单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-15	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	该研究通过空间免疫分析和多组学方法，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体的肿瘤微环境变化，提出了TIM-3作为前体干预的潜在靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5个	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间免疫和转录组分析	NA	空间免疫数据, 转录组数据	114例人类样本, 5个小鼠模型
22	2025-06-15	C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011472 PMID:40484643	研究论文	本研究探讨了C5a/C5aR通路在乳腺癌铜死亡抵抗中的作用，并提出了结合CuS纳米颗粒和C5a受体拮抗剂的新型治疗策略	首次证明C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B表达介导铜死亡抵抗，并提出CuS纳米颗粒联合C5aRA的协同治疗方案	研究主要聚焦于乳腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	探究铜死亡抵抗机制并开发新型癌症联合治疗策略	乳腺癌细胞及小鼠移植瘤模型	癌症治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、生物信息学分析、免疫组化、流式细胞术、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确说明具体样本数量（包含体外细胞实验和小鼠模型）
23	2025-06-15	Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011455 PMID:40484646	research paper	该研究探讨了化疗耐药性结直肠癌（CRC）对溶瘤病毒（OVs）治疗的敏感性，并发现TBK1抑制剂（TBK1i）与OVs联合使用可增强NK细胞的抗肿瘤免疫反应	揭示了TBK1在化疗耐药性CRC中的异常激活及其对OVs疗效的影响，并首次提出TBK1i与OVs联合治疗可通过ICAM1介导的NK细胞免疫增强抗肿瘤效果	研究主要基于体外、体内和患者来源的类器官模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索化疗耐药性CRC对OVs治疗的敏感性及TBK1i的增效机制	化疗耐药性结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	RNA测序分析、免疫组化、单细胞RNA测序、流式细胞术、体内中和实验	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	NA
24	2025-06-15	Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011642 PMID:40484644	研究论文	评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012在晚期实体瘤中的临床前和临床效果	SKV-012是一种新型工程化溶瘤病毒，结合了IL-12的免疫刺激作用和溶瘤疱疹病毒的肿瘤特异性复制能力，能够重塑肿瘤微环境	样本量较小，仅为I期临床试验结果	评估SKV-012在晚期实体瘤中的安全性和有效性	晚期实体瘤患者	肿瘤免疫治疗	实体瘤	多路免疫组化、单细胞转录组分析	NA	临床数据、实验数据	临床前模型和6名患者（I期临床试验）
25	2025-06-15	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Jun-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演化	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗期间骨髓微环境重塑的动态变化，并提出了预测治疗反应的预后标志物和克服耐药性的临床可行策略	研究样本量有限，且主要基于DAV治疗方案，结果在其他治疗方案中的普适性需要进一步验证	阐明venetoclax治疗AML过程中骨髓微环境重塑的机制并开发克服耐药的策略	接受DAV治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	配对的治疗前后AML患者骨髓样本（具体数量未明确提及）
26	2025-06-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy 2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04083-3 PMID:40464813	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的机制，发现CXCL13+ T细胞亚群的缺失与复发相关	首次构建了宫颈鳞状细胞癌患者在同步放化疗前的肿瘤微环境细胞图谱，并揭示了CXCL13+ T细胞亚群在非复发肿瘤中的重要作用	样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	探索宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的细胞和分子机制	宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	digital pathology	cervical cancer	single-cell RNA sequencing, 10×单细胞测序	random forest	单细胞RNA测序数据	6名宫颈鳞状细胞癌患者（3名复发，3名未复发）
27	2025-06-15	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类（PIGU）在肝细胞癌（HCC）糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用公共数据库、CRISPR敲除筛选分析及单细胞RNA测序技术，揭示PIGU在HCC糖酵解通路中的调控作用及其对细胞周期的影响	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的分子调控机制	肝细胞癌（HCC）细胞系SMMC-7721和Huh7	癌症研究	肝细胞癌	RNA测序（bulk RNA和scRNA-seq）、CRISPR敲除筛选、免疫组化（IHC）、蛋白质组学、细胞功能实验（增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡检测）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、细胞实验数据	3773例HCC样本（bulk RNA）、234例HCC样本（IHC和蛋白质组学）、22861个HCC细胞（scRNA-seq）
28	2025-06-15	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量感知的人类化转换	OrthologAL通过与BioMart接口访问Ensembl数据库中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现直系同源转换，便于将非人类转录组数据应用于药物转录组学数据库	NA	促进非人类转录组的人类直系同源转换，并将药物转录组学数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤, 脊髓损伤	单细胞转录组学, 空间转录组学	Shiny应用程序, Seurat对象	基因表达数据	包括来自GSE129730、GSE213240、GSE234774和E-MTAB-11720等多个数据集的样本
29	2025-06-15	WNT Mimetic-Induced Lacrimal Gland Regeneration Reverses Aqueous Tear Deficiency 2025-Jun-02, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.14.6.19 PMID:40492997	研究论文	研究探讨了通过WNT信号激活促进泪腺腺泡细胞再生以逆转干眼症的方法	首次使用基于抗体的WNT模拟物平台激活泪腺腺泡细胞，恢复泪液分泌	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索WNT信号激活在泪腺腺泡细胞增殖中的作用及其在干眼症治疗中的应用	小鼠泪腺腺泡细胞和干眼症模型	再生医学	干眼症	单细胞测序、三维腺泡细胞类器官培养	小鼠模型	基因表达数据、细胞增殖数据	小鼠泪腺腺泡细胞和干眼症模型
30	2025-06-15	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2025-Jun, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	该研究通过结合空间分辨代谢组学和空间转录组学，揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成，从而推动宫颈癌细胞生长的机制	首次整合空间分辨代谢组学和空间转录组学技术，揭示了RACK1在宫颈癌脂肪酸合成中的调控作用及其分子机制	研究仅针对宫颈癌细胞，未在其他类型癌症中验证RACK1的作用	探究RACK1在宫颈癌细胞脂肪酸合成中的调控机制	宫颈癌细胞	癌症代谢研究	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、Western blotting	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
31	2025-06-15	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过集成后索引步骤提高了通量，并系统性地适配了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	NA	开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和临床适用性	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data (RNA, VDJ, chromatin, CRISPR perturbation)	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
32	2025-06-15	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用及浆细胞（PCs）的促炎机制	首次发现α-突触核蛋白阳性小胶质细胞是AIU中主要的损伤细胞亚群，并揭示MUC1阳性浆细胞通过分泌多种细胞因子延长疾病进程的机制	研究主要基于EAU小鼠模型，人类患者数据仅限于VKH患者的浆细胞分析	阐明自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群对视网膜损伤的贡献机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序、免疫荧光	EAU小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明样本数量，涉及EAU小鼠和VKH患者浆细胞
33	2025-06-15	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	research paper	该研究揭示了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）具有不同的功能特性	首次研究了定位驱动的中性粒细胞功能特化，发现上皮相关中性粒细胞（EANs）和固有层中性粒细胞（LPNs）在功能和转录程序上存在显著差异	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能不完全反映人类IBD的全部复杂性	探究IBD中不同空间位置中性粒细胞的功能特性和临床意义	炎症性肠病（IBD）患者和小鼠结肠炎模型中的中性粒细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，空间RNA转录组学，实时活体成像	NA	RNA测序数据，成像数据	UC缓解期患者和小鼠结肠炎模型
34	2025-06-15	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	首次发现热射病诱导的多器官功能障碍中中性粒细胞存在共同的异质性，并确定Cebpe作为Cd177+中性粒细胞分化的关键转录调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病诱导多器官功能障碍的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	单细胞测序	热射病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠热射病模型	单细胞转录组数据	热射病小鼠的肺组织和肝组织
35	2025-06-15	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究探讨了近红外激光光生物调节对小鼠海马区认知功能的增强作用	首次展示了近红外激光光生物调节对小鼠海马区认知功能的显著增强效果，并揭示了其与神经元振荡、θ-γ耦合及能量代谢相关的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果和安全性	探索近红外激光光生物调节作为认知功能障碍非侵入性治疗方法的潜力	小鼠海马区	神经科学	认知功能障碍	单细胞RNA测序	NA	行为学数据、电生理数据、分子生物学数据	多组小鼠（具体数量未明确说明）
36	2025-06-15	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	首次在单细胞水平上分析了肾上腺偶发瘤的异质性，发现了与肿瘤发生相关的基因表达模式和潜在的生物标志物	研究样本量相对有限，且主要依赖公共数据集	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	302,696个细胞
37	2025-06-15	Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416921 PMID:40231585	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术标注罕见肿瘤细胞，开发了一种基于深度学习的细胞病理学诊断模型，用于早期肺癌的诊断	使用单细胞DNA测序作为客观标注标准，解决了传统标注方法在罕见肿瘤细胞上的不足，显著提高了深度学习模型在BAL细胞学中的诊断性能	模型在外部验证队列中的敏感性仍有提升空间，且样本量相对有限	开发一种基于深度学习的细胞病理学诊断模型，提高早期肺癌的诊断准确性	支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞	digital pathology	lung cancer	scDNA-Seq	DL	image	训练集包含580个ETCs和1106个良性细胞，发现队列156例，验证队列158例，外部验证队列141例
38	2025-06-15	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Jun, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	research paper	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了PIK3CA通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达，并在小鼠模型中验证了HIF-1α和VEGF-A抑制对异常血管的减少作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的支持数据可能有限	探究血管畸形的发病机制，为治疗难治性血管畸形提供理论基础	小鼠模型和人类血管畸形样本	血管生物学	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类血管畸形样本
39	2025-06-15	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Jun-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示成纤维细胞与激活的免疫细胞之间的相互作用，探索慢传输型便秘中促炎机制的生物信息学研究	鉴定了STC特异性的XCL2 + CD8 + T细胞，并揭示了其通过IFNG和TNFSF14信号通路增强成纤维细胞分泌促炎细胞因子的机制	样本量较小（6例STC患者和6例对照），且机制研究仍需进一步实验验证	阐明慢传输型便秘患者免疫微环境的特征及特定免疫细胞类型的作用机制	慢传输型便秘患者和对照组的肠道组织	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例STC患者和6例对照
40	2025-06-15	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究扩展了2D胃泌类器官的培养时间至10天，以模拟人类中胚层发育	发现了2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，并揭示了中胚层分化的空间组织	NA	研究人类中胚层分化和形态发生的模型	2D胃泌类器官	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	2D胃泌类器官模型	转录组数据	NA