单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-29	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为随机空间PCA（RASP）的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的ST数据，支持非转录组协变量的灵活整合，并能重建去噪和空间平滑的单个基因表达值	NA	开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium），涉及人类和小鼠组织
22	2025-06-29	Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.21.614235 PMID:39386427	research paper	研究发现胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤的生长	揭示了胆碱能神经元活动通过特定回路促进健康少突胶质前体细胞和恶性胶质瘤增殖的新机制，并发现毒蕈碱受体M1和M3在此过程中的关键作用	研究主要关注胆碱能神经元的作用，其他神经调节神经元亚群的影响仍需进一步探索	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	健康少突胶质前体细胞(OPC)和恶性弥漫性中线胶质瘤(DMG)细胞	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、共培养系统	小鼠模型、hiPSC衍生神经元模型	基因表达数据、细胞增殖数据	原发性患者DMG样本和小鼠模型
23	2025-06-29	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的独特相互作用	揭示了IDH-WT胶质母细胞瘤中两种具有间充质表型的TAM亚群，与患者生存率较低和对抗PD-1免疫检查点抑制剂的反应减弱相关，并提出了SLAMF9受体作为潜在治疗靶点	研究未涉及IDH突变型胶质瘤中TAMs的详细功能验证	探究IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的相互作用及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组学, 空间转录组学, bulk RNA-seq, RT-qPCR	NA	转录组数据	NA
24	2025-06-29	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	通过全皮层原位测序技术揭示输入依赖性区域特性	使用BARseq高通量原位测序技术，首次在细胞分辨率下分析了104个细胞类型标记基因在1030万个细胞中的表达，揭示了皮层区域特性与转录组特征的关联	研究仅在小鼠前脑半球进行，结果在人类中的适用性尚不明确	探索大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	1030万个细胞（包括4,194,658个皮层神经元）来自9个小鼠前脑半球
25	2025-06-29	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	research paper	该研究探讨了人类特异性增强子HAR在调节神经祖细胞增殖和神经发生能力中的作用，以及对大脑皮层发育和连接性的影响	揭示了人类特异性增强子HAR通过调控WNT信号通路受体，影响神经祖细胞的行为，进而促进大脑皮层的扩展和复杂性	研究主要依赖于基因编辑的小鼠和灵长类模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探究人类特异性增强子HAR在人类大脑皮层发育和复杂性中的功能贡献	神经祖细胞（NPCs）、小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官	神经科学	NA	基因编辑、实时成像、谱系分析、单细胞RNA测序	基因编辑小鼠和灵长类模型	基因组数据、RNA测序数据、成像数据	基因编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮质类器官
26	2025-06-29	SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma 2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02429-8 PMID:35831908	研究论文	研究SH3GLB1通过自噬调节线粒体代谢从而在胶质母细胞瘤中获得对替莫唑胺抗性的机制	首次揭示SH3GLB1通过自噬途径调节线粒体功能进而影响胶质母细胞瘤对替莫唑胺的耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索胶质母细胞瘤对替莫唑胺产生耐药性的分子机制	胶质母细胞瘤细胞及动物模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，包含临床肿瘤样本和动物模型
27	2025-06-28	Amelioration of Liver Fibrosis via In Situ Hepatic Stellate Cell Conversion Through Co-Inhibition of TGF-β and GSK-3 Signalling 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70187 PMID:40575954	研究论文	本研究评估了一种针对肝星状细胞（HSCs）的联合疗法，通过抑制TGF-β和GSK-3信号通路来改善肝纤维化并促进肝脏修复	提出了一种新型小分子鸡尾酒疗法SBCH，不仅能抑制HSC活化和纤维化活性，还能诱导活化的HSCs转化为类肝细胞（ciHeps），从而实现肝组织修复和功能恢复	研究仅在三种肝纤维化模型中进行，尚未进行临床试验	探索通过靶向HSCs来改善肝纤维化和促进肝脏修复的治疗策略	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化模型	肝脏疾病治疗	肝纤维化和肝硬化	小分子鸡尾酒疗法、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据和测序数据	三种肝纤维化模型（CCl4诱导、胆管结扎（BDL）和非酒精性脂肪性肝炎（NASH）与二乙基亚硝胺（DEN）联合模型
28	2025-06-28	Integrated Analyses to Identify the Roles of GPX1 in Frailty and Hypertension 2025-Jun-27, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.125.24664 PMID:40575858	研究论文	本研究通过整合分析确定GPX1在衰弱和高血压中的作用	首次通过2样本孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证GPX1与衰弱及高血压的正相关性，并发现甘氨酸和肉碱/麦角硫因作为潜在介导物	研究未涉及GPX1在临床治疗中的实际应用效果验证	识别衰弱和高血压的有效药物靶点	2532个可药物化基因，重点关注GPX1	生物医学研究	老年疾病	2样本孟德尔随机化分析、RNA表达谱分析、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因表达数据	NA
