单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-29	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Apr-28, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	研究论文	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	首次基于IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应的风险预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以预测患者生存和免疫治疗反应	胃腺癌（STAD）患者	数字病理	胃腺癌	批量RNA测序、单细胞测序	Cox和LASSO回归分析	基因组和临床数据	来自TCGA数据库的STAD患者数据
22	2025-04-29	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Apr-28, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学数据构建伪时间模型，结合机器学习方法识别前列腺癌的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于早期诊断前列腺癌的生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、伪时间分析、机器学习	机器学习预测模型	mRNA、免疫组化、蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
23	2025-04-29	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤（TBI）中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	首次在TBI模型中识别出两种主要的反应性星形胶质细胞亚型（A1和A2），并揭示了它们在炎症反应、突触调节、神经退行性疾病相关通路以及脂质代谢、细胞外基质重塑等方面的功能差异	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究创伤性脑损伤中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	创伤性脑损伤小鼠模型中的星形胶质细胞	单细胞RNA测序	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮质和海马组织
24	2025-04-29	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-Apr-27, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，并揭示不同类型细胞在干旱胁迫下的异质性响应机制	仅使用PEG模拟干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	研究小麦干旱响应机制以提高作物抗旱性	抗旱和不抗旱小麦幼苗叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	抗旱和不抗旱小麦幼苗叶片细胞
25	2025-04-29	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids 2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494 PMID:40291892	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了消痔灵注射液通过激活Sphk1-S1P通路促进纤维化的治疗机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	内痔模型大鼠的成纤维细胞	分子生物学	内痔	单核RNA测序(Stereo-seq)、空间转录组学、电子显微镜	NA	基因表达数据、亚细胞结构图像	内痔模型大鼠(分为对照组和治疗组)
26	2025-04-29	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Apr-26, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	通过分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，研究年龄相关的免疫系统变化	整合bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，全面揭示健康衰老和虚弱老年人中免疫细胞的动态变化	研究仅基于PBMCs，可能无法完全反映其他组织或器官中的免疫衰老情况	探究年龄相关的免疫系统变化及其在虚弱老年人中的异常表现	从儿童到虚弱老年人的外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
27	2025-04-29	Mas Signaling Potentiates Neutropil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure 2025-Apr-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411428 PMID:40285622	research paper	本研究探讨了Mas信号在急性肝衰竭(ALF)中对中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)形成的影响及其机制	首次揭示了Mas信号通过调节FXR-S1P-NETs轴和抑制SHP2来影响NETs形成的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明Mas信号在急性肝衰竭中调控NETs形成的分子机制	雄性Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠	分子生物学	急性肝衰竭	单细胞测序、代谢组学分析	小鼠急性肝衰竭模型	动物实验数据、测序数据	6-8周龄雄性小鼠(具体数量未明确说明)
28	2025-04-29	Integrated Analysis of Single-Cell and Transcriptome Data Reveals the Role and Regulatory Mechanisms of Neuroinflammation in Parkinson's Disease 2025-Apr-26, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02306-4 PMID:40285838	研究论文	通过整合单细胞和转录组数据分析，揭示了神经炎症在帕金森病中的作用及其调控机制	首次揭示了转录因子STAT3在帕金森病中作为小胶质细胞促炎激活的核心调控因子的关键作用	研究主要基于数据库数据和动物模型，人类样本的直接验证有限	探索帕金森病中神经炎症的细胞特异性特征和调控机制	人类PD中脑黑质致密部组织、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、GSVA、GSEA、KEGG和GO分析、轨迹分析、SCENIC分析	动物模型(小鼠)、细胞模型(BV2和SH-SY5Y)	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的人类PD中脑组织数据、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型
29	2025-04-29	Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04042-y PMID:40285889	研究论文	研究通过阻断TIGAR来防止CD8+ T细胞功能障碍并激发抗急性髓系白血病（AML）免疫反应	首次证明TIGAR沉默可以增强T细胞功能，改善AML预后，并通过单细胞RNA测序分析揭示了TIGAR高表达与T细胞耗竭标志物的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究TIGAR沉默是否能消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞	AML小鼠模型和TIGAR基因敲除小鼠	免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	TIGAR基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了C57BL/6J背景的小鼠和C1498细胞
