单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-16	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-13, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在淋巴结转移克隆进化中的关键作用	未明确说明样本量的具体数量或研究的时间跨度	研究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和潜在机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其淋巴结转移样本	肿瘤学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	NA
22	2025-06-16	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因在脓毒症相关急性肾损伤(SA-AKI)中的表达模式及功能作用	首次系统研究了乳酰化修饰在SA-AKI中的作用机制，鉴定了关键基因PECR和TP53I3及其与免疫调节的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索乳酰化相关基因在SA-AKI中的分子机制	脓毒症相关急性肾损伤患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(Lasso回归和随机森林)	Lasso回归、随机森林	转录组数据	GSE232404数据集中的SA-AKI样本
23	2025-06-16	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	研究论文	通过生物信息学分析全面评估SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析SELPLG在不同癌症类型和阶段的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后和治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达	生物信息学	多种癌症	生物信息学分析、单细胞测序、基因集富集分析(GSEA)	Cox比例风险回归模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据、突变数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
24	2025-06-16	High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages 2025-Jun-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064 PMID:40513332	research paper	本研究探讨了ELK3在神经胶质瘤预后中的作用及其与IDH1状态和肿瘤免疫浸润的关系	首次发现ELK3表达与IDH1野生型神经胶质瘤相关，并揭示了ELK3通过促进M2巨噬细胞浸润在肿瘤免疫微环境中的调控作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究ELK3在神经胶质瘤预后评估和免疫浸润调控中的作用机制	神经胶质瘤组织和相关公共数据库数据	肿瘤生物学	神经胶质瘤	生物信息学分析、免疫组织化学(IHC)、RT-qPCR、Western blotting、免疫共培养	预后诺模图(nomogram)	基因表达数据、蛋白质表达数据、临床数据	TCGA队列数据及验证队列
25	2025-06-16	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	使用进化行动-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别出新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人和欧洲人后裔的数据，可能不适用于其他人群	识别系统性硬化症(SSc)的新风险位点和机制通路	系统性硬化症(SSc)患者和对照组的遗传数据	机器学习	系统性硬化症	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	EAML	遗传数据、RNA测序数据	初始GWAS研究包括2,559例SSc患者和893例对照，复制阶段包括9,846例SSc患者和18,333例对照
26	2025-06-16	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2025-Jun-12, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	research paper	本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，阐明了这些细胞在招募中性粒细胞中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群，并揭示了它们通过I型干扰素识别和中性粒细胞招募在疾病发病机制中的作用	研究依赖于存档的临床皮肤样本，可能受到样本保存和处理条件的影响	定义Sweet综合征皮肤的细胞和分子景观，并比较其与其他中性粒细胞性皮肤病（如坏疽性脓皮病）的区别	Sweet综合征、坏疽性脓皮病患者及健康对照者的皮肤样本	digital pathology	inflammatory skin disease	single-nucleus transcriptomics, bulk transcriptomics, spatial transcriptomics	NA	transcriptomic data, spatial data	来自Sweet综合征、坏疽性脓皮病患者及健康对照者的皮肤样本
27	2025-06-16	The Role of Tumor Microenvironment and Immune Cell Crosstalk in Triple-Negative Breast Cancer (TNBC): Emerging Therapeutic Opportunities 2025-Jun-12, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865 PMID:40516902	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）与免疫细胞互作的研究现状，并探讨了新兴的治疗机会	揭示了TME中T细胞的异质性及预后基因，识别了TK1作为潜在治疗靶点，并探讨了MUC1-C、CXCL9及HDAC抑制对TME的影响	未来研究需整合多组学数据、空间转录组学和患者来源模型以优化治疗策略	探讨TNBC中TME与免疫细胞互作机制，寻找新的治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤微环境及免疫细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间分析、表观遗传修饰	NA	基因组数据、转录组数据	NA
28	2025-06-16	Pharmacological inhibition of AChE with donepezil significantly prevents brain metastasis. Targeting the Cholinergic-Astrocyte Axis: A Novel Strategy for Brain Metastasis Prevention in Lung Adenocarcinoma 2025-Jun-12, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870 PMID:40516905	research paper	本研究探讨了胆碱能代谢在肺腺癌脑转移中的作用，并发现乙酰胆碱酯酶抑制剂多奈哌齐能有效预防脑转移	揭示了胆碱能代谢-星形胶质细胞轴在脑转移中的关键作用，并提出了通过药物干预预防脑转移的新策略	研究样本量有限，需要进一步临床试验验证多奈哌齐的预防效果	探索肺腺癌脑转移的发病机制并寻找预防策略	肺腺癌患者和脑转移病灶	肿瘤学	lung cancer	RNA测序、单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、组织样本	875例LUAD病例的RNA测序数据和280例患者的组织微阵列验证，26个BM部位和8个正常脑样本的单细胞RNA测序
29	2025-06-16	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究通过构建跨物种整合模型，揭示了细胞骨架相关基因在维持血管平滑肌细胞（VSMC）收缩表型及防止动脉疾病病理重塑中的关键作用	首次发现细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，并验证其在动脉疾病病理重塑中的功能	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	揭示VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA介导的基因敲低、基因操纵动物模型	跨物种整合模型	基因表达数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
30	2025-06-16	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍了一种名为Perturb-Multi的配对成像和测序方法，用于在组织中构建大规模多模态基因型-表型图谱	开发了Perturb-Multi平台，结合成像和测序技术，能够在完整哺乳动物组织中进行大规模基因筛选	目前仅在小鼠肝脏中进行了应用，尚未扩展到其他组织或物种	解析组织中基因对细胞和组织表型的遗传控制	小鼠肝脏中的细胞	基因组学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像数据、基因表达数据	数百个基因扰动
