单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40164 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-06 |
3D chromatin architecture-related genes orchestrate LUAD evolution and therapy resistance: insights from integrative machine learning and spatial single-cell mapping
2026-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-026-01914-z
PMID:42240917
|
研究论文 | 整合机器学习和空间单细胞测序揭示3D染色质结构相关基因在肺腺癌进展和治疗耐药中的调控作用 | 首次系统鉴定并验证5个3D染色质结构相关基因（SMC3、RAD21、FOXM1、MYBL2和MTA3）在肺腺癌术后复发、索拉非尼治疗反应及肿瘤进展中的关键调控作用，并利用空间转录组学和虚拟单基因扰动分析揭示其在肿瘤增殖细胞中的功能机制 | 研究主要基于公开数据集和生物信息学分析，缺乏临床样本的独立大规模验证，且未深入探讨这些基因在染色质三维结构中的具体调控机制 | 探索3D染色质结构相关基因在肺腺癌术后复发、索拉非尼治疗反应、肿瘤进展及肿瘤微环境调控中的作用 | 肺腺癌（LUAD）患者肿瘤组织及周边正常组织 | 机器学习 | 肺腺癌（lung cancer） | 转录组测序（RNA-seq）、空间转录组测序、单细胞测序、集成机器学习 | 集成机器学习模型 | 基因表达数据（转录组）、单细胞数据、空间转录组数据 | TCGA-LUAD队列及7个GEO数据集（GSE31210、GSE30219、GSE33072、GSE27389、GSE115002、GSE83836、GSE31428），含独立验证队列 | NA | 单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq）、空间转录组测序（spatial transcriptomics） | 10x Chromium、10x Visium（推断，基于单细胞和空间测序常用平台） | NA |
| 22 | 2026-06-06 |
A progenitor cell population contributes to prenatal injury repair and neonatal antimicrobial defense in the small intestine
2026-Jun-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117503
PMID:42241283
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序与小鼠及类器官模型的功能研究，鉴定了胚胎和新生小鼠小肠中由溶菌酶1标记的前体细胞群（SISPCs），并揭示了其在产前损伤修复和新生儿抗菌防御中的作用 | 首次鉴定出胚胎和新生小鼠小肠中由Lyz1标记的前体细胞群（SISPCs），并发现其具有动态时空分布和干性特征，且不同于Lyz1潘氏细胞 | NA | 阐明胚胎小肠中上皮细胞的类型和功能，特别是前体细胞在肠道发育和损伤修复中的作用 | 小鼠小肠上皮细胞，特别是胚胎和新生阶段的Lyz1阳性前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠小肠组织样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 23 | 2026-06-06 |
Nerve-proximal tertiary lymphoid structures predict chemotherapy sensitivity in pancreatic cancer
2026-Jun-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117496
PMID:42241282
|
研究论文 | 研究发现了在胰腺导管腺癌中，化疗促进神经重塑与三级淋巴结构（TLS）的相互作用，并鉴定出神经近端TLS可作为化疗敏感性的潜在生物标志物 | 首次揭示化疗诱导的施万细胞转录重编程与三级淋巴结构成熟之间的空间关联，提出神经-免疫轴在肿瘤微环境中的作用新机制 | 样本量有限（86例初治和49例新辅助化疗患者），且缺乏功能验证实验 | 探究胰腺导管腺癌中神经重塑对三级淋巴结构及化疗疗效的影响 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | 86例初治和49例新辅助化疗患者的组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台用于神经区域分析 |
| 24 | 2026-06-06 |
Aging restricts maturation of CXCL13+ T follicular helper cells in human immunity
2026-Jun-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117423
PMID:42241286
|
研究论文 | 利用人类扁桃体类器官、单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术，揭示了衰老通过限制CXCL13+ T滤泡辅助细胞的成熟来削弱特异性抗体应答 | 首次在人类系统中揭示CXCL13+ Tfh细胞成熟受阻是衰老相关抗体应答下降的关键机制，并鉴定BACH2和SOX4为年龄相关分化调控因子 | 研究主要基于扁桃体组织，未涉及其他淋巴器官；且未在体内模型中验证发现的因果关系 | 阐明人类衰老过程中B细胞和T细胞对特异性抗体应答下降的差异化贡献 | 来自年轻和年长捐赠者的人类扁桃体组织及衍生的类器官 | 单细胞转录组学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR扰动、类器官培养 | NA | 基因表达数据 | 分析来自不同年龄捐赠者的扁桃体样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' Gene Expression |
| 25 | 2026-06-06 |
Circuit organization and transcriptomic heterogeneity of sympathetic circuits innervating cranial structures
2026-Jun-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117446
PMID:42241285
|
