单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-11	Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Jun-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02508-0 PMID:40490575	research paper	该研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义和免疫调节作用	首次将氨代谢与HNSC的肿瘤进展和免疫抑制联系起来，并开发了一个新的预后模型	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	研究HNSC中ACD的预后相关性和免疫学效应	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	random survival forests (RSF), ssGSEA, TIP analysis, single-cell RNA sequencing	RSF	transcriptomic data	NA
22	2025-06-11	Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains 2025-Jun-09, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02263-2 PMID:40490756	研究论文	通过单细胞染色质可及性分析揭示猪脑的调控机制和进化	首次对家猪和野猪大脑进行单细胞染色质可及性分析，揭示了细胞类型特异性调控景观和少突胶质细胞的发育轨迹	样本量相对有限，仅分析了71,798个细胞	研究猪脑的调控机制及其进化特征	家猪和野猪的大脑皮层和小脑	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞染色质可及性分析，单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层和小脑）
23	2025-06-11	Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages 2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03457-9 PMID:40490799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱	首次全面描绘了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同，提示Ig在大脑中具有新的、非经典免疫功能	NA	阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的功能	小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序, Ig库分析	NA	RNA测序数据	从小鼠胚胎到成年阶段的大脑样本
24	2025-06-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Jun-09, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能	首次比较Illumina和MGI Tech在单细胞RNA测序中的表现，特别是在异质性样本中的生物学见解	研究仅基于三个人类癌症样本，样本量较小	验证和比较不同测序平台在单细胞转录组分析中的性能	人类癌症样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个人类癌症样本
25	2025-06-11	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jun-09, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	review	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中B细胞亚群的异质性及其功能多样性，揭示了TIBs在免疫反应中的双重作用	TIBs在肿瘤微环境中的具体作用及其与非免疫细胞的相互作用仍不明确	探讨TIBs在结直肠癌肿瘤微环境中的功能及其对免疫治疗的影响	肿瘤浸润B细胞（TIBs）及其在结直肠癌肿瘤微环境中的亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26	2025-06-11	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	研究谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗耐药中的作用及其机制	揭示了SLC1A6在免疫治疗耐药中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，可能无法完全代表其他癌症类型	探讨SLC1A6在癌症免疫治疗耐药中的作用及其机制	膀胱癌和肺癌患者以及相关肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列及体内肿瘤模型
27	2025-06-11	Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer 2025-Jun-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10042-6 PMID:40483281	研究论文	本研究探讨了甲状腺癌中树突状细胞通过Annexin A1-FPR1相互作用调控免疫微环境的机制	揭示了ANXA1-FPR1轴在甲状腺癌免疫调控中的关键作用，并提出了针对该轴的免疫治疗新策略	未提及样本量是否足够大以及是否进行了多中心验证	研究甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的作用机制	甲状腺癌组织中的树突状细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序, 转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
28	2025-06-11	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process 2025-Jun-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08316-0 PMID:40483363	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入描述了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用	优化了脱钙方法以提高RNA质量，结合Visium CytAssist平台和多种分析软件，准确定位了关键细胞群并识别了调控其激活和分化的关键转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类骨折愈合尚需进一步验证	阐明骨折愈合过程中的细胞和分子机制	小鼠股骨骨折模型	空间转录组学	骨折	空间转录组学, 单细胞转录组学	Seurat, CARD, Monocle, CellChat	转录组数据	骨折前(Day 0)和骨折后第5天、第15天的小鼠样本
29	2025-06-11	KRT5high TP63-expressing urothelial basal cells act as a driver to bladder urothelium regeneration in rabbit 2025-Jun-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04417-z PMID:40483513	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了一组具有干细胞特性的KRT5高表达TP63阳性基底细胞，这些细胞在兔膀胱粘膜全层切除后能够激活并分化为中间层和表层伞状细胞，为膀胱组织工程提供了理想的种子细胞	首次鉴定并验证了KRT5high TP63-expressing基底细胞亚群在膀胱尿路上皮再生中的驱动作用，并开发了基于胶囊血管床的生物工程尿路上皮构建策略	研究仅在兔模型中进行，尚未验证在人类或其他大型动物模型中的适用性	探索膀胱尿路上皮再生的细胞机制并开发组织工程新策略	兔膀胱尿路上皮基底细胞	组织工程	膀胱疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞片移植技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	兔膀胱粘膜样本(具体数量未明确说明)
30	2025-06-11	Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas 2025-Jun-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02036-6 PMID:40483536	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了复发性胶质瘤中新的上皮-基质相关间充质样亚群	发现了复发性胶质母细胞瘤中富含EMT相关基因（如EGR1和SERPINE1）的新型间充质样亚群，并验证了这些亚群在肿瘤侵袭和复发中的关键作用	样本量相对较小（52例），且仅针对IDH野生型胶质母细胞瘤	探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制，特别是间充质样亚群的作用	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本（26例原发性和26例复发性肿瘤）	数字病理学	胶质瘤	单核RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、拷贝数变异检测、非负矩阵分解	NA	转录组数据、空间转录组数据	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本
31	2025-06-11	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与不良预后显著相关	样本量较小(6例患者和3例健康对照)，需要更大规模的队列验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者和健康个体的外周血样本	肿瘤免疫学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	9例血液样本(6例DLBCL患者和3例健康个体)
32	2025-06-11	A reflux linked GATA factor fulcrum dictates lineage commitment through GPRC5B during the esophageal dysplastic transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡期间对肿瘤发生的影响机制	发现了GATA因子在BE-HGD-EAC过渡中的关键作用，并确定了GATA诱导的GPRC5B作为HGD向EAC进展的功能标志物和潜在驱动因子	研究主要基于体外实验和TCGA数据分析，需要更多体内实验验证	阐明GATA家族成员在食管腺癌发生过程中的作用机制	食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡	癌症生物学	食管癌	RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片（OOAC）研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）、TCGA数据集
33	2025-06-11	Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish 2025-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60334-y PMID:40480975	research paper	该研究探讨了斑马鱼在快速生长期部分肝脏损伤后，胆管细胞如何参与肝细胞再生的机制	揭示了快速生长期胆管细胞向肝细胞转分化的主要再生机制，并发现mTORC1信号在胆管细胞可塑性增强中的调控作用	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物或人类中验证	阐明快速生长期肝脏再生的细胞来源和分子机制	斑马鱼肝脏	发育生物学	肝脏疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、基因组编辑	斑马鱼模型	基因表达数据	两种部分肝脏损伤模型的斑马鱼
34	2025-06-11	RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma 2025-Jun-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00977-8 PMID:40481101	研究论文	本文研究了RAN在肺腺癌中通过调节磷酸化AMPK的核输出，重塑脂质代谢并影响免疫治疗效果的作用机制	揭示了RAN通过调节p-AMPK的核输出影响脂质代谢和免疫逃逸的新机制，并提出了Selinexor与免疫治疗联合的新策略	样本量较小（n=15），且机制研究主要在细胞水平进行	探究肺腺癌中代谢重编程与免疫治疗抵抗的分子机制	肺腺癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例接受抗PD-1治疗的肺癌患者
35	2025-06-11	Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease 2025-Jun-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05086-x PMID:40481130	研究论文	本研究通过分析Behçet病(BD)的批量测序和单细胞测序数据，探讨了BD的免疫浸润景观，并发现了单核细胞可能是BD发生和发展的触发细胞，同时鉴定了5个新的潜在诊断生物标志物	首次在单细胞分辨率下探讨了BD的免疫浸润景观，并通过机器学习筛选出5个新的潜在诊断生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探索BD的免疫机制并寻找新的诊断生物标志物	Behçet病(BD)患者和小鼠模型	生物信息学	Behçet病	批量测序(bulk-seq), 单细胞测序(single-cell seq), qRT-PCR	LASSO(最小绝对收缩和选择算子)	基因表达数据	来自GEO数据库的BD测序数据和小鼠模型
36	2025-06-11	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域信息校正空间混杂效应，能够识别局部异常值和区域伪影，这是现有方法无法做到的	目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证，尚未在其他空间转录组学技术上测试	开发专门针对空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
37	2025-06-11	Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis 2025-Jun-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042584 PMID:40489880	研究论文	通过孟德尔随机化分析探索炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系	利用多组学数据集和单细胞RNA测序技术，全面分析了颈动脉粥样硬化中不同细胞类型的基因表达谱，并鉴定了关键基因如HMOX1、CD52、CSF1R等在疾病发展中的作用	研究依赖于公开数据集，可能受到样本来源和数量的限制，且未进行实验验证	探索炎症相关基因在动脉粥样硬化中的分子机制和潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和细胞类型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR	基因表达数据	多个公开数据集（GSE198600、GSE120521、GSE253903、GSE224273）
38	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	研究糖酵解反应PGAM如何调节Th17细胞的致病性及其在自身免疫性疾病中的作用	发现PGAM与其他糖酵解酶不同，是Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制尚未验证	探索糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
39	2025-06-11	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组在不同性别间的差异，并揭示了抑制性神经元在这一性别差异中的作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组存在性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的主要因素	研究仅在大鼠中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	幼年大鼠的内侧杏仁核组织样本
40	2025-06-11	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Jun-04, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	research paper	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）患者肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实该通路可作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本量有限，需进一步扩大临床验证	阐明AREG介导肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道狭窄病变组织、DSS诱导的慢性结肠炎小鼠模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq	Areg基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织样本	CD患者狭窄与非狭窄病变组织样本、肠道憩室正常组织样本、WT和Areg-/-小鼠模型