29	2025-06-28	Nanomedicine and Spleen-Targeting Strategies for Precision Immunomodulation: Advances, Challenges, and Future Perspectives 2025-Jun-27, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c04836 PMID:40576399	综述	本文综述了脾脏在免疫系统中的生物学作用、靶向脾脏的纳米药物策略及其在肿瘤和自身免疫疾病等疾病中的治疗潜力	探讨了基于系统免疫学方法（如空间转录组学）在全面理解纳米药物靶向脾脏策略中的重要性	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有研究的总结和展望	探讨靶向脾脏的纳米药物策略在免疫调节治疗中的进展、挑战和未来前景	脾脏及其在免疫系统中的作用，以及靶向脾脏的纳米药物	纳米医学	肿瘤, 自身免疫疾病	空间转录组学	NA	NA	NA
30	2025-06-28	Anticancer Treatment Influences TREM2 in Tumor-Associated Macrophages in Lung Cancer 2025-Jun-23, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2024.1245 PMID:40575951	研究论文	本研究探讨了抗癌治疗对肺腺癌肿瘤微环境中TREM2表达巨噬细胞的影响	揭示了化疗药物如顺铂和奥希替尼对TREM2+巨噬细胞比例及功能的调控作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏临床样本验证	探究抗癌治疗对肿瘤微环境中TREM2表达的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	Kras-G12D小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠肺癌组织及THP-1细胞系
31	2025-06-28	Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.83 PMID:40576432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质体表达模式及细胞间通讯，并通过跨物种分析展示了巩膜细胞的保守分子特征	首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示成纤维细胞亚型的异质性及ECM重塑机制，并通过跨物种比较识别保守的共表达模块	研究仅基于新西兰兔模型，未验证人类样本中的保守性结论	解析巩膜发育过程中的细胞异质性及分子机制，为眼部发育及相关疾病（如近视）研究提供基础	新西兰兔胚胎期25天（E25）及出生后7天（P7）、21天（P21）、180天（P180）的巩膜组织	单细胞转录组学	近视	scRNA-seq（DNBelab C Series建库，BGISEQ-2000测序），STAR比对，PISA生成UMI矩阵，Seurat预处理，VIA分化轨迹分析，CellChat细胞通讯分析，AUCell基质体分析，CACIMAR/hdWGCNA跨物种分析	NA	单细胞转录组数据	4个发育时间点（E25, P7, P21, P180）的兔巩膜组织样本
32	2025-06-28	Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf287 PMID:40576031	research paper	本文评估了时间序列单细胞RNA测序数据降维技术中的差异，并提出了一种基于合成数据的分析方法	提出了一种基于变分自编码器生成的合成时间序列scRNA-seq数据的方法，用于评估不同降维技术在揭示动态模式时的差异	研究中使用的合成数据虽然反映生物合理的时序模式，但仍可能与真实数据存在差异	评估不同降维技术在时间序列scRNA-seq数据分析中的表现差异	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 变分自编码器	变分自编码器(VAE)	单细胞RNA测序数据	NA
33	2025-06-28	Cross-cohort multi-omics analysis identifies novel clusters driven by EMT signatures in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1628005 PMID:40574852	研究论文	本研究通过整合五个单细胞RNA测序队列，系统分析了结直肠癌的肿瘤细胞异质性，并基于VEGFR+肿瘤细胞特征基因对患者进行分层，揭示了EMT亚型与转移进展的机制联系	首次建立了结直肠癌的单细胞分辨率分子分类系统，并确定了HOXC6作为新的治疗靶点	研究样本量相对较小，且未涵盖所有结直肠癌亚型	系统表征结直肠癌肿瘤细胞异质性并探索其临床意义	结直肠癌患者及其肿瘤细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	无监督聚类分析	RNA测序数据	70个CRC样本和164,173个细胞
34	2025-06-28	Single cell dissection reveals SFRP2+ fibroblasts amplifying inflammatory responses in oral lichen planus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553963 PMID:40574847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓(OLP)中SFRP2+成纤维细胞在炎症反应中的关键作用	首次鉴定出SFRP2+成纤维细胞作为OLP炎症性成纤维细胞的来源，并发现其通过Wnt5a表达与CD8+ T细胞相互作用放大炎症反应	样本量相对较小(4例OLP患者和1例健康对照的单细胞测序)，且机制研究主要在体外进行	探究疾病特异性成纤维细胞在口腔扁平苔藓发病机制中的作用	口腔扁平苔藓患者和健康个体的口腔黏膜组织及原代培养的成纤维细胞	单细胞组学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	4例OLP患者和1例健康对照进行scRNA-seq，51例OLP患者和24例健康个体进行原代成纤维细胞分析
