生程序(MTM)利用发育性分支形态发生构建三维小梁晶格结构,并鉴定ETV1/4/5为MTM的主调控因子 | 未提供具体局限性描述 | 阐明乳腺癌转移性扩增的组织水平形态发生过程 | 人类乳腺癌组织样本和小鼠模型中的转移灶及原发肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、三维成像、染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因表达数据、成像数据、染色质免疫沉淀测序数据 | 人类乳腺癌样本与小鼠模型,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-06-13 |
Long-acting IL-7 induces distinct transcriptomic features in peripheral T cells of patients with solid tumors
2026-Jun-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.203629
PMID:42012895
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研究论文 | 研究长效IL-7(rhIL-7-hyFc)对实体瘤患者外周T细胞的转录组影响 | 首次通过单细胞转录组学揭示长效IL-7对实体瘤患者外周T细胞的转录特征变化,发现二次给药后增殖和转录变化减弱,并检测到IL-7信号通路远端元件下调 | 未详细说明样本量大小及长期随访数据 | 探究长效重组人IL-7(rhIL-7-hyFc)对晚期实体瘤患者外周T细胞的分子机制 | 晚期实体瘤患者的外周T细胞 | 数字病理学 | 实体瘤(癌症) | 单细胞转录组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞转录组测序 |
| 24 | 2026-06-13 |
A conserved re-epithelialization program underlies malignancy in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Jun-08, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.03.021
PMID:42066759
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研究论文 | 通过高分辨率空间转录组学,识别了一个保守的上皮程序MP10,该程序标记了胰腺导管腺癌中的侵袭性癌细胞,并揭示了其与伤口愈合相关的机制 | 首次发现并描述了一个保守的上皮程序MP10,该程序在胰腺癌从原位癌向侵袭性癌转变中起关键作用,并阐明其与伤口边缘角质细胞再上皮化程序的相似性 | NA | 探究胰腺导管腺癌从原位癌向侵袭性癌转变的分子机制 | 人类和小鼠的胰腺导管腺癌细胞以及正常胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 图像(空间转录组数据) | NA(包含人类和小鼠样本) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学技术 |
| 25 | 2026-06-13 |
The architecture of salt tolerance: A multi-scale view of sodium transport in plants
2026-Jun-08, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101888
PMID:42116609
|
综述 | 本文整合经典方法和单细胞RNA测序数据,提供了植物中钠稳态的多尺度视图,探讨了从离子感知到组织水平分布的钠调控机制 | 利用公开的单细胞RNA测序数据集生成主要钠转运蛋白SOS1及其钙依赖性调控因子的细胞类型特异性表达谱,揭示双子叶植物(拟南芥)和单子叶植物(水稻)在离子调控上的关键差异,并将亚细胞定位和内膜运输机制整合到组织层面 | 未明确提及自身局限性,但依赖于公开数据集可能受限于数据质量和覆盖范围,且综述性质缺乏实验验证 | 综合理解植物如何通过离子感知、膜运输、亚细胞隔离和组织水平分布等机制调控钠稳态,以支持耐盐作物的开发 | 拟南芥和水稻中涉及钠转运的离子转运蛋白(如SOS1、HKTs)及其表达模式 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 公开可用的单细胞RNA测序数据集,具体样本数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-06-13 |
USP1-mediated lipophagy-lipogenesis axis drives cholangiocarcinoma progression and immune evasion
2026-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2026-015116
PMID:42259603
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示USP1介导的脂吞噬-脂肪生成轴驱动胆管癌进展和免疫逃逸的机制 | 首次发现USP1通过协调增强脂吞噬和脂肪生成,建立系统级代谢调控网络,促进长链不饱和脂肪酸积累,并通过FABP5优先被肿瘤相关巨噬细胞摄取,抑制细胞毒性T细胞活性,形成代谢-免疫串扰的正反馈环路 | 未在论文标题和摘要中明确提及局限性 | 阐明胆管癌中代谢重编程与免疫逃逸之间的分子联系,为开发靶向肿瘤微环境的疗法提供基础 | 胆管癌组织和细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 非靶向代谢组学, 下一代测序, 数据库分析, 蛋白质组学, 代谢表型实验, 单细胞RNA测序, Olink蛋白质组学, 流式细胞术, 多重免疫组化 | NA | 组学数据, 图像, 文本 | 未在论文标题和摘要中明确提及样本量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2026-06-13 |
Multi-omics and experimental evidence in human chondrocytes identify caspase-8 as a non-apoptotic regulator of inflammatory, senescent, and fibrotic signaling in osteoarthritis
2026-Jun-06, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-026-02985-y
PMID:42249421
