单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-31	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响，并发现单细胞IL1B表达与病毒库大小呈负相关	首次通过单细胞RNA测序技术揭示单细胞IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关性，并发现IL1B具有潜在的天然潜伏逆转活性	研究样本量较小（14名男性），且仅针对急性感染期开始ART治疗的个体	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响机制	HIV-1感染者的外周血细胞	生物医学研究	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	单细胞RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
22	2025-05-31	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的易感性增加的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病（DKD）进展的影响，并揭示了早产破坏内皮细胞-足细胞间的相互作用	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类样本	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	CD-1小鼠（早产和足月产）	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、组织学、分子和成像技术	NA	基因表达数据、组织学数据	早产和足月产雄性小鼠
23	2025-05-31	Identification of novel therapeutic targets in hepatitis-B virus-associated membranous nephropathy using scRNA-seq and machine learning 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03625-0 PMID:40442195	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习技术，揭示了miR-223-3p和CRIM1在乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）中的关键作用	首次结合scRNA-seq和机器学习方法，识别了HBV-MN中与疾病进展相关的特定足细胞亚群，并证实了miR-223-3p通过靶向CRIM1调控疾病进程	研究样本可能来自特定高流行区域，结果的外部有效性有待验证	阐明HBV-MN的分子机制并发现潜在治疗靶点	乙型肝炎病毒相关膜性肾病（HBV-MN）患者样本	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测	机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞转录组数据	NA
24	2025-05-31	Disulfide bond-related gene signature development for bladder cancer prognosis prediction and immune microenvironment characterization 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03974-w PMID:40442298	研究论文	开发了一种基于二硫键相关基因特征的膀胱癌预后预测模型，并分析了其与免疫微环境的关系	首次将二硫键相关基因特征用于膀胱癌预后预测，并验证了其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要在更大样本量的临床队列中进行验证	开发膀胱癌预后预测模型并分析免疫微环境特征	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qRT-PCR	StepCox[backward]算法优化的DRPS模型	基因表达数据	TCGA和GEO队列数据
25	2025-05-31	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）从块状生长向浸润性生长转变的机制，发现小胶质细胞在肿瘤浸润前沿的动员和功能转变对GBM集体迁移的引导作用	首次揭示了plexin-B2在小胶质细胞中对GBM细胞碰撞解决、排列及细胞外基质重构中的关键作用，并验证了人类GBM中肿瘤细胞和TAMs的侵袭模式和特定基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的验证仍需进一步扩大样本量	探究GBM从块状生长向浸润性生长转变的机制及小胶质细胞在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类GBM样本（具体数量未明确说明）
26	2025-05-31	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-May-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	研究论文	本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学和空间转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将组织病理学图像与转录组学数据整合，并通过Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析的准确性和鲁棒性	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	OmiCLIP	图像、文本	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
27	2025-05-31	Macrophage activation determines muscle wasting in pancreatic cancer 2025-May-29, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03434-9 PMID:40442475	研究论文	本研究探讨了胰腺癌中巨噬细胞激活对肌肉消耗的影响	通过单细胞RNA测序分析，确定了CHI3L1和CHI3L3在巨噬细胞中的表达，揭示了它们在早期肌肉消耗中的作用，并提出了针对CHI3L1的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明胰腺癌相关恶病质中肌肉消耗的分子机制	胰腺癌小鼠模型和C2C12肌母细胞	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	KPC GEMM小鼠模型	基因表达数据	PBMC 29,615个细胞和MDST 23,151个细胞
28	2025-05-31	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-May-29, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元类群的转录组特征、连接模式及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类群和一个先前未被识别的黏膜下内在初级传入神经元类群，揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密联系，并提出了肠壁神经元多样化的统一发育框架	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚需验证	探究肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
29	2025-05-31	TCF7 enhances pulmonary hypertension by boosting stressed natural killer cells and their interaction with pulmonary arterial smooth muscle cells 2025-May-29, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03276-9 PMID:40442690	研究论文	本研究探讨了TCF7在肺动脉高压（PH）中的作用机制，特别是其对自然杀伤（NK）细胞应激状态的影响及其与肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）的相互作用	首次揭示了TCF7通过上调应激NK细胞和促进其分泌SPP1来加剧PH的免疫病理机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	阐明TCF7在肺动脉高压发病机制中的作用	人类肺动脉高压患者、MCT诱导的PH大鼠模型、Tcf7条件性敲除小鼠、AAV6气管内递送TCF7过表达大鼠、NK92细胞系和原代hPASMCs	免疫病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、AAV6基因递送	动物模型（小鼠和大鼠）、细胞模型（NK92和hPASMCs）	RNA测序数据、蛋白质水平数据	人类PAH患者和MCT诱导的PH大鼠的肺部样本、Tcf7条件性敲除小鼠和TCF7过表达大鼠
30	2025-05-31	Atherosclerosis enhances the efficacy of liposome-encapsulated bromocriptine in reducing the incidence of prolactinemia in pituitary tumors 2025-May-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03465-0 PMID:40442804	研究论文	本研究探讨了动脉粥样硬化如何增强脂质体包裹的溴隐亭在减少垂体肿瘤患者高泌乳素血症发生率中的疗效	首次报道利用动脉粥样硬化小鼠模型中血脑屏障的改变来增强纳米颗粒介导的溴隐亭递送至下丘脑以治疗高泌乳素血症的策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	探索动脉粥样硬化对溴隐亭治疗垂体肿瘤高泌乳素血症疗效的影响	垂体肿瘤患者和动脉粥样硬化小鼠模型	医学研究	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	生物医学数据	NA
31	2025-05-31	Single-cell RNA sequencing reveals the role of GTF2F2 in ovarian cancer oncogenesis and progression 2025-May-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01686-3 PMID:40442848	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并探讨GTF2F2在卵巢癌发生和进展中的作用	识别了三种主要的恶性上皮细胞亚群，构建了一个基于UBE2C+上皮亚群的风险评分模型，并验证了GTF2F2在卵巢癌进展中的关键作用	研究仅使用了一种卵巢癌细胞系（ES-2）进行基因敲除实验，可能无法完全代表所有卵巢癌类型的生物学特性	研究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性及其对治疗和预后的影响	卵巢癌恶性上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	LASSO和多变量Cox回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及卵巢癌细胞系（ES-2）
32	2025-05-31	Subacute dibutyl phthalate exposure impairs hepatic T cells and facilitates hepatitis B progression in mouse liver 2025-May-28, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118398 PMID:40440982	research paper	该研究探讨了亚急性邻苯二甲酸二丁酯（DBP）暴露如何通过损害肝脏T细胞功能促进乙型肝炎病毒（HBV）进展	首次揭示了DBP通过诱导T细胞耗竭破坏肝脏免疫微环境，从而加剧HBV感染的机制，并提供了流行病学证据支持这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的相关性需要进一步验证	探究亚急性PAEs暴露对肝脏免疫微环境和HBV感染的影响	HBV感染患者和小鼠模型	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、临床指标	HBV感染患者的肝组织样本和尿液样本，以及实验小鼠
33	2025-05-31	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了Candida auris对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	讨论了棘白菌素耐受性和异质性耐药性对治疗的挑战及其潜在的临床影响	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解Candida auris对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其临床影响	Candida auris及其对棘白菌素的反应	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
34	2025-05-31	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗反应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，开发了基于CCT5的免疫治疗反应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索CCT5在癌症进展中的作用及其作为免疫治疗反应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织和免疫微环境	生物信息学	泛癌研究	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）、机器学习	机器学习模型（具体类型未明确说明）	多组学数据（转录组、表观遗传组等）	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
