单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-30	A cycling, progenitor-like cell population at the base of atypical teratoid rhabdoid tumor subtype differentiation trajectories 2025-Jul-28, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf179 PMID:40726147	研究论文	本研究通过单核转录组图谱、单核ATAC-seq和空间转录组学数据，揭示了非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)的亚型特异性分化轨迹及其发育起源	发现了一个共享的循环中间前体细胞样细胞群，并证明了ATRT亚型特异性分化途径可以通过药物调控	研究主要基于体外肿瘤模型，临床转化效果尚需进一步验证	深入理解ATRT的细胞异质性和发育起源，为亚型特异性治疗策略提供理论基础	非典型畸胎样横纹肌样瘤(ATRT)样本和患者来源的ATRT肿瘤模型	数字病理学	儿科中枢神经系统肿瘤	单核转录组测序、单核ATAC-seq、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据、空间表达数据	未明确说明具体样本数量，但包含多个ATRT样本和患者来源的肿瘤模型
22	2025-07-30	Multi-gene anoikis signature combined with tumor microenvironment stratifies prognosis in cutaneous melanoma with experimental validation of PTK6 2025-Jul-26, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149686 PMID:40721013	研究论文	本研究通过整合失巢凋亡特征和肿瘤微环境特征，开发了一个新的预后分类器，并在皮肤黑色素瘤中验证了PTK6的功能	首次整合失巢凋亡抵抗和免疫微环境特征构建预后分类器，并通过实验验证PTK6在皮肤黑色素瘤中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步前瞻性研究验证	开发皮肤黑色素瘤的新型预后预测模型并探索潜在治疗靶点	皮肤黑色素瘤患者样本和细胞/动物模型	数字病理学	皮肤黑色素瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、LASSO-Cox回归	RS-TME分类器	转录组数据	TCGA-CM队列471例患者，GSE65904队列214例患者
23	2025-07-30	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究揭示了负压伤口治疗（NPWT）通过GNAS/CREB1/HSP90轴促进伤口血管生成的生物力学机制	首次阐明了NPWT通过GNAS/CREB1/HSP90轴激活eNOS信号通路促进血管生成的分子机制	研究主要基于体外机械拉伸模型和大鼠背部伤口模型，尚未在人体中进行验证	探究负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	HSP90相关调控网络和eNOS Ser1177磷酸化	生物力学	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量
24	2025-07-30	Multimodal associations between brain morphology, immune-inflammatory markers, spatial transcriptomics, and behavioural symptoms in autism spectrum disorder 2025-Jul-26, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.07.021 PMID:40721173	研究论文	本研究探讨了自闭症谱系障碍（ASD）中攻击行为的神经生物学机制，结合了行为、神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学的多模态分析	首次结合神经内分泌、炎症标志物、脑结构差异和空间转录组学多模态分析，揭示了ASD攻击行为与神经炎症及脑结构变化的复杂关联	样本量较小（42名男性ASD患者），且缺乏纵向数据，未能全面考虑遗传和环境因素的影响	揭示ASD患者攻击行为的神经生物学机制，为开发针对性治疗策略提供依据	42名11-38岁男性ASD患者（21名有攻击行为，21名无攻击行为）	神经科学	自闭症谱系障碍	多重检测（炎症标志物）、MRI、变形形态测量学（DBM）、空间转录组学	NA	行为问卷数据、血浆生物标志物、MRI影像、基因表达数据	42名男性ASD患者（21名有攻击行为，21名无攻击行为），其中13名攻击性患者进行了MRI扫描
25	2025-07-30	Integration of Single-Cell Analysis and Bulk RNA Sequencing Data Using Multi-Level Attention Graph Neural Network for Precise Prognostic Stratification in Thyroid Cancer 2025-Jul-21, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142411 PMID:40723292	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用多级注意力图神经网络模型，提高了甲状腺癌预后分层的精确性	首次将单细胞RNA测序与批量RNA测序数据整合，并应用多级注意力图神经网络模型进行甲状腺癌预后预测	样本量相对较小，仅包含15个单细胞RNA测序样本和489个TCGA患者数据	提高甲状腺癌预后管理的精确性，并深入理解肿瘤微环境中T细胞的作用	甲状腺癌患者及其肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	甲状腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	MLA-GNN (多级注意力图神经网络)	RNA测序数据	15个scRNA-seq样本和489个TCGA患者数据
26	2025-07-30	Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact 2025-Jul-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146983 PMID:40725231	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了人类胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和永生化胶质母细胞瘤U87 MG细胞在感染溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact后的转录反应	首次在单细胞水平上揭示了VV-GMCSF-Lact感染后胶质瘤细胞的转录变化，并发现前神经胶质母细胞瘤细胞和小胶质细胞样细胞对该病毒最为敏感	研究仅针对特定类型的胶质瘤细胞系和患者来源的胶质瘤培养物，未涵盖所有胶质瘤亚型	探究溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact对不同类型脑细胞的转录影响	人类胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和永生化胶质母细胞瘤U87 MG细胞	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	患者来源的胶质瘤培养物和U87 MG细胞系
27	2025-07-30	Cancer-Associated Fibroblasts Establish Spatially Distinct Prognostic Niches in Subcutaneous Colorectal Cancer Mouse Model 2025-Jul-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142402 PMID:40723284	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，系统性地描述了皮下结直肠癌小鼠模型中肿瘤微环境的空间异质性	揭示了由癌症相关成纤维细胞(CAFs)划分的两个空间上不同的肿瘤区域，这些区域在细胞组成、致癌信号、免疫浸润和代谢状态上存在显著差异	研究仅限于小鼠皮下肿瘤模型，可能无法完全反映人类结直肠癌的复杂性	探索皮下结直肠癌模型中肿瘤微环境的空间组织和调控机制	MC38皮下肿瘤小鼠模型	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
28	2025-07-30	Integrated Multi-Omics Profiling Reveals That Highly Pyroptotic MDMs Contribute to Psoriasis Progression Through CXCL16 2025-Jul-18, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071763 PMID:40722833	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了高度焦亡的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）通过CXCL16促进银屑病进展的机制	首次揭示了银屑病皮损中MDMs的过度焦亡状态及其通过CXCL16-CXCR6信号轴激活Th17细胞的免疫调控机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探究银屑病中细胞特异性焦亡模式及其免疫调控机制	银屑病患者与健康对照组的皮肤样本	生物信息学	银屑病	转录组分析、单细胞RNA测序、CIBERSORT、CellChat	GSVA、AUCell算法	转录组数据	21个转录组数据集+2个单细胞RNA测序数据集
29	2025-07-30	Spatiotemporal Heterogeneity of Tumor Glucose Metabolism Reprogramming: From Single-Cell Mechanisms to Precision Interventions 2025-Jul-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146901 PMID:40725147	综述	本文系统总结了当前关于肿瘤葡萄糖代谢动态的知识，讨论了空间异质性和时间演化模式、单细胞代谢组学揭示的代谢亚群相互作用、葡萄糖代谢-表观遗传学-免疫学调控轴以及针对代谢脆弱性的治疗策略	整合了单细胞测序、空间组学和代谢成像等最新技术，从静态批量分析转向单细胞分辨率的时空异质性动态研究	NA	深入理解肿瘤代谢复杂性，并为开发时空精确干预提供概念框架	肿瘤葡萄糖代谢	肿瘤代谢研究	癌症	单细胞测序、空间组学、代谢成像	NA	代谢数据、组学数据	NA
30	2025-07-30	MICA+ Tumor Cells Modulate Macrophage Phenotype and Function via PPAR/EHHADH-Mediated Fatty Acid Metabolism in Hepatocellular Carcinoma (HCC) 2025-Jul-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142365 PMID:40723248	研究论文	本研究探讨了MICA+肿瘤细胞通过PPAR/EHHADH介导的脂肪酸代谢调节巨噬细胞表型和功能在肝细胞癌中的作用	首次揭示了MICA表达与TAMs的相关性，以及通过PPAR/EHHADH通路调节脂肪酸代谢影响巨噬细胞极化的机制	研究主要基于体外共培养模型和生物信息学分析，需要进一步体内实验验证	探究MICA表达与肿瘤相关巨噬细胞表型转换的关联及其代谢机制	肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	scRNA-seq, qPCR, IHC染色, 生物信息学分析	共培养模型	基因表达数据, 组织样本	TCGA数据库和收集的HCC肿瘤组织
31	2025-07-30	Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses 2025-Jul-15, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15071019 PMID:40723891	研究论文	该研究通过整合多组学分析，揭示了钠离子转运相关基因CHP1在透明细胞肾细胞癌恶性进展中的下调现象，并探讨了其作为预后生物标志物的潜力	首次将CHP1下调确立为ccRCC进展的新分子特征，并发现其通过PPIA-BSG信号参与免疫相互作用及通过SLC38A1调节氨基酸转运	研究样本量相对有限（90个scRNA-seq样本），且候选靶向化合物（熊果苷和伊马替尼）的临床前验证尚未完成	构建ccRCC的细胞和转录图谱，解析恶性进展中的基因表达动态	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤组织及细胞系	癌症基因组学	肾细胞癌	scRNA-seq、bulk RNA-seq、CPTAC蛋白质组学、免疫组化、分子对接、虚拟筛选	伪时间轨迹分析、Mfuzz聚类、细胞间通讯建模	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、临床病理数据	90个scRNA-seq样本（534,227个细胞）及配套bulk RNA-seq/蛋白质组数据
32	2025-07-30	Chemoresistance Evolution in Ovarian Cancer Delineated by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146760 PMID:40725006	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究卵巢癌化疗耐药性的演变	利用单细胞转录组分析揭示了化疗如何重塑肿瘤微环境，并发现化疗与肿瘤病灶位置共同影响细胞簇的转录重编程	研究样本可能不足以代表所有HGSOC患者，且未探讨化疗耐药性的具体分子机制	评估化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）肿瘤微环境的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的肿瘤样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自不同肿瘤病灶位置的样本，包括有或无新辅助化疗（NACT）史的样本
33	2025-07-30	Renal Single-Cell RNA Sequencing and Digital Cytometry in Dogs with X-Linked Hereditary Nephropathy 2025-Jul-12, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15142061 PMID:40723524	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字细胞计数技术，研究了患有X连锁遗传性肾病的犬类肾脏细胞基因表达	首次在犬类XLHN模型中应用scRNA-seq和数字细胞计数技术，揭示了近端肾小管细胞亚群中的差异基因表达和细胞类型比例变化	样本量较小，仅包括一只患病公犬和一只杂合母犬	探索犬类X连锁遗传性肾病(XLHN)的细胞机制	患有X连锁遗传性肾病的犬类肾脏组织	数字病理学	肾病	scRNA-seq, 数字细胞计数	机器学习	RNA测序数据	2只犬(1只患病公犬和1只杂合母犬)，共13,190个细胞
34	2025-07-30	Integrated Single-Cell Analysis Dissects Regulatory Mechanisms Underlying Tumor-Associated Macrophage Plasticity in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16070817 PMID:40725473	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq分析，揭示了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表观遗传异质性和调控机制	首次在单细胞水平上解析了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的染色质可及性图谱，并发现了与预后相关的SPP1 TAM亚群及其特异性超级增强子	研究主要基于相关性分析，需要进一步功能实验验证调控机制	探索肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的表观遗传调控机制	肝细胞癌患者的肿瘤相关巨噬细胞	单细胞组学	肝细胞癌	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量（肝细胞癌患者）
35	2025-07-30	Gut Microbiome Alterations in Colorectal Cancer: Mechanisms, Therapeutic Strategies, and Precision Oncology Perspectives 2025-Jul-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17142294 PMID:40723178	综述	本文探讨了肠道微生物组在结直肠癌（CRC）发展中的关键作用及其治疗策略	结合人工智能、单细胞和空间转录组学等先进技术，探索微生物组衍生生物标志物在CRC早期检测和个性化治疗中的应用	个体间差异、因果推断和监管障碍等挑战仍需解决	研究肠道微生物组在CRC发病机制中的作用及其在精准肿瘤学中的应用	结直肠癌（CRC）患者及其肠道微生物组	精准肿瘤学	结直肠癌	遗传测序、人工智能、单细胞和空间转录组学	NA	微生物组数据、转录组数据	NA
