单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤细胞形成的影响	样本量较小（仅4例患者），且未进行功能验证实验	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者（2名女性和2名男性）	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2女2男）的TSC-AML组织样本
22	2025-07-04	A Comparative Analysis Dissecting the Immune Landscape of Vitiligo and Melanoma from a single-cell Perspective: Two Sides of the Same Coin? 2025-Jul-03, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02332-2 PMID:40608219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术比较分析白癜风和黑色素瘤的免疫微环境差异	首次从单细胞角度全面比较白癜风和黑色素瘤的免疫微环境，揭示两者在免疫激活与逃逸机制上的根本差异	样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	解析白癜风和黑色素瘤免疫微环境的异同点	健康对照者、白癜风患者和黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	皮肤病（白癜风和黑色素瘤）	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
23	2025-07-04	Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252 PMID:40215177	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺导管腺癌(PDAC)中表达成纤维细胞激活蛋白-α(FAP)的间质细胞，发现了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并揭示了其在抑制肿瘤侵袭性和诱导抗肿瘤表型中的作用	发现了一种新的干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并证明STING激动剂可促进ifCAF表型，从而抑制肿瘤细胞的侵袭性并诱导肿瘤相关中性粒细胞的抗肿瘤表型	研究主要基于体外器官共培养模型和动物实验，需要进一步验证在人类患者中的适用性	解析胰腺导管腺癌(PDAC)中间质细胞的异质性，并探索癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	人类PDAC中的FAP+间质细胞和胰腺星状细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，器官共培养模型	NA	基因表达数据	NA
24	2025-07-04	NEDDylation Regulates CD8+ T-cell Metabolism and Antitumor Immunity 2025-Jul-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本研究探讨了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation通过调节CD8+ T细胞的代谢途径影响其抗肿瘤能力的新机制	研究主要基于小鼠和体外实验，人体内的具体作用机制仍需进一步验证	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的精确作用	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
25	2025-07-04	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	本研究结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学和伪时间分析整合恶性转化模型，并通过机器学习识别可测量的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于前列腺癌早期诊断的可靠生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、伪时间分析、机器学习	机器学习预测模型	mRNA、IHC、蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
26	2025-07-04	Single-cell omics in plant biology: mechanistic insights and applications for crop improvement 2025-Jul-02, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00074-8 PMID:40593253	review	本文综述了单细胞组学技术在植物生物学中的应用及其对作物改良的潜在影响	单细胞RNA测序和单核RNA测序技术揭示了植物细胞间的异质性，为作物改良提供了新的视角	NA	探讨单细胞组学技术在植物生物学研究中的应用及其对农业的潜在贡献	植物细胞，特别是模型植物如拟南芥以及主要农作物和园艺植物	植物生物学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞组学数据	NA
27	2025-07-04	Unveiling diagnostic biomarkers and therapeutic targets in lung adenocarcinoma using bioinformatics and experimental validation 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05227-2 PMID:40595823	研究论文	通过生物信息学和实验验证揭示肺腺癌的诊断生物标志物和治疗靶点	整合差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，筛选出与临床特征显著相关的基因模块和核心基因，特别是ST14的预测能力及其与免疫细胞浸润的关联	研究依赖于公共数据库的基因表达数据，实验验证的样本量未明确说明	寻找肺腺癌的诊断标志物和治疗靶点	肺腺癌(LUAD)的基因表达数据和临床特征	生物信息学	肺癌	差异基因表达分析、WGCNA、随机森林算法、单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	未明确说明样本量，但涉及GEO数据库的数据和29种细胞亚型的单细胞RNA测序
