单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-03	Exploring the Genetic Landscape of Psoriatic Arthritis: A Narrative Review of Recent Genomic Studies 2025-Aug-01, The Journal of rheumatology IF:3.6Q2 DOI:10.3899/jrheum.2025-0273 PMID:40750314	review	本文回顾了银屑病关节炎（PsA）基因组学的最新研究进展，重点关注可能具有临床意义的基因组变异	综述了PsA基因组学的最新进展，包括转录谱分析、单细胞测序和空间组学等新兴技术的应用	目前尚无针对PsA管理的基因检测方法	探讨PsA的基因组基础及其在早期诊断和治疗导向中的潜力	银屑病关节炎（PsA）患者及其基因组数据	基因组学	银屑病关节炎	NGS, 单细胞测序, 空间组学	NA	基因组数据	大规模基因组数据集
22	2025-08-03	Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280155.124 PMID:40750330	研究论文	本研究通过大规模中国人群队列和欧洲人群队列，首次全面研究了表观遗传漂变的规模及其与衰老的生物学意义	首次开发了表观遗传漂变评分（EDS）来量化个体漂变负担，并揭示了表观遗传漂变与转录变异性、代谢特征和遗传决定因素的关系	研究主要基于中国和欧洲人群，可能无法完全代表其他种族或人群的表观遗传漂变特征	探究表观遗传漂变的规模、生物学意义及其在人类衰老中的作用	中国和欧洲人群的DNA甲基化数据	表观遗传学	衰老相关疾病	850K EPIC阵列、单细胞RNA-seq、GWAS	White's test	DNA甲基化数据、转录组数据、脂质组数据	中国队列3,538人，验证队列中国1,467人，欧洲956人
23	2025-08-03	Dynamical systems theory as an organizing principle for single-cell biology 2025-Aug-01, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00565-3 PMID:40750599	研究论文	本文探讨了动力系统理论作为单细胞生物学组织原则的潜力	提出动力系统理论作为解释单细胞基因表达数据的统一理论框架	未具体说明理论框架在实际应用中的具体实施方法和验证结果	为单细胞基因表达数据提供可解释、因果性和定量化的分析视角	单细胞转录组数据	单细胞生物学	NA	单细胞转录组学	动力系统理论	基因表达数据	NA
24	2025-08-03	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Aug-01, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究探讨了骨髓免疫生态系统在多发性骨髓瘤中对达雷妥尤单抗获得性耐药的影响	通过单细胞RNA测序和数字空间分析揭示了获得性耐药时免疫细胞组成和功能的变化，并发现MYC调控是获得性耐药的关键因素	研究样本量有限，且主要依赖体外和动物实验验证	探究多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的机制	多发性骨髓瘤患者样本和骨髓免疫生态系统	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 数字空间分析(DSP)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	配对治疗前和获得性耐药样本, 4个外部队列(GSE24080, GSE136337, GSE57317, coMMpass)
25	2025-08-03	Single-cell spatial atlas of smoking-induced changes in human gingival tissues 2025-Aug-01, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00385-5 PMID:40750693	研究论文	本研究利用Visium HD单细胞空间转录组学技术，分析了吸烟对人类牙龈组织的影响，揭示了吸烟如何通过破坏上皮屏障完整性、诱导成纤维细胞改变和失调成纤维细胞-上皮细胞通讯来加剧牙周炎	首次在单细胞分辨率下构建了吸烟引起的人类牙龈组织变化的空间图谱，并发现靶向内皮CXCL12信号通路可减轻吸烟相关牙周炎的炎症反应和牙槽骨吸收	样本量较小(仅12人)，且未考虑其他可能影响牙周炎的因素	探究吸烟导致牙周炎的具体分子机制	人类牙龈组织	数字病理学	牙周炎	Visium HD单细胞空间转录组学	NA	空间转录组数据	12人(包括牙周炎患者、吸烟相关牙周炎患者和健康对照)
26	2025-08-03	Integrative single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the functions of TREM2high macrophages and infarct border dynamics post-myocardial infarction 2025-Aug-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05317-9 PMID:40750734	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序技术，探究了心肌梗死后的复杂细胞和分子动态变化	结合多种测序技术和计算工具，揭示了TREM2高表达巨噬细胞的功能及梗死边缘动态变化，强调了TREM2在心肌细胞存活中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析心肌梗死后免疫细胞时空动态变化及其调控网络	小鼠心肌梗死模型和体外培养的心肌细胞与巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, 免疫组化, 免疫荧光	Monocle2, CellPhoneDB, NicheNet, SCENIC	RNA测序数据, 图像数据	小鼠心肌梗死模型和体外细胞培养实验
27	2025-08-03	Aberrant pace of cortical neuron development in brain organoids from patients with 22q11.2 deletion syndrome-associated schizophrenia 2025-Aug-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62187-x PMID:40750773	研究论文	研究通过大脑皮质类器官揭示了22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者皮质神经元发育的异常	首次在22q11.2缺失综合征相关精神分裂症患者的皮质类器官中发现细胞类型特异的发育异常，并揭示了DGCR8单倍体不足通过调控成熟速度基因的失调对这些异常的影响	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映体内大脑发育的复杂性	探究22q11.2缺失如何改变早期人类大脑发育，以及其与精神分裂症风险的关联	22q11.2缺失综合征和精神分裂症患者的皮质类器官	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序，微RNA分析，蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	大脑皮质类器官模型	单细胞转录组数据，微RNA表达数据	来自22q11.2缺失综合征和精神分裂症患者的皮质类器官样本