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研究论文 | 通过多组学与实验证据,在人软骨细胞中确定caspase-8作为骨关节炎中炎症、衰老和纤维化信号的非凋亡调控因子 | 首次系统揭示caspase-8在骨关节炎软骨细胞中的非凋亡调控功能,整合多组学分析与功能验证,发现其作为炎症-衰老-纤维化信号中枢枢纽的作用 | 研究主要基于体外实验和公开数据集,需要进一步动物模型和临床试验验证;siRNA敲低后无明显效应,暗示可能存在补偿机制 | 探究caspase-8在骨关节炎发病机制中的非凋亡调控作用及其治疗潜力 | 人类骨关节炎软骨细胞 | 机器学习和生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 定量蛋白质组学, 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 空间转录组数据 | 多个公开数据集(GSE168505, GSE246425, GSE287861, GSE26475, GSE254844, GSE255460)及体外细胞实验 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 28 | 2026-06-13 |
Human microglial transitions at the Aβ-tau inflection point associate with divergent pathways to dementia and resilience
2026-Jun-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-026-04393-8
PMID:42243549
|
research paper | 结合空间转录组学和单细胞核RNA测序,研究了八旬老人和百岁老人大脑中Aβ和tau诱导的小胶质细胞状态转变与痴呆或认知韧性相关的机制 | 首次在人类大脑中识别出Aβ- tau拐点处的六个组织域,并发现小胶质细胞从早期炎症状态向晚期抗原呈递状态的转变与痴呆韧性机制相关联 | 样本量有限且仅聚焦于前额叶皮层,未能涵盖其他脑区或不同年龄段的广泛变化 | 探索阿尔茨海默病中Aβ和tau诱导的细胞反应机制,并揭示认知韧性相关的病理模式 | 八旬老人(有或无痴呆)和认知完好的百岁老人脑组织样本 | spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学, 单细胞核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括八旬老人(有或无痴呆)和百岁老人等多个样本组,具体数量文中未明确说明 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 空间转录组学采用10x Visium技术,单细胞核RNA测序采用10x Chromium平台 |
| 29 | 2026-06-13 |
Spatiotemporal regulation of arbuscular mycorrhizal symbiosis at cellular resolution
2026-Jun-02, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koag133
PMID:42108419
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研究论文 | 通过单细胞分辨率的空间转录组学和阶段特异性TRAP-seq,揭示了水稻中丛枝菌根共生在细胞水平上的时空动态调控 | 首次结合单细胞空间转录组学与阶段特异性翻译核糖体亲和纯化RNA测序(TRAP-seq),在细胞水平上解析了丛枝菌根共生中真菌结构转录活性、植物细胞身份重编程以及乔木细胞隐藏功能异质性 | 研究主要关注转录和翻译层面的调控,未涉及蛋白质组或代谢组分析,且仅以水稻为模型,物种适用性需进一步验证 | 阐明丛枝菌根共生在细胞水平上的时空动态调控机制,特别是营养交换和真菌发育的协调 | 水稻(Oryza sativa)根被根内球囊霉(Rhizophagus irregularis)定殖的样本 | 机器学习和数字病理学(因涉及单细胞数据分析) | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序、TRAP-seq | NA | 基因表达数据(转录组和翻译组) | 水稻根被真菌定殖的样本,但具体样本数量未明确 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,TRAP-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞转录组文库构建,Illumina NovaSeq用于测序;TRAP-seq使用阶段特异性启动子驱动的核糖体亲和纯化 |
| 30 | 2026-06-13 |
Unveiling the impact of electroacupuncture on retinal cells in myopic guinea pigs via single-cell sequencing
2026-Jun, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.110954
PMID:41780836
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研究论文 | 利用单细胞测序揭示电针对近视豚鼠视网膜细胞的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统揭示电针对近视豚鼠视网膜中多种细胞类型(如Müller胶质细胞、视锥细胞和小胶质细胞)的功能调控机制 | 未说明研究的局限性 | 探究电针干预对近视豚鼠视网膜细胞功能特性的影响 | 近视豚鼠模型中的视网膜细胞 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-06-13 |
High MAP3K6 expression in spinal cord injury tissues enhances neuronal apoptosis: insights from multi-omics data integrating WGCNA, machine learning and experimental validation
2026-Jun, The International journal of neuroscience
DOI:10.1080/00207454.2026.2639364
PMID:41782555
