单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-23	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学技术，研究人类iPSC衍生的星形胶质细胞中炎症反应状态的调控机制	首次在人类iPSC衍生的星形胶质细胞中应用CRISPR干扰筛选技术，结合单细胞转录组学，系统性地研究了炎症反应状态的分子机制	研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	阐明星形胶质细胞在不同炎症反应状态下的分子调控机制	人类iPSC衍生的星形胶质细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病, 缺氧缺血性脑病	CRISPRi, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
22	2025-07-23	Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01091-3 PMID:34764492	研究论文	介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合单细胞和批量表达数据来识别与特定表型相关的细胞亚群	Scissor方法首次实现了通过整合单细胞和批量表达数据直接关联细胞簇与特定表型	未提及方法在更大规模数据集上的验证情况	开发一种能够识别与表型相关细胞亚群的计算方法	单细胞RNA测序数据和批量表达数据	生物信息学	肺癌、黑色素瘤、面肩肱型肌营养不良症、阿尔茨海默病	scRNA-seq	回归模型	基因表达数据	NA
23	2025-07-23	Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages 2021-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66703 PMID:34423778	研究论文	本文探讨了随着年龄增长，巨噬细胞中Mir146b的缺失如何导致炎症和线粒体功能障碍	首次发现Mir146b在巨噬细胞老化过程中的表达下降及其对炎症和线粒体功能的影响	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	揭示巨噬细胞老化的分子机制	硫乙醇酸盐诱导的小鼠腹腔巨噬细胞	免疫学	老年疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠巨噬细胞
24	2025-07-23	Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147984 PMID:34003795	research paper	该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化	首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Ldlr敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本
25	2025-07-23	TWO-SIGMA: A novel two-component single cell model-based association method for single-cell RNA-seq data 2021-03, Genetic epidemiology IF:1.7Q3 DOI:10.1002/gepi.22361 PMID:32989764	研究论文	本文开发了一种名为TWO-SIGMA的新型双组分单细胞模型关联方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异表达分析	TWO-SIGMA是首个能够同时实现多项特性的scRNA-seq数据分析方法，包括不要求对数转换结果、允许过度分散和零膨胀计数、通过随机效应项适应同一样本细胞间的相关性结构等	未明确提及具体局限性，但可能包括对特定数据结构的依赖或计算复杂度	开发一种灵活且功能全面的单细胞RNA测序数据分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	混合效应逻辑回归模型和混合效应负二项回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
26	2025-07-22	Bulk RNA sequencing combined with single-cell RNA sequencing analysis revealed the ferroptosis immune target of osteoarthritis synovial fibroblasts 2025-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101587 PMID:40687616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
27	2025-07-22	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	研究论文	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，其表现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变以及结构基因和钙处理基因的表达增加	未明确提及	研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应，并开发更接近生理状态的体外心脏组织模型	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	数字病理	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片模型（eHOC）	基因表达数据	未明确提及
28	2025-07-22	Identification and validation of the pivotal role of MANF gene in pancreatic β-cell aging using bioinformatics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102106 PMID:40688493	研究论文	通过生物信息学分析鉴定并验证MANF基因在胰腺β细胞衰老中的关键作用	首次确立MANF作为β细胞蛋白稳态的守护者，为糖尿病治疗提供新途径	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床转化需进一步验证	探索胰腺β细胞衰老的分子机制及潜在治疗靶点	年轻与年老的食蟹猴和小鼠的胰腺β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序、微阵列分析	d-半乳糖诱导的衰老小鼠模型、HO处理的MIN6细胞	RNA-seq数据、微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及食蟹猴和小鼠的胰腺β细胞
29	2025-07-22	Induction of host genes by nested genes during C. elegans development 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113021 PMID:40686608	研究论文	研究探讨了在秀丽隐杆线虫发育过程中，嵌套基因如何诱导宿主基因的表达	揭示了相反嵌套配置基因对宿主基因转录的调控机制，特别是在神经元中的表达影响	研究主要关注蛋白质编码基因，可能忽略了非编码RNA等其他基因类型的影响	探究基因组拓扑结构（特别是相反嵌套配置）在胚胎发育过程中对基因表达的调控作用	秀丽隐杆线虫中的嵌套基因和宿主基因	基因组学	NA	CRISPR基因组工程、单分子FISH、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个蛋白质编码基因及覆盖整个胚胎发生过程的单细胞RNA-seq数据
30	2025-07-22	Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori 2025-Aug, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012 PMID:39414226	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化	首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的单细胞图谱，揭示了幽门螺杆菌阳性样本中特异的细胞间通讯网络	样本量相对较小(18例)，验证队列需要进一步扩大	阐明幽门螺杆菌驱动的胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制	人类胃组织样本(胃炎、肠上皮化生和胃癌)	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	18例胃组织标本(胃炎/肠上皮化生/胃癌)
31	2025-07-22	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的分子机制，并发现其与M2型巨噬细胞极化的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）和巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据、组织样本	NA（文中未明确说明具体样本数量）
32	2025-07-22	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Aug, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联	探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
33	2025-07-22	Resolvin D1-mediated cellular crosstalk protects against MASH 2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101454 PMID:40671835	研究论文	本研究探讨了resolvin D1（RvD1）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用机制	揭示了RvD1通过减轻内质网应激介导的细胞凋亡，减少肝细胞死亡和DAMP产生，从而降低Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞的激活	研究样本量较小（小鼠n=4-6，人类n=9-10），且机制研究主要基于体外共培养实验	阐明RvD1在MASH中的保护作用及其细胞间通讯机制	实验性MASH小鼠模型和人类MASH样本中的原代肝细胞、Kupffer细胞、T细胞和肝星状细胞	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原代细胞共培养实验	NA	RNA测序数据、细胞培养数据	小鼠样本n=4-6，人类样本n=9-10
34	2025-07-22	Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling 2025-Jul-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.39.20250250 PMID:40685857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）急性期淋巴细胞功能异常的机制及糖皮质激素对淋巴细胞的调节作用	首次在单细胞水平解析SFTS急性期淋巴细胞异质性，揭示糖皮质激素治疗对炎症反应和病毒特异性抗体产生的双重影响	样本量较小（13例患者+3例健康对照），未进行长期随访验证临床结局	阐明SFTS急性期免疫功能障碍机制及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响	外周血单个核细胞（PBMCs）中的淋巴细胞亚群	免疫学	病毒感染（严重发热伴血小板减少综合征）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	16例（13例急性期SFTS患者+3例健康志愿者）
35	2025-07-22	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	研究论文	该研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞，使其转变为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次发现淋巴瘤B细胞与骨髓基质细胞之间的双向交互作用，导致基质细胞重编程为类似癌症相关成纤维细胞的表型	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人体内验证仍需进一步研究	探究淋巴瘤B细胞与骨髓基质微环境相互作用的机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
36	2025-07-22	A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models 2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_654 PMID:40690128	research paper	使用深度学习评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究	开发了一个集成模型，利用单细胞RNA测序数据对体外细胞类型进行分类并评估分类可靠性	未提及具体样本量或模型验证的详细结果	评估干细胞胚胎模型与真实胚胎发育的相似性	胚胎干细胞（ESCs）和体外培养的细胞类型	digital pathology	NA	scRNA-seq, scvi-tools	DL	RNA-seq数据	NA
37	2025-07-22	Cerulenin partially corrects the disrupted developmental transcriptomic signature in Huntington's disease striatal medium spiny neurons 2025-Jul-21, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	该研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中型多棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin能部分恢复HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用HD诱导多能干细胞(iPSCs)分化的MSNs模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了HD MSNs发育过程中的基因表达异常，并筛选出Cerulenin作为潜在治疗分子	研究仅基于体外细胞模型，未在动物模型或临床中验证Cerulenin的治疗效果	探究突变HTT蛋白对MSNs发育的影响并寻找潜在治疗分子	亨廷顿病患者的诱导多能干细胞分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序，L1000数据集分析	iPSCs分化的MSNs模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSCs和同基因对照
38	2025-07-22	Biomimetic phosphorus dendrimer multi-epitope nanovaccine enhances humoral and cellular immune response against African swine fever virus 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03593-7 PMID:40685337	研究论文	本研究开发了一种针对非洲猪瘟病毒(ASFV)的树突状细胞靶向仿生纳米疫苗，通过增强体液和细胞免疫反应来提升疫苗效果	首次将纳米抗体与ASFV多表位抗原结合，并装载于磷树枝状大分子上，再包被ASFV感染的巨噬细胞膜，形成仿生纳米疫苗	目前仅在小鼠模型中进行评估，尚未进行猪等自然宿主的临床试验	开发针对非洲猪瘟病毒的有效疫苗	非洲猪瘟病毒(ASFV)的p30、p54、p72、pB602L和CD2V蛋白	疫苗开发	非洲猪瘟	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、纳米抗体筛选	NA	免疫学数据、基因表达数据	小鼠模型
39	2025-07-22	An adeno-associated virus gene therapy strategy for anti-obesity treatment by nanocarrier-based delivery systems 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03595-5 PMID:40685368	研究论文	本文探讨了肠道微生物群对宿主代谢的影响，并提出了一种基于纳米载体的腺相关病毒基因治疗策略，用于抗肥胖治疗	研究发现Scg2在肠内分泌细胞中的独特表达及其与GLP-1和PYY分泌的正相关性，并设计了一种能够长期粘附于肠上皮的交联纳米颗粒，用于增强Scg2的表达	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索肠道微生物群对代谢的影响，并开发一种基因治疗策略以治疗代谢紊乱	小鼠（无菌小鼠和常规饲养小鼠）	基因治疗	肥胖	单细胞转录组分析、多组学分析	AAV基因治疗	转录组数据、代谢数据	小鼠模型（具体数量未提及）
40	2025-07-22	Differential expression pattern of CC chemokine receptor 7 guides precision treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Jul-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02308-6 PMID:40685403	研究论文	本研究通过分析CC趋化因子受体7（CCR7）在肝细胞癌（HCC）中的差异表达模式，探索了其对精准治疗的指导作用	揭示了CCR7在肿瘤细胞和基质细胞中的相反作用，并发现VEGF-C通过激活淋巴管生成和CCL21/CCR7轴促进三级淋巴结构形成，增强抗PD-1免疫治疗效果	研究主要基于临床前实验，需要进一步临床试验验证	探索HCC精准治疗的新策略	肝细胞癌（HCC）	肿瘤微环境研究	肝癌	组织微阵列（TMA）、空间转录组、单细胞测序、CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据、临床数据	NA