28	2025-08-03	Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Aug-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11923-0 PMID:40750841	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
29	2025-08-03	Dihydroartemisinin enhances remyelination by switching microglia to the reparative phenotype 2025-Aug-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03510-7 PMID:40750890	研究论文	研究双氢青蒿素（DHA）通过调节小胶质细胞表型促进髓鞘再生的机制及其在神经退行性疾病中的潜在应用	首次证明DHA通过促进小胶质细胞向修复表型转变，增强髓鞘再生和神经功能恢复	研究主要基于动物模型，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索DHA在促进髓鞘再生中的作用及其机制	慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型和铜宗（CPZ）诱导的脱髓鞘模型	神经科学	多发性硬化症	单细胞测序、小胶质细胞耗竭实验、体外和体内实验	EAE模型、CPZ模型	实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及EAE和CPZ模型
30	2025-08-03	Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke 2025-Aug-01, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05237-1 PMID:40751033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了右美托咪定在缺血性卒中中通过免疫微环境重编程发挥神经保护作用的机制	首次结合多组学方法（RNA-seq、代谢组学和单细胞RNA-seq）阐明右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态的神经保护机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探究右美托咪定在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	大脑中动脉闭塞（MCAO）小鼠模型	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA-seq、RNA-seq、代谢组学	小鼠MCAO模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明实验动物数量
31	2025-08-03	Dual-expression (primitive enterocyte phenotype and neuroendocrine differentiation) gastric adenocarcinoma: the unique high-aggressive subtype 2025-Aug-01, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04191-6 PMID:40751090	research paper	该研究探讨了具有原始肠上皮细胞表型和神经内分泌分化双重表达的胃腺癌（DEGA）的临床病理特征及其预后	首次明确了DEGA作为一种独特的、高侵袭性的胃腺癌亚型，具有独特的分子特征和临床行为	样本量相对较小（186例），且为单中心研究	揭示DEGA亚型的临床病理特征、分子机制及其对预后的影响	胃腺癌患者（186例GAPEP患者）	肿瘤学	胃癌	免疫组化、单细胞RNA测序、体外实验	NA	临床数据、mRNA表达数据、蛋白质表达数据	186例胃腺癌患者（77例DEGA，109例nDEGA）
32	2025-08-03	Single-cell transcriptomics reveals biomarker heterogeneity linked to CDK4/6 Inhibitor resistance in breast cancer cell lines 2025-Jul-31, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00803-1 PMID:40738893	研究论文	通过单细胞转录组学揭示乳腺癌细胞系中与CDK4/6抑制剂耐药性相关的生物标志物异质性	首次在单细胞水平上展示了CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物和通路的显著异质性，并提出了一个潜在的耐药性特征	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究乳腺癌细胞系中CDK4/6抑制剂耐药性的生物标志物异质性	七种未接触过palbociclib的luminal乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	七种乳腺癌细胞系及其耐药衍生细胞
33	2025-08-03	Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells 2025-Jul-31, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000 PMID:40748762	研究论文	本文介绍了一种从小鼠肠道中分离高度纯化的隐窝上皮细胞进行单细胞RNA测序的协议，并展示了其在肠道干细胞数据集中的应用	提出了一个优化的单细胞RNA测序协议，并引入了ACDC这一高效的Python包，用于自动化基于图的细胞群体聚类	协议主要针对小鼠空肠优化，虽然可以适应其他肠道区域，但可能需要额外调整	开发并验证一个高效的单细胞RNA测序数据分析流程，用于识别细胞群体	小鼠肠道隐窝上皮细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于图的聚类	基因表达数据	NA
34	2025-08-03	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Jul-31, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	research paper	本研究探讨了semaglutide通过AnxA2介导的MMP-9激活和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中视网膜血管通透性破坏的机制	揭示了semaglutide通过上调内皮AnxA2激活MMP-9降解病理增厚的基底膜并改善视网膜血管通透性破坏的葡萄糖非依赖性血管保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究semaglutide在糖尿病视网膜病变中的保护机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型	糖尿病视网膜病变研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光和免疫组化	小鼠糖尿病模型	组织病理学、血管通透性、超微结构数据	糖尿病小鼠模型
