单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-12	scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering 2025-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3608251 PMID:40928916	研究论文	提出一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络，通过细胞相似性纯化和自适应融合机制提升聚类性能	采用多级融合方法探索组学数据的一致性和互补性，设计细胞相似性纯化模块准确整合细胞间邻域信息	NA	提升单细胞多组学聚类分析的准确性和判别性	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	自适应融合网络	多组学数据	六个真实世界数据集
22	2025-09-12	Interferon-induced senescent CD8+ T cells reduce anti-PD1 immunotherapy efficacy in early triple-negative breast cancer 2025-Sep-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj7808 PMID:40929245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现干扰素诱导的衰老CD8+ T细胞是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的关键因素，并提出烟酰胺单核苷酸治疗可恢复其功能	首次揭示HLA-DR单核细胞来源的干扰素诱导CD8+ T细胞衰老的机制，并证明烟酰胺单核苷酸可逆转该过程并增强免疫治疗效果	研究样本量有限（171例患者），且机制验证主要依赖体外模型和小鼠实验	探究早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的机制并寻找改善策略	早期三阴性乳腺癌患者样本、患者来源类器官及小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组学、病理学检测	NA	基因表达数据、病理图像数据	171例早期三阴性乳腺癌患者样本
23	2025-09-12	Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events 2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012414 PMID:40930749	研究论文	本研究通过多维度免疫分析揭示免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAE）的基线免疫特征与机制	首次系统鉴定irAE患者的基线促炎症免疫状态特征，并发现TNF信号通路是最高度富集的通路	样本量有限（162例），且仅为观察性研究，需进一步验证	探究免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的生物学机制	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、多重细胞因子检测、抗核抗体分析	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞数据	162例患者
24	2025-09-12	Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion 2025-Sep-10, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352710.125 PMID:40930990	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期小鼠皮下脂肪组织中IGF2通过促进DPP4+前体脂肪细胞增殖而非分化来调控脂肪组织扩张的机制	首次发现DPP4阳性前体脂肪细胞群在断奶前小鼠皮下脂肪网状间质中的存在，并证实IGF2特异性驱动该细胞群的增殖	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	阐明早期生命阶段脂肪组织快速扩张的细胞机制	小鼠皮下脂肪组织	细胞生物学	肥胖代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠皮下脂肪组织样本
25	2025-09-12	Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques 2025-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63202-x PMID:40931012	研究论文	本研究构建了一个整合的人类动脉粥样硬化斑块单细胞图谱，包含约25万个高质量注释细胞	通过专家共识和表面蛋白测量验证了稳健的细胞类型注释，识别了斑块中性粒细胞标志物、促血管生成内皮细胞簇和特化巨噬细胞亚群，并确定纤维肌细胞为血管组织特有	现有数据集常缺乏全面覆盖和一致注释，限制了下游分析的实用性	阐明动脉粥样硬化斑块进展的免疫机制和结构细胞转化	人类动脉粥样硬化斑块	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）	NA	单细胞转录组数据	约250,000个高质量注释细胞
26	2025-09-12	Heart failure-specific cardiac fibroblasts contribute to cardiac dysfunction via the MYC-CXCL1-CXCR2 axis 2025-Sep-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00698-y PMID:40931092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现心力衰竭特异性心脏成纤维细胞通过MYC-CXCL1-CXCR2轴导致心功能异常	首次鉴定出心力衰竭特异性心脏成纤维细胞亚群并揭示其通过MYC-CXCL1-CXCR2信号通路影响心肌细胞功能的新机制	主要基于小鼠模型研究，人类样本验证相对有限	探究心脏成纤维细胞在心力衰竭中的作用机制	小鼠心脏、新生大鼠心肌细胞、人iPSC来源心肌细胞、人心力衰竭组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	压力超负荷小鼠模型、人衰竭心脏组织与对照组织
27	2025-09-12	Endothelial cell-ILC3 crosstalk via the ET-1/EDNRA axis promotes NKp46+ILC3 glycolysis to alleviate intestinal inflammation 2025-Sep-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01345-z PMID:40931105	研究论文	本研究揭示了肠道内皮细胞与ILC3通过ET-1/EDNRA轴促进NKp46+ILC3糖酵解以缓解肠道炎症的新机制	首次发现肠道内皮细胞与ILC3之间的crosstalk，并阐明ET-1/EDNRA轴通过调控HIF-1α和糖酵解代谢适应维持肠道稳态	NA	探究肠道内皮细胞与ILC3相互作用在肠道炎症调控中的作用机制	肠道内皮细胞、ILC3细胞、ET-1/EDNRA信号轴	免疫学	肠道炎症	单细胞转录组分析、蛋白表达检测	NA	转录组数据、蛋白表达数据	NA
28	2025-09-12	Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model 2025-Sep-10, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.70063 PMID:40931376	研究论文	本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响，发现中年小鼠愈合能力下降与衰老细胞及SASP因子表达相关	首次在年轻与中年小鼠中结合空间转录组学与多维度分析（细胞因子、µCT、组织形态计量）揭示年龄相关性骨折愈合延迟的分子机制	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未涵盖性别差异或更老年龄组	探究年龄对小鼠股骨近端骨折愈合的影响及分子机制	12周龄（年轻）和52周龄（中年）雄性C57BL/6J小鼠	骨科学研究	骨质疏松性骨折	多因子细胞因子分析、µCT、组织形态计量、免疫染色、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据、组织学数据	年轻组与中年组雄性C57BL/6J小鼠（具体数量未明确）
29	2025-09-12	Immunological microenvironment differences between left and right colon cancer: dynamic interactions of CASC15+KLK6+ epithelial subpopulation with T cells and mast cells 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003453 PMID:40932351	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光验证，揭示右半结肠癌与左半结肠癌在免疫微环境中的差异，特别是CASC15⁺KLK6⁺上皮亚群与T细胞和肥大细胞的动态相互作用	首次在单细胞水平鉴定出RCC特异性富集的CASC15⁺KLK6⁺上皮恶性亚群，并发现其与T细胞耗竭、肥大细胞重编程共同构成免疫抑制微环境	样本量较小（单细胞测序仅6例肿瘤），需更大队列验证	探究左右半结肠癌免疫微环境差异及其机制	结肠癌患者肿瘤组织（3例LCC和3例RCC用于单细胞测序，70例用于验证）	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序，免疫荧光，inferCNV，Monocle2，GSVA，CellChat	NA	单细胞转录组数据，组织影像数据	6例肿瘤样本（单细胞测序），70例患者样本（验证研究）
30	2025-09-12	Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs associated with tumor resistance during immunotherapy in colorectal cancer 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003459 PMID:40932376	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌免疫治疗耐药相关的T细胞调控程序	首次在单细胞水平系统解析T细胞亚群在免疫治疗耐药中的作用机制，并发现KLRB1作为新型生物标志物	样本来源限于转移性dMMR结直肠癌患者，耐药机制验证仍需进一步功能实验	探究结直肠癌免疫治疗耐药的细胞分子机制	转移性DNA错配修复缺陷结直肠癌患者	单细胞测序分析	结直肠癌	单细胞RNA测序，基因集富集分析，细胞通讯分析，免疫组化	NA	单细胞转录组数据，临床样本	190例结直肠癌患者组织样本及癌旁正常组织
31	2025-09-12	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，分析了小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）的异质性及其标记物选择偏好	首次系统比较不同NSC标记方法对细胞状态选择性的影响，并提供了优化富集特定NSC状态的框架	研究仅基于已发表的小鼠数据，未进行实验验证，且低基因表达细胞的聚类可能存在误差	评估不同神经干细胞标记方法对细胞状态选择性的影响，并优化NSC富集策略	成年小鼠脑室下区的神经干细胞	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	整合六个已发表的小鼠SVZ单细胞RNA测序数据集
32	2025-09-12	CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions 2025-Sep-09, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00510-24 PMID:40757822	综述	本文综述了基于CRISPR的遗传工具在研究宿主-微生物相互作用中的应用及其进展	高效、准确、高通量地探索微生物组，结合单细胞RNA测序等新兴技术揭示宿主与微生物复杂互作	当前工具存在一定局限性，未来需要开发更先进的遗传工具包	研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康与疾病中的作用	宿主细胞、微生物细胞及动物模型	NA	NA	CRISPR筛选、靶向基因组编辑、记录系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据	NA
33	2025-09-12	Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline 2025-Sep-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100217 PMID:40924015	研究论文	本研究揭示抑制内皮素B受体（ETBR）可改善衰老导致的神经元轴突再生能力下降	首次发现卫星胶质细胞（SGCs）表达ETBR，并通过FDA批准药物Bosentan逆转衰老相关的轴突再生衰退	机制研究主要基于小鼠模型，人类适用性尚需进一步验证	探究衰老过程中神经元再生能力下降的分子机制及治疗策略	小鼠背根神经节（DRG）中的感觉神经元和卫星胶质细胞	神经再生	衰老相关神经退行性疾病	单细胞RNA测序、单核RNA测序、电子显微镜分析	NA	基因表达数据、显微图像数据	成年和老年小鼠的DRG组织
