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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2025-12-06
Treg-microglia partnership in the injured spinal cord preserves Treg cell function and regulates microglial cholesterol metabolism
2025-Dec-03, Neuron IF:14.7Q1
研究论文 本研究揭示了调节性T细胞(Treg)在脊髓损伤(SCI)中的时空动态和特定作用,特别是Treg细胞与微胶质细胞的合作关系如何维持Treg功能并调节微胶质细胞的胆固醇代谢 首次通过单细胞RNA测序等技术明确了胸腺来源的Treg细胞在SCI后约3天通过外周血浸润损伤脊髓,并发现微胶质细胞而非巨噬细胞的MHC II表达对维持Treg细胞数量和神经保护功能至关重要,同时揭示了Treg细胞通过CTLA-4和上调Abcg1受体调节微胶质细胞炎症和胆固醇代谢的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类SCI中的Treg细胞动态和功能可能有所不同;单细胞测序样本量有限,可能未完全捕获所有细胞亚群 探究Treg细胞在脊髓损伤中的时空动态、功能及其与微胶质细胞的相互作用机制 脊髓损伤小鼠模型中的Treg细胞和微胶质细胞 数字病理学 脊髓损伤 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光 NA 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 图像数据 未明确指定样本数量,但涉及小鼠脊髓损伤模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
22 2025-12-06
Microbial-triggered integrated stress response in sulcular and junctional keratinocytes exacerbates immunopathology in periodontitis
2025-Dec-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过整合结构免疫理论、单细胞转录组学和多组学分析,揭示了牙周炎中微生物触发的整合应激反应在龈沟和结合上皮角质形成细胞中的作用及其加剧免疫病理的机制 首次将结构免疫理论与单细胞及多组学技术结合,系统阐明了牙周炎中龈沟和结合上皮角质形成细胞通过整合应激反应介导的结构免疫轴,驱动免疫微环境重塑和牙槽骨破坏的新机制 研究主要基于转录组学分析,缺乏蛋白质水平的功能验证;实验验证主要针对P. gingivalis感染,未涵盖牙菌斑中其他微生物的潜在影响 探究牙周炎中微生物-上皮-免疫细胞互作的分子机制,特别是整合应激反应在免疫病理中的作用 牙周炎患者的龈沟和结合上皮角质形成细胞、免疫细胞(如浆细胞和中性粒细胞)以及P. gingivalis微生物 数字病理 牙周炎 单细胞转录组学、多组学分析、加权基因共表达网络分析 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
23 2025-12-06
Loss of GNB2L1 promotes expansion of CD74+ dendritic cells and contributes to development of diabetic foot ulcers
2025-Dec-03, Molecular immunology IF:3.2Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析发现,GNB2L1缺失通过促进CD74+树突状细胞扩增并导致线粒体损伤,从而促进糖尿病足溃疡的发生发展 首次在糖尿病足溃疡中通过单细胞RNA测序鉴定出CD74+树突状细胞亚群,并揭示了GNB2L1通过调控线粒体功能影响该细胞亚群扩增的新机制 样本量相对较小(临床样本66例,动物模型使用db/db小鼠),且机制研究主要在细胞水平进行验证 探究GNB2L1在糖尿病足溃疡发生发展中的作用机制 糖尿病足溃疡患者皮肤组织、血液样本及db/db小鼠伤口模型 单细胞组学 糖尿病足溃疡 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据、临床样本 3例非DFU糖尿病患者+4例DFU患者(单细胞数据),36例DFU患者+30例非DFU糖尿病患者(临床验证),db/db小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2025-12-06
Multi-omics analysis unveils tumor heterogeneity and immunotherapy predictive model in breast cancer for precision medicine and early detection
