单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors 2025-May-19, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02025-9 PMID:40390063	research paper	本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中的PI3K-AKT和代谢改变	首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用Visium空间转录组学，揭示了肿瘤内异质性及PI3K/AKT和脂质代谢通路的改变	样本量较小（13例患者），且未发现从部分响应到完全无响应的分子通路分化模式	解析泌乳素PitNET的分子异质性，识别侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物	DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤患者（13例）及其肿瘤组织	digital pathology	pituitary neuroendocrine tumors	Visium Spatial Transcriptomics (ST), whole transcriptome sequencing (WTS), whole exome sequencing (WES)	NA	spatial transcriptomics data, sequencing data	13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（4例ST+WTS+WES，5例WTS+WES，2例ST+WES，2例仅ST）
22	2025-05-21	Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02096-7 PMID:40383716	研究论文	该研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA	开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统地优先考虑这些lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者	NA	探索结直肠癌进展的分子机制，并鉴定与进展相关的lncRNA作为预后生物标志物和治疗靶点	结直肠癌中的长链非编码RNA	生物信息学	结直肠癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自TCGA和单细胞RNA测序的数据集
23	2025-05-21	Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma 2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05716-0 PMID:40383808	research paper	该研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解	首次识别出与骨肉瘤预后相关的8个多胺代谢相关基因，并构建了具有强预测准确性的风险模型	研究基于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索多胺代谢相关基因与骨肉瘤预后的关系，并开发预后模型	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	digital pathology	osteosarcoma	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 逆转录定量PCR, Western blotting, 免疫组化	LASSO回归, nomogram模型	基因表达数据	NA
24	2025-05-21	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建了显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了MC中CD8 T细胞的显著扩张及其向高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	NA	研究显微镜下结肠炎的发病机制	结肠黏膜组织	数字病理学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
25	2025-05-21	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌发展和肿瘤微环境调控中的多重作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物的范式	研究样本量相对有限，特别是单细胞RNA-seq数据仅来自26个样本	探索ZC3H12D作为肺腺癌新型生物标志物的潜力及其在肿瘤微环境中的作用机制	肺腺癌患者肿瘤组织和正常组织	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析（转录组、蛋白质组、单细胞RNA-seq）、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	转录组数据（511肿瘤vs59正常）、蛋白质组数据（74肿瘤vs69正常）、单细胞RNA-seq数据（15肿瘤vs11正常）、免疫组化验证（51对匹配样本）
26	2025-05-21	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精消费与食管癌风险之间的因果关系，并发现DLEU2作为关键的免疫调节因子	首次通过孟德尔随机化分析确认酒精消费与食管癌的因果关系，并鉴定DLEU2作为关键的免疫调节lncRNA	研究主要基于观察性数据，需要进一步实验验证DLEU2的功能机制	探索酒精消费导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和酒精消费数据	癌症基因组学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	多个患者来源的样本（具体数量未明确说明）
27	2025-05-21	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR方法，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、孟德尔随机化(MR)	SMR分析	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	4909个差异表达基因(DEGs)
28	2025-05-21	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步实验验证	阐明ER自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用并构建预后模型	肝细胞癌微环境中的T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后预测模型	测序数据	NA
29	2025-05-21	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	本研究评估了低剂量放疗联合免疫疗法和化疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的疗效和安全性	首次在HNSCC中探索低剂量放疗联合PD-1抑制剂（tislelizumab）及化疗的新辅助治疗方案，并展示了较高的病理完全缓解率（pCR）	单臂试验设计，缺乏对照组，样本量较小（28例患者）	评估低剂量放疗联合免疫疗法和化疗在HNSCC新辅助治疗中的疗效和安全性	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	临床肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者（23例接受手术）