35	2025-05-31	Comparative analysis of the syncytiotrophoblast in placenta tissue and trophoblast organoids using snRNA sequencing 2025-May-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101170 PMID:40424181	研究论文	通过单核和单细胞RNA测序技术，比较分析胎盘组织和滋养层类器官中的合胞体滋养层（STB）的差异	首次使用单核RNA测序技术捕获STB群体，并揭示了三种核亚型，同时鉴定了类器官培养条件下STB标记物和激素的表达差异	研究未涉及RYBP敲除对STB融合以外的其他功能影响，且样本来源和时间点有限	理解合胞体滋养层（STB）的分化过程及其核异质性	胎盘组织和滋养层类器官（TOs）中的合胞体滋养层（STB）	单细胞测序	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胎盘组织（早孕期和足月）及滋养层类器官（TOs）
36	2025-05-31	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	research paper	该研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞（iPSCs）生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以研究Stargardt病的发育机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病（STGD）的发育机制和ABCA4基因突变相关的病理变化	视网膜类器官和携带ABCA4突变的iPSCs	digital pathology	Stargardt病	scRNA-seq	视网膜类器官模型	RNA-seq数据	多个发育阶段（40、90、150、200和260天）的视网膜类器官
37	2025-05-31	Single cell RNA sequencing reveals the role of local renin-angiotensin system in regulating ovarian physiological cycle and promoting PCOS 2025-May-27, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02531-8 PMID:40425574	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢局部肾素-血管紧张素系统（RAS）在调节卵巢生理周期和促进多囊卵巢综合征（PCOS）中的作用	首次在单细胞水平上揭示了卵巢局部RAS在发情周期中的动态变化，并提供了AngII与IRS1/PI3K/AKT通路相互作用导致胰岛素抵抗（IR）可能是PCOS潜在机制的初步证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卵巢局部RAS在生理周期调节和PCOS发病机制中的作用	小鼠卵巢细胞	digital pathology	polycystic ovarian syndrome (PCOS)	scRNA-seq	PCOS小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为生殖期小鼠卵巢
38	2025-05-31	Deep exploration of logical models of cell differentiation in human preimplantation embryos 2025-May-27, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00537-7 PMID:40425601	研究论文	本文介绍了一种名为SCIBORG的计算工具，用于通过整合单细胞转录组数据和先验知识网络来推断基因调控的布尔网络	开发了SCIBORG工具，利用逻辑编程处理单细胞数据的高维搜索空间，并构建动态布尔网络模型来研究滋养外胚层的成熟过程	缺乏某些生物系统的可行扰动数据，限制了动态模型的验证或生成	研究人类胚胎滋养外胚层成熟过程中的基因调控网络	人类胚胎滋养外胚层细胞	计算生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	布尔网络(BN)	单细胞转录组数据	NA
39	2025-05-31	Novel ribosome biogenesis-related biomarkers and therapeutic targets identified in psoriasis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03833-8 PMID:40425712	研究论文	本研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，鉴定了与银屑病发病机制相关的核糖体生物发生相关生物标志物，并探索了潜在的治疗靶点	首次将核糖体生物发生（RiboSis）与银屑病发病机制联系起来，并鉴定了11个候选生物标志物，其中MPHOSPH6和ISG20表现出最高的变化倍数	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	探索核糖体生物发生在银屑病发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	银屑病患者样本	生物信息学	银屑病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, PPI分析, 分子对接	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
40	2025-05-31	A robust multi-scale clustering framework for single-cell RNA-seq data analysis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03603-6 PMID:40425750	研究论文	提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析方法scMSCF，结合多维PCA降维、K-means聚类和加权集成元聚类方法，通过自注意力驱动的Transformer模型优化聚类性能	scMSCF方法结合了多层降维策略和自注意力驱动的Transformer模型，能够捕捉基因表达数据中的复杂依赖关系，显著提高聚类准确性	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据高维度、稀疏性和噪声带来的聚类挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer模型	基因表达数据	八个单细胞RNA测序数据集