单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-11	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Sep-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	本研究通过跨物种空间多组学分析，揭示了IPMN相关胰腺癌中长链硫酸酯富集作为可操作的代谢脆弱性	首次发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮选择性富集，并证明UGT8抑制可通过神经酰胺介导的线粒体自噬和凋亡通路发挥抗癌作用	样本量较小（n=23），主要依赖小鼠模型验证机制，临床转化潜力需进一步评估	揭示IPMN恶性进展为胰腺导管腺癌（PDAC）的生化与分子驱动机制	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢研究	胰腺癌	MALDI质谱成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9、siRNA、药理学抑制	NA	空间代谢组数据、空间转录组数据、功能实验数据	23例人类组织样本及小鼠模型组织
22	2025-09-11	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-Sep-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	研究论文	利用单细胞多组学和空间转录组学解析神经母细胞瘤发育可塑性的转录和表观遗传调控机制	识别了高危神经母细胞瘤中关键的发育中间状态和表观遗传预编程，揭示了调控eGRNs的转录因子可作为干预靶点	NA	解析神经母细胞瘤发育可塑性和肿瘤异质性的调控机制	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本中的神经母细胞瘤	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞多组学数据, 空间转录组数据	NA
23	2025-09-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型及其微环境特征	首次系统描绘了不同神经侵袭状态下的细胞组成、谱系动态和空间组织，并鉴定出新型NRP2成纤维细胞群体、三种施万细胞亚型以及具有高神经侵袭潜力的恶性亚群	样本量相对有限（25例患者62个样本），需进一步验证临床转化价值	探究胰腺癌神经侵袭的微环境机制和细胞相互作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织样本	空间转录组学	胰腺癌	sc/snRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	25例患者的62个样本
24	2025-09-11	Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005 PMID:40578362	研究论文	提出一种名为RECODR的计算流程，通过分析基因共表达上下文变化来识别癌症治疗耐药机制并发现药物靶点	首次结合单细胞RNA测序的共表达图网络与图嵌入方法，测量治疗过程中基因共表达上下文的变化而非仅表达水平	NA	预测和克服癌症治疗耐药性，设计有效联合治疗方案	癌症细胞（脉络丛癌、髓母细胞瘤、三阴性乳腺癌）	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 图嵌入	图网络	基因表达数据	临床前和临床试验中的肿瘤样本（具体数量未说明）
25	2025-09-11	Integration of network toxicology, machine learning and single-cell sequencing reveals the effects of soil pollutants on prostate cancer 2025-Sep-08, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119010 PMID:40925179	研究论文	整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序技术，研究土壤污染物通过关键分子靶点DNMT1和mTOR影响前列腺癌的机制	首次结合网络毒理学、101种机器学习算法和单细胞测序，系统揭示土壤污染物与前列腺癌的分子关联	研究主要基于计算和数据库分析，实验验证部分有限	探究土壤污染物促进前列腺癌发展的分子机制	前列腺癌（PRAD）及相关分子靶点	生物信息学	前列腺癌	网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习	多种机器学习算法（未指定具体模型）	基因组数据、蛋白质互作数据、单细胞表达数据	分析10种土壤污染物，识别242个潜在靶点和26个风险分子
26	2025-09-11	The ferroptosis-associated gene TIMP1 facilitates skin scar formation through the interaction with CST3 in fibroblasts 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115496 PMID:40925202	研究论文	本研究揭示铁死亡相关基因TIMP1通过与CST3相互作用促进皮肤瘢痕形成的分子机制	首次发现TIMP1通过调控铁死亡过程促进成纤维细胞分化，并构建了'成纤维细胞-巨噬细胞'双向调控网络	NA	探究皮肤瘢痕形成的调控机制并寻找潜在治疗靶点	人皮肤成纤维细胞和巨噬细胞	分子生物学	皮肤瘢痕	Bulk-RNA seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外共培养实验	NA	RNA测序数据, 细胞实验数据	NA
27	2025-09-11	Repurposing zafirlukast confers renal protection in ischemia-reperfusion injury via suppressing macrophage METosis 2025-Sep-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115459 PMID:40925201	研究论文	本研究重新利用哮喘药物zafirlukast（ZFK）在小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型中显示肾脏保护作用，通过抑制巨噬细胞METosis机制	首次证明ZFK通过靶向抑制巨噬细胞胞外诱捕网形成（METosis）来保护肾脏免受缺血再灌注损伤，并揭示其通过CysLT1R拮抗作用下调PAD4和CitH3表达的新机制	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证；未详细探讨长期用药安全性	开发更安全的移植后急性肾损伤治疗药物，替代具有肾毒性的他克莫司	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型，巨噬细胞	肾脏病学	急性肾损伤	RNA测序，免疫荧光，流式细胞术，单细胞转录组学	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明），Tabula Muris和人类数据库单细胞数据
28	2025-09-11	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-08, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中识别组织架构模式并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构模式，并创新性地将其与基因表达关联，提升空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来链接细胞状态与微环境，并跨样本比较这些关系	多样本空间转录组数据集	数字病理学	NA	空间转录组学	CNN	空间基因表达数据	NA
29	2025-09-11	Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma 2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504 PMID:40925436	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶（DLST）通过代谢和表观遗传机制促进皮肤黑色素瘤侵袭的作用	首次发现DLST与组蛋白去甲基化酶KDM4C相互作用，增强其活性并促进H3K9和H3K27去甲基化，从而驱动黑色素瘤进展	NA	探究DLST在黑色素瘤中的表达与预后关系及其功能机制	皮肤黑色素瘤患者及肿瘤细胞	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA沉默、共免疫沉淀、免疫荧光	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
30	2025-09-11	Piezo1 promotes M1 macrophage polarization and impairs osteogenic differentiation in bone infection 2025-Sep-07, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.168042 PMID:40925468	研究论文	本研究探讨Piezo1在骨感染中通过促进巨噬细胞M1极化并损害成骨分化来调控骨再生的机制	首次揭示Piezo1在骨感染微环境中介导巨噬细胞与骨髓间充质干细胞间串扰的新作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明Piezo1在骨感染过程中对巨噬细胞极化和骨再生障碍的调控作用	大鼠感染性骨缺损模型、人类感染骨组织、小鼠单核巨噬细胞和骨髓间充质干细胞	骨生物学	骨感染	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、间接共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠模型、人类骨组织样本及小鼠细胞系
31	2025-09-11	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及其在恶性胶质瘤免疫治疗中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬胶质瘤细胞的巨噬细胞存在转录异质性，并发现联合治疗可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	阐明放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和激活状态的调控机制	人源和小鼠胶质瘤细胞系、外周血单核细胞来源及骨髓来源巨噬细胞	肿瘤免疫学	恶性胶质瘤（包括弥漫中线胶质瘤和胶质母细胞瘤）	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位移植和同系小鼠模型	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	多个人源和小鼠胶质瘤细胞系，以及小鼠模型（具体数量未明确说明）
32	2025-09-11	Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response 2025-Sep-05, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	本研究通过机器学习构建了一个基于肠胶质细胞相关基因的预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠胶质细胞(EGC)和结直肠癌相关基因表达，利用随机森林算法构建预后模型，并揭示其与免疫微环境和治疗反应的关联	需要进一步验证才能应用于临床	开发和验证一个预后模型来预测结直肠癌患者的生存、复发、转移和治疗反应	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	RSF随机森林	基因表达数据	NA
33	2025-09-11	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep-02, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	使用多供体人类肝脏球体模型评估全氟烷基物质（PFAS）对肝脏健康的影响	首次在多细胞类型人类肝脏球体模型中结合单细胞RNA测序和脂质染色，揭示PFAS的化合物和性别特异性肝毒性机制	研究仅使用体外模型，未进行体内验证；浓度固定为20µM，可能无法反映真实环境暴露水平	阐明不同PFAS化合物导致人类肝脏功能障碍的具体细胞和分子机制	多供体人类肝脏球体模型（包含多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质染色	NA	基因表达数据、成像数据	多供体人类肝脏球体（具体数量未明确说明）
34	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞类型、基因调控模块和空间分布，并鉴定与人类去势抵抗性前列腺癌相关的细胞亚群和转录特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大	探究前列腺癌去势治疗抵抗的细胞基础和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序、单细胞多组学、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	小鼠前列腺多叶组织及人类前列腺癌meta分析数据
35	2025-09-11	Single-cell analysis of Barrett's esophagus and carcinoma reveals cell types conferring risk via genetic predisposition 2025-Sep-02, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100980 PMID:40925382	研究论文	通过单细胞RNA测序分析巴雷特食管和食管腺癌，揭示遗传易感性相关的风险细胞类型	首次整合单细胞RNA测序与全基因组关联数据，识别特定细胞类型及过程在疾病发展中的作用	NA	确定巴雷特食管和食管腺癌的细胞类型特异性遗传风险及相关细胞过程	巴雷特食管、食管腺癌及配对正常组织	单细胞组学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
36	2025-09-11	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文回顾了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统总结了μST技术在细胞和亚细胞尺度实现空间转录组图谱构建的最新突破，并提出了整合多组学与人工智能分析的新方向	存在每个空间单元转录本检测稀疏、数据跨平台碎片化以及缺乏可扩展且通用的分析方法等问题	探讨显微分辨率空间转录组学的机遇与挑战，推动该领域的技术发展和应用	空间转录组学技术及其在组织样本中的应用	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	人工智能（AI）驱动的空间分析	空间转录组数据	NA
37	2025-09-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Sep, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能表现	首次系统评估MGI Tech平台在异质性癌症样本单细胞RNA测序中的应用效果	仅基于三个癌症样本进行分析，样本规模有限	验证不同测序平台对单细胞转录组分析结果的影响	人类癌症样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	三个人类癌症样本
38	2025-09-11	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究探讨衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍	首次揭示衰老小胶质细胞通过突触过度吞噬导致认知功能障碍的具体机制，并验证senolytic药物ABT-737的治疗潜力	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；机制研究主要聚焦海马CA1区	阐明衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠模型的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳、Western blot、免疫荧光	NA	基因表达数据、电生理数据、蛋白质表达数据、行为学数据	采用C57BL/6J小鼠建立神经炎症模型，具体样本量未明确说明
39	2025-09-11	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学在组织HIV研究中的应用、技术平台选择及分析流程	提出空间转录组学分析HIV组织持久性的创新工作流程，包括高分辨率RNA捕获和多组学整合方法	靶向捕获中目标数量增加可能降低灵敏度，且多组学平台整合仍在进行中	揭示HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV/AIDS	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白捕获、T细胞受体测序	NA	空间RNA表达数据	NA
40	2025-09-11	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Sep, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤微环境中壁细胞的转录异质性，揭示其基于肿瘤邻近性的免疫功能差异	首次发现壁细胞在肿瘤内部和边缘区域具有空间依赖的转录组特征和免疫调节功能差异	研究主要基于小鼠和人类样本的测序数据，功能验证实验有待进一步深入	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞与免疫细胞的相互作用机制	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本（具体数量未明确说明）