31	2025-06-16	Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin 2025-Jun-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002 PMID:40513622	研究论文	通过转录组分析揭示白癜风患者病变和非病变皮肤的免疫失调特征	研究发现白癜风不仅涉及Th1/IFN轴，还涉及Th2和Th17/22轴的免疫失调，且在非病变皮肤中已存在这些变化	样本量较小（15例白癜风患者和14例健康对照）	获取白癜风病变和非病变皮肤的全局转录组特征	白癜风患者和健康对照的皮肤样本	转录组学	白癜风	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA测序）、实时PCR、免疫组化	NA	转录组数据	15例白癜风患者的病变和非病变皮肤样本，14例匹配的健康对照
32	2025-06-16	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的调控机制及其对精子发生和雄性生育能力的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的功能及其对雄性生育能力的影响	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、scRNA-seq分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
33	2025-06-16	Single-cell RNA sequencing uncovers cellular geterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken 2025-Jun-11, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105430 PMID:40516295	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示鸡颗粒细胞的异质性，并提供了卵泡发育的转录特征	首次在鸡的颗粒细胞层中识别出四种不同的细胞类型，并构建了卵泡发育过程中的四种潜在分化轨迹	研究仅针对鸡的颗粒细胞，未涉及其他家禽物种，且样本量有限	研究鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的异质性及其分子调控机制	鸡的颗粒细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
34	2025-06-16	Elucidating Cellular Senescence-related Genes in Benign Prostatic Hyperplasia Through Mendelian Randomization and Single-cell RNA Sequencing 2025-Jun-10, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glaf073 PMID:40269514	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别与良性前列腺增生（BPH）因果相关的细胞衰老相关基因，并分析它们在不同前列腺细胞中的表达和调控网络	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，系统地识别与BPH因果相关的细胞衰老基因，并揭示其表达模式和调控网络	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源仅限于特定数据库（eQTLGen、FinnGen Consortium和UKB）	阐明细胞衰老相关基因在良性前列腺增生中的作用机制	良性前列腺增生（BPH）患者的前列腺细胞	生物信息学	前列腺增生	孟德尔随机化、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自eQTLGen、FinnGen Consortium和UKB数据库的数据
35	2025-06-16	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jun-10, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的源自表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺（SMGs）的类器官，探索它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMGs类器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了CD13阳性分泌细胞的选择性易感性	研究仅针对人类alpha-冠状病毒229E，未涵盖其他呼吸道病原体	探究呼吸道黏膜下腺在炎症和感染中的生理特性	源自SAE和SMGs的类器官	呼吸系统疾病研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	类器官模型	基因表达数据	NA
36	2025-06-16	Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages 2025-Jun-10, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014 PMID:40516530	研究论文	本文提出了一种通过同时激活内皮和壁细胞谱系的转录因子来快速生成功能性血管类器官的方法	利用正交激活ETV2和NKX3.1转录因子，实现了内皮细胞和壁细胞的高效共分化，5天内即可生成功能性3D血管类器官	NA	开发一种快速生成功能性血管类器官的方法，用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗	诱导多能干细胞(iPSCs)分化的内皮细胞(iECs)和壁细胞(iMCs)	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
37	2025-06-16	Dysbiosis of the gut microbiome may contribute to the pathogenesis of oral lichen planus through Treg dysregulation 2025-Jun-09, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.009 PMID:40499683	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调与口腔扁平苔藓（OLP）发病机制中CD4 T细胞的关系	首次揭示了肠道菌群失调通过影响调节性T细胞（Treg）功能参与OLP发病的新机制	样本量有限，未进行菌群移植实验验证因果关系	探究肠道菌群失调在OLP发病中的作用机制	OLP患者和肠道菌群	免疫学	口腔扁平苔藓	16S rRNA基因分析、质谱分析、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	粪便样本、唾液样本、外周血样本	OLP患者的生物样本（具体数量未明确说明）
38	2025-06-16	WNT Mimetic-Induced Lacrimal Gland Regeneration Reverses Aqueous Tear Deficiency 2025-Jun-02, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.14.6.19 PMID:40492997	研究论文	研究通过WNT模拟物激活信号通路，促进泪腺腺泡细胞再生，逆转干眼病的水性泪液缺乏	首次使用抗体基础的WNT模拟物平台激活泪腺腺泡细胞，恢复泪液分泌	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索WNT信号激活对泪腺腺泡细胞再生和泪液分泌恢复的作用	小鼠泪腺腺泡细胞和干眼病模型	再生医学	干眼病	单细胞测序	小鼠器官模型	基因表达数据	小鼠泪腺腺泡细胞
39	2025-06-16	Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury 2025-Jun-02, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942 PMID:40513326	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸（3-IAA）在保护急性胆汁淤积性肝损伤中的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序全面绘制了3-IAA缓解急性胆汁淤积性肝损伤的单细胞图谱，并揭示了其通过调节GZMAGZMK效应NK细胞和扩增肝脏抗炎CD59巨噬细胞的免疫机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索3-IAA在急性胆汁淤积性肝损伤中的治疗潜力及其作用机制	急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢组数据	NA
40	2025-06-16	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过集成后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	NA	开发一种通用的单细胞测序工作流程，以提高通量和临床适用性	多种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本