研究论文 | 通过神经元追踪结合单细胞和空间转录组学，解析支配颅面部结构交感神经回路的组织结构和转录组异质性 | 首次结合神经元追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示了颈上神经节（SCG）神经元与其支配效应器官之间的精确投射关系，并发现SCG神经元转录组类型与轴突投射类型之间不存在严格的一对一对应关系 | NA | 阐明支配颅面部结构的交感神经回路的组织结构和细胞异质性 | 支配颅面部结构的小鼠交感神经回路及颈上神经节（SCG）神经元 | 机器学习 | NA | 神经元追踪、单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 26 | 2026-06-06 |
Culture-specific transcriptional drifts limit the fidelity of organoid infection models
2026-Jun-04, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1014321
PMID:42241455
|
研究论文 | 通过时间序列转录组分析揭示培养诱导的转录漂移影响了患者源回肠类器官在分枝杆菌感染模型中的保真度 | 首次使用人类肠道类器官模拟副结核分枝杆菌感染并表征上皮转录组反应，发现培养相关转录漂移是基因表达变化的主要驱动因素，并通过空间转录组学揭示感染可选择性抵消培养诱导的基因表达变化 | 培养诱导的转录漂移和福斯克林处理均对类器官感染模型产生显著干扰，可能掩盖病原体特异性响应 | 探究培养诱导的人工产物对肠道类器官感染模型的影响 | 患者源回肠类器官 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 患者源回肠类器官，包含MAP感染、FSK处理和未处理对照组的48小时时间序列样本 | NA | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2026-06-06 |
CIPHER: An end-to-end framework for designing optimized aggregated spatial transcriptomics experiments
2026-Jun-04, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014362
PMID:42241464
|
研究论文 | 提出CIPHER框架，用于优化聚合空间转录组实验的设计，通过联合优化编码矩阵和下游细胞嵌入提高解码准确性 | 将聚合签名设计表述为解码准确性和实验可测量性的联合优化问题，将成像检测的物理限制直接融入损失函数，在提高可分离性的同时保持对噪声和信号约束的鲁棒性 | NA | 开发一种端到端框架，系统性地设计优化的聚合转录特征，以提升空间转录组与scRNA-seq整合的效果 | 聚合空间转录组实验中的特征设计，包括编码矩阵和细胞嵌入的联合优化 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 神经网络 | 转录组数据 | 基于大规模小鼠大脑scRNA-seq参考数据集 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2026-06-06 |
DEHP-induced male reproductive toxicity: Evidence from population studies, animal experiments, and multi-omics profiling
2026-Jun-04, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120320
PMID:42241798
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研究论文 | 通过人群研究、动物实验和多组学分析评估DEHP暴露与男性生殖毒性的关联 | 采用多层次整合策略，结合NHANES人群数据、大鼠实验、转录组机器学习和单细胞RNA-seq网络推断，系统揭示DEHP生殖毒性机制并预测候选化合物 | 熊果酸的验证仅基于计算模拟，缺乏实验验证 | 探究DEHP暴露与男性睾酮缺乏的关联及分子机制 | 成年男性（NHANES 2013-2016）和雄性SD大鼠 | 机器学习 | 男性生殖毒性 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟 | 逻辑回归, 集成机器学习 | 文本, 基因表达数据 | NHANES 2013-2016成年男性（具体数量未提及）；Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2026-06-06 |
Rheumatoid arthritis synovial fibroblasts promote the glycolysis of myeloid-derived suppressor cells via TREM1/mTOR axis
2026-Jun-04, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116961
PMID:42242136
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和流式细胞术，发现类风湿关节炎滑膜成纤维细胞通过TREM1/mTOR轴促进髓系抑制性细胞的糖酵解重编程，从而加剧炎症表型 | 首次揭示TREM1信号在类风湿关节炎中介导滑膜成纤维细胞与髓系抑制性细胞之间的代谢串扰，并证明TREM1是恢复MDSC代谢稳态的潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 研究类风湿关节炎中髓系抑制性细胞的代谢重编程机制及其与滑膜成纤维细胞的相互作用 | 类风湿关节炎患者的髓系抑制性细胞、成纤维样滑膜细胞MH7a细胞系 | 数字病理学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、空间转录组学、糖酵解检测 | NA | 基因表达数据、图像 | 未具体说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序和空间转录组学分析 |
| 30 | 2026-06-06 |
scTACL: A multitask topology-aware contrastive learning approach for single-cell transcriptomics analysis
2026-Jun-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag361
PMID:42242168
|
研究论文 | 提出scTACL方法，通过多任务拓扑感知对比学习分析单细胞转录组数据，以处理噪声和缺失事件 | 创新性地使用细胞相似性图与细胞嵌入相似性图之间的对比学习，并采用零膨胀负二项分布建模重建数据，无需空间信息即可区分空间转录组中的区域 | 未明确提及局限性，但可能依赖于数据质量和模型参数选择 | 开发新方法改善单细胞转录组数据分析，包括数据填充、聚类、批次效应校正和细胞间相互作用 | 单细胞转录组数据及空间转录组数据 | 机器学习 | 肺癌（肺腺癌）、肝癌 | scRNA-seq | 对比学习 | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 31 | 2026-06-06 |
Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis
2026-Jun-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2026.05.005
PMID:42242209
|
研究论文 | 提出了一种名为STACCato的监督张量分析方法，用于识别与生物条件相关的细胞-细胞通讯事件 | STACCato通过张量回归模型同时考虑了混杂因素和CCC事件间的依赖关系，解决了现有方法在解释性、混杂因素调整和依赖关系建模方面的不足 | 未明确提及限制，但从方法本身推测，可能依赖于预先定义的细胞类型注释和通讯数据库，且计算复杂度可能较高 | 开发一种能够统计推断生物条件与细胞-细胞通讯事件关系的新工具 | 系统性红斑狼疮单细胞RNA测序数据和自闭症单核RNA测序数据中的细胞-细胞通讯事件 | 机器学习 | 自身免疫性疾病（系统性红斑狼疮）、神经发育障碍（自闭症） | 单细胞RNA测序 | 张量回归模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-06-06 |
Widespread transcriptional memory shapes heritable states and functional heterogeneity in cancer and stem cells
2026-Jun-04, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2026.101621
PMID:42242211
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研究论文 | 通过谱系解析的单细胞转录组学揭示癌症和干细胞中广泛的转录记忆塑造可遗传状态和功能异质性 | 首次利用谱系追踪的单细胞转录组学区分可遗传细胞状态与瞬时波动，将转录记忆定义为可遗传异质性的新基础，并揭示聚类状态和潜在状态两类可遗传状态 | 转录记忆的跨细胞类型保守性仅部分观察到，且其维持机制尚未完全阐明，对潜在状态基因的功能优势解释有限 | 解析非遗传异质性的机制，特别是通过可遗传状态促进癌症进化和发育轨迹的分子基础 | 癌症细胞和干细胞中的可遗传细胞状态及其转录记忆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞转录组学, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 谱系解析的单细胞转录组学 |
| 33 | 2026-06-06 |
Agility training enhances motor temporal precision by reweighting spinal phase-locked commissural inhibition
2026-Jun-04, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2026.05.013
PMID:42242212
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研究论文 | 本研究揭示了敏捷训练通过增强脊髓相位锁定交叉抑制来重塑慢速运动神经元活动，从而提升运动时间精确性的机制 | 首次发现敏捷训练通过增强交叉抑制而非均匀增强兴奋来选择性压缩慢速运动神经元活动，并阐明其分子基础为甘氨酸受体表达上调 | 未说明 | 探究敏捷训练改善运动时间精确性的神经回路和分子机制 | 成年斑马鱼的脊髓运动回路 | 计算神经科学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2026-06-06 |
CD157+ vascular endothelial stem cells represent a conserved subpopulation with an angiogenic gene expression profile
2026-Jun-04, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2026.102931
PMID:42242216
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研究论文 | 鉴定表达CD157抗原的血管内皮干细胞是一个保守的亚群，具有与血管生成相关的基因表达谱，并在血管再生中发挥作用 | 首次系统揭示了小鼠和人类CD157阳性内皮细胞的保守转录谱，发现NFAT通路在血管网络形成中的作用，并识别出人类内皮细胞中类似小鼠CD157阳性细胞的亚群及其定位 | 未充分探讨CD157内皮细胞的临床应用潜力，以及其在疾病模型中的功能验证 | 阐明CD157阳性血管内皮干细胞的分子特征及其在血管再生中的保守机制 | 小鼠和人类组织中的CD157阳性血管内皮细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台 |
| 35 | 2026-06-06 |
Hypoxia shapes both therapeutic response and resistance in metastatic clear cell renal cell carcinoma
2026-Jun-04, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.05.007
PMID:42242232
|
研究论文 | 探究缺氧在转移性透明细胞肾细胞癌中如何影响治疗效果和耐药性 | 揭示了缺氧反应性SPP1肿瘤相关巨噬细胞在VEGFR-TKI/aPD-1联合治疗中的双重作用，以及治疗前缺氧预测不良预后的新机制 | 未明确说明，但从摘要推断可能包括小鼠模型的局限性以及人类队列的样本量问题 | 研究VEGFR-TKI、aPD-1及联合治疗在透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的演变机制 | 转基因透明细胞肾细胞癌小鼠模型及人类治疗队列 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、成像质谱流式 | NA | 单细胞RNA测序数据、成像质谱数据 | 小鼠模型及人类队列，未具体说明数量 | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | 10x Chromium, Fluidigm CyTOF | 10x Chromium单细胞RNA测序，Fluidigm成像质谱流式系统 |
| 36 | 2026-06-06 |
