单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-03	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-Jul-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1变异与血小板功能障碍的新机制	发现了FLI1变异与GATA1在TLN1转录中的协同作用缺陷，以及talin-1作为FLI1变异致病性分类的生物标志物	研究仅聚焦于四种FLI1变异，可能无法涵盖所有相关变异的影响	探究FLI1变异导致血小板功能障碍的分子机制	人类巨核细胞和血小板	分子生物学	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本
22	2025-07-03	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集单核细胞亚群中SUV3表达降低的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，需要更多体内实验验证	探究SUV3表达降低在儿童干燥综合征发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序, fCLIP-qPCR, 透射电子显微镜(TEM), J2抗dsRNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据, 显微镜图像	儿童干燥综合征患者单核细胞(具体数量未明确说明)
23	2025-07-03	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	研究论文	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	利用基于代理的模型（ABM）模拟细胞间相互作用，能够捕捉单个细胞行为的细微差别，并提供动画可视化功能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解析细胞间相互作用（CCIs）以增强对细胞通讯的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	ABM（基于代理的模型）	单细胞和空间转录组数据	八个不同的单细胞数据集
24	2025-07-03	Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA PMID:40392631	研究论文	比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果	首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异	研究仅基于四个BALF样本，样本量较小	解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题	人类BALF细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四个BALF样本
25	2025-07-03	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-Jul, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用	结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞	数字病理学	胰腺癌	多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟	transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据	NA
26	2025-07-03	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	本研究探讨了Setd8下调对小鼠海马神经干细胞衰老的表观遗传调控机制	通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了Setd8表达下降与海马神经干细胞衰老相关的表观遗传和转录组变化	研究仅限于小鼠模型，人类神经干细胞衰老机制可能有所不同	探究表观遗传重塑与转录调控在海马神经干细胞衰老早期阶段的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生神经元	表观遗传学	老年性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
27	2025-07-03	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点探讨了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的异质性及其功能，揭示了TIBs在免疫反应中的双重作用	肿瘤微环境中TIBs与非免疫细胞的相互作用及其影响仍不明确	探讨肿瘤浸润B细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗的关系	结直肠癌中的肿瘤浸润B细胞（TIBs）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
28	2025-07-03	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during Liver Regeneration 2025-Jul-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	综述	本文综述了肝再生过程中肝细胞再填充的触发机制及其分子和细胞机制	总结了肝细胞再填充的最新研究进展，包括细胞谱系追踪和空间转录组学等先进技术的应用	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞再填充的触发机制和分子基础	肝细胞、胆管上皮细胞和肝祖细胞	肝脏再生生物学	肝损伤	谱系追踪、空间转录组学	NA	NA	NA
29	2025-07-03	Differentiable graph clustering with structural grouping for single-cell RNA-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf347 PMID:40511990	research paper	提出了一种名为DGCSG的新型可微分图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过结合图聚类信息提升聚类性能	设计了可微分聚类机制，将K-way归一化切割从离散优化问题转化为可微分学习目标，并通过谱松弛方法联合优化GATE	未明确提及具体局限性，但可能面临单细胞RNA测序数据高维稀疏性带来的挑战	提升单细胞RNA测序数据中细胞亚群的聚类效果	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	machine learning	NA	scRNA-seq	GATE (Graph Attention Autoencoder), AE (Autoencoder)	单细胞RNA测序数据	14个scRNA-seq基准数据集
30	2025-07-03	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小	阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制	SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆	空间多组学	肝损伤	T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学	NA	空间多组学数据(蛋白质组+转录组)	1例SV ALI患者的肝脏移植样本
31	2025-07-03	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	介绍了一种高效的类器官切割方法，用于长期培养和高通量分析	使用3D打印技术制造切割夹具，提高了切割效率和一致性，同时避免了培养污染	未提及该方法是否适用于所有类型的类器官	解决类器官长期培养中的缺氧和营养限制问题，提高高通量分析的可行性	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术，GelMA或Geltrex包埋，OCT包埋	NA	NA	未明确提及具体样本数量
32	2025-07-03	Putting AML Differentiation States on the BoneMarrowMap 2025-Jul-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0083 PMID:40294281	research paper	本文介绍了一种名为'BoneMarrowMap'的新型计算工具，用于将白血病单细胞RNA测序数据集映射到造血分化状态	开发了BoneMarrowMap工具，发现了12种与预后和治疗相关的复发性急性髓系白血病分化模式，并解析了单个患者内的白血病克隆结构	NA	通过计算工具分析白血病单细胞RNA测序数据，研究急性髓系白血病的分化模式	白血病单细胞RNA测序数据集	digital pathology	acute myeloid leukemia	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	大规模单细胞RNA测序数据重新分析
33	2025-07-03	Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma 2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16985 PMID:40296254	研究论文	通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数	首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库	探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义	结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验	生物信息学	结肠腺癌	单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	多组学数据（基因表达、单细胞测序等）	162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因
34	2025-07-03	Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution 2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041553 PMID:39284668	review	本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢中的应用	介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学这三种新兴技术	未提及具体实验数据或案例研究	探索癌症细胞代谢途径及其在肿瘤微环境中的适应性	癌症细胞及其代谢产物	癌症研究	癌症	质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学	NA	代谢物数据	NA
35	2025-07-03	Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae 2025-Jul-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/eraf245 PMID:40590299	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能	首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化	研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性	探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径	Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物）	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记	NA	RNA测序数据, 显微镜图像	Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织
36	2025-07-03	Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease 2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能	总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略	对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足	探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用	HPA轴中的干细胞和祖细胞	干细胞生物学	代谢疾病、癌症、应激相关疾病	单细胞RNA测序、体外分化技术	NA	NA	NA
37	2025-07-03	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究探讨了DNA结合抑制因子3（ID3）通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	首次揭示了ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	NA	RNA测序数据, 细胞迁移数据	野生型角膜细胞和ID3敲除的角膜缘上皮细胞
38	2025-07-03	MIF-mediated crosstalk between THRSP+ hepatocytes and CD74+ lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH 2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001429 PMID:40590856	research paper	该研究揭示了THRSP通过MIF介导招募CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉周围区域驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制	发现了THRSP通过MIF介导的与CD74+ LAMs的交互在MASH进展中的关键作用，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MASH进展中肝脏门静脉周围区域的空间分区及细胞间交互机制	MASH小鼠模型及患者肝脏组织	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatohepatitis	spatial transcriptomics (ST), CellPhoneDB分析	小鼠基因过表达/敲除模型	基因表达数据、空间转录组数据	MASH小鼠及患者肝脏组织样本（具体数量未明确说明）
39	2025-07-03	Rhaponticin inhibits the proliferation, migration, and invasion of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) cells through modulation of the IL6/STAT3 signaling pathway 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03019-8 PMID:40591033	research paper	本研究探讨了Rhaponticin通过调节IL6/STAT3信号通路抑制头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞增殖、迁移和侵袭的分子机制	首次揭示了Rhaponticin在HNSCC中的作用机制，并确认IL6/STAT3信号通路是其关键作用靶点	研究仅基于细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究Rhaponticin抑制HNSCC侵袭和转移的具体分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞系CAL 27和SCC-9	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	网络药理学、分子对接、生物信息学分析、细胞实验、scRNA-seq	四种机器学习算法、CIBERSORT算法	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的HNSCC样本、GEO数据库中的scRNA-seq数据、两种HNSCC细胞系
40	2025-07-03	Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling 2025-Jul-01, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02328-y PMID:40591075	研究论文	研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用	揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制	需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性	探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	小鼠RIRI模型和巨噬细胞	病理学	肾缺血再灌注损伤	多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学	小鼠模型	实验数据、测序数据	小鼠模型和巨噬细胞样本