单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-14	Draft de novo genome construction of Scytonema sp. PRP1: identified from single-cell sequencing library preparation 2025-Sep-11, Microbiology resource announcements IF:0.7Q4 DOI:10.1128/mra.00029-25 PMID:40744872	研究论文	本文报道了从人类脑样本单细胞测序文库中鉴定出的蓝藻Scytonema sp. PRP1的基因组草图构建	首次通过单细胞测序技术从人类脑样本中意外鉴定并组装了一种蓝藻的基因组	NA	构建蓝藻Scytonema sp. PRP1的基因组序列	蓝藻Scytonema sp. PRP1	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列数据	一个蓝藻菌株（PRP1）
22	2025-09-14	Upfront whole blood transcriptional patterns in patients receiving immune checkpoint inhibitors associate with clinical outcome 2025-Sep-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04155-4 PMID:40931197	研究论文	本研究通过全血转录组分析识别与免疫检查点抑制剂临床结局相关的转录模式	首次在大规模全血转录组数据（14,085个样本）中应用共识独立成分分析识别转录成分，并发现与治疗反应相关的特定模式	样本量相对有限（145名患者），需要更大规模验证	开发基于全血转录组学的预测性生物标志物，改善免疫治疗患者分层	晚期癌症患者接受免疫检查点抑制剂治疗	生物信息学	晚期癌症	RNA测序，共识独立成分分析（c-ICA），基因集富集分析	多变量分析模型	转录组数据	145名患者样本 + 14,085个公共数据库全血转录组
23	2025-09-14	Xcr1+ type 1 conventional dendritic cells are essential mediators for atherosclerosis progression 2025-Sep-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.107742 PMID:40934103	研究论文	本研究揭示了Xcr1+ cDC1细胞在动脉粥样硬化进展中的关键作用，并探索了通过Xcl1靶向干预的策略	首次证实cDC1细胞在人类动脉粥样硬化斑块中的存在，建立新型遗传模型证明其缺失可减轻病变，并发现Xcl1-Xcr1轴调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；血清脂质水平未显著变化，机制探索有待深化	阐明cDC1细胞在动脉粥样硬化炎症反应中的具体作用机制	小鼠模型（包括新型遗传改造模型）及人类动脉粥样硬化斑块样本	免疫学与心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、遗传模型构建、免疫细胞分析	NA	基因表达数据、免疫组化数据	小鼠模型群体（具体数量未明确说明）及人类斑块样本
24	2025-09-14	Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning 2025-Sep-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104074 PMID:40938748	研究论文	提出一种无需包埋或切片即可对培养细胞和工程组织进行单细胞空间转录组分析的操作流程	开发了适用于不兼容标准包埋和切片处理的2D工程组织和细胞培养物的空间转录组分析新方法	NA	建立空间转录组分析的新型样本制备流程	2D工程组织和细胞培养物	空间转录组学	NA	Visium HD空间技术	NA	空间转录组数据	NA
25	2025-09-14	Acellular Tissue Engineered Vessels as Coronary Artery Bypass Grafts 2025-Sep-11, JACC. Basic to translational science DOI:10.1016/j.jacbts.2025.101379 PMID:40939573	研究论文	本研究评估了一种小直径无细胞组织工程血管在灵长类动物模型中作为冠状动脉旁路移植替代物的可行性和耐久性	首次在灵长类动物模型中证明小直径无细胞组织工程血管能够通过宿主细胞再殖实现血管重塑，并保持长期通畅性	研究样本量较小（n=5），且仅在6个月观察期内评估效果	解决冠状动脉旁路移植术中自体血管来源有限的问题，开发替代性血管移植物	成年狒狒的右冠状动脉	组织工程	心血管疾病	计算机断层扫描血管造影、组织学分析、空间转录组学	NA	影像数据、组织学数据、基因表达数据	5只成年狒狒
26	2025-09-14	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Sep-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer，用于多组学数据中的细胞类型比例估计	通过结合最优传输与深度学习，在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	解决批量数据与参考单细胞数据之间的批次效应问题，提高细胞反卷积的准确性	批量RNA测序、批量蛋白质组学和空间转录组学数据	生物信息学	前列腺癌、结肠癌	RNA-seq, 蛋白质组学, 空间转录组学	深度学习与最优传输结合模型	多组学数据	NA
27	2025-09-14	Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01559-25 PMID:40772762	研究论文	本研究通过配对单细胞和空间转录组分析，揭示了骨桥蛋白（osteopontin）高表达的巨噬细胞在结核性肉芽肿形成中的核心作用	首次结合空间和单细胞RNA测序技术解析人类结核肉芽肿的细胞组成、空间结构及关键调控基因SPP1的功能	研究基于人类活检样本和斑马鱼模型，可能存在物种间差异及样本数量限制	阐明结核肉芽肿的细胞组成、空间组织结构及关键调控机制	结核病患者肉芽肿活检样本及斑马鱼感染模型	空间转录组学	结核病	单细胞RNA测序、空间转录组测序、轨迹分析、空间反卷积	NA	RNA测序数据、空间转录数据	人类结核肉芽肿活检样本（具体数量未明确说明）及斑马鱼模型