Pathogenesis of diffuse large B cell lymphoma proteogenotypes
2026-Jun-04, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.05.008
PMID:42242231
|
研究论文 | 通过对478例弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤的蛋白质组、转录组和基因组数据整合分析，识别出七种反映特定病理生理特征的DLBCL蛋白质基因组型 | 首次通过多组学整合方法识别出独立于传统风险因素的DLBCL预后相关蛋白质基因组型PG4，并揭示其MYC活化机制及免疫微环境特征 | 未明确说明研究样本的种族多样性及外部验证队列结果 | 阐明弥漫性大B细胞淋巴瘤的临床和分子异质性机制 | 478例弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本及其微环境细胞 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 蛋白质组学、转录组学、基因组学分析，单细胞测序，空间转录组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、基因组数据、单细胞测序数据、空间转录组数据 | 478例弥漫性大B细胞淋巴瘤肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-06-06 |
Human primary antibody response to vaccination follows a partially sequential class-switching program with a checkpoint at IGHG2
2026-Jun-04, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102848
PMID:42242228
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研究论文 | 研究人类首次对疫苗接种反应中抗体类别转换的部分有序程序，并在IGHG2处发现检查点 | 首次在人体初次免疫反应中，通过单细胞和批量测序结合，揭示类别转换遵循部分有序程序，并在IGHG2处存在检查点，挑战了单基因无菌转录的普遍观点 | 该研究仅关注SARS-CoV-2疫苗接种后的前三周反应，可能无法完全代表长期或不同抗原刺激下的类别转换动力学 | 阐明人类初次免疫应答中抗体类别转换的动力学和机制 | COVID-19未感染的健康志愿者在SARS-CoV-2疫苗接种后前21天的外周血B细胞 | 自然语言处理 | COVID-19 | B细胞受体库测序, 单细胞转录组测序, 免疫表型分析, IGHC无菌转录分析 | NA | 文本, 图像 | COVID-19未感染的健康志愿者，每两天采样一次，持续三周 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell B Cell Receptor和转录组测序平台 |
| 38 | 2026-06-06 |
High Uric Acid Promotes Stem Leydig Cell Senescence by CCDC90B Mediates Mitochondrial Quality Control Imbalance
2026-Jun-04, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70237
PMID:42242294
|
研究论文 | 揭示高尿酸通过CCDC90B介导线粒体质量控制失衡促进干细胞莱迪希细胞衰老 | 首次在单细胞RNA测序水平揭示高尿酸条件下干细胞莱迪希细胞衰老现象，并发现CCDC90B作为关键调控靶点，AAV介导的基因治疗为低睾酮水平提供新思路 | 未提及具体限制 | 探究高尿酸影响干细胞莱迪希细胞功能的分子机制 | 干细胞莱迪希细胞 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 39 | 2026-06-06 |
Luminal-basal stratification of the native human pancreatic duct is differentially represented in pancreatic cancers
2026-Jun-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-337970
PMID:42242908
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示人类胰腺导管细胞群在正常组织和胰腺癌中的管腔-基底分层差异 | 首次生成人类胰腺导管细胞在正常组织和肿瘤中的空间分辨图谱，发现角蛋白5+细胞群包含ΔNp63+基底细胞和ΔNp63-管腔B细胞，并揭示MUC4和MUC16在管腔B细胞中的新表达 | 未明确提及，但可能包括样本量有限或空间转录组学平台间的技术差异 | 生成人类胰腺导管细胞群在正常组织和肿瘤中的空间分辨图谱，并评估其与胰腺导管腺癌和腺鳞癌的相关性 | 人类胰腺导管细胞群，包括角蛋白5+细胞、ΔNp63+基底细胞、ΔNp63-管腔B细胞，以及胰腺导管腺癌和腺鳞癌标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | 无 | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、多重免疫荧光图像 | 使用多个空间转录组学平台获取新数据集，并与公共单细胞RNA测序数据集整合，具体样本数未提及 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 多个空间转录组学平台，包括10x Visium，并结合公共单细胞RNA测序数据集（如10x Chromium） |
| 40 | 2026-06-06 |
Identifying fate-determining transcription factors with single-cell omics
2026-Jun-04, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2026.05.005
PMID:42242982
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综述 | 系统综述了利用单细胞组学数据识别细胞命运决定转录因子的计算方法，从三个视角组织这些方法 | 首次从细胞状态定义与转变、离散与连续过程、独立与组合作用三个维度系统分类关键转录因子识别方法 | 未提供具体方法的性能比较基准或标准评估数据集 | 综述单细胞组学中识别细胞命运决定转录因子的计算方法并指导工具选择 | 细胞命运决定转录因子（关键转录因子） | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |