单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-03-11
Single-cell RNA-seq and in vitro study reveal Fusobacterium nucleatum impairs β-cell identity in type 2 diabetes via the NF-κB-CDKN1C axis
2026-Mar-09, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
22 2026-03-11
CD19+Ki67+B cells regulated by NAMPT as key modulators in triple-negative breast cancer with brain metastasis
2026-Mar-09, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CD19+Ki67+B细胞通过激活NAMPT/ITGA5/ITGB1通路驱动三阴性乳腺癌脑转移的机制 首次在单细胞水平上鉴定出CD19+Ki67+B细胞作为三阴性乳腺癌脑转移的关键调节细胞,并阐明了其通过NAMPT/ITGA5/ITGB1信号通路促进肿瘤进展的具体机制 样本量相对较小(15例患者进行scRNA-seq),功能验证主要在类器官模型中进行,需进一步在体内模型和更大队列中验证 探究三阴性乳腺癌脑转移的免疫调节机制,并寻找潜在治疗靶点 三阴性乳腺癌患者(包括有和无脑转移者)的肿瘤组织、B细胞亚群、肿瘤类器官 单细胞组学 乳腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、多重免疫荧光、类器官共培养 NA 单细胞RNA测序数据、转录组数据、免疫荧光图像 15例患者(8例转移,7例非转移)进行scRNA-seq;两个独立RNA-seq队列(TCGA, GSE65194);湘雅真实世界队列;74例患者样本进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2026-03-11
Non-Invasive Assessment of Complete Regression in Endometrial Cancer Patients Undergoing Fertility Preservation Using MRI-Based Radiomics and Immune Heterogeneity
2026-Mar, MedComm IF:10.7Q1
研究论文 本研究开发了一种基于MRI影像组学和免疫异质性的非侵入性工具,用于预测接受生育力保留治疗的子宫内膜癌患者的完全缓解情况 首次将MRI影像组学特征与单细胞RNA测序、批量RNA测序的分子谱分析相结合,构建了预测完全缓解的影像组学-临床列线图,并揭示了高评分组肿瘤微环境的免疫抑制和代谢活跃特征 研究为回顾性设计,样本量相对有限(146例患者),需要前瞻性多中心研究进一步验证 开发非侵入性工具以预测子宫内膜不典型增生或早期子宫内膜癌患者接受生育力保留治疗后的完全缓解结局 被诊断为子宫内膜不典型增生或早期子宫内膜癌并接受生育力保留治疗的年轻女性患者 数字病理学 子宫内膜癌 MRI影像组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序,机器学习 机器学习模型(具体模型未明确说明),列线图 医学影像(MRI),基因表达数据 146例患者 NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
24 2026-03-11
Advances in predicting omics profiles from imaging data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
综述 本文全面综述了利用成像数据预测分子组学谱(包括DNA变异、批量转录组、单细胞转录组和空间转录组)的当前方法 首次跨疾病背景和成像模态,系统性地综述了从成像数据预测多种组学谱(DNA、批量转录组、单细胞转录组、空间转录组)的方法,并强调了深度学习策略在此类复杂预测任务中的应用 作为一篇综述文章,其本身不包含原始研究数据或新方法验证,主要依赖于对现有文献的总结和分析 探索并总结如何利用成像数据作为替代方案,来预测难以直接获取或成本高昂的分子组学数据,以促进临床诊断和治疗应用 成像数据(如组织病理学图像)与分子组学数据(DNA变异、转录组等)之间的预测关系 计算机视觉 NA NA 深度学习 图像 NA NA NA NA NA
25 2026-03-11
CBX3:IL1RN Reflects Distinct Cellular States That Defines the Clinical Outcome of Oral Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2
研究论文 本研究基于CBX3:IL1RN表达比率,开发了一种简化的口腔鳞状细胞癌(OSCC)分类系统,用于预后预测和个性化治疗策略 首次利用CBX3和IL1RN基因对的表达比率(CBX3:IL1RN)来捕获OSCC的分子亚型特征,简化了临床分类并关联了预后 研究样本量较小(33例患者),且依赖于现有单细胞数据集,需要更大规模的前瞻性验证 开发一种简化的OSCC分类系统,以改善预后预测和指导个性化治疗 口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者 数字病理学 口腔鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫荧光检测,bulk转录组学 TSP(Top Scoring Pairs)算法 单细胞转录组数据,bulk转录组数据,空间转录组数据,免疫荧光图像 33例OSCC患者(来自5个单细胞数据集) NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
26 2026-03-11
Generalized SIMEX Method: Polynomial Approximation for Extrapolation
2026-Mar, Statistics in medicine IF:1.8Q1
研究论文 本文提出了一种广义的SIMEX方法(GSIMEX),通过使用高阶多项式函数作为外推函数来处理严重的测量误差问题 扩展了传统的SIMEX方法,采用高阶多项式函数来近似未知的非线性外推函数,并集成了子集选择和模型平均策略以提高估计精度 未在摘要中明确说明 解决统计分析中测量误差导致的参数估计偏差问题,特别是在误差严重的情况下 测量误差模型、参数估计方法 机器学习 NA 模拟外推法(SIMEX)、多项式近似、子集选择、模型平均 多项式回归模型 模拟数据、空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
27 2026-03-11
Investigating the Role of MicroRNAs in Mesenchymal Stem Cell Osteogenic Differentiation
2026-Mar, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2
综述 本文综述了microRNAs在间充质干细胞成骨分化中的调控作用及其在骨质疏松等骨骼疾病中的临床意义 系统整合了miRNA调控骨重塑的分子机制与临床转化应用,并展望了单细胞RNA测序等新技术在骨再生领域的应用前景 作为综述文章,未提供原始实验数据,主要基于现有文献进行归纳总结 阐明miRNA在间充质干细胞成骨分化中的调控网络及其在骨骼疾病诊疗中的应用潜力 间充质干细胞、成骨细胞、microRNAs 分子生物学 骨质疏松 单细胞RNA测序 NA 文献数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
28 2026-03-11
Alternative polyadenylation links RNA processing to iron metabolism in human erythropoiesis
2026-Feb-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了红细胞生成过程中替代多聚腺苷酸化(APA)的动态景观,并发现CPSF6通过调控铁代谢相关基因的3'UTR长度影响红细胞生成,其失调与真性红细胞增多症相关 首次在单细胞水平上描绘了红细胞生成中APA的全基因组动态变化,并建立了CPSF6-APA-铁稳态轴作为重要的转录后调控机制,为骨髓增生性肿瘤提供了新的治疗靶点 研究主要基于体外实验和临床样本分析,缺乏体内功能验证;APA调控机制的具体分子细节仍需进一步探索 探究替代多聚腺苷酸化在人类红细胞生成中的作用及其与铁代谢的关联 人类红细胞生成过程及相关基因(如CPSF6、FAM210B、IREB2、TFRC) 单细胞组学 骨髓增生性肿瘤(真性红细胞增多症) 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但涉及红细胞生成过程及真性红细胞增多症患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
29 2026-03-11
RCC1 Domain-Containing Protein 1 Promotes Colon Cancer Malignant Progression by Activating Autophagy-Dependent WNT5A Secretion in Cancer-Associated Fibroblasts
2026-Feb, Journal of the Royal Society of New Zealand IF:2.1Q2
研究论文 本研究揭示了RCCD1通过激活癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的自噬依赖性WNT5A分泌,促进结肠癌恶性进展的新机制 首次发现RCCD1在CAFs中通过AMPK/mTOR/ULK1信号通路激活自噬并驱动WNT5A分泌,进而通过Wnt/CaMKII/ERK通路促进肿瘤细胞EMT、增殖和侵袭 研究主要基于体外共培养模型和生物信息学分析,体内实验验证相对有限 阐明自噬在结肠癌肿瘤-基质相互作用中的具体机制,并寻找新的治疗靶点 结肠癌细胞(HCT116)、癌症相关成纤维细胞(CAFs)、临床结肠癌样本 癌症生物学 结肠癌 单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习、功能共培养实验 机器学习(未指定具体模型) 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 TCGA-COAD和GSE161277数据集中的结肠癌样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
30 2026-03-11
Single-Cell Transcriptomics Reveals Dynamic Cellular Interactions and Molecular Mechanisms in Myocardial Infarction Recovery
2026, International journal of genomics IF:2.6Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了心肌梗死后恢复过程中的动态细胞相互作用和分子机制 在单细胞分辨率下全面描绘了心肌梗死后细胞和分子动态的全景图,识别了关键细胞通信网络和调控基因,为心脏修复治疗策略提供了新靶点 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证尚需进一步研究 探究心肌梗死后修复和重塑过程中的细胞异质性、时间动态及分子机制 心肌梗死后不同时间点的心脏组织,包括基因敲除组和健康对照组 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序 UMAP, t-SNE, 伪时间轨迹分析 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但包括不同时间点、基因敲除和健康对照组的心脏组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-03-11
Alveolar echinococcosis drives functional reprogramming of hepatic CD8+ T cells
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过建立继发性泡型包虫病小鼠模型,利用单细胞RNA测序等技术,揭示了肝脏CD8+ T细胞在感染过程中的功能重编程和谱系多样化 首次在泡型包虫病中系统描绘了肝脏CD8+ T细胞从急性炎症到慢性免疫调控的动态转录重编程过程,并发现了DC-T细胞相互作用的Thy1-Adgre5轴 研究基于小鼠模型,人体内的免疫反应可能存在差异;单细胞测序样本仅包含两个时间点 阐明泡型包虫病感染过程中肝脏T细胞亚群的组成变化、转录程序及其与树突状细胞的相互作用 C57BL/6小鼠肝脏组织中的免疫细胞(特别是CD8+ T细胞和树突状细胞) 单细胞组学 寄生虫感染(泡型包虫病) 单细胞RNA测序,流式细胞术,多重免疫荧光 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据,空间成像数据 78,290个高质量细胞(来自感染后3天和3个月的小鼠肝脏) NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2026-03-11
Multimodal Spatial Transcriptomics Reveals the Developing Human Liver Niche at Single-Cell Resolution
2026, Gastro hep advances
研究论文 本研究通过空间转录组学技术,在单细胞分辨率下揭示了人类发育期肝脏微环境的多模态特征 首次在人类发育关键窗口期(第三孕期快速增长前)应用单细胞分辨率空间分子成像技术,同时结合组织学验证,解析肝脏作为主要造血器官时的独特微环境 研究仅基于9个FFPE样本,样本量有限;研究聚焦特定发育阶段,未覆盖完整发育轨迹 解析人类发育期肝脏微环境的细胞组成、空间组织和功能特征 人类发育期肝脏组织(第三孕期前) 空间转录组学 NA 空间转录组分析、单细胞转录组分析、多重RNA荧光单分子原位杂交 NA 空间转录组数据、单细胞转录组数据、组织图像数据 9个福尔马林固定石蜡包埋的人类发育期肝脏样本 NA 空间转录组学、单细胞RNA-seq NA 单细胞分辨率空间分子成像技术
33 2026-03-11
Neuroimmunological Mechanisms of Xiao-Yao-San Against Chronic Stress-Induced Colorectal Cancer: A Bioinformatics and Single-Cell Sequencing Study
2026, Cancer management and research IF:2.5Q3
研究论文 本研究整合生物信息学、网络药理学和单细胞测序技术,探索中药逍遥散通过调节神经递质相关受体基因来改善慢性应激诱导的结直肠癌进展的潜在神经免疫机制 首次将生物信息学、网络药理学、分子对接与单细胞转录组测序相结合,系统研究中药复方逍遥散在慢性应激结直肠癌模型中的神经免疫调节机制,并识别出关键神经递质受体基因 研究主要基于动物模型和生物信息学预测,临床转化仍需进一步验证;单细胞测序样本量有限;网络药理学预测的靶点需要更多实验证实 探索逍遥散改善慢性应激诱导结直肠癌进展的神经免疫机制 结直肠癌患者转录组数据、逍遥散活性成分、慢性不可预知温和应激结合原位结直肠癌移植小鼠模型 生物信息学、单细胞测序 结直肠癌 生物信息学分析、网络药理学、分子对接、单细胞RNA测序、质谱分析 网络药理学模型、分子对接模型、动物疾病模型 转录组数据、质谱数据、单细胞转录组数据 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者转录组数据;建立慢性应激结直肠癌小鼠模型并进行单细胞测序分析 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Genomics单细胞转录组测序平台
34 2026-03-11
Mechanisms inducing differentiation of adult islet progenitor-like cells into functional islet-like organoids
2026, Frontiers in transplantation
研究论文 本研究揭示了诱导成人胰岛祖样细胞分化为功能性胰岛样类器官的分子和表观遗传机制 首次在成人胰腺组织中鉴定出CD9+ PROCR+ RGS16+的胰岛祖样细胞亚群,并阐明了小分子ISX9通过钙依赖性染色质重塑(NFAT募集p300并置换HDAC1-3)诱导RFX6和NEUROD1表达的分化机制 研究基于供体组织样本,样本来源和数量可能受限;体外分化体系与体内生理环境的差异未充分探讨 阐明成人胰腺组织中具有再生潜能的细胞群扩增和分化为内分泌谱系的分子机制 成人供体胰腺组织中的胰岛祖样细胞 再生医学 糖尿病 单细胞RNA测序、流式细胞术、功能测定 NA 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、功能测定数据 成人供体胰腺组织(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
35 2026-03-11
Identification of programmed cell death-related subtypes reveals immune heterogeneity and therapeutic divergence in colon cancer
2026, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本研究通过整合12种程序性细胞死亡通路,识别了结肠癌的程序性细胞死亡相关亚型,揭示了免疫异质性和治疗差异 首次建立了基于程序性细胞死亡通路的结肠癌分子亚型分类,并揭示了MDK-SDC2轴在介导免疫治疗抵抗中的新机制 研究主要基于计算分析和回顾性数据,需要进一步的实验验证和前瞻性临床试验来确认治疗策略的有效性 探索程序性细胞死亡通路失调在结肠癌肿瘤微环境重塑和治疗反应中的作用,以识别新的治疗靶点 结肠腺癌患者 计算生物学 结肠癌 RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学数据分析,分子对接 非负矩阵分解 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据 1,140名结肠癌患者 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq NA NA
36 2026-03-11
Blocking AREG-EGFR signaling attenuates pan-arterial fibrosis in chronic cardiac allograft rejection
2026, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和动物模型,揭示了心脏同种异体移植物血管病变中全动脉纤维化的机制,并验证了阻断AREG-EGFR信号通路作为潜在治疗靶点 首次发现心脏同种异体移植物血管病变中的纤维化不仅限于冠状动脉,而是广泛发生于主动脉、肺动脉和冠状动脉的全动脉过程,并确定了T细胞通过AREG-EGFR信号通路促进成纤维细胞活化的新机制 NA 探究心脏同种异体移植物血管病变中血管纤维化的机制并寻找潜在治疗靶点 临床心脏移植患者的主动脉、肺动脉和冠状动脉标本,以及小鼠动脉移植模型 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
37 2026-03-11
CEBPB-high dormant tumor cells drive immune evasion via S100A8 orchestrated tumor-associated macrophages reprogramming
2026, Theranostics IF:12.4Q1
研究论文 本研究揭示了CEBPB高表达的休眠肿瘤细胞通过S100A8调控肿瘤相关巨噬细胞重编程,从而驱动免疫逃逸的机制 首次将肿瘤休眠与免疫逃逸机制联系起来,并确定了CEBPB-S100A8轴作为克服三阴性乳腺癌免疫检查点阻断疗法耐药的新治疗靶点 研究主要基于公共单细胞RNA-seq数据和体外/体内实验,临床样本验证有限,且机制研究可能未涵盖所有相关通路 探究三阴性乳腺癌中休眠肿瘤细胞导致免疫检查点阻断疗法耐药的分子机制 三阴性乳腺癌患者的肿瘤细胞、巨噬细胞和CD8+ T细胞 肿瘤免疫学 乳腺癌 scRNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, ChIP-qPCR, qPCR, Western blot, 流式细胞术, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 NA 单细胞RNA-seq数据, RNA-seq数据, ChIP-seq数据, 实验数据 NA NA 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq NA NA
38 2026-03-11
The B-cell-autoantibody axis in lung cancer immunity
2026, Theranostics IF:12.4Q1
综述 本文综述了非小细胞肺癌中B细胞-自身抗体轴的免疫机制及其在免疫治疗中的意义 整合单细胞RNA测序和空间转录组学证据,深入解析B细胞亚群的时空动态,并系统探讨自身抗体在肿瘤免疫微环境中的双重作用 作为综述文章,主要基于现有文献整合,未提供原始实验数据验证 阐明B细胞-自身抗体轴在非小细胞肺癌免疫中的作用机制及临床转化潜力 非小细胞肺癌中的肿瘤浸润B淋巴细胞、三级淋巴结构和自身抗体 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
39 2026-03-11
TDO2-Associated Tryptophan Metabolism Correlates with Impaired Tertiary Lymphoid Structure Maturation and Reduced B Cell Class Switching in Breast Cancer
2026, Oncology research IF:2.0Q3
研究论文 本研究探讨了TDO2相关的色氨酸代谢如何影响乳腺癌中三级淋巴结构的成熟和B细胞类别转换 首次将TDO2相关的色氨酸代谢与三级淋巴结构成熟缺陷及B细胞类别转换抑制联系起来,并利用空间转录组学揭示了TDO2表达与TLS核心组分的空间负相关性 空间转录组学样本量较小(n=1),部分验证样本量有限(如多重免疫荧光n=12) 研究TDO2相关的色氨酸代谢对乳腺癌三级淋巴结构成熟和B细胞功能的影响 乳腺癌患者样本 生物信息学,肿瘤免疫学 乳腺癌 bulk RNA-seq,单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学,多重免疫荧光 基因集变异分析,免疫反卷积,空间热点分析,条件空间共现模型 转录组数据,单细胞数据,空间转录组数据,组织图像数据 TCGA-BRCA队列1055例,scRNA-seq 26例,空间转录组1例,IHC 38例,多重免疫荧光12例 NA bulk RNA-seq,单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
40 2026-03-11
Ectopic CD11c Drives SMAD3-Mediated Aberrant Antigen Presentation and Epithelial-Mesenchymal Transition in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2026, Cancer communications (London, England)
研究论文 本研究揭示了食管鳞状细胞癌中异位表达的CD11c通过SMAD3介导的异常抗原呈递和上皮-间质转化驱动免疫抑制和恶性表型获得的新机制 首次在ESCC中发现了一个异位表达CD11c的肿瘤细胞亚群,并阐明了其通过激活SMAD3磷酸化来损害抗原呈递、促进EMT并导致免疫逃逸的具体分子机制,为联合靶向CD11c-SMAD3轴以提高免疫疗法疗效提供了新策略 研究主要基于小鼠模型和体外细胞系实验,在人体内的直接验证和临床转化仍需进一步探索;CD11c异位表达的具体上游调控网络尚未完全阐明 探究食管鳞状细胞癌中肿瘤细胞表型转变如何调控免疫微环境,并阐明其分子机制 小鼠4-NQO诱导的多阶段ESCC模型、人类多阶段食管样本(包括癌前和癌组织)、人类ESCC细胞系、人源化小鼠模型 肿瘤免疫学 食管鳞状细胞癌 多重免疫荧光、空间转录组学、单细胞RNA测序、蛋白质组学、体外细胞实验、体内治疗模型 NA 图像数据、转录组数据、蛋白质组数据 涉及多阶段小鼠ESCC模型和人类食管样本的多组学数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
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