单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-10	Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline 2025-Sep-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100217 PMID:40924015	研究论文	本研究揭示抑制内皮素B受体（ETBR）可增强轴突再生并挽救衰老导致的神经元再生能力下降	首次发现卫星胶质细胞（SGCs）表达ETBR，并证明FDA批准的药物波生坦可通过抑制ETBR逆转衰老相关的轴突再生衰退	机制研究尚未完全阐明，特别是ETBR抑制如何具体影响Cx43表达和SGC功能的分子通路	探究衰老导致外周感觉神经元轴突再生能力下降的机制并寻找干预策略	小鼠背根神经节（DRG）中的感觉神经元和卫星胶质细胞	神经再生生物学	衰老相关神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序，电子显微镜分析，DRG外植体培养	NA	基因表达数据，显微图像数据	成年和老年小鼠的背根神经节样本
22	2025-09-10	NOTCH3 drives fatty acid oxidation and ferroptosis resistance in aggressive meningiomas 2025-Sep-09, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05208-5 PMID:40924320	研究论文	本研究揭示NOTCH3通过促进脂肪酸氧化和抑制铁死亡在侵袭性脑膜瘤中的致癌机制	首次发现NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程介导脑膜瘤铁死亡抵抗的新机制	研究主要基于细胞系模型，需要进一步在体内模型和临床样本中验证	探究NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中的代谢调控作用	人脑膜瘤细胞系（CH157-MN）和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、脂质组学、批量RNA测序	细胞过表达模型	转录组数据、代谢组数据	人脑膜瘤细胞系及患者来源的原代细胞系（具体数量未明确说明）
23	2025-09-10	Single-cell RNA sequencing: enhancing the predictive accuracy of tumor immunotherapy efficacy 2025-Sep-08, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20253017 PMID:40857744	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫治疗疗效预测和生物标志物发现中的应用现状与挑战	系统探讨了scRNA-seq技术与生物材料在肿瘤免疫治疗中的整合应用潜力	未涉及具体实验验证数据，主要基于现有文献分析	提升肿瘤免疫治疗疗效预测准确性	肿瘤微环境（TME）中的免疫细胞	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
24	2025-09-10	OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis 2025-Sep-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480 PMID:40920823	研究论文	介绍OmnibusX平台，一个集成化、隐私优先的统一多组学数据分析工具	整合多种组学分析流程与用户友好界面，提供本地化数据处理和高精度细胞类型预测等专有模块	NA	降低多组学数据分析的技术门槛并增强可重复性	多组学数据分析平台用户	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	多组学数据	NA
25	2025-09-10	Cytotoxic CX3CR1+ Vδ1 T cells clonally expand in an interplay of CMV, microbiota, and HIV-1 persistence in people on antiretroviral therapy 2025-Sep-08, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013489 PMID:40920867	研究论文	本研究揭示了HIV-1感染者中Vδ1 γδ T细胞的克隆扩增机制及其与CMV、微生物组和HIV-1病毒库控制的关联	首次综合解析Vδ1 T细胞在HIV-1感染者中的表型、功能、单细胞转录组和受体库特征，并阐明其与CMV、微生物组的多重触发关系	样本量较小（15名HIV-1感染者与15名对照），且为观察性研究	探究HIV-1感染者Vδ1 T细胞的扩增机制及其对病毒库控制的潜在作用	HIV-1感染者的血液和十二指肠上皮内淋巴细胞	免疫学	HIV-1感染	单细胞转录组测序、表型分析、功能分析	NA	生物样本数据、测序数据	30人（15名HIV-1感染者+15名HIV阴性对照）
26	2025-09-10	Protective Role of Apelin in a Mouse Model of Post-Intensive Care Syndrome 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0028OC PMID:40920972	研究论文	本研究通过小鼠模型和临床数据分析，探讨Apelin-APJ信号通路在重症监护后综合征（PICS）中的保护作用及分子机制	首次将Apelin-APJ信号通路损伤与PICS发病机制联系起来，并发现肌肉特异性Apelin过表达可改善症状	需要进一步研究明确组织特异性作用，目前机制尚未完全阐明	探究PICS的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和COVID-19相关ARDS幸存者	基础医学研究	重症监护后综合征	单细胞RNA测序、转录组分析、动物模型构建	小鼠疾病模型	基因表达数据、临床数据、行为学数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明）