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研究论文 | 通过多组学分析结合WGCNA、机器学习和实验验证,发现MAP3K6高表达促进脊髓损伤后神经元凋亡 | 首次通过整合WGCNA、机器学习及单细胞RNA测序多组学方法,识别并实验验证MAP3K6作为脊髓损伤的关键调控因子和潜在诊断标志物 | NA | 鉴定脊髓损伤的可靠生物标志物,并揭示其分子机制 | 脊髓损伤组织中的差异表达基因及关键调控因子MAP3K6 | 机器学习 | 脊髓损伤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 随机森林, WGCNA | 基因表达数据 | GSE226238数据集(脊髓损伤组与对照组)及独立验证集GSE151371 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-06-13 |
Locus-Specific Human Endogenous Retrovirus ERVK18 Expression Indicates an Inflamed Microenvironment and Favorable Immunotherapy Outcome in Small Cell Lung Cancer
2026-Jun-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3302
PMID:41784525
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research paper | 本研究探讨了人类内源性逆转录病毒ERVK18在小细胞肺癌中的表达与免疫治疗预后的关系 | 首次发现位点特异性ERVK18转录本可作为小细胞肺癌免疫治疗的预后和预测性生物标志物 | NA | 探究ERVK18表达与SCLC免疫微环境及免疫治疗结局的关联 | 小细胞肺癌患者 | machine learning | lung cancer | RNA-seq, single-cell RNA sequencing, IHC, RNA-fluorescence in situ hybridization | NA | gene expression data, image | IMpower133队列271例,PKUPH队列40例,组织微阵列48例 | 10x Genomics | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | 10x Chromium, PhenoCycler-Fusion | TELESCOPE分析ERVK表达,10x Chromium单细胞RNA测序,PhenoCycler-Fusion多重免疫组化 |
| 33 | 2026-06-13 |
A proliferative subpopulation of coelomocytes in sea cucumber is identified and characterized by single-cell RNA-seq after evisceration
2026-Jun, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111262
PMID:41796696
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定并表征海参排脏后体腔细胞中具有增殖能力的亚群 | 首次通过scRNA-seq全面分析海参体腔及水管系统中的体腔细胞亚群,并发现排脏后一个具有增殖能力的亚群(簇10)在体腔和水管系统中表现出不同的分化潜力与动态变化 | 研究主要基于单细胞转录组分析,缺乏对簇10亚群增殖和分化能力的体内功能验证;另外,排脏后体腔细胞恢复的具体分子机制尚未完全阐明 | 研究海参排脏后体腔细胞在体腔和水管系统中的恢复机制,特别是增殖亚群的鉴定和功能表征 | 仿刺参(Apostichopus japonicus)的体腔细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 海参体腔细胞样本(具体数量未提及) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-06-13 |
Integrative assessment of gamete and embryo quality in porcine in vitro production: A comprehensive review
2026-Jun, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2026.101207
PMID:41797246
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综述 | 全面梳理猪体外胚胎生产中配子与胚胎质量评估的现有方法,整合其他哺乳动物模型见解,探讨物种特异性挑战与未来发展方向 | 提出将先进成像、代谢组学、单细胞转录组学等新兴技术整合到猪IVP质量评估中,并强调建立多参数数据驱动框架和物种特异性生物标志物 | 现有评估方法缺乏标准化、客观标准,新兴技术在实际应用中验证不足且缺乏实验室间标准化,成本效益和重现性仍需进一步验证 | 系统总结猪体外胚胎生产中配子和胚胎质量评估方法,为建立标准化、客观评估体系提供综合见解 | 猪的卵母细胞、精子和体外胚胎 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、代谢组学、先进成像 | 机器学习、人工智能 | 影像、组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 35 | 2026-06-13 |
Clu+ transitional alveolar epithelial cells promote lung injury repair and fibrosis progression
2026-Jun, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70389
PMID:41797553
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别一种称为再生肺泡上皮细胞的中间亚群,该亚群在肺损伤后14天达到峰值,并在肺损伤修复和纤维化进展中发挥重要作用 | 首次鉴定出Clu+过渡性肺泡上皮细胞(RAEs)作为AT2和AT1细胞之间的中间状态,并揭示其通过与活化成纤维细胞相互作用调节细胞外基质分泌的机制 | 未提及具体研究局限性 | 研究过渡性细胞群在肺损伤炎症向纤维化进展过程中的作用 | 小鼠肺损伤模型和人类肺纤维化组织样本以及MRC-5细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、免疫印迹、苏木精-伊红染色、功能分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类肺纤维化组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-06-13 |
Expression of CD25 in human lung mast cells and its regulation by IL-33
2026-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.03.003
