单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-18	Single-cell transcriptome analysis suggests cells of the tumor microenvironment as a major discriminator between brain and extracranial melanoma metastases 2025-Sep-16, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00691-2 PMID:40954493	研究论文	通过单细胞转录组分析比较脑转移和颅外转移黑色素瘤，揭示肿瘤微环境是主要区分因素	发现肿瘤细胞表达高度同质，但脑转移微环境（尤其免疫细胞）差异显著，提出代谢适应和微环境驱动差异的新观点	样本量较小（15例脑转移和10例颅外转移），且为重新分析已有数据而非原始实验	探究脑转移与颅外转移黑色素瘤的分子差异及其微环境作用	黑色素瘤脑转移（MBM）和颅外转移（ECM）患者样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq），细胞类型特异性伪批量分析	计算重新分析方法（无特定AI模型）	单细胞转录组数据	25例样本（15例脑转移 + 10例颅外转移）
22	2025-09-18	Limited nasal interferon production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses 2025-Sep-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182836 PMID:40956633	研究论文	本研究揭示了鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗反应欠佳的机制	首次通过单细胞RNA测序发现鼻部干扰素刺激基因表达低下及干扰素负调控基因富集，并证实干扰素局部给药可增强免疫应答	主要基于小鼠模型，人类数据仅来自COVID-19患者的验证性分析	探究上呼吸道病毒清除延迟的免疫机制并开发干预策略	小鼠模型和COVID-19患者样本	免疫学	呼吸道病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	小鼠模型和COVID-19患者样本（具体数量未明确说明）
23	2025-09-18	AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference 2025-Sep-16, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408 PMID:40956752	研究论文	提出一个自动化图神经网络框架AutoGRN，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络	采用遗传搜索算法和信息熵约束，自动优化GNN架构以适应不同数据集特性	未明确说明框架计算复杂度或可扩展性限制	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因表达数据（特别是scRNA-seq数据）	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多个公共数据集（具体数量未说明）
24	2025-09-18	Pharmacovigilance-Based Identification and Mechanistic Exploration of Periodontitis-Related Drugs 2025-Sep-16, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.70040 PMID:40957584	研究论文	本研究利用药物警戒数据和分子生物学方法探索与牙周炎相关的药物及其潜在机制	首次整合FAERS药物警戒数据、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究药物与牙周炎的关联及分子机制	需要进一步研究确认因果关系，现有结果主要基于观察性数据和遗传学证据	识别与牙周炎相关的药物并探索其分子机制	药物不良反应报告数据、蛋白质靶点、基因表达数据	药物警戒与生物信息学	牙周炎	FAERS数据挖掘、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、通路富集分析	逻辑回归、信号检测算法、蛋白质相互作用网络分析	药物不良反应报告、基因组数据、单细胞转录组数据	基于FAERS数据库的大规模真实世界数据，以及UKB-PPP和deCODE队列的遗传数据
25	2025-09-18	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2025-Sep-16, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02077-z PMID:40958041	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26	2025-09-18	Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis 2025-Sep-16, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00710-5 PMID:40958051	研究论文	本研究揭示了RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5激活在动脉粥样硬化中的关键作用	首次发现平滑肌细胞特异性依赖RNA编辑，并证明ADAR1通过抑制MDA5激活维持血管完整性和限制动脉粥样硬化	NA	探究RNA编辑在冠状动脉疾病中的作用机制	人斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型	心血管疾病研究	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序、基因编辑	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本
27	2025-09-18	5-FU Resistance Facilitates Immune Evasion in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through ADAM10-Mediated PD-L1 Shedding and Tumour Microenvironment Remodelling 2025-Sep-16, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.70038 PMID:40958168	研究论文	本研究揭示了5-FU耐药通过ADAM10介导的PD-L1脱落和肿瘤微环境重塑促进食管鳞状细胞癌的免疫逃逸	首次发现ADAM10上调和可溶性PD-L1释放是5-FU耐药导致免疫逃逸的新机制	NA	探究5-FU耐药如何通过ADAM10-PD-L1轴介导免疫逃逸	食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞系和小鼠异种移植模型	肿瘤免疫学	食管癌	第三代DNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	5-FU耐药AKR小鼠ESCC细胞系及其亲代细胞系
28	2025-09-18	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计方法，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值和方差变化	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型权重，能同时检测均值和方差偏移	NA	开发一种强大的统计方法来检测基因表达中的一般分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计检验	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA项目的单细胞RNA-seq数据
29	2025-09-18	Biomarker Analysis and Treatment Dynamics Following Preoperative Ipilimumab plus Nivolumab in Locally Advanced Urothelial Cancer from the Phase IB NABUCCO Study 2025-Sep-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0419 PMID:40489082	研究论文	本研究探索了局部晚期尿路上皮癌患者术前使用伊匹木单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物及肿瘤微环境动态变化	首次通过单细胞RNA测序揭示TCF7+CD8+ T细胞在伊匹木单抗高剂量组应答者肿瘤微环境中的积累及其免疫记忆相关基因表达特征	样本量有限（单细胞分析仅基于两名应答者），且为单臂研究缺乏对照组	探索伊匹木单抗联合纳武利尤单抗在局部晚期尿路上皮癌中的生物标志物和治疗机制	III期尿路上皮癌患者	肿瘤免疫学	尿路上皮癌	PD-L1 IHC, 全外显子组测序, 转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫组化数据	基线组织样本53例（测序）, 51例（PD-L1检测）, 42例术后组织（CD8+ T细胞分析）
30	2025-09-18	Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141 PMID:40840441	研究论文	开发空间差异分析方法以揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系	提出空间差异方法，显著提升检测神经元亚型和肿瘤体细胞变异的准确性与灵敏度	NA	解析单细胞转录组中的等位基因特异性表达和细胞异质性	神经元、肿瘤细胞、正常人细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序、空间转录组、全外显子测序	NA	基因表达数据	人类细胞图谱数据（未指定具体样本数）
31	2025-09-18	Machine learning model in multi-omics perspective demystifies the prognostic significance of crotonylation heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma 2025-Sep-15, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-025-01914-4 PMID:40954501	研究论文	本研究通过多组学与机器学习方法揭示了透明细胞肾细胞癌中巴豆酰化异质性的预后意义并构建了一个5基因预后模型	整合10种机器学习算法开发预后模型，并结合空间转录组学和单细胞数据分析巴豆酰化异质性	NA	阐明巴豆酰化异质性并建立透明细胞肾细胞癌的稳健预后模型	透明细胞肾细胞癌患者及786-O和HK-2细胞系	机器学习	肾癌	多组学分析，包括转录组学、空间转录组学、单细胞数据分析、qRT-PCR	集成10种机器学习算法	转录组数据、突变数据、药物敏感性数据	来自TCGA-KIRC和GEO队列（GSE40435, GSE167573, GSE29609）的样本
32	2025-09-18	Cellular cholesterol metabolism rewiring through SREBP2-LXR-mTOR signaling convergence orchestrates T cell fate and keratinocyte apoptosis in oral lichen planus 2025-Sep-15, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115457 PMID:40957169	研究论文	本研究探讨口腔扁平苔藓中T细胞胆固醇代谢通过SREBP2-LXR-mTOR信号轴重编程调控T细胞命运和角质形成细胞凋亡的机制	首次揭示OLP中T细胞胆固醇代谢异常通过SREBP2-LXR轴失衡和mTOR-STING通路交叉对话驱动疾病进展	NA	阐明胆固醇代谢在口腔扁平苔藓T细胞免疫病理中的作用机制	口腔扁平苔藓患者T细胞、Jurkat T细胞系、角质形成细胞共培养体系	免疫代谢学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、PCR、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、细胞功能实验数据	NA
33	2025-09-18	Comparison of single-cell RNA-seq methods to enable transcriptome profiling of neutrophils in clinical samples 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101173 PMID:40957400	研究论文	比较三种单细胞RNA测序方法在临床样本中性粒细胞转录组分析中的应用性能	首次系统评估10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE技术对临床来源中性粒细胞scRNA-seq的适用性，并建立标准化工作流程	仅评估三种商业平台，未涵盖所有可用scRNA-seq技术	开发适用于临床试验的中性粒细胞可靠转录组分析方法	人血液来源的中性粒细胞	单细胞测序技术	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确样本数量，但评估了三种技术平台
34	2025-09-18	A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015 PMID:40957419	研究论文	研究三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结内TLR4依赖的成纤维细胞-单核细胞轴促进转移的机制	发现TLR4信号通过FRC-单核细胞轴重塑淋巴结微环境，介导免疫抑制和转移	NA	探究三阴性乳腺癌转移过程中肿瘤引流淋巴结的免疫微环境重组机制	三阴性乳腺癌小鼠模型及人类患者肿瘤引流淋巴结	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	空间转录组学、体外抑制实验	NA	基因表达数据、空间转录数据	小鼠模型及人类TNBC样本（具体数量未明确说明）
35	2025-09-18	Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential 2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology IF:3.3Q2 DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976 PMID:40953858	研究论文	通过整合基因组范围分析揭示胆结石疾病的遗传背景并强调具有治疗潜力的新基因位点	发现了与胆结石疾病相关的UGT1A4和FADS1/3等新易感基因位点，并揭示了不饱和脂肪酸水平与疾病风险的因果关系	研究主要基于欧洲和日本人群数据，可能存在人群特异性限制	识别胆结石疾病的新遗传位点并探索其临床意义和治疗潜力	胆结石疾病患者及相关遗传数据	基因组学	胆结石疾病	GWAS, meta分析, 转录组范围关联研究, 孟德尔随机化, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	UK Biobank, FinnGen R11和Biobank Japan的多个人群队列数据
36	2025-09-18	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ady0080 PMID:40929272	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示1型糖尿病进展中胰腺细胞类型特异的基因调控程序	首次结合单核多组学和空间转录组学技术，在人类胰腺样本中系统解析1型糖尿病进展过程中的细胞类型特异性表观遗传驱动因子和细胞间通讯变化	样本量相对有限（最多32名捐赠者），且主要基于观察性数据，因果关系需进一步验证	阐明1型糖尿病在胰腺中的细胞类型特异性调控机制	人类胰腺组织样本（来自非糖尿病患者、自身抗体阳性者和1型糖尿病患者）	生物医学信息学	1型糖尿病	单核多组学（snMultiome）、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	32名捐赠者（853,005个细胞）
37	2025-09-18	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Sep-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT通路加剧脑缺血再灌注损伤中的铁死亡，提出其作为治疗靶点的潜力	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进缺血性脑卒中中的铁死亡，并验证其抑制剂Compound 11的治疗效果	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化潜力需进一步验证	探究SPP1在缺血性脑卒中中的作用机制及治疗靶点价值	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	病理机制研究	缺血性脑卒中	Western blot, 免疫荧光, 蛋白质组学分析, 电子显微镜, ROS定量	NA	蛋白质表达数据, 显微镜图像, 生化指标	细胞模型和小鼠动物模型（具体数量未明确说明）
38	2025-09-18	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，利用视黄酸和线粒体解偶联剂协同促进神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为核心的治疗策略，通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复线粒体数量和质量，首次证明该策略可驱动肿瘤分化并消除干细胞群体	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量的方法，并研究其是否能驱动肿瘤分化	神经母细胞瘤	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、电子传递链抑制剂	NA	基因表达数据、代谢数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
39	2025-09-18	Tumor-expressed GPNMB orchestrates Siglec-9+ TAM polarization and EMT to promote metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2503081122 PMID:40892920	研究论文	本研究揭示了肿瘤表达的GPNMB通过调控Siglec-9+ TAM极化和EMT过程促进三阴性乳腺癌转移的分子机制	首次发现GPNMB-Siglec-9轴作为糖免疫检查点驱动TAM介导的转移，并证实双重抑制Siglec-E和PD-1可有效抑制肿瘤干细胞特性和转移	机制研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床转化潜力需进一步验证	探究GPNMB在三阴性乳腺癌转移微环境中的调控机制和治疗靶点价值	三阴性乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、单核细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 三维球体共培养技术	NA	基因表达数据	利用公共TNBC scRNA-seq数据集和TNBC队列样本
40	2025-09-18	Multi-Omics Validation of Myelin Water Fraction as a Myelin-Specific MRI Biomarker 2025-Sep-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.27.25334582 PMID:40950466	研究论文	通过多组学方法验证髓鞘水分数（MWF）作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学相关性	首次整合BMC-mcDESPOT MRI、血浆蛋白质组学和空间转录组学数据，多维度验证MWF的髓鞘特异性	研究仅针对成人脑白质和深部灰质区域，样本来源和年龄范围未明确说明	验证髓鞘水分数（MWF）作为非侵入性髓鞘含量定量生物标志物的生物学特异性	成人脑白质和深部灰质区域	神经影像学	神经系统疾病	BMC-mcDESPOT MRI, SomaScan 7k蛋白质组学, 空间转录组学	NA	MRI影像, 蛋白质组数据, 基因表达数据	NA