2025-Dec-03, Neoplasia (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq反卷积,揭示了乳腺癌的肿瘤异质性,并开发了一个用于预测免疫治疗反应和患者生存的稳健预后模型 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq反卷积相结合,系统描绘了乳腺癌的肿瘤亚群,并聚焦于基底样乳腺癌细胞在免疫逃逸和治疗抵抗中的核心作用,开发了基于CoxBoost+GBM算法的预后预测模型 研究主要依赖于公共数据库(TCGA和GEO)的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列的验证;模型在更广泛人群中的普适性有待进一步证实 阐明乳腺癌的肿瘤异质性及其对治疗抵抗和免疫逃逸的影响,开发精准的预后和免疫治疗预测工具 乳腺癌肿瘤组织 数字病理学 乳腺癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 数据反卷积 CoxBoost, GBM 基因表达数据, 空间转录组数据 整合了TCGA和GEO队列的数据,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
25 2025-12-06
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2025-Dec-02, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究探讨了PRC2核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的调控作用 通过整合小鼠遗传学、单细胞RNA测序和表观遗传分析,揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后通过表观遗传调控转录因子程序驱动间充质分化和增殖的新机制 研究主要基于小鼠模型,对人类罕见先天性综合征的直接应用仍需进一步验证 探究PRC2在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子层面的功能 小鼠神经嵴细胞、颅面成骨细胞和间充质细胞 发育生物学 先天性颅面畸形 单细胞RNA测序、表观遗传分析 条件性基因敲除小鼠模型 基因表达数据、表观遗传数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2025-12-06
Single-cell profiling reveals a shared proinflammatory macrophage signature across multiple organs in myopia
2025-Dec-02, Cell discovery IF:13.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了近视小鼠多个器官中巨噬细胞的促炎表型及其与缺氧通路的关联,并发现近视与多种眼外疾病存在相关性 首次在近视模型中构建跨器官(眼、脑、血、骨髓等11种组织)的单细胞转录组图谱,发现巨噬细胞在多个组织中呈现一致的促炎表型,并验证了缺氧通路在其中的调控作用及临床相关性 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仅限于血液标志物;眼外疾病与近视的因果关系尚未完全阐明 探究近视发展过程中跨器官免疫通讯的机制及其与全身性疾病的关系 近视小鼠模型(涵盖眼、脑、血液、骨髓、脾脏等11种组织)及114,661例人类患者队列 数字病理学 近视 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据、临床队列数据 小鼠多组织单细胞数据 + 114,661例患者临床数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
27 2025-12-06
Pan-cancer gene set discovery via scRNA-seq for optimal deep learning based downstream tasks
2025-Dec-02, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究提出了一种通过整合scRNA-seq数据和高级分析技术来优化癌症基因组学特征选择的方法,用于提升癌症下游任务的预测准确性 利用scRNA-seq数据衍生的基因集在泛癌下游任务中优于基于bulk RNA-seq选择的基因集,并整合hdWGCNA和XGBoost进行特征选择 NA 优化泛癌研究中的特征选择,以提升下游机器学习任务的性能 13种癌症类型的181个肿瘤活检样本的scRNA-seq数据,以及TCGA泛癌RNA-seq数据 机器学习 泛癌 scRNA-seq, bulk RNA-seq 多层感知器(MLPs), 图神经网络(GNNs), XGBoost 转录组测序数据 181个肿瘤活检样本(来自13种癌症类型) NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
28 2025-12-06
Spatial omics: applications and utility in profiling the tumor microenvironment
2025-Dec-02, Cancer metastasis reviews
综述 本文综述了空间组学技术在生物医学研究中的应用,特别关注其在肿瘤微环境分析中的效用 空间组学技术能够保留组织空间结构,直接映射分子信息到组织学结构,为肿瘤微环境提供前所未有的详细表征 NA 概述空间组学技术现状及其在癌症研究中的应用,推动精准肿瘤学发展 肿瘤微环境,包括空间异质性、免疫细胞浸润模式及肿瘤进展与治疗抵抗机制 数字病理学 肺癌 空间转录组学 NA 空间基因和蛋白表达数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
29 2025-12-06
SPICEiST: subcellular RNA pattern enhances cell clustering of imaging-based spatial transcriptomics
2025-Dec-02, Genomics & informatics
研究论文 本文提出了一种名为SPICEiST的图自编码器框架,通过整合亚细胞转录分布模式和细胞级基因表达谱,以增强成像空间转录组学中的细胞聚类性能 SPICEiST首次将亚细胞RNA分布模式与细胞级基因表达结合,用于提升成像空间转录组学的细胞聚类准确性,特别是在小基因面板情况下 研究主要针对癌症数据集,且在小基因面板(约300个基因)中效果更显著,对于大基因面板(超过一千个基因)的改进相对有限 旨在克服成像空间转录组学中因小基因面板和细胞分割挑战导致的细胞聚类限制 多个癌症数据集中的细胞,基于成像空间转录组学技术 空间转录组学 癌症 成像空间转录组学 图自编码器 图像和基因表达数据 多个癌症数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 成像空间转录组学 NA NA
30 2025-12-06
Deciphering the liver's role in pancreatic cancer metastasis: pathways and therapeutic approaches
2025-Dec-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
综述 本文综述了胰腺导管腺癌(PDAC)肝转移的机制,重点关注肝脏作为转移前微环境的作用,并探讨了相关的治疗策略 结合空间组学、单细胞测序等前沿技术,重新审视并批判性评估了Paget的‘种子与土壤’假说在PDAC肝转移微环境研究中的适用性 作为一篇综述文章,未提供新的原始实验数据,主要基于现有文献进行整合与分析 旨在深化对PDAC肝转移机制的理解,为开发靶向疗法和改善临床预后提供潜在方向 胰腺导管腺癌(PDAC)及其肝转移灶 数字病理学 胰腺癌 空间组织学图谱、单细胞测序、分子标记物鉴定 NA 组织图像、测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
31 2025-12-06
DAP12 deletion reduces neuronal SLIT2 and demyelination and enhances brain resilience in female tauopathy mice
2025-Dec-02, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1
研究论文 本研究探讨了在小鼠tau蛋白病模型中,删除小胶质细胞特异性表达的DAP12基因如何通过下调神经元SLIT2信号来减少脱髓鞘并增强大脑对tau病理的耐受性 首次在单细胞水平揭示了DAP12缺失通过抑制兴奋性神经元中SLIT2的上调来减轻tau诱导的脱髓鞘,并利用空间转录组学在AD人脑组织中验证了SLIT2表达与tau病理的空间相关性 研究主要基于转基因小鼠模型,在人类中的直接适用性有待验证;性别差异效应明显(主要影响雌性),机制尚不完全清楚 探究DAP12在tau蛋白病中介导神经退行性和大脑耐受性的分子机制,以寻找阿尔茨海默病的潜在治疗策略 携带人类Tau P301S突变基因的转基因小鼠(tau蛋白病模型)的脑组织,特别是海马体 神经科学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序,空间转录组学,细胞通讯分析 CellChat 单细胞转录组数据,空间转录组数据 转基因小鼠模型(未明确具体数量),以及人类AD脑组织样本 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
32 2025-12-06
Genome-wide identification of the PLD gene family and its response to multiple abiotic stresses in soybean (Glycine max)
2025-Dec-02, BMC plant biology IF:4.3Q1
研究论文 本研究对大豆中的磷脂酶D(PLD)基因家族进行了全基因组鉴定,并分析了其在多种非生物胁迫下的响应机制 首次在大豆中系统鉴定了25个GmPLD基因,包括两个新发现的φ亚型(GmPLDφ1/2),并通过单细胞RNA-seq揭示了其空间表达异质性,同时通过单倍型分析鉴定了与磷效率相关的优势单倍型 研究主要基于生物信息学分析和表达谱数据,功能验证实验相对有限,且对PLD基因在具体胁迫信号通路中的分子机制尚未深入探讨 系统解析大豆PLD基因家族的结构特征、表达模式及其在非生物胁迫响应中的功能 大豆(Glycine max)中的磷脂酶D(PLD)基因家族 植物分子生物学 NA 全基因组鉴定、系统发育分析、表达谱分析、单细胞RNA-seq、单倍型分析、酶活性验证 NA 基因组序列数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据 基于大豆基因组数据,涉及25个GmPLD基因;表达分析涵盖多种组织和非生物胁迫条件 NA 单细胞RNA-seq NA NA
33 2025-12-06
LSECs promote MASH progression via IL-1R1-mediated chemokine production induced by macrophage-derived IL-1β
2025-Dec-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究揭示了巨噬细胞来源的IL-1β通过肝窦内皮细胞(LSECs)上的IL1R1受体诱导趋化因子产生,从而驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展的机制 首次明确了巨噬细胞-肝窦内皮细胞之间通过IL1B-IL1R1轴相互作用在MASH炎症和纤维化中的核心作用,并利用空间转录组学技术揭示了趋化因子富集的LSECs形成炎性-纤维化微生态位的空间特征 研究主要基于小鼠模型和细胞系,人类数据为回顾性分析,需要进一步在人类原代细胞和更大临床队列中验证 阐明IL-1β在MASH病理进展中的作用机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 THP-1巨噬细胞系、TMNK-1肝窦内皮细胞系、内皮细胞特异性Il1r1敲除小鼠、系统性Cxcl10敲除小鼠、MASLD患者肝组织样本、MASH相关HCC样本的非肿瘤区域 数字病理学 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 RNA测序、空间转录组学分析 NA 基因表达数据、空间转录组数据 小鼠模型(具体数量未明确)、人类MASLD患者肝组织数据集、MASH相关HCC样本 NA 空间转录组学 NA NA
34 2025-12-06
Elucidating a Myofibroblast-Dominated Fibrotic Niche in Crohn's Disease-Associated Fibrostenosis through High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-Dec-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了克罗恩病相关纤维狭窄中一个以肌成纤维细胞为主的纤维化微环境,并明确了其细胞身份和起源 首次在克罗恩病纤维狭窄中应用高分辨率空间转录组学,系统性地识别了肌成纤维细胞的主导作用及其从黏膜肌层和血管平滑肌细胞的起源,并揭示了周细胞向肌成纤维细胞样表型的重编程过程 研究仅基于两个样本(一个非纤维化和一个纤维化)进行高分辨率空间转录组学分析,样本量较小,且为回顾性研究,可能限制结果的普适性 阐明克罗恩病相关纤维狭窄的细胞机制和分子基础,以识别潜在的治疗靶点 克罗恩病患者(包括非狭窄和狭窄病例)的肠道组织,以及正常对照组织 数字病理学 克罗恩病 高分辨率空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫荧光,定量PCR NA 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据,图像数据 117例克罗恩病患者进行回顾性超声分析,25例正常、35例非狭窄克罗恩病、44例狭窄克罗恩病组织进行组织学分析,2例样本进行高分辨率空间转录组学,158例公共单细胞RNA测序数据集用于验证 NA 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA NA
35 2025-12-06
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Dec, Journal of sport and health science IF:9.7Q1
研究论文 本研究是一项随机对照试验,旨在探讨食管腺癌患者在新辅助化疗期间进行预康复运动训练是否能增强肿瘤的免疫反应 首次在食管腺癌患者中,通过随机对照试验设计,结合高分辨率多光谱免疫组化和空间转录组学技术,系统评估了预康复运动对肿瘤免疫微环境(特别是肿瘤浸润淋巴细胞和三级淋巴结构)的影响 样本量较小(n=22),且未观察到预康复组与对照组在生存率、治疗耐受性或肿瘤再分级等临床结局指标上存在显著差异 确定预康复运动训练是否能增加食管腺癌肿瘤中的肿瘤浸润淋巴细胞 局部晚期食管腺癌患者 数字病理学 食管癌 高分辨率多光谱免疫组化,空间转录组学 NA 图像,转录组数据 22名局部晚期食管癌患者(预康复组11人,对照组11人) NanoString 空间转录组学 NA NanoString空间转录组学技术用于分析福尔马林固定石蜡包埋的肿瘤组织
36 2025-12-06
Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells
2025-Dec, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1
综述 本文讨论了超越癌细胞特征、将免疫环境纳入血液恶性肿瘤诊断和治疗决策的重要性 提出将单细胞测序、空间转录组学等新一代免疫分析技术整合到临床工作流程中,以弥补当前WHO/ICC 2022分类标准忽视免疫环境的不足 未提及具体的研究数据或案例验证,主要基于理论分析和现状讨论 推动血液恶性肿瘤的诊断从仅关注癌细胞特征转向整合免疫环境分析,以提升疾病分类准确性和精准免疫治疗 血液恶性肿瘤及其肿瘤微环境中的非恶性免疫细胞 数字病理学 血液恶性肿瘤 单细胞测序, 空间转录组学, 先进细胞计数技术 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
37 2025-12-06
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Dec, Mathematical biosciences IF:1.9Q3
研究论文 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的细胞成熟与发育动态模型,作为Waddington景观的扩展 首次在Waddington景观框架中整合细胞间通讯机制,通过偏微分方程与常微分方程耦合系统描述细胞状态依赖的配体产生与群体动态 模型验证主要基于单细胞转录组数据,尚未在更多实验体系或体内环境中进行广泛验证 建立包含细胞间通讯的细胞发育数学模型,更准确描述生物恢复过程 细胞成熟与发育过程,重点关注肠道隐窝干细胞再生和免疫细胞对LSP刺激的响应 计算生物学 NA 单细胞转录组学分析 偏微分方程与常微分方程耦合系统 单细胞转录组数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
38 2025-12-06
An Integrated Single-Cell Atlas of the Mouse Ileum Links Nutrient Metabolism with Epithelial and Immune Crosstalk
2025-Dec, The Journal of nutrition IF:3.7Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠回肠的综合单细胞图谱,揭示了上皮细胞和免疫细胞的异质性、营养代谢程序以及上皮-免疫互作 首次整合了小鼠回肠的上皮和免疫细胞单细胞图谱,发现了肠上皮细胞亚群在维生素A、类胡萝卜素和维生素B12吸收中的特异性功能,以及非经典杯状细胞中Bco2和Il18的共表达与脂肪酸代谢和应激反应的关联 研究仅基于8周龄雄性C57BL/6J小鼠,样本来源和年龄性别有限,未涵盖疾病模型或人类样本 绘制回肠细胞异质性图谱,定义上皮分化、营养代谢程序以及与健康和疾病相关的上皮-免疫相互作用 8周龄雄性C57BL/6J小鼠的回肠细胞 数字病理学 克罗恩病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 32,076个回肠细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
39 2025-12-06
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
研究论文 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型(SASP)的关联 首次在体内系统比较了p21和p16作为衰老标志物的表达异质性,并发现它们在不同细胞类型和组织中缺乏共表达,且具有独立的轨迹动态 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的个体角色及其与SASP的关系 人类和小鼠衰老组织中的细胞 生物信息学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序 RNA velocity分析、伪时间分析 单细胞转录组数据 多个数据集,涵盖人类和小鼠的多种组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
40 2025-12-06
Single-cell RNA sequencing reveals immune response dynamics and infection mechanisms in PRRSV-infected porcine alveolar macrophages
2025-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞的免疫应答动态和感染机制 首次在单细胞水平上揭示了PRRSV感染过程中猪肺泡巨噬细胞的转录异质性,并发现了CD16受体在病毒进入中的作用以及SPP1蛋白的抗病毒功能 研究基于体外感染模型,可能无法完全反映体内复杂环境;样本规模未明确说明,可能影响统计效力 探究PRRSV感染过程中宿主细胞的免疫应答机制和病毒感染动力学 PRRSV感染的猪肺泡巨噬细胞 数字病理学 猪繁殖与呼吸综合征 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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