35	2025-06-28	Comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals an EGFR signature for predicting immunotherapy response and prognosis in pan-cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604394 PMID:40574864	research paper	通过单细胞和批量RNA测序数据的综合分析，揭示了一个基于EGFR的基因特征，用于预测泛癌免疫治疗反应和预后	开发了一个新的EGFR相关基因特征(EGFR.Sig)，作为预测免疫治疗反应的生物标志物，并在泛癌中验证其预测性能	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	开发新的生物标志物以优化免疫检查点抑制剂的治疗效果	泛癌患者	machine learning	pan-cancer	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, machine learning	multiple machine learning algorithms	RNA sequencing data	34个泛癌scRNA-Seq队列和10个bulk RNA-Seq队列
36	2025-06-28	Mapping CD4+ T cell diversity in CSF to identify endophenotypes of multiple sclerosis 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf231 PMID:40574973	研究论文	本研究通过光谱流式细胞术分析脑脊液中的CD4+ T细胞，旨在识别多发性硬化症（MS）的致病性T细胞亚群	利用公开的转录组数据集和单细胞RNA测序数据设计标记物面板，识别与慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）相关的CD4+ T细胞亚群，并将这些发现转化到MS数据集中	研究主要基于小鼠模型EAE的数据，转化到人类MS的适用性需要进一步验证	探索CD4+ T细胞亚群作为MS患者分层和疾病进展的生物标志物	多发性硬化症（MS）患者的脑脊液（CSF）中的CD4+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	转录组数据、流式细胞术数据	独立MS队列的脑脊液细胞样本
37	2025-06-28	Regulatory B cells promote the immunosuppressive microenvironment and progression of clear cell renal cell carcinoma 2025, Immunotherapy advances IF:4.1Q2 DOI:10.1093/immadv/ltaf013 PMID:40575014	研究论文	本研究探讨了调节性B细胞（Bregs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的免疫抑制作用和预后意义	建立了基于机器学习的Breg特征模型（CMLBregS），用于风险分层和免疫分析，并发现IRF4作为关键预后标志物	研究主要基于回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究Bregs在ccRCC中的免疫调节作用及其对预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	肿瘤免疫学	肾细胞癌	空间转录组学、多重免疫荧光（mIF）、免疫组织化学	机器学习模型（CMLBregS）	基因表达数据、免疫组织化学数据	多个队列的ccRCC患者样本
38	2025-06-28	Activation of the IDO1-GCN2-ATF4-CHOP Pathway During the Massive Generation of Antibody-Secreting Cells in Dengue Patients Through Single-Cell Transcriptomics 2025, International journal of tryptophan research : IJTR IF:2.7Q3 DOI:10.1177/11786469251340237 PMID:40575112	研究论文	通过单细胞转录组学研究了登革热患者中抗体分泌细胞（ASC）大量生成时IDO1-GCN2-ATF4-CHOP通路的激活机制	揭示了CD14+单核细胞而非B细胞在色氨酸代谢中的主导作用，以及色氨酸缺乏对B细胞命运的早期影响	需要进一步研究以完全理解这些发现对疾病进展的影响	探究登革热如何调节宿主代谢和B细胞反应	登革热患者的抗体分泌细胞（ASC）和CD14+单核细胞	单细胞转录组学	登革热	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共数据库中的单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
39	2025-06-27	PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation 2025-Dec, Epigenetics IF:2.9Q2 DOI:10.1080/15592294.2025.2523191 PMID:40568952	research paper	该研究发现了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2，这些基因与种系遗传的母源DNA甲基化相关	发现了两个新的胎盘特异性印记基因，并揭示了它们的多态性印记特征和细胞类型特异性	未能发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫样本与对照组之间的差异	扩展胎盘特异性印记基因的列表并研究其特性	人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2	表观遗传学	NA	全基因组甲基化测序，单细胞RNA-seq	NA	甲基化数据，RNA-seq数据	多种体细胞组织、胎盘样本及复杂妊娠样本
40	2025-06-27	Progress and applications of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome technology in acute kidney injury research 2025-Sep-09, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102583 PMID:40568028	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组技术在急性肾损伤研究中的进展与应用	整合单细胞空间定位数据与分子组学，揭示细胞异质性、个性化治疗等研究方向	讨论了scRNA-seq与空间组学在AKI研究中的当前限制	探讨单细胞转录组分析和空间组学在急性肾损伤研究中的前沿应用	急性肾损伤（AKI）	生物医学研究	急性肾损伤	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA