单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-29	Methyl CpG Binding Domain as a Protein Interaction Partner in Promoter Regulation and Neurodevelopment Through Evolutionary Expanded Entanglement 2025-Jul-25, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	本文探讨了甲基结合域（MBD）作为蛋白质-蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的作用	揭示了MBD在非甲基化DNA结合情况下的蛋白质相互作用功能及其在神经发育中的保守性	研究主要基于计算分析和细胞系数据，缺乏直接的功能验证实验	探索MBD作为蛋白质相互作用基序在基因调控和神经发育中的功能	MBD蛋白家族成员及其相互作用蛋白	分子生物学	智力障碍综合征	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
22	2025-07-29	Soft graph clustering for single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06231-z PMID:40713495	研究论文	本文提出了一种名为scSGC的软图聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，旨在通过非二值边权重更准确地描述细胞间的连续相似性	scSGC通过整合双通道切割信息软图表示学习、基于ZINB的特征自编码器和最优传输驱动的聚类优化，克服了传统GNN方法中硬图构建的局限性	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	GNN, 自编码器	基因表达数据	十个数据集
23	2025-07-29	ACACA depletion activates the cPLA2-arachidonic acid-NF-κB axis to drive inflammatory reprogramming in androgen receptor-independent prostate cancer 2025-Jul-25, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02363-0 PMID:40713618	研究论文	本研究探讨了ACACA在雄激素受体非依赖性前列腺癌(ARIPC)中的作用，揭示了ACACA缺失通过cPLA2-花生四烯酸-NF-κB轴驱动炎症重编程的机制	首次揭示了ACACA缺失在ARIPC中的促肿瘤作用及其通过花生四烯酸介导的NF-κB信号通路激活的机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床相关性有待进一步验证	探究ACACA在雄激素受体非依赖性前列腺癌中的作用机制	雄激素受体非依赖性前列腺癌细胞系和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	shRNA基因沉默、转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、免疫荧光	小鼠尾静脉注射转移模型	组学数据、分子生物学数据、细胞功能实验数据	多个转移性去势抵抗性前列腺癌数据集和ARIPC细胞系
24	2025-07-29	FCGBP promotes ovarian cancer progression via activation of IL-6/JAK-STAT signaling pathway 2025-Jul-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06854-z PMID:40713656	研究论文	本研究探讨了FCGBP在卵巢癌进展中的临床相关性、功能作用及其潜在机制	首次揭示了FCGBP通过激活IL-6/JAK-STAT信号通路促进卵巢癌进展的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需扩大	探索FCGBP在卵巢癌中的生物学功能及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	卵巢癌组织和SKOV3、ES-2卵巢癌细胞系	癌症生物学	卵巢癌	定量PCR、Western blotting、免疫组化、双荧光素酶报告基因检测、共免疫沉淀、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达谱、单细胞RNA测序数据、蛋白质数据	多个公共数据集和临床组织样本
25	2025-07-29	Functional Diversity of Two Novel Embryonic Microglial Subpopulations and Their Developmental Trajectories in Developing Mouse Brains 2025-Jul-25, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70064 PMID:40714978	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小鼠胚胎大脑中两种新型胚胎小胶质细胞亚群的功能多样性及其发育轨迹	发现了两种新型胚胎小胶质细胞亚群（EM1和EM2），并阐明了它们的功能差异和发育轨迹	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探索胚胎小胶质细胞的功能多样性和发育轨迹	小鼠胚胎大脑中的小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	胚胎第14天（E14）小鼠大脑细胞，以及出生后第1、14和90天的小鼠大脑
26	2025-07-29	Biomarkers of pediatric Epstein-Barr virus-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis through single-cell transcriptomics 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62090-5 PMID:40715093	研究论文	通过单细胞转录组学识别儿童EB病毒相关噬血细胞性淋巴组织细胞增多症的生物标志物	首次在单细胞分辨率下绘制了儿童EBV-HLH的免疫景观，揭示了IDO1单核细胞和L-犬尿氨酸作为潜在生物标志物的作用	研究样本量较小，且仅针对儿童患者，未涵盖成人病例	探究EBV-HLH与良性EBV感染之间的免疫学机制差异	儿童EBV-HLH患者、IM患者及健康志愿者	单细胞转录组学	噬血细胞性淋巴组织细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	儿童EBV-HLH患者、IM患者及健康志愿者（具体数量未提及）
27	2025-07-29	Triple-effect correction for Cell Painting data with contrastive and domain-adversarial learning 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62193-z PMID:40715122	研究论文	本文提出了一种名为cpDistiller的三重效应校正方法，专门用于处理Cell Painting数据，结合对比学习和领域对抗学习技术	提出了一种新型的三重效应校正方法cpDistiller，结合了预训练分割模型、半监督高斯混合变分自编码器以及对比学习和领域对抗学习技术	未提及具体局限性	开发一种能够有效校正Cell Painting数据中三重技术效应的方法，以提高数据可靠性	Cell Painting数据中的三重技术效应（批次效应、梯度影响的行列效应）	数字病理学	NA	对比学习、领域对抗学习	高斯混合变分自编码器	图像	未提及具体样本数量
28	2025-07-29	The mechanotransducer Piezo1 coordinates metabolism and inflammation to promote skin growth 2025-Jul-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62270-3 PMID:40715139	研究论文	本研究探讨了机械感受器Piezo1在皮肤拉伸生长过程中协调代谢和炎症的作用	首次揭示了Piezo1在张力诱导的皮肤生长中协调代谢变化和免疫细胞浸润的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究机械拉伸条件下皮肤生长的分子机制	小鼠皮肤组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、空间转录组学	Piezo1功能缺失和功能获得小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠皮肤组织样本（具体数量未明确说明）
29	2025-07-29	Immune dysfunction during S. aureus biofilm-associated implant infections: opportunities for novel therapeutic strategies 2025-Jul-25, NPJ biofilms and microbiomes IF:7.8Q1 DOI:10.1038/s41522-025-00782-y PMID:40715142	review	探讨金黄色葡萄球菌生物膜相关植入物感染期间的免疫功能障碍及其新型治疗策略	通过细菌单细胞测序研究揭示了生物膜如何通过改变细菌代谢和毒素产生诱导免疫功能障碍，并探讨了免疫识别和代谢在生物膜控制中的作用	未提及具体治疗策略的实验验证或临床效果	研究金黄色葡萄球菌生物膜感染期间的免疫功能障碍机制及潜在治疗策略	金黄色葡萄球菌生物膜及其与宿主免疫系统的相互作用	微生物学与免疫学	细菌感染	单细胞测序	NA	NA	NA
30	2025-07-29	Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis 2025-Jul-25, Journal of human hypertension IF:2.7Q2 DOI:10.1038/s41371-025-01054-0 PMID:40715499	研究论文	通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因	利用cis-eQTL和孟德尔随机化分析识别与先兆子痫显著相关的17个可药物基因，并通过功能富集分析、SMR和共定位分析验证了其中5个基因的因果关系	研究主要基于血液样本的eQTL数据，可能未完全反映胎盘或其他相关组织中的基因表达情况	从基因组角度识别可能降低先兆子痫风险的潜在遗传靶点	先兆子痫患者及健康对照	遗传学	先兆子痫	cis-eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、功能富集分析、SMR、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	eQTLGen联盟提供的血液样本数据
31	2025-07-29	Spatial transcriptomics reveals macrophage domestication by epithelial cells promotes immunotherapy resistance in small cell lung cancer 2025-Jul-24, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01005-5 PMID:40702109	研究论文	通过空间单细胞转录组学揭示上皮细胞驯化巨噬细胞促进小细胞肺癌免疫治疗耐药性的机制	发现Epi-I和Epi-II两种上皮细胞亚型及其在免疫化疗耐药性中的作用，揭示了MIF-SPP1-PI3K-AKT信号轴在细胞转化中的关键作用	样本量较小（18例患者），需要在更大规模队列中验证发现	阐明小细胞肺癌肿瘤微环境中免疫化疗耐药性的机制	广泛期小细胞肺癌患者肿瘤组织	数字病理学	肺癌	空间单细胞转录组学	NA	转录组数据	18例广泛期小细胞肺癌患者样本
32	2025-07-29	Interpretable machine learning-guided single-cell mapping deciphers multi-lineage pancreatic dysregulation in type 2 diabetes 2025-Jul-24, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-025-02865-8 PMID:40707916	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习框架，解码了胰腺细胞异质性，并揭示了2型糖尿病中的多谱系胰腺失调	开发了PanSubPred和PSC-Stat两种新型工具，用于多谱系注释和星状细胞激活分析，并识别了64种细胞类型特异性标记物（其中38种为新型标记物）	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有胰腺细胞类型的复杂性	解码胰腺细胞异质性并揭示2型糖尿病中的病理变化	胰腺细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	XGBoost	RNA测序数据	NA
33	2025-07-29	CXCR4+ Monocytes Promote Neovascularization in Wet Age-Related Macular Degeneration 2025-Jul-24, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110550 PMID:40713972	研究论文	本研究通过整合RNA测序、单细胞转录组学、多重免疫组化和体内模型，揭示了CXCR4+单核细胞在湿性年龄相关性黄斑变性（wAMD）中促进新生血管形成的关键作用	首次发现MMP2+内皮细胞（ECs）具有双重血管生成和干细胞样特性，并确定CXCR4+单核细胞通过CXCL12-CXCR4信号轴与MMP2+ ECs相互作用，调控病理性血管生成	研究主要基于实验模型，临床样本验证不足	阐明wAMD中血管生成的分子机制并寻找潜在治疗靶点	湿性年龄相关性黄斑变性（wAMD）相关的血管生成过程	分子病理学	年龄相关性黄斑变性	bulk RNA测序, 单细胞转录组学, 多重免疫组化（mIHC）	NA	转录组数据, 免疫组化数据	NA
34	2025-07-29	Neoadjuvant immune checkpoint inhibition improves protection against hepatic melanoma metastasis 2025-Jul-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217950 PMID:40714065	research paper	本研究探讨了新辅助免疫检查点抑制（ICI）在预防肝黑色素瘤转移中的作用	发现新辅助ICI比辅助治疗更能有效预防肝转移，并与T细胞扩增和TH1免疫反应增强相关	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	评估新辅助ICI在预防肝黑色素瘤转移中的效果	小鼠模型中的肝黑色素瘤转移	肿瘤免疫学	黑色素瘤	scRNA-Seq, 流式细胞术, 免疫荧光, 原位杂交, 多重细胞因子检测	小鼠模型	基因表达数据, 细胞组成数据, 细胞因子数据	使用WT31或B16F10 luc2黑色素瘤细胞的小鼠模型
35	2025-07-29	Radiotherapy in combination with PD-1 and TIGIT blockade mediate antitumor abscopal effects and immune memory via CD8+ T cells 2025-Jul-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217935 PMID:40714064	研究论文	本研究探讨了放疗联合抗PD-1和抗TIGIT抗体（aPD-1/aTIGIT）的协同抗肿瘤效果，重点关注原发性和远隔肿瘤控制、免疫机制及长期免疫记忆	揭示了CD8 T细胞作为远隔效应和长期免疫的核心介质，强调了M1巨噬细胞极化在增强治疗协同作用中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验验证	探索放疗联合免疫治疗增强抗肿瘤效果的机制	小鼠模型中的LLC、CMT-167、B16-F10、MC38肿瘤	肿瘤免疫治疗	癌症	流式细胞术、多色免疫荧光、单细胞转录组学、Luminex细胞因子分析	小鼠肿瘤模型	细胞和分子数据	多种小鼠肿瘤模型（LLC、CMT-167、B16-F10、MC38）
