单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-06	NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology 2025-Sep-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-03019-y PMID:40903777	综述	本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控机制及其临床意义	系统整合了NUTM2A-AS1在不同癌种中的ceRNA网络机制，并首次提出其作为跨癌种生物标志物的治疗潜力	缺乏体内实验和临床试验数据，需要CRISPR和单细胞测序等新技术进一步验证	阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控作用及临床应用价值	多种癌症类型（胃癌、肝癌、神经母细胞瘤等）及相关的分子机制	生物信息学	多癌种（包括胃癌、肝癌、肺癌、前列腺癌等）	生物信息学分析、CRISPR、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床数据、生物信息学数据	NA（基于现有研究的系统评估）
22	2025-09-06	SARC028 Samples Reveal an Interplay between TGF-β, IFN Signaling, and Low HLA Class I Expression as Contributors to Ewing Sarcoma Checkpoint Blockade Resistance 2025-Sep-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3882 PMID:40627445	研究论文	通过分析SARC028试验中尤文肉瘤患者治疗前后的活检样本，揭示免疫检查点抑制剂耐药性与TGF-β信号、IFN信号及低HLA I类表达的关联	首次在尤文肉瘤中利用空间转录组学识别出与免疫治疗耐药相关的特定细胞邻域(CN10)，并发现免疫抑制三联特征	样本来源于单一临床试验(SARC028)，样本量有限，需进一步验证	探究尤文肉瘤对PD1抑制剂耐药的微环境特征和分子机制	尤文肉瘤患者治疗前后的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	尤文肉瘤	多重免疫荧光、空间蛋白质组学、空间转录组学	NA	组织切片、蛋白质表达数据、转录组数据	SARC028二期临床试验中尤文肉瘤患者的配对活检样本（治疗前及治疗后8周）
23	2025-09-06	Single-cell transcriptome analysis of bronchoalveolar lavage during early SARS-CoV-2 infection 2025-Sep-02, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.02715-24 PMID:40742121	研究论文	通过单细胞转录组分析研究SARS-CoV-2感染早期支气管肺泡灌洗液的免疫反应	首次在非人灵长类模型中利用单细胞RNA测序技术揭示COVID-19早期阶段的转录组特征和免疫细胞动态变化	研究局限于非人灵长类模型，样本时间点仅覆盖感染后0-3天	解析SARS-CoV-2感染早期的免疫机制和疾病进展规律	恒河猴的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	恒河猴感染后0-3天的支气管肺泡灌洗细胞样本
24	2025-09-06	Tumor-associated Schwann cell remodeling under metabolic stress via lactate sensing orchestrates pancreatic ductal adenocarcinoma development 2025-Sep-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.07.008 PMID:40803319	研究论文	本研究揭示了乳酸驱动的肿瘤相关雪旺细胞重塑在糖尿病胰腺导管腺癌免疫抑制中的关键作用	发现乳酸-METTL16-CTCF轴将代谢应激与表观转录组重编程和免疫逃逸联系起来	NA	探索糖尿病作为胰腺癌风险因素的潜在机制	糖尿病胰腺导管腺癌模型和肿瘤相关雪旺细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25	2025-09-06	Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17336-z PMID:40897748	研究论文	本研究首次建立了果蝇肠道细胞系，为研究肠道发育和上皮生物学提供了新工具	首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系，并证实其具有持续增殖能力和细胞异质性	NA	建立果蝇肠道细胞系作为多组学筛选和肠道生物学研究的工具	果蝇肠道细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3个细胞系（包括L15系）
26	2025-09-06	Single cell RNA seq reveals the pro-regenerative phenotype of thrombospondin-2 deficient dermal fibroblasts 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15839-3 PMID:40897801	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示血小板反应蛋白-2缺陷型真皮成纤维细胞具有促再生表型	首次在单细胞水平证明TSP2缺失导致Sox10+多能祖细胞富集并减少纤维化亚群，发现PDGF-β促存活信号增强和BMP4分化信号抑制的新机制	NA	探究血小板反应蛋白-2缺失对真皮成纤维细胞异质性和组织再生能力的影响	野生型和TSP2基因敲除小鼠的皮肤成纤维细胞	单细胞组学	组织修复与再生	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 免疫染色, 计算机模拟分析	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	野生型和TSP2 KO小鼠皮肤成纤维细胞（具体数量未明确说明）
27	2025-09-06	Machine learning analysis reveals tumor heterogeneity and stromal-immune niches in breast cancer 2025-Sep-02, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01967-7 PMID:40897851	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA-seq反卷积技术，揭示乳腺癌肿瘤异质性和基质-免疫微环境特征	发现低级别肿瘤中富集的CXCR4+成纤维细胞、IGKC+髓系细胞和CLU+内皮细胞等亚型具有独特空间定位和免疫调节功能，但与免疫治疗反应性降低存在矛盾关联	NA	解析乳腺癌肿瘤微环境异质性及其与免疫逃避和治疗抵抗的关系	乳腺癌(BRCA)样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 大块RNA-seq反卷积	机器学习分析	RNA测序数据	NA