30	2025-05-21	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞测序技术结合，系统性地识别并验证CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物及其在免疫微环境中的调控作用	研究主要基于转录组和单细胞数据，缺乏体内功能实验验证CD300LG的具体分子机制	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的功能及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及免疫微环境特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CIBERSORT/ssGSEA/TIDE/TCGA算法	四种未指明具体类型的机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化图像	未明确说明样本数量的TNBC患者数据集（含独立验证集）
31	2025-05-21	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究了过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并详细分析了鼻咽癌的免疫微环境和分子机制	首次通过孟德尔随机化分析揭示过敏性鼻炎与鼻咽癌的潜在关联，并利用单细胞测序等技术鉴定了独特的B细胞亚群及其时空分布特征	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和人群多样性可能有限	探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联	鼻咽癌患者及其免疫微环境	医学研究	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确说明样本量
32	2025-05-21	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并探讨了其在预后评估和治疗靶点中的潜在应用	首次揭示了BAX介导的氨驱动细胞死亡在ccRCC中的作用，并构建了氨相关预后模型，为克服免疫抑制和改善临床预后提供了新的治疗策略	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证来确认其临床应用的可行性	探讨氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本和细胞系	癌症研究	肾细胞癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭实验	氨相关特征（AS）预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个独立队列，包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609
33	2025-05-21	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库及其应用，探讨了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在药物发现、肿瘤微环境等领域的应用	讨论了scRNA-seq在数据分析和多组学数据整合方面的复杂性挑战	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
34	2025-05-21	The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis 2025-May-17, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015 PMID:40389038	research paper	本研究探讨了大内脏神经（SplancX）在大肠杆菌诱导的败血性腹膜炎大鼠模型中如何影响细菌负荷和免疫功能	首次揭示了大内脏神经通过选择性调节中性粒细胞的亚群平衡来增强免疫反应，从而显著降低细菌负荷	研究仅在大鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明大内脏神经在感染过程中对免疫调节的具体作用	大肠杆菌诱导的败血性腹膜炎大鼠模型	免疫学	败血性腹膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据、蛋白质标记数据	未明确提及具体样本数量，但涉及大鼠模型
35	2025-05-21	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-May-17, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	综述	本文探讨了肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	提出了肾脏与骨骼之间相互作用的新视角，并强调了创新方法在研究器官间相互作用中的重要性	NA	为开发更复杂且生理相关的体外模型奠定基础，并提出潜在的治疗策略	肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调节作用	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
36	2025-05-21	A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112450 PMID:40384935	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了威尔逊病（WD）患者免疫细胞的转录组图谱，揭示了铜特异性免疫调控的机制	首次在单细胞水平上描绘了WD患者的免疫景观，并发现了铜代谢异常对免疫细胞功能和造血发育的影响，为铜凋亡在癌症治疗中的应用提供了新见解	研究仅基于外周血单个核细胞（PBMCs），未涉及其他组织或器官的免疫细胞	探究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响，以及铜凋亡与免疫调控的关系	威尔逊病患者的免疫细胞	单细胞转录组学	威尔逊病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，研究对象为WD患者和健康对照（HDs）的外周血单个核细胞
37	2025-05-21	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种抵抗	首次揭示了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的关键作用，并展示了抗SPP1抗体在克服抵抗中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证	探索CAR T细胞治疗实体瘤抵抗的机制并寻找克服方法	胶质瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	41名胶质瘤患者和小鼠模型
38	2025-05-21	Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting 2025-May-15, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011 PMID:40378829	review	本文总结了真核细胞中调控RNA聚合酶II（RNAPII）转录爆发的策略，重点关注RNAPII的重新起始机制	提出了RNAPII的重新起始和转录爆发作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和未解问题	文章主要基于已有研究的总结，未提出新的实验数据或模型验证	探讨RNAPII转录爆发的调控机制及其在基因调控中的作用	RNA聚合酶II（RNAPII）及其转录调控机制	分子生物学	NA	活细胞成像、单细胞转录组学	NA	NA	NA
39	2025-05-21	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，能够精确捕获目标细胞类型的转录组以及亚细胞区室内的RNA内容	NA	通过转录组学视角理解亚细胞分子动态	RNA的亚细胞定位及其功能	空间转录组学	NA	高分辨率成像, 高通量测序	NA	图像, 转录组数据	NA
40	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域的特异性	首次使用MERFISH技术结合深度学习核分割，在空间单细胞分辨率下研究人类胎儿皮层的分子、细胞和结构发育	研究仅涵盖胎儿发育期间的七个时间点，可能无法全面反映整个发育过程	探索人类大脑皮层分层和区域分子特异性的空间关系	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）和单核RNA测序	深度学习	空间单细胞转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖七个发育时间点的八个皮层区域