36	2025-07-29	A STAT1-GBP3-STING positive feedback loop governs inflammation, oxidative stress, and DNA damage to trigger acute aortic dissection 2025-Jul-24, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112015 PMID:40714274	研究论文	本研究揭示了STAT1-GBP3-STING正反馈环在急性主动脉夹层（AAD）中调控炎症、氧化应激和DNA损伤的机制	首次发现STAT1-GBP3-STING正反馈环在AAD发病机制中的核心作用，并验证STAT1抑制剂Fludarabine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明急性主动脉夹层的分子机制并探索潜在治疗靶点	小鼠AAD模型、人升主动脉样本、血管平滑肌细胞（VSMCs）	分子病理学	心血管疾病	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序, ChIP-PCR, CoIP分析	小鼠AAD模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量（包含小鼠模型和人类组织样本）
37	2025-07-29	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Jul-24, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	本文报道了一种天然小分子佛手柑素（BG）作为治疗类风湿性关节炎（RA）的潜在药物	发现BG通过靶向STAT3抑制炎症，为RA治疗提供了新的候选药物	研究仅基于胶原诱导的关节炎（CIA）大鼠模型，尚未进行人体试验	探索BG作为RA治疗药物的潜力及其作用机制	胶原诱导的关节炎（CIA）大鼠及其滑膜组织	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胶原诱导的关节炎（CIA）大鼠
38	2025-07-29	Melanocytes and photosensory organs share a common ancestry that illuminates the origins of the neural crest 2025-Jul-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08502-0 PMID:40696183	research paper	该研究探讨了脊椎动物中两种主要色素细胞类型（视网膜色素上皮细胞和神经嵴来源的黑色素细胞）的进化关系，支持它们源自共同的祖先色素感光结构	通过单细胞转录组学、染色质可及性和空间转录组学数据，揭示了黑色素细胞和视网膜色素上皮细胞在色素生产、光感受、代谢和生物合成等方面的共同调控基因表达模块	研究主要基于转录组数据，缺乏直接的实验验证	探索脊椎动物中色素细胞的进化起源和关系	黑色素细胞、视网膜色素上皮细胞、被囊动物Ciona的感光囊色素细胞	evolutionary biology	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、空间转录组学、系统转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
39	2025-07-29	RBM17 promotes hepatocellular carcinoma progression by regulating lipid metabolism and immune microenvironment: implications for therapeutic targeting 2025-Jul-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02642-2 PMID:40702000	研究论文	本研究探讨了可变剪接因子RBM17在肝细胞癌（HCC）进展中的作用，特别是其对脂质代谢和免疫微环境的调控机制	首次揭示了RBM17通过调控CSAD和HACD3前体mRNA的外显子剪接，促进M2巨噬细胞浸润和脂肪酸代谢，进而影响HCC进展的新机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行临床验证	阐明RBM17在HCC进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）组织和细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	无标记蛋白质组学、单细胞测序（scRNA-seq）、高通量测序、流式细胞术（FCM）、液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）、多参数免疫荧光（mIF）和染色质免疫沉淀（ChIP）	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	NA
40	2025-07-29	Single-cell perspective on the Monocyte-to-HDL cholesterol ratio as a metastasis biomarker in papillary thyroid cancer 2025-Jul-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14373-9 PMID:40702447	research paper	该研究通过单细胞视角探讨了单核细胞与高密度脂蛋白胆固醇比值（MHR）作为甲状腺乳头状癌（PTC）转移生物标志物的潜在作用	首次从单细胞角度揭示了MHR在PTC中的潜在作用，并证实了单核/巨噬细胞和胆固醇稳态对PTC淋巴结转移的显著促进作用	研究结果需要进一步的大样本临床验证，以确认MHR作为术前淋巴结转移预测标志物的可靠性	探讨MHR作为炎症标志物在PTC淋巴结转移中的作用及其机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者及其淋巴结转移（LNM）情况	digital pathology	thyroid cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、共培养实验、Transwell实验	NA	临床数据、单细胞RNA测序数据	整合了GSE191288和GSE193581数据集的单细胞RNA测序数据