28	2025-09-06	Integrating single-cell RNA sequencing and artificial intelligence for multitargeted drug design for combating resistance in liver cancer 2025-Sep-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00952-3 PMID:40897921	研究论文	整合单细胞RNA测序与人工智能技术，设计多靶点药物以克服肝癌耐药性	首次结合单细胞RNA测序与图神经网络(GNN)预测肝癌药物-基因相互作用，并识别关键预后生物标志物和药物重利用机会	研究基于生物信息学分析，需实验验证预测的药物靶点和候选药物有效性	探索肝癌转录异质性、免疫逃逸机制并开发多靶点药物治疗策略	肝细胞癌(HCC)肿瘤样本的单细胞转录组数据	计算生物学与药物发现	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP, t-SNE, GSEA, 生存分析	图神经网络(GNN)	单细胞转录组数据	识别1178个差异表达基因(DEGs)，具体样本数量未明确说明
29	2025-09-06	Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity 2025-Sep-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14814-5 PMID:40898088	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织异质性，揭示组织学观察与分子亚型之间的强相关性	首次在视网膜母细胞瘤中实现相邻分子亚型1和2的空间映射，并挑战了视网膜细胞瘤与高分化亚型的诊断区分	仅基于单个病例的16个感兴趣区域进行分析，样本量有限	探索视网膜母细胞瘤的瘤内异质性并验证组织学特征与分子亚型的对应关系	视网膜母细胞瘤肿瘤组织及非肿瘤视网膜组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，组织图像	1例原发性眼球摘除病例，包含16个感兴趣区域（6个高分化区域，6个低分化区域）
30	2025-09-06	A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging 2025-Sep-02, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02390-w PMID:40898171	研究论文	本研究构建了猪皮肤从胚胎发育到出生后衰老的单细胞转录组图谱，揭示了细胞异质性和关键细胞类型的功能动态	首次在猪模型中系统绘制跨生命周期的皮肤单细胞图谱，发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型及其神经调节功能，并解析了成纤维细胞通过特定信号通路调控皮肤衰老的机制	研究主要基于Chenghua猪模型，虽与人类具有保守性，但物种间差异仍需进一步验证	解析哺乳动物皮肤从胚胎发育到衰老的细胞分子重构规律	Chenghua猪皮肤组织	单细胞组学	皮肤衰老	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	443,529个细胞，涵盖10个发育阶段（胚胎56天至出生后7年）
31	2025-09-06	SLC16A3 as an immunosuppressive Kupffer cell marker predicts poor prognosis in HBV-positive hepatocellular carcinoma 2025-Sep-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06861-0 PMID:40898206	研究论文	本研究探讨SLC16A3作为免疫抑制性库普弗细胞标志物在HBV阳性肝细胞癌中的预后预测价值	首次发现SLC16A3表达与HBV状态相关，并揭示其通过调控库普弗细胞免疫微环境影响肝癌预重的机制	NA	识别影响HBV阳性肝细胞癌患者的潜在分子靶点	HBV阳性和阴性肝细胞癌患者及细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化染色	NA	测序数据、临床样本数据、细胞实验数据	多个外部验证数据集和验证队列，以及临床队列样本
32	2025-09-06	BACH1 recruits STAT3 to enhance leukemia inhibitory factor receptor activity and augments the self-renewal capacity of mouse embryonic stem cells 2025-Sep-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04578-x PMID:40898328	研究论文	本研究揭示转录因子BACH1通过招募STAT3增强白血病抑制因子受体（Lifr）增强子活性，从而促进小鼠胚胎干细胞的自我更新能力	首次发现BACH1通过招募STAT3至Lifr增强子区域协同激活LIFR-STAT3信号通路的新机制	研究仅限于小鼠胚胎干细胞模型，人类干细胞中的保守性尚未验证	探究BACH1在调控Lifr增强子及维持胚胎干细胞多能性中的作用机制	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	发育生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP, co-IP, 荧光素酶报告基因分析	NA	基因组数据、转录组数据	小鼠胚胎干细胞系及内细胞团（ICM）细胞
33	2025-09-06	Evaluating the causal effect of circulating proteome on the risk of Juvenile idiopathic arthritis: an omics pipeline study 2025-Sep-02, Pediatric rheumatology online journal DOI:10.1186/s12969-025-01140-0 PMID:40898345	研究论文	本研究通过整合多组学方法评估循环蛋白质组对幼年特发性关节炎风险的因果效应，并鉴定ERAP2作为关键候选蛋白	首次采用整合基因组学、转录组学和蛋白质组学管道揭示ERAP2在JIA中的因果作用，并发现其特异性在单核细胞中高表达	研究依赖遗传关联分析，需进一步实验验证ERAP2的具体功能机制	解析幼年特发性关节炎的蛋白质介导疾病机制并探索治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）患者，特别是全身型JIA（sJIA）患者	生物信息学	幼年特发性关节炎	全基因组测序（WGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	重庆医科大学附属儿童医院独立队列的JIA患者样本（具体数量未明确说明）
34	2025-09-06	The transcriptional regulation of NUPR1 expression by MYC is implicated in the regulation of ferroptosis in human spermatogonial stem cells 2025-Sep-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05818-2 PMID:40892246	研究论文	本研究探讨NUPR1和MYC在人类精原干细胞铁死亡调控中的作用及其作为非梗阻性无精子症治疗靶点的潜力	首次揭示MYC通过直接结合NUPR1启动子调控其表达，从而影响精原干细胞铁死亡过程	研究主要基于体外细胞实验和测序数据分析，缺乏体内动物模型验证	阐明非梗阻性无精子症中铁死亡的分子调控机制	人类精原干细胞和非梗阻性无精子症患者睾丸组织	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀(ChIP)、免疫荧光分析、环己酰亚胺追踪实验	NA	单细胞转录组数据、微阵列数据、基因表达数据	非梗阻性无精子症和梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本
35	2025-09-06	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep-02, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本研究揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现并定义了CD169+神经相关巨噬细胞（NAMs）这一特殊亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症和脂解功能障碍	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚未验证	探究年龄相关炎症（inflammaging）的调控机制，特别是脂肪组织巨噬细胞的作用	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	小鼠生命周期不同阶段的脂肪组织样本
36	2025-09-06	Skin Explorer: an interactive single-cell RNA-seq resource for healthy human skin 2025-Sep-02, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.025 PMID:40907604	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
37	2025-09-06	A single-cell atlas of transcriptome changes in the intestinal epithelium at the suckling-to-weaning transition in male rabbits 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628 PMID:40907661	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子肠道上皮在哺乳到断奶过渡期的细胞类型特异性转录变化	首次提供了兔子肠道上皮的单细胞图谱，并发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（该细胞在小鼠中缺失）	研究仅针对雄性兔子，未包含雌性样本；研究聚焦于过渡期起始阶段，未涵盖完整过渡过程	识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化	雄性兔子肠道上皮细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	同龄同窝哺乳雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组）
38	2025-09-06	IL-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3D Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用3D肝脏切片模型探究IL-4在肝细胞重编程中的作用及其促再生潜力	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的3D培养模型中通过纵向单细胞转录组学揭示IL-4的促再生机制	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用及治疗潜力	小鼠精密肝切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	再生医学	肝坏死/肝纤维化	单核RNA测序，免疫组化染色，ATP检测	3D组织培养系统	转录组数据，蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间5天
39	2025-09-06	Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma 2025-Sep-02, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193 PMID:40907793	研究论文	本研究开发了一种基于聚合物的化学免疫疗法，结合免疫原性细胞死亡诱导和PD-L1阻断，用于增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫	采用可降解HPMA共聚物载体同时递送化疗药物和PD-L1多肽拮抗剂，实现了协同免疫激活且避免了传统抗体的自身免疫副作用	研究目前仅限于B16F10黑色素瘤模型，尚未在更多肿瘤类型或临床环境中验证	开发更安全有效的黑色素瘤免疫治疗方案	黑色素瘤细胞和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序，免疫组化分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据，免疫细胞表型数据	B16F10黑色素瘤小鼠模型（具体数量未明确说明）
40	2025-09-06	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的变构机制并鉴定潜在抑制剂	首次发现PRKX通过CDC37介导的变构通路驱动骨肉瘤进展，并鉴定麦角胺作为纳米级亲和力的PRKX-CDC37抑制剂	研究主要基于计算模拟和体外实验，缺乏体内验证数据	解析PRKX的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞系和PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟, siRNA敲低	AlphaFold预测模型, MD模拟	转录组数据, 蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）