28	2025-07-04	A single-cell atlas of the murine limb skeleton integrating the developmental and adult stages 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05277-6 PMID:40596066	研究论文	该研究整合了十个公开可用的单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含133,332个细胞的小鼠肢体骨骼细胞图谱，涵盖了从肢体诱导到成年骨形成的39种细胞类型和状态	首次整合多个发育阶段和成年阶段的单细胞转录组数据，填补了骨骼系统在生物体范围图谱中的空白	仅关注肢体骨骼系统，未涵盖整个骨骼系统	构建小鼠肢体骨骼系统的单细胞转录组图谱	小鼠肢体骨骼细胞及其发育前体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	133,332个细胞
29	2025-07-04	Genotype-integrated single-cell transcriptome analysis reveals the role of DDX41 pR525H in a patient with myelodysplastic neoplasms 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06477-w PMID:40596075	研究论文	该研究通过整合基因型的单细胞转录组分析，探讨了DDX41 pR525H突变在骨髓增生异常肿瘤患者中的作用	首次在携带DDX41种系和体细胞变异的MDS患者中，结合单细胞RNA测序和基因分型技术，揭示了pR525H突变通过G2/M细胞周期阻滞和R-loop积累影响红细胞生成的分子机制	研究仅基于一个病例报告，样本量有限，且未建立能够完全模拟人类疾病表型的细胞或动物模型	阐明DDX41变异在骨髓增生异常肿瘤发病机制中的分子机制	携带种系和体细胞DDX41变异的骨髓增生异常肿瘤患者	基因组学	骨髓增生异常肿瘤	单细胞RNA测序, Terminator-Assisted Solid-phase cDNA扩增测序	NA	单细胞转录组数据	1例MDS患者
30	2025-07-04	Endothelial cells expressing CPE and vWF are involved in the Immunopathogenesis of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07311-z PMID:40596471	研究论文	本研究探讨了表达CPE和vWF的内皮细胞在原发性胆汁性胆管炎（PBC）免疫发病机制中的作用	发现了一种新的CPE vWF内皮细胞亚群，并揭示了其通过APP-CD74轴与胆管细胞相互作用的新机制	研究中提到的另一种未明确的内皮细胞类型尚未完全鉴定	探索肝窦内皮细胞在PBC发病机制中的潜在作用	原发性胆汁性胆管炎患者的内皮细胞和胆管细胞	免疫病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	PBC患者组与对照组（具体数量未明确说明）
31	2025-07-04	Automated integration of multi-slice spatial transcriptomics data in 2D and 3D using VR-Omics 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03630-6 PMID:40598307	研究论文	开发了VR-Omics软件，用于自动整合和分析多切片空间转录组数据，支持2D和3D形式	VR-Omics是首个提供端到端自动化处理多切片数据的平台无关软件，具有生物学家友好的界面	未提及具体的性能限制或适用范围限制	解决空间转录组学领域缺乏自动化整合和分析多切片数据工具的问题	多切片空间转录组数据	数字病理学	小儿心脏横纹肌瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
32	2025-07-04	Nonhuman Primates Model of Super-selective Intraarterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection 2025-Jul-02, Aesthetic surgery journal IF:3.0Q1 DOI:10.1093/asj/sjaf132 PMID:40601619	研究论文	本研究提出了一种非人灵长类动物的视网膜缺血再灌注模型，用于研究透明质酸填充剂美容注射导致的眼动脉栓塞的治疗方法	首次建立了非人灵长类动物眼动脉缺血再灌注的临床相关模型，并生成了缺血损伤的视网膜细胞图谱	研究仅使用恒河猴作为模型，可能无法完全模拟人类临床情况	验证动脉内溶栓治疗对透明质酸注射导致的视力障碍的有效性	恒河猴眼动脉栓塞模型	眼科研究	眼动脉栓塞	数字减影血管造影(DSA)、眼底荧光素血管造影(FFA)、视网膜电图(ERG)、苏木精-伊红(HE)染色、透射电子显微镜(TEM)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	恒河猴动物模型	影像数据、电生理数据、组织学数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，使用恒河猴作为研究对象
33	2025-07-04	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病生态位	首次在治疗初期的JIA患儿中，通过多组学技术构建了滑膜组织的细胞图谱，并识别了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法代表疾病晚期或治疗后的情况	提高对幼年特发性关节炎滑膜炎症细胞基础的理解，以指导精准靶向治疗	幼年特发性关节炎（JIA）患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初期的JIA患儿滑膜活检样本及匹配的滑液和外周血样本
34	2025-07-04	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Jul-02, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠实验性急性肾损伤（AKI）中的保护作用	首次提出MTAP抑制可作为AKI的潜在治疗靶点，并通过转录组分析和人类单细胞RNA-seq数据验证了其机制	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据，尚未进行临床验证	探索MTAP在急性肾损伤中的作用及其潜在治疗价值	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq	小鼠缺血再灌注和顺铂诱导的AKI模型	基因表达数据	小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据
35	2025-07-04	Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61397-7 PMID:40603284	研究论文	本研究揭示了GSDMD在辐射诱导的肝病（RILD）中的关键作用及其机制	首次发现GSDMD在RILD中通过促进趋化因子分泌和中性粒细胞招募加剧疾病严重性，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性有待进一步验证	探究辐射诱导肝病的发病机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和细胞模型中的肝细胞	分子病理学	肝病	scRNA-seq, 免疫荧光, 荧光激活细胞分选	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 细胞成像数据	未明确说明小鼠数量，但包含多种实验模型
36	2025-07-04	AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5 2025-Jul-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07773-z PMID:40603306	研究论文	本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌的放射抗性机制	首次发现AKR1C3通过抑制TRIM21介导的HSPA5泛素化来稳定GPX4，从而抑制铁死亡并增强放射抗性	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，需要进一步体内实验验证	探索食管腺癌放射抗性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管腺癌细胞和患者来源的类器官	肿瘤生物学	食管癌	RNA-seq, scRNA-seq, TCGA数据分析, C11-Bodipy染色, 透射电子显微镜	体外放射抗性模型	基因表达数据, 显微镜图像	未明确说明具体样本数量，使用了患者来源的类器官
37	2025-07-04	Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses 2025-Jul-02, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04158-7 PMID:40603544	研究论文	本研究通过临床、病理和遗传分析探讨了颅外动静脉畸形（AVMs）的致病机制	揭示了MAP2K1、KRAS和BRAF突变与AVMs的基因型-表型相关性，并发现MAP4K4在异常小血管中的高表达	样本量较小（30例患者），且为回顾性研究	阐明颅外AVMs的发病机制及其与基因突变的关系	30例颅外AVMs患者	血管病理学	动静脉畸形	免疫组织化学、空间转录组学	NA	临床数据、病理数据、遗传数据	30例颅外AVMs患者
38	2025-07-04	scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60702-8 PMID:40603842	research paper	开发了一种名为scICE的工具，用于评估单细胞RNA测序数据的聚类一致性并提供一致的聚类结果	scICE在速度上比传统基于共识聚类的方法提高了30倍，并能有效识别所有一致的聚类结果	未明确提及具体局限性，但可能在大规模数据集上的应用仍需进一步验证	提高单细胞RNA测序数据聚类的可靠性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	48个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集，部分包含超过10,000个细胞
39	2025-07-04	Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08602-1 PMID:40604056	研究论文	通过单细胞RNA测序识别肝内胆管癌中与免疫原性细胞死亡相关的预后特征	首次在肝内胆管癌(iCCA)中鉴定出两种与免疫原性细胞死亡(ICD)相关的亚型，并揭示了它们与患者预后和免疫微环境的关系	样本量相对较小(仅8例iCCA患者)，且为回顾性研究	探究ICD相关基因在iCCA进展和患者预后中的作用	肝内胆管癌(iCCA)患者	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA, UMAP, GSEA, CellChat, CytoTRACE, Monocle2	RNA测序数据	8例iCCA患者的活细胞以及来自TCGA的iCCA样本
40	2025-07-04	Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03696-9 PMID:40604645	研究论文	本研究通过机器学习方法整合分析，识别出与特发性肺纤维化(IPF)预后相关的浆细胞相关基因特征ST6GAL1	开发了一种基于机器学习的整合程序，构建了一致的浆细胞相关基因特征(PCRGS)，并验证了核心基因ST6GAL1的潜在治疗靶点作用	研究结果需要在更大样本和更广泛的临床环境中进一步验证	系统探索与IPF患者预后相关的浆细胞相关基因	特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素损伤小鼠模型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 批量RNA测序, 微阵列数据分析	机器学习整合模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类IPF患者数据和博来霉素损伤小鼠模型数据