单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-30	Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis 2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18060775 PMID:40573172	research paper	该研究探讨了黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性卒中的机制，并利用多组学和药物-靶点关系分析提供了深入见解	首次结合多组学分析和网络药理学方法，揭示了黄连解毒汤通过调节NLRP3介导的细胞焦亡途径减轻缺血性卒中损伤的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验验证	探究黄连解毒汤治疗缺血性卒中的分子机制	8周龄雄性小鼠	中医药研究	缺血性卒中	多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、网络药理学、分子对接、表面等离子体共振(SPR)、液相色谱-质谱联用(LC-MS)、分子动力学模拟	小鼠缺血性卒中模型	多组学数据、生理指标、组织病理学数据、分子生物学数据	6组小鼠(假手术组、模型组、阳性药物组和低、中、高剂量黄连解毒汤组)
22	2025-06-30	Decoding the resistin-CAP1 pathway in intermediate monocytes mediating liver allograft rejection 2025-May-08, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了中间单核细胞通过resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次在肝移植中应用空间转录组学技术，发现中间单核细胞通过resistin-CAP1信号轴参与T细胞介导的急性排斥反应，并利用纳米金-siRNA技术靶向该通路有效减轻排斥反应	研究样本量较小（24例大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本），且主要在动物模型中进行验证	探索肝移植排斥反应的新型免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞样本	digital pathology	liver transplantation rejection	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, flow cytometry, nanogold-siRNA technology	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	24 rat transplanted liver and peripheral blood mononuclear cell samples
23	2025-06-30	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率，并证明这些突变通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤细胞增殖	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在癌症发生发展中的作用机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本和角质形成细胞	癌症生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及人类黑色素瘤活检组织和细胞共培养实验
24	2025-06-30	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	介绍了一种基于图的细胞类型注释方法ScInfeR，用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种组学数据的细胞注释	未提及具体局限性	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络	单细胞RNA测序数据、ATAC测序数据、空间组学数据	多个图谱规模的scRNA-seq、scATAC-seq和空间数据集，包含329种细胞类型和2497个基因标记
25	2025-06-30	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通讯推断领域的工具、资源和未来发展方向	提供了关于细胞间通讯推断的全面报告，并创建了CCC-Catalog作为集中式网络平台	未提及具体工具或资源的性能比较结果	总结细胞间通讯分析的现状，探讨当前限制和未解决问题	细胞间通讯推断的工具和资源	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
26	2025-06-30	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动数据中的时空差异表达调控因子，以理解疾病发展和治疗反应	结合基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中	需要进一步验证在更多疾病模型和更大样本量中的应用效果	识别和排序单细胞扰动数据中的时空差异表达调控因子，以理解疾病发展和治疗反应	单细胞扰动数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型数据和结肠炎空间转录组数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	单细胞成像, 空间转录组学	网络模型	单细胞数据	合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型数据、结肠炎空间转录组数据
27	2025-06-30	Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf287 PMID:40576031	research paper	本文评估了时间序列单细胞RNA测序数据降维技术中的差异，并提出了一种基于合成数据的分析方法	提出了一种基于变分自编码器生成的合成时间序列scRNA-seq数据的方法，用于评估不同降维技术在捕捉动态模式时的差异	研究结果未发现任何一种技术始终优于其他技术，且单独使用时可能无法可靠地表示动态模式	评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据中捕捉动态模式时的差异	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 变分自编码器	变分自编码器(VAE)	单细胞RNA测序数据	NA
28	2025-06-30	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	research paper	提出一种自适应噪声稳定化方法Dyson equalizer，用于低秩信号检测和恢复	开发了一种数据驱动的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确说明方法在极端异方差情况下的性能限制	解决异方差噪声环境下低秩信号检测和恢复的挑战	数据矩阵中的低秩信号	machine learning	NA	random matrix theory	NA	matrix data	应用于单细胞RNA测序和空间转录组学数据（具体样本量未说明）
29	2025-06-30	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024 PMID:39853303	研究论文	本研究通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调控因子	识别了吸收性肠上皮细胞亚群中表达细胞迁移途径的关键基因，并预测了其上游调控因子CSF-1	研究结果基于猪模型，尚未在人体中验证	探索缺血损伤肠道中年龄依赖性上皮修复的调控机制	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	分子生物学	肠道缺血损伤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	幼年和新生猪的肠道上皮细胞样本
30	2025-06-30	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了肉芽肿性肌炎（GM）的特异性基因特征及其与疾病活动的相关性	首次定义了GM的转录组特征，并发现CHIT1基因的表达与疾病严重程度高度相关	样本量相对较小（38例GM患者），且仅基于肌肉活检数据	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机（SVM）	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（含38例GM患者）
31	2025-06-30	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	研究论文	本研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	研究仅关注了p21高表达细胞群的作用，未全面探讨其他衰老细胞亚型的功能	探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用	伤口愈合过程中的p21高表达衰老细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	Xenium空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
32	2025-06-30	The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017 PMID:38878770	研究论文	本文研究了Aicardi-Goutières综合征（AGS）中干扰素-α（IFN-α）的神经毒性机制，发现脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者	首次证实脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者，并发现内皮细胞IFNAR信号传导在AGS相关小血管病中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明AGS中IFN-α神经毒性的来源和作用机制	AGS患者和小鼠模型	神经免疫学	Aicardi-Goutières综合征	单细胞RNA测序、MRI、单分子ELISA	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明人类样本数量，使用转基因小鼠模型
33	2025-06-30	SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma 2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02429-8 PMID:35831908	研究论文	研究探讨了SH3GLB1通过自噬调节线粒体功能从而在胶质母细胞瘤中对替莫唑胺产生耐药性的机制	首次揭示了SH3GLB1通过自噬途径调节线粒体代谢功能，进而影响胶质母细胞瘤对替莫唑胺的耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制	胶质母细胞瘤细胞及动物模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析	NA	RNA转录组数据、蛋白质表达数据	临床肿瘤样本及在线数据库数据
34	2025-06-29	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了其不同的发病机制	首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较，揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱	样本量较小（仅16例患者），且仅对部分病例进行了液体成分分析	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	组织样本、液体样本、基因表达数据	16例患者（8例病理样本，4例液体样本）
35	2025-06-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Jun-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	本研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序，揭示了大脑发育过程中区域扩张的机制	首次提供了小鼠大脑单细胞分辨率的出生日期图谱，并发现线粒体功能的空间时间异质性调控区域祖细胞循环行为	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的发育过程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
36	2025-06-29	Advantages of cell proliferation and immune regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-24, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae063 PMID:39428975	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究CD146+NESTIN+人脐带间充质干细胞（HUMSCs）在细胞增殖和免疫调节方面的优势	首次通过单细胞测序揭示了CD146+Nestin+ HUMSCs在细胞增殖、免疫调节和低分化方面的优势，并比较了不同胎龄HUMSCs和骨髓间充质干细胞（BMSCs）中该亚群的比例差异	样本量较小（仅3名不同胎龄的HUMSCs供体和2个公共数据库的BMSCs数据），可能影响结果的普遍性	探索HUMSCs中CD146+Nestin+亚群的生物学特性及其临床应用潜力	人脐带间充质干细胞（HUMSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	3名不同胎龄（22+5周、28周和39周）的HUMSCs供体，以及2个公共数据库的BMSCs数据
37	2025-06-29	Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects 2025-Jun-16, American journal of hypertension IF:3.2Q2 DOI:10.1093/ajh/hpaf027 PMID:39989120	research paper	本文探讨了内皮细胞在心血管生理和疾病中的表型可塑性及其机制与治疗前景	利用单细胞RNA测序技术揭示内皮细胞的分子多样性和转录异质性，并探索内皮细胞重编程作为治疗心血管疾病的新策略	文中未明确提及研究的样本量或具体实验设计的局限性	研究内皮细胞的表型可塑性及其在心血管疾病中的作用，以开发靶向治疗策略	内皮细胞（ECs）及其在不同血管床和发育阶段的表型变化	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
38	2025-06-29	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	research paper	该研究揭示了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间定位的中性粒细胞（PMNs）具有不同的功能特性	首次研究了空间定位驱动的中性粒细胞功能异质性，并发现上皮相关中性粒细胞（EANs）可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类队列中验证	探究IBD中不同空间定位中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（包括固有层中性粒细胞LPNs和上皮相关中性粒细胞EANs）	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间RNA转录组学、实时活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	UC患者样本和小鼠结肠炎模型
39	2025-05-22	Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics" 2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088 PMID:40393347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
40	2025-06-29	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞和乳腺癌上皮细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq	metaTF	单细胞转录组数据	NA