27	2025-09-10	Extracellular Matrix and Fibroblast Activation in Lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0237OC PMID:40920984	研究论文	本研究探讨淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中细胞外基质（ECM）和成纤维细胞活化的作用机制及潜在治疗策略	通过单细胞测序技术识别LAM细胞的癌症干细胞样状态，并揭示mTORC1驱动的4E-BP1/eIF4E翻译调控对ECM基因的超越转录控制的作用	研究基于特定细胞亚群分析，未涉及整体动物模型或临床疗效验证	阐明LAM疾病中ECM基因表达调控机制及开发靶向治疗策略	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者来源的细胞及成纤维细胞	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	NA（未明确样本数量）
28	2025-09-10	Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas 2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012211 PMID:40912739	研究论文	本研究探讨放疗和CD47阻断如何协同调节巨噬细胞吞噬活性及激活状态，以对抗恶性胶质瘤的免疫逃逸	首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬胶质瘤细胞的巨噬细胞存在转录异质性，并发现联合疗法可协同诱导促炎性巨噬细胞表型	研究主要基于细胞系和小鼠模型，人类体内反应的直接证据尚需进一步验证	阐明放疗与CD47阻断联合调控巨噬细胞吞噬功能及激活状态的机制	人类和小鼠胶质瘤细胞系，以及外周血和骨髓来源的巨噬细胞	肿瘤免疫学	恶性胶质瘤	流式细胞术, ELISA, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外吞噬实验	NA	基因表达数据, 蛋白表达数据, 细胞表型数据	使用人类和小鼠胶质瘤细胞系，以及原代巨噬细胞，并在异种移植和同系小鼠模型中验证
29	2025-09-10	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	采用双分支框架整合基础模型先验知识与细粒度斑点特征，通过多级特征提取和双图策略处理切片间异质性和切片内复杂性	NA	从组织学图像预测空间转录组数据	组织切片图像与空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组技术	Transformer, 图神经网络, 多尺度卷积	图像	NA
30	2025-09-10	Standardizing single-cell approaches to osteoarthritis: Toward a comprehensive cellular atlas 2025-Sep-04, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.016 PMID:40914548	评论	本文探讨了单细胞RNA测序在骨关节炎研究中的应用，并呼吁标准化细胞类型注释与数据整合以构建全面的细胞图谱	提出通过标准化注释和整合新旧数据集来构建更完整的骨关节炎单细胞图谱的创新方向	NA	推动骨关节炎单细胞研究标准化，构建全面细胞图谱	骨关节炎关节组织细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
31	2025-09-10	Longitudinal single-cell RNA model aids prediction of EGFR-TKI resistance 2025-Sep-04, Carcinogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1093/carcin/bgaf038 PMID:40739818	研究论文	本研究利用纵向单细胞RNA测序数据探索肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并建立预测模型	首次结合纵向scRNA-seq与机器学习构建EGFR耐药评分(ERscore)系统，在单细胞水平解析耐药肿瘤细胞亚群与代谢特征	NA	研究肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并开发预测工具	EGFR突变肺腺癌患者的肿瘤样本（治疗前后配对样本）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), inferCNV算法, 基因评分方法	机器学习模型（具体类型未明确说明）	单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量）
32	2025-09-10	Contribution of S1pr1-featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice 2025-Sep-03, Pain IF:5.9Q1 DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780 PMID:40899794	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示顺铂诱导神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及Wnt信号通路机制	首次发现顺铂特异性增加脊髓中S1pr1high星形胶质细胞比例并鉴定其特有的Wnt信号通路激活机制	研究仅使用雄性小鼠模型，未探讨性别差异影响	解析顺铂诱导神经病理性疼痛的细胞与分子机制	雄性小鼠脊髓组织与星形胶质细胞亚群	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞转录组学、鞘内注射、药理学拮抗	NA	基因表达数据	雄性小鼠脊髓样本（具体数量未明确说明）