28	2025-09-14	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01010-25 PMID:40815167	研究论文	本研究结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，探索RSV感染的宿主依赖因素和转录调控特征	首次在单细胞分辨率下同时分析RSV感染细胞和未感染旁观者细胞的宿主反应，并通过跨病毒比较揭示RSV特异性宿主因子	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床验证	阐明RSV感染的宿主分子机制并识别关键宿主因子	呼吸合胞病毒（RSV）感染的宿主细胞	功能基因组学	呼吸道感染	全基因组CRISPR敲除筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及29项已发表筛选数据和17种其他病毒的对比分析
29	2025-09-14	Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques 2025-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63202-x PMID:40931012	研究论文	构建了一个集成的人类动脉粥样硬化斑块单细胞图谱，包含约25万个高质量注释细胞	通过专家共识和表面蛋白测量验证了稳健的细胞类型注释，识别了斑块中性粒细胞独特标记、晚期病变中富集的促血管生成内皮细胞簇以及特化巨噬细胞亚群	现有数据集通常缺乏全面覆盖和一致注释，限制了下游分析的效用	阐明动脉粥样硬化斑块进展的免疫机制和结构细胞转化	人类动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约250,000个高质量注释细胞
30	2025-09-14	GPR91 mediates low shear stress-induced endothelial ferroptosis via EGR1-dependent GPX4 repression 2025-Sep-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112127 PMID:40939914	研究论文	本研究揭示了低剪切应力通过GPR91/EGR1/GPX4信号轴诱导血管内皮细胞铁死亡的新机制	首次发现GPR91作为机械敏感受体连接低剪切应力与铁死亡信号通路，并阐明EGR1介导的GPX4转录抑制机制	NA	探究低剪切应力导致动脉粥样硬化内皮损伤的分子机制	血管内皮细胞、HEK293T细胞、动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq, ChIP-qPCR, RNA-seq, 平行板流动腔系统	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
31	2025-09-14	Comparative efficacy and safety of PSCA CAR-engineered Vδ1 γδ T cells for immunotherapy of pancreatic cancer 2025-Sep-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011890 PMID:40930745	研究论文	比较PSCA CAR-Vδ1 γδ T细胞在胰腺癌免疫治疗中的疗效和安全性	首次直接比较CAR工程化Vδ1 γδ T细胞、Vδ2 γδ T细胞和传统αβ T细胞在实体瘤中的安全性和有效性	临床前研究，尚未进行人体试验；样本来源限于外周血，Vδ1细胞丰度低且体外扩增困难	评估CAR工程化Vδ1 γδ T细胞治疗胰腺癌的潜力和安全性	表达PSCA的胰腺肿瘤细胞和免疫细胞亚群	免疫治疗	胰腺癌	CAR工程、单细胞RNA测序、体外细胞毒性试验、异种移植小鼠模型	NA	体外实验数据、体内动物模型数据、转录组数据	人源血液衍生免疫细胞及胰腺癌异种移植模型
32	2025-09-14	EP300 as a potential mediator of stress-induced sleep disruption through blood-brain barrier dysfunction and neuroinflammation 2025-Sep-09, Sleep medicine IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.sleep.2025.106802 PMID:40939466	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了EP300基因在应激诱导睡眠障碍中通过血脑屏障功能障碍和神经炎症的潜在作用	首次发现EP300基因在睡眠障碍中的潜在作用，并验证其通过影响小胶质细胞、血脑屏障和IL-1β表达介导睡眠障碍	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	识别影响睡眠障碍的关键基因并提供新的理解和治疗视角	基因表达数据、慢性不可预测应激小鼠模型的前额叶皮层组织	生物信息学	睡眠障碍	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、KEGG/GO富集分析、孟德尔随机化、qPCR、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、RNA测序数据	371个关键基因，5个枢纽基因，慢性应激小鼠模型
33	2025-09-14	Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach 2025-Sep-08, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109785 PMID:40939530	研究论文	本研究通过多组学整合与分子对接方法系统探讨了双酚A在胃肠道肿瘤发生中的潜在致癌机制	首次通过多组学方法揭示BPA通过干扰能量代谢、激活CAF重塑肿瘤微环境及增强癌细胞增殖的三重致癌机制，并识别出特定癌症的预后生物标志物	NA	系统研究双酚A（BPA）在三种胃肠道肿瘤（肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌）中的潜在致癌机制	肝内胆管癌（ICC）、结直肠癌（CRC）和食管癌	生物信息学	胃肠道癌症	转录组学、单细胞转录组学、网络毒理学、分子对接	NA	多组学数据	NA
34	2025-09-14	Cancer-Associated Fibroblasts in Solid Tumors and Sarcomas: Heterogeneity, Function, and Therapeutic Implications 2025-Sep-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171398 PMID:40940809	综述	探讨实体瘤和肉瘤中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、功能及治疗意义	系统总结CAFs在肉瘤中的研究空白，提出CAFs身份界定难题，并评估靶向CAFs的新策略与生物标志物潜力	肉瘤中CAFs研究较少，恶性与非恶性成纤维细胞界限模糊	解析CAFs在肿瘤微环境中的功能及其治疗靶点价值	实体瘤与肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	实体瘤与肉瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
35	2025-09-14	The RNA-Binding Protein RBMX Mediates the Immunosuppressive Microenvironment of Osteosarcoma by Regulating CD8+T Cells 2025-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172928 PMID:40941025	研究论文	本研究探讨RNA结合蛋白RBMX通过调控CD8+T细胞介导骨肉瘤免疫抑制微环境的机制	首次揭示RBMX通过调控H2-K1和THBS1表达影响CD8+T细胞浸润的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步开展	探究RBMX在骨肉瘤免疫微环境中的调控作用	骨肉瘤细胞系、小鼠皮下移植瘤模型	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞转录组测序、多重免疫荧光、流式细胞术、PCR	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人类骨肉瘤数据库分析和小鼠模型实验
36	2025-09-14	Long Noncoding RNAs as Emerging Regulators of Seed Development, Germination, and Senescence 2025-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178702 PMID:40943616	综述	本文综述了长链非编码RNA在种子发育、萌发和衰老过程中的调控作用及其机制	整合了lncRNA的表观转录组修饰（如m6A甲基化）和lncRNA-蛋白质凝聚物形成等新兴调控机制，并探讨了单细胞转录组学等前沿方法的应用	NA	系统阐述lncRNAs在种子关键生理阶段的调控功能与分子机制	植物种子（涵盖胚胎发生、成熟、休眠、萌发和衰老过程）	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、直接RNA测序、RNA-染色质互作图谱	NA	转录组数据、表观遗传数据	NA（文献综述未涉及具体样本量）
37	2025-09-14	Application of Single-Cell Sequencing and Machine Learning in Prognosis and Immune Profiling of Lung Adenocarcinoma: Exploring Disease Mechanisms and Treatment Strategies Based on Circadian Rhythm Gene Signatures 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172911 PMID:40941008	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习，基于昼夜节律基因特征探索肺腺癌的预后和免疫特征，并验证关键基因ARNTL2的功能	首次在bulk组织和单细胞水平系统研究昼夜节律基因在肺腺癌中的作用，并开发基于机器学习的高性能预后模型	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证部分仅聚焦于ARNTL2基因	探索昼夜节律基因在肺腺癌发展中的作用机制并开发预后预测模型	肺腺癌患者组织样本和细胞系	生物信息学	肺腺癌	单细胞测序，RNA-seq，qRT-PCR	Stepwise Cox回归，SuperPC	转录组数据，单细胞数据	来自TCGA和GEO数据库的多个数据集
38	2025-09-14	An Update on Single-Cell RNA Sequencing in Illuminating Disease Mechanisms of Cutaneous T-Cell Lymphoma 2025-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172921 PMID:40941016	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在皮肤T细胞淋巴瘤疾病机制研究中的最新应用进展	识别出对诊断、预后和治疗靶点具有潜力的关键标志物	NA	更新单细胞RNA测序在皮肤T细胞淋巴瘤研究中的应用现状	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	生物信息学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
39	2025-09-14	PIAS1 Shapes a Tumor-Suppressive Microenvironment by Suppressing Immune Evasion in Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Sep-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172905 PMID:40941002	研究论文	本研究探讨了SUMO E3连接酶PIAS1在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的表达及其功能，揭示其通过抑制免疫逃逸塑造抑瘤微环境的作用	首次系统阐明PIAS1在非恶性基质和免疫细胞中的功能，发现其表达与改善生存相关并促进免疫激活型微环境形成	研究主要基于相关性分析，功能性验证实验有待进一步深入	阐明PIAS1在口腔鳞癌肿瘤微环境中的表达特征和功能意义	口腔鳞状细胞癌患者组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	免疫组织化学(IHC), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 差异基因表达分析, IPA通路分析, GSEA, 细胞间通讯推断	NA	组织切片图像, 基因表达数据	口腔鳞癌组织微阵列和单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
40	2025-09-14	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析人视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析构建了首个高时间分辨率的人胎儿视网膜细胞成熟图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，尚未验证成年视网膜的成熟过程	解析人视网膜发育的细胞异质性，特别关注视网膜神经节细胞的成熟连续性	人胎儿视网膜组织，特别是视网膜神经节细胞（RGC）	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序），伪时间分析，计算生物学方法	NA	单细胞转录组数据	人胎儿8-27周视网膜样本的单细胞转录组图谱