36	2025-07-30	CXCL12 Drives Reversible Fibroimmune Remodeling in Androgenetic Alopecia Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146568 PMID:40724819	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CXCL12在雄激素性脱发(AGA)中驱动可逆性纤维免疫重塑的作用	首次发现CXCL12是雄激素诱导的纤维免疫重塑的中心介质，并证明其作为AGA治疗靶点的潜力	研究基于小鼠模型，人类AGA中的适用性需要进一步验证	阐明CXCL12在AGA纤维免疫功能障碍中的病理作用	雄激素性脱发(AGA)小鼠模型	单细胞转录组学	雄激素性脱发	单细胞RNA测序	小鼠AGA模型	转录组数据	未明确说明样本数量
37	2025-07-30	Precision Medicine in Hematologic Malignancies: Evolving Concepts and Clinical Applications 2025-Jul-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071654 PMID:40722725	综述	本文综述了精准医学在血液系统恶性肿瘤中的应用，包括基础技术、疾病特异性进展及新兴方向	讨论了精准医学如何通过分子分析技术（如NGS、WES、RNA-seq等）和液体活检、MRD监测等工具，改进血液系统恶性肿瘤的诊断和治疗决策	面临高成本、获取不平等、缺乏标准化以及临床实践中的整合障碍等挑战	探讨精准医学在血液系统恶性肿瘤中的临床应用和未来发展方向	血液系统恶性肿瘤（如AML、ALL、CML、CLL、DLBCL等）	精准医学	血液系统恶性肿瘤	NGS、WES、RNA-seq、表观基因组学、蛋白质组学、液体活检、MRD监测	NA	分子数据、临床数据	NA
38	2025-07-30	Identification of Glycolysis-Related Genes in MAFLD and Their Immune Infiltration Implications: A Multi-Omics Analysis with Experimental Validation 2025-Jul-03, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071636 PMID:40722708	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，识别了与MAFLD进展相关的糖酵解关键基因，并阐明了它们与免疫浸润的相互作用	首次通过整合多组学数据（包括bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学）识别了MAFLD中与糖酵解相关的关键基因，并揭示了它们与免疫浸润的关系	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证，且实验验证仅限于小鼠模型	识别MAFLD中与糖酵解相关的关键基因，并探索它们与免疫浸润的关系	MAFLD患者和小鼠模型	生物信息学	代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, WGCNA, 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	RNA-seq数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	MAFLD患者和对照组的多个数据集（具体数量未明确说明）以及小鼠模型
39	2025-07-30	RGCN-BA: relational graph convolutional network with batch awareness for single-cell RNA sequencing clustering 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf378 PMID:40728858	research paper	本文提出了一种名为RGCN-BA的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类和批次效应校正	RGCN-BA首次将细胞聚类和批次效应校正整合到一个统一的模型中，利用关系图卷积网络处理批次信息	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	RGCN (Relational Graph Convolutional Network)	基因表达数据	未提及具体样本数量
40	2025-07-30	Dynamic changes of synergy relationship between lncRNA and immune checkpoint in cancer progression 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf370 PMID:40728857	研究论文	该研究探讨了长链非编码RNA（lncRNA）与免疫检查点（ICPs）在癌症进展中的协同关系及其动态变化	通过整合手动整理的ICPs和高置信度的lncRNA-mRNA相互作用，构建了lncRNA-ICP对，并计算了阶段特异性协同评分，揭示了关键基因如MALAT1和CRNDE在多种癌症中的广泛参与和不同模式	研究依赖于手动整理的ICPs和lncRNA-mRNA相互作用，可能存在数据覆盖不全或偏差	揭示lncRNA与ICPs在癌症进展中的协同机制及其对免疫治疗反应的影响	癌症患者中的lncRNA和免疫检查点基因	生物信息学	癌症	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、阶段特异性协同评分、空间转录组学数据分析	NA	基因表达数据、空间转录组学数据	NA