33	2025-09-10	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	通过单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，未涵盖其他脑区；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的多年龄段人类前额叶皮层样本
34	2025-09-10	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发T-CellAnnoTator（TCAT）流程，通过量化预定义基因表达程序改进T细胞表征	提出同时量化T细胞激活状态和细胞亚群的创新分析框架，识别传统分类无法捕捉的连续状态	NA	改进T细胞表征方法并识别可重复的基因表达程序	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自700个个体、38种组织和5种疾病背景的1,700,000个T细胞
35	2025-09-10	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析首次构建了RGC的完整成熟轨迹图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，未涉及出生后及成年期视网膜成熟过程	解析人视网膜发育过程中细胞类群的成熟异质性，特别是视网膜神经节细胞的连续成熟过程	人胎儿视网膜组织及视网膜神经节细胞（RGC）	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序），伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	胎儿8-27周期间的人视网膜样本
36	2025-09-10	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep-02, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本研究通过单细胞测序和流式细胞术揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）这一特殊巨噬细胞亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症增加和脂解功能受损	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的调控机制	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	年龄相关疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本
37	2025-09-10	Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data 2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672376 PMID:40909701	研究论文	系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现，并提出空间感知的优化策略	首次系统比较多种采样方法在空间转录组数据中的应用，并提出结合空间平滑的杠杆评分方法以平衡转录组异质性和空间结构保持	研究基于有限数据集和模拟数据，未涵盖所有可能的组织类型和技术平台	解决空间转录组数据分析中的计算瓶颈，通过智能子采样实现高效无偏分析	空间转录组数据（包括小鼠卵巢、MERFISH脑数据、人类乳腺癌和肺癌数据）及模拟数据	空间转录组学	乳腺癌、肺癌	空间转录组技术（ST）、MERFISH	随机SVD、空间权重矩阵	空间转录组数据、基因表达数据、空间坐标数据	多个真实数据集（包含数十万细胞/位置）及模拟数据
38	2025-09-10	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩，模拟体内骨软骨界面的应变梯度	未提及样本规模限制或模型验证的局限性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	器官芯片技术	骨关节炎	单细胞RNA测序	OCU-on-Chip平台	基因表达数据	NA
39	2025-09-10	Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis 2025-Sep, Journal of human hypertension IF:2.7Q2 DOI:10.1038/s41371-025-01054-0 PMID:40715499	研究论文	通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因	首次整合cis-eQTL、孟德尔随机化、功能富集分析和单细胞RNA测序数据系统筛选并验证先兆子痫的潜在药物靶基因	研究主要基于血液样本的eQTL数据，未能完全反映胎盘组织中的基因表达情况	识别可能降低先兆子痫风险的遗传靶点	先兆子痫患者相关遗传数据和基因表达数据	生物信息学	妊娠期高血压疾病	cis-eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、SMR分析、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、基因表达数据	基于eQTLGen联盟的血液样本数据
40	2025-09-10	Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model 2025-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63328-y PMID:40890115	研究论文	本研究结合同位素标记和空间生物学技术，探究阿尔茨海默病小鼠模型中Aβ斑块年龄依赖性成熟与突触丧失的关系	首次将稳定同位素标记与质谱成像结合用于斑块时间标记，实现空间维度上追踪斑块老化过程	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需谨慎；技术整合复杂度可能限制广泛应用	揭示Aβ斑块随时间演变对周围组织的病理影响机制	App knock-in Aβ小鼠模型中的淀粉样蛋白斑块及周围神经组织	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	质谱成像数据、空间基因表达数据、结构染色数据	转基因阿尔茨海默病小鼠模型样本