35	2025-08-03	Isorhapontigenin alleviates pulmonary fibrosis by inhibiting oxidative stress-induced senescence via STAT3/PRDX2 signals in alveolar epithelial cells 2025-Jul-31, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115287 PMID:40749611	研究论文	本文研究了异鼠李素通过抑制氧化应激诱导的衰老来缓解肺纤维化的作用机制	发现异鼠李素通过STAT3/PRDX2信号通路抑制氧化应激诱导的肺泡上皮细胞衰老，为肺纤维化治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和BEAS-2B细胞，尚未进行临床试验	探索异鼠李素在肺纤维化治疗中的作用机制	肺泡上皮细胞和肺纤维化组织	生物医学	肺纤维化	网络药理学、蛋白质组学、分子对接、DARTS分析、LC-MS/MS、单细胞测序	小鼠模型和BEAS-2B细胞模型	蛋白质组学数据和单细胞测序数据	未明确提及样本数量，但使用了小鼠模型和BEAS-2B细胞
36	2025-08-03	Comprehensive analysis of cholesterol metabolism-related genes in prostate cancer: integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Jul-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03294-5 PMID:40736630	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与胆固醇代谢基因相关的预后特征，用于预测前列腺癌患者的预后	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，构建胆固醇代谢基因相关的预后特征，并探索其生物学、临床和治疗意义	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	构建和验证一个胆固醇代谢基因相关的预后特征，以预测前列腺癌患者的预后	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	RNA测序, 单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	TCGA PRAD数据集及三个外部队列
37	2025-08-03	Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity 2025-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61829-4 PMID:40738880	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠新皮质中五种星形胶质细胞亚型的分子特征、空间分布和功能，并追踪了它们的双谱系起源	首次发现并验证了星形胶质细胞多样性的双谱系起源机制，明确了Olig2在谱系特化中的关键作用	研究仅聚焦于小鼠新皮质区域，人类或其他脑区的适用性尚待验证	揭示星形胶质细胞多样性形成的发育机制	小鼠新皮质中的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, TrackerSeq	NA	基因表达数据	小鼠新皮质星形胶质细胞（五种亚型）
38	2025-08-03	CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data 2025-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06214-0 PMID:40739171	研究论文	本文介绍了一种名为CYCLONE的新方法，用于通过循环对比学习网络整合单细胞基因表达数据	CYCLONE通过循环更新MNN对和结合KNN对来增强正样本对的置信度，同时避免批次效应的过度校正，保留批次特异性信息	NA	整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应，提高细胞聚类准确性	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	循环对比学习网络, VAE	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集
39	2025-08-03	Comprehensive insight on immune landscape in intracerebral hemorrhage patients with single-cell RNA sequencing: from blood to hematoma 2025-Jul-30, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03518-z PMID:40739271	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了脑出血患者血肿和血液样本中免疫细胞的转录组特征	首次从血肿样本中研究脑出血患者的免疫细胞转录组特征，并揭示了Toll样受体4在脑出血中的作用	样本量较小（4名脑出血患者和3名健康志愿者）	探究脑出血患者血肿和血液中免疫细胞的转录组特征及其在疾病中的作用	脑出血患者的血肿和血液样本，以及健康志愿者的血液样本	单细胞转录组学	脑出血	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	4名脑出血患者和3名健康志愿者
40	2025-08-03	CanCellCap: robust cancer cell capture across tissue types on single-cell RNA-seq data by multi-domain learning 2025-Jul-30, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02337-1 PMID:40739511	研究论文	提出了一种名为CanCellCap的多领域学习框架，用于在单细胞RNA测序数据中跨组织类型识别癌细胞	结合领域对抗学习和专家混合模型，同时提取不同组织中基因表达谱的共同和特定模式，并通过掩蔽-重建策略适应不同测序平台的数据	未明确提及具体局限性	开发一个鲁棒且准确的框架，用于跨平台、组织类型和癌症类型识别癌细胞	单细胞RNA测序数据中的癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多领域学习框架(结合领域对抗学习和Mixture of Experts)	单细胞RNA测序数据	在13种组织类型、23种癌症类型和7种测序平台的33个基准数据集上进行测试