PMID:41825599
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研究论文 | 研究IL-33对纯化的人肺肥大细胞中CD25表达的调控作用 | 首次揭示IL-33通过诱导CD25和CD132表达但不上调CD122,导致肥大细胞虽增强IL-2结合但缺乏IL-2介导的信号传导 | 仅关注IL-33对CD25的调控,未探讨其他可能调控因子;单细胞测序数据来自公开数据集,可能不完全匹配实验条件 | 探究IL-33对人肺肥大细胞中CD25表达的调控机制 | 纯化的人肺肥大细胞 | 机器学习 | 肺癌 | RNA测序, 实时定量PCR, 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 文本 | 多个纯化的人肺肥大细胞样本,具体数量未报告 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2026-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity and immune microenvironment in lymphatic metastasis of head and neck squamous cell carcinoma
2026-Jun, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00392-4
PMID:41839993
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析头颈部鳞状细胞癌淋巴转移中的异质性和免疫微环境 | 首次对头颈部鳞状细胞癌的淋巴结转移组织和正常淋巴结组织进行单细胞RNA测序比较分析,并构建了基于INHBA、SFRP2、SPP1和IFI27表达的预后模型 | 仅涉及7个淋巴结转移组织和5个非转移组织样本,样本量有限 | 研究头颈部鳞状细胞癌淋巴转移的细胞异质性和免疫微环境,并构建预后模型 | 头颈部鳞状细胞癌患者的淋巴结转移组织和正常淋巴结组织 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因表达数据 | 7个淋巴结转移组织和5个非转移组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-06-13 |
Platelet hyperactivation drives oxidized mitochondrial DNA-induced neutrophil extracellular traps formation in biliary atresia
2026-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101832
PMID:41856250
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研究论文 | 本研究揭示了血小板过度激活驱动胆道闭锁中氧化线粒体DNA诱导的中性粒细胞胞外陷阱形成及其机制 | 首次阐明血小板过度激活通过释放氧化线粒体DNA促进中性粒细胞胞外陷阱形成的免疫环路,并验证了靶向S100A8/A9的小分子抑制剂paquinimod在该疾病中的治疗潜力 | 未提及具体局限性 | 探讨血小板过度激活是否促进胆道闭锁中NET介导的炎症反应,并评估靶向S100A8/A9的治疗潜力 | 胆道闭锁患者外周血小板、中性粒细胞及RRV注射小鼠模型 | 数字病理学 | 胆道闭锁 | 单细胞RNA测序、细胞共培养实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 435例胆道闭锁患者(其中236例血小板计数升高)及RRV注射小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'文库制备 |
| 39 | 2026-06-13 |
scResponse: A Rank-Based Method for Identifying Cell States That Contribute to Immunotherapy Response by Single-Cell Data
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524397
PMID:41869876
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研究论文 | 提出了一种基于秩的方法scResponse,通过单细胞数据识别对免疫治疗有响应的细胞状态 | 首次开发了能够量化单细胞水平免疫治疗响应的算法,并发现了乙醛酸和二羧酸代谢的免疫治疗敏化作用以及视黄醇代谢的抑制作用 | 结果未在更大规模或更多样化的数据集中验证,可能缺乏独立的外部验证 | 开发一种有效方法,将免疫治疗疗效映射到单细胞状态,以揭示机制见解并发现新的免疫治疗增敏靶点 | 肿瘤细胞、血管细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞、成纤维细胞等不同细胞亚型和状态 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种癌症类型的整合分析,以及使用肿瘤-CD8 T细胞共培养实验和小鼠模型进行验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-06-13 |
A single-cell atlas of the human airways from patients with allergic rhinitis comorbid with asthma
2026-Jun, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2026.03.013
PMID:41887463
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析过敏鼻炎合并哮喘患者气道不同区域的细胞图谱 | 首次对过敏鼻炎合并哮喘患者上、下气道不同微解剖区域的刷检样本进行单细胞RNA图谱构建,揭示了慢性炎症下气道细胞谱的相似变化及GZMA-PARD3通路破坏气道上皮屏障的机制 | 未明确提及研究局限性,但可能包括样本量有限或体外实验的局限性 | 探究过敏鼻炎合并哮喘患者上、下气道细胞群体分布和转录变化 | 过敏鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻和支气管刷检细胞 | 机器学习 | 过敏鼻炎, 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 过敏鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻和支气管刷检细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |