单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-10	Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 2025-Aug-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793 PMID:40691053	研究论文	本研究旨在揭示胃不完全性肠化生（Inc IM）的分子特征、分化潜能及其与胃癌的相关性	揭示了Inc IM具有混合转录组特征和双重谱系潜能，并发现其与胃癌的分子相似性	Inc IM作为胃癌前病变的确切作用仍存在不确定性	阐明Inc IM的分子特征、分化潜能及其致癌相关性	胃不完全性肠化生（Inc IM）和胃癌组织	分子病理学	胃癌	空间转录组学、DNA甲基化分析、染色质可及性分析、单细胞RNA测序	器官样模型	转录组数据、甲基化数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括GIM和GC组织样本
22	2025-08-10	Unlocking the secret of glioblastoma multiforme: the role of lactylation in tumor progression, drug resistance and immune microenvironment 2025-Aug-07, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03933-5 PMID:40770332	研究论文	本研究探讨了乳酸化修饰在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展、替莫唑胺耐药和免疫微环境中的作用，并基于乳酸化相关基因建立了风险预测模型	首次系统研究了乳酸化在GBM中的作用，并基于乳酸化相关基因构建了预后预测模型，为GBM治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于公共数据库的单细胞RNA测序数据，实验验证部分仍需进一步扩大样本量	阐明乳酸化修饰在GBM恶性生物学行为、药物耐药和免疫微环境中的作用机制	胶质母细胞瘤细胞和患者样本	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq、基因敲除、体内外实验	风险预测模型	基因表达数据	公共数据库scRNA-seq数据及实验验证样本
23	2025-08-10	Empagliflozin targeted the immune-related gene PIK3CA in type 2 diabetes mellitus treatment: network pharmacology analysis and experimental evidence 2025-Aug-07, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01895-2 PMID:40770763	研究论文	本研究通过网络药理学分析和实验证据探讨了恩格列净在2型糖尿病治疗中通过靶向免疫相关基因PIK3CA的机制	首次揭示了恩格列净通过调节PI3K/AKT信号通路中的PIK3CA基因发挥免疫调节作用的分子机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏临床样本验证	探究恩格列净在2型糖尿病治疗中的免疫相关机制	2型糖尿病相关的免疫机制和恩格列净的药理作用	网络药理学与分子生物学	2型糖尿病	基因表达谱分析、分子对接、单细胞RNA测序、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA测序数据	109个免疫相关差异表达基因(IRDEGs)和RAW264.7巨噬细胞系
24	2025-08-10	Comparative single-cell lineage tracing identifies distinct adipocyte precursor dynamics in skin and inguinal fat 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.07.004 PMID:40744015	研究论文	通过单细胞RNA测序谱系追踪技术，比较皮肤和腹股沟脂肪中的脂肪前体细胞动态，揭示其不同的分化潜能和调控机制	发现了一类未表征的未成熟前脂肪细胞群体，并揭示了脂肪前体细胞间的分化潜能差异，挑战了传统的逐步分化模型	NA	探究皮肤和腹股沟脂肪组织中脂肪前体细胞的动态差异及其调控机制	脂肪前体细胞（包括祖细胞和前脂肪细胞）	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	NA
25	2025-08-10	Biallelic BRF2 Mutations Disrupt Redox Homeostasis as Etiological Factors in Syndromic Immunodeficiency and Developmental Disorders 2025-Aug-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.006 PMID:40781771	研究论文	本研究发现了双等位基因BRF2突变通过破坏氧化还原稳态导致综合征性免疫缺陷和发育障碍的病因学机制	首次建立了BRF2功能障碍与氧化还原稳态破坏之间的致病联系，为相关血液免疫和发育异常提供了机制解释	研究仅基于一个家系病例，样本量有限	阐明BRF2基因突变导致多系统异常、恶性肿瘤和原发性免疫缺陷的分子发病机制	携带双等位BRF2变异的家系患者	遗传学	免疫缺陷疾病	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	1个家系病例
26	2025-08-10	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究通过多组学技术探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，特别是癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键角色	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的空间区域，揭示了其代谢重编程能力和免疫抑制特性，以及与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（仅2名未治疗CRLM患者的12个新鲜手术样本），可能限制结果的普遍性	为CRLM的诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移（CRLM）患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者）和92个冷冻组织样本（来自40名患者）
27	2025-08-10	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Aug-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类亨廷顿病	理解亨廷顿病的发病机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	转录组学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部(出生后0天[P0]、4周和12周)
28	2025-08-10	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Aug-06, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了一种结合天然产物、人工智能和多组学技术的创新方法，用于治疗心脏肥厚症	结合人工智能和多组学技术，利用天然产物的多靶点药理作用，提出了一种从症状管理转向潜在疾病逆转的精准药物治疗策略	NA	探讨心脏肥厚症的精准药物治疗策略	心脏肥厚症的分子机制和药物治疗	精准医学	心血管疾病	单细胞空间转录组学、机器学习算法	NA	多组学数据	NA
29	2025-08-10	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	research paper	该研究通过深度全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）区分了人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，并识别了与视网膜母细胞瘤发生相关的视锥细胞特异性特征	揭示了以前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有细胞状态或功能	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其与视网膜母细胞瘤发生的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	digital pathology	retinoblastoma	full-length single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	NA
30	2025-08-10	WGCNA and single-cell analysis reveal ferroptosis-related gene signatures for hepatocellular carcinoma prognosis and therapy 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03335-z PMID:40767898	研究论文	通过WGCNA和单细胞分析揭示铁死亡相关基因特征在肝细胞癌预后和治疗中的作用	首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术分析铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达异质性及其与临床预后的关联	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	探索铁死亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征及其临床意义	肝细胞癌患者及其基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	WGCNA, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本
31	2025-08-10	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62495-2 PMID:40769980	研究论文	该研究探讨了自身抗体在大疱性类天疱疮(BP)中对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用	首次揭示了BP患者IgG诱导角质形成细胞产生MyD88依赖性促炎和蛋白水解反应的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步人类临床验证	阐明角质形成细胞在BP发病机制中的作用	BP患者的IgG抗体和角质形成细胞	免疫学	大疱性类天疱疮	多重免疫检测、RNA-seq、空间转录组学、scRNA-seq	Krt14特异性Myd88敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了BP患者IgG处理的原代角质形成细胞和疾病皮肤样本
32	2025-08-10	Aging affects reprogramming of pulmonary capillary endothelial cells after lung injury in male mice 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62431-4 PMID:40769983	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了年轻和老年雄性小鼠在肺损伤后肺毛细血管内皮细胞（PCEC）的转录组变化，探讨了衰老如何影响肺损伤后的再生过程	首次揭示了衰老如何通过改变特定PCEC亚群的转录组特征，干扰肺祖细胞分化过程，从而促进纤维化病理过程	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异的影响	探究衰老对肺损伤后组织再生的影响机制	年轻和老年雄性小鼠的肺毛细血管内皮细胞	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	年轻和老年雄性小鼠在三个时间点的肺组织样本（纤维化高峰期、再生期和消退期）
33	2025-08-10	The role of cellular heterogeneity in thyroid cancer: a multi-modal analysis approach with Mendelian randomization 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03348-8 PMID:40770155	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并描述了甲状腺癌微环境中的细胞组成和分化轨迹	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次揭示了AXIN1_AXIN1表达与甲状腺癌风险的正向因果关系，并详细描述了甲状腺癌微环境中的细胞异质性	研究样本量未明确说明，且仅针对特定炎症蛋白基因进行分析，可能遗漏其他重要基因	探究炎症蛋白基因与甲状腺癌风险的因果关系，并分析甲状腺癌微环境中的细胞异质性	甲状腺癌患者样本	生物医学	甲状腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	MR Egger, 加权中位数, 逆方差加权, 简单模式, 加权模式	基因表达数据	NA
34	2025-08-10	Fibro-NPC: a pathogenic subtype identified at single-cell resolution with secreted SFRP4 as a biomarker in intervertebral disc degeneration 2025-Aug-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06798-4 PMID:40770348	研究论文	通过单细胞测序技术识别椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并发现SFRP4作为其生物标志物	首次在单细胞水平上鉴定出椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并确定SFRP4为其关键致病蛋白	样本量较小（仅5个退变椎间盘组织），需进一步扩大验证	探究椎间盘退变的分子机制并寻找诊断治疗靶点	退变椎间盘组织中的髓核细胞（NPCs）	数字病理学	椎间盘退变	单细胞测序, 质谱分析, WGCNA, 机器学习	CellChat算法	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据	5个退变椎间盘组织
35	2025-08-10	Mitochondrial subtypes in renal ischemia reperfusion injury guide delayed graft function and Long-Term graft prediction 2025-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14595-8 PMID:40770395	研究论文	本研究通过分析线粒体相关基因在肾缺血再灌注损伤中的作用，建立了预测移植肾功能延迟恢复和长期移植存活的模型	首次基于线粒体相关基因建立了肾移植术后并发症的预测模型，并发现肥大细胞在肾移植中的关键作用	研究依赖于公共数据库的RNA-seq和微阵列数据，缺乏独立验证队列	开发肾移植术后并发症的预测模型并探索线粒体相关基因的作用机制	肾缺血再灌注损伤样本和线粒体相关基因	生物信息学	肾脏疾病	RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq, 机器学习	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的RNA-seq和微阵列数据集
36	2025-08-10	Meta_B cells: a computationally identified candidate immunosuppressive driver of gastric cancer metastasis revealed by single-cell analysis and machine learning 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03356-8 PMID:40770460	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别出一种名为Meta_B细胞的候选免疫抑制驱动因子，该因子与胃癌转移相关	首次通过计算方法识别出Meta_B细胞这一新的B细胞亚群，并揭示其与胃癌转移和免疫抑制的潜在关联	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证Meta_B细胞的功能机制	探究胃癌转移过程中肿瘤微环境的动态变化，特别是B细胞亚群的作用	胃癌转移相关的B细胞亚群	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，机器学习	hdWGCNA, LASSO-Cox回归	RNA-seq数据	来自GEO数据库(GSE163558)和TCGA-STAD队列的胃癌单细胞RNA-seq数据
37	2025-08-10	Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL 2025-Aug-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08533-7 PMID:40770488	研究论文	本文介绍了一种名为scMKL的创新方法，用于单细胞多组学数据的可解释和综合分析	scMKL方法结合了复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性，能够从单细胞多组学数据中提供可操作的见解	NA	开发一种能够平衡预测能力和可解释性的单细胞多组学数据分析方法	健康细胞和癌细胞群体	生物信息学	乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌、肺癌	单细胞RNA测序、ATAC测序、10x Multiome	Multiple Kernel Learning (MKL)	单细胞多组学数据	NA
38	2025-08-10	Identification of cell-type-specific, transcriptionally active transposable elements using long-read RNA-sequencing data-based comprehensive annotation 2025-Aug-06, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00048-1 PMID:40770674	研究论文	利用长读长RNA测序数据构建转座子衍生转录本的全面注释，并识别细胞类型特异性的转录活性转座子	首次基于大规模人类长读长RNA测序数据构建转录组水平的转座子注释，能够以位点特异性方式检测转座子衍生转录本	研究主要依赖于公开数据集，可能未覆盖所有细胞类型或疾病状态	开发一个全面的转座子衍生转录本注释资源，用于分析特定转录组数据集中的活性转座子转录本及其剪接异构体	人类21个器官和71种细胞系的长读长RNA测序数据，以及GTEx单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	长读长RNA测序(LR RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	2596个公开的人类长读长RNA测序数据集，覆盖21个器官和71种细胞系
39	2025-08-10	Penthorum chinense Pursh extract ameliorates lupus nephritis disease in MRL/lpr mice via the PPARγ/NFκB signaling axis 2025-Aug-06, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2025.120379 PMID:40780476	research paper	研究探讨了Penthorum chinense Pursh提取物通过PPARγ/NFκB信号轴改善MRL/lpr小鼠狼疮性肾炎的疗效	首次揭示了PGF通过调节PPARγ/NFκB信号轴在肾脏巨噬细胞中的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索PGF对狼疮性肾炎的治疗潜力及其分子机制	MRL/lpr小鼠、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞	药理学	狼疮性肾炎	UPLC-Q-TOF/MS、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、RT-qPCR	NA	分子生物学数据、组织病理学数据	MRL/lpr小鼠模型、Raw264.7巨噬细胞和HK2细胞系
40	2025-08-10	Molecular insights into the causal role of TG/IDL in rheumatoid arthritis: Integrating Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Aug-05, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123883 PMID:40754101	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，探讨了TG/IDL与类风湿性关节炎（RA）之间的因果关系及其分子机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了TG/IDL作为RA风险因子的分子机制，并鉴定出关键基因ABCA1、PLTP和GAS6	研究结果主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床验证	阐明TG/IDL在RA发病中的因果作用及其分子机制	类风湿性关节炎患者滑膜组织和胶原诱导性关节炎小鼠模型	分子生物学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化（MR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本量，使用了GWAS数据集和RA患者滑膜组织