34	2025-09-12	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物，并关联人类神经系统疾病	利用数字分选算法（DSA）从复杂基因表达数据中解析出129个小鼠NPC富集基因，并发现其中25个人类同源基因与孟德尔神经疾病相关	基于计算预测和数据库关联，缺乏实验验证	发现定义神经干细胞和祖细胞（NPCs）的特异性基因，并探索其与人类疾病的关联	小鼠和人类的神经干细胞和祖细胞（NPCs）	生物信息学	神经系统疾病	数字分选算法（DSA）, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表的scRNA-seq数据和临床数据库，未明确具体样本数量
35	2025-09-12	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表面蛋白分析，揭示了成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其功能差异	首次使用CITE-seq技术对成人RPE细胞进行单细胞转录组和表面蛋白联合分析，发现了具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序细胞索引）	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白数据	NA
36	2025-09-12	Analyzing the toxicological effects of PET-MPs on male infertility: Insights from network toxicology, mendelian randomization, and transcriptomics 2025-Sep-09, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2025.101076 PMID:40929757	研究论文	本研究探讨PET微塑料通过靶向CLK4基因影响Th1细胞浸润和精子发生过程导致男性不育的分子机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化和转录组学方法，发现CLK4作为PET-MPs诱导男性不育的关键靶点，并揭示其双相表达模式	研究主要基于生物信息学分析和体外模拟，缺乏体内实验验证	探究PET微塑料导致男性不育的潜在分子机制	男性不育相关基因和细胞类型	毒理学与生殖医学	男性不育	网络毒理学、孟德尔随机化(SMR)、RNA-seq、scRNA-seq、分子对接、分子动力学模拟	生物信息学分析模型	基因组数据、转录组数据、表达数量性状位点数据	基于公共数据库的GWAS汇总数据和eQTL数据
37	2025-09-12	Targeting annexin A2 enhances anti-PD-1 immunotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by remodeling the tumor immune microenvironment 2025-Sep-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115504 PMID:40929955	研究论文	本研究探讨Annexin A2（ANXA2）在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序发现ANXA2高表达与PDAC患者预后不良相关，并证明ANXA2抑制可增强抗PD-1免疫疗法效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索ANXA2作为PDAC免疫治疗新靶点的可行性	胰腺导管腺癌细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting、共培养系统	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	PDAC组织样本（具体数量未明确说明）
38	2025-09-12	Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation 2025-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.009 PMID:40930099	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型探索activin和BMP4信号如何协同和拮抗调控人类原肠胚形成阶段的细胞命运决定	发现内胚层通过两条路径产生——直接从多能性状态分化及经由中胚层祖细胞状态的间接路径，并揭示BMP4在诱导中胚层基因同时促进多能性退出的双重作用	NA	解析组合信号（activin和BMP4）如何指导人类原肠胚形成过程中的细胞命运特化	人类干细胞模型中的内胚层和中胚层祖细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模	NA	转录组数据、成像数据	NA
39	2025-09-12	Comparative efficacy and safety of PSCA CAR-engineered Vδ1 γδ T cells for immunotherapy of pancreatic cancer 2025-Sep-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011890 PMID:40930745	研究论文	比较PSCA CAR修饰的Vδ1 γδ T细胞在胰腺癌免疫治疗中的疗效与安全性	首次直接比较CAR修饰的Vδ1 γδ T细胞、Vδ2 γδ T细胞和传统αβ T细胞在实体瘤治疗中的表现，并发现Vδ1亚型在安全性和持久性方面的潜在优势	研究主要基于临床前模型（体外实验和异种移植小鼠模型），尚未进行人体临床试验	评估CAR工程化Vδ1 γδ T细胞对胰腺癌的治疗潜力及安全性	表达PSCA的胰腺肿瘤细胞及三种CAR修饰的T细胞亚型（Vδ1、Vδ2、αβ）	免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞工程、单细胞RNA测序、体外细胞毒性试验、异种移植模型	NA	体外实验数据、体内模型数据、转录组数据	未明确样本数量，使用人源血液衍生细胞及小鼠模型
40	2025-09-12	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-Sep-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	研究论文	本研究利用单细胞多组学和空间转录组学技术解析神经母细胞瘤发育可塑性的转录和表观遗传调控机制	识别了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了具有多向状态转换潜能的广泛表观遗传预编程现象	NA	探究神经母细胞瘤发育可塑性的调控机制	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	NA