30	2025-04-29	In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells 2025-Apr-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02394-6 PMID:40285994	研究论文	通过计算机模拟和体外实验鉴定SIGMAR1作为潜在肺癌干细胞标记物	利用单细胞RNA测序数据识别新的肺癌干细胞标记物SIGMAR1，并通过体外实验验证其表达和功能	未来研究需要进一步探讨SIGMAR1调节肺癌干细胞特性的机制	识别肺癌干细胞的新标记物并验证其功能	A549来源的肿瘤球和人类肺癌组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	两个公开的人类肺癌组织scRNA-seq数据集
31	2025-04-29	Perturbing local steroidogenesis to improve breast cancer immunity 2025-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59356-3 PMID:40287432	research paper	该研究探讨了通过抑制局部类固醇生成来增强对三阴性乳腺癌（TNBC）的抗肿瘤免疫	揭示了抑制免疫细胞类固醇生成可以限制TNBC肿瘤进展，并通过代谢建模和单细胞转录组学鉴定了主要的类固醇生成细胞	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	改善三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	三阴性乳腺癌（TNBC）患者肿瘤和小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	靶向代谢组学、免疫组织化学、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	TNBC患者肿瘤样本和小鼠模型
32	2025-04-29	Comprehensive single-cell transcriptome analysis of autologous platelet-rich plasma therapy on human thin endometrium 2025-Apr-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99468-w PMID:40287476	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了自体富血小板血浆（PRP）疗法对人类薄型子宫内膜的影响	首次通过转录组分析研究PRP疗法对薄型子宫内膜的影响，揭示了PRP疗法可能增强高干性、刺激间充质-上皮转化（MET）并增强巨噬细胞功能	样本量较小（仅10名患者），可能影响结果的普遍性	探讨PRP疗法对薄型子宫内膜的治疗效果及其潜在机制	薄型子宫内膜患者	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、苏木精和伊红染色（HE）、免疫组织化学（IHC）	CytoTRACE、基因集变异分析（GSVA）	RNA测序数据、组织图像	10名薄型子宫内膜患者的配对样本（治疗前后）
33	2025-04-29	Dynamics of tertiary lymphoid structures and immune cross talk in early versus advanced colorectal cancer: potential implications for immunotherapy 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04027-x PMID:40287532	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据、批量RNA转录数据和病理组织数据，探讨了早期和晚期结直肠癌中肿瘤微环境和三级淋巴结构的动态变化及其对免疫治疗的影响	揭示了CD8+Tex细胞上的CXCL13表达以及CD4+Tfh和BGC细胞之间的CD40-CD40L相互作用可能是三级淋巴结构功能的关键调节因子，并可能影响免疫治疗的响应	研究结果基于三个内部队列，可能需要更大样本量的验证	探讨早期和晚期结直肠癌中肿瘤微环境和三级淋巴结构的差异及其对免疫治疗的影响	早期和晚期结直肠癌患者的肿瘤微环境和三级淋巴结构	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA转录分析、病理组织分析	NA	RNA测序数据、转录数据、病理组织数据	三个内部队列的样本
34	2025-04-29	A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59073-x PMID:40274773	研究论文	本文探讨了特定微生物群落对Th1免疫力的增强作用及其对LCMV病毒感染清除和疾病病理的影响	揭示了特定低复杂度细菌群落（OMM）在增强抗病毒免疫反应中的作用，及其对LCMV病毒清除和疾病病理的双重影响	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响	小鼠及其肠道微生物组	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	特定无病原体（SPF）小鼠和无菌小鼠
35	2025-04-29	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-Apr-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	research paper	该研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次使用单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在脑膜eLF中的相互作用，揭示了它们如何促进中枢神经系统自身免疫	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果可能不完全适用于人类多发性硬化症	探究脑膜异位淋巴滤泡样结构在中枢神经系统自身免疫中的作用机制	T细胞和B细胞在脑膜异位淋巴滤泡中的相互作用	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，活体成像	T helper 17 (T17) adoptive transfer experimental autoimmune encephalomyelitis model	RNA测序数据，影像数据	NA
36	2025-04-29	The P2X7R/NLRP3 inflammasome axis suppresses enthesis regeneration through inflammatory and metabolic macrophage-stem cell cross-talk 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4894 PMID:40279432	研究论文	本研究揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过放大IL-1β介导的炎症交叉作用和抑制DTA代谢交叉作用，从而抑制腱骨结合部再生	首次揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴在腱骨结合部再生中的关键调控作用，并提出了针对该轴的治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究腱骨结合部再生不良的关键调控机制	腱骨结合部再生过程中的巨噬细胞和干细胞	再生医学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除模型	基因表达数据	NA
37	2025-04-29	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	该研究探讨了脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用	揭示了瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响骨关节炎的结构和疼痛表型，首次提供了脂肪-关节交叉对话的确凿证据	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用机制	脂肪分泌因子（特别是瘦素和补体因子D）与骨关节炎的关系	骨关节疾病研究	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠脂肪营养不良模型	分子生物学数据、行为学数据	脂肪营养不良小鼠模型（具体数量未明确说明）
38	2025-04-29	Exosomes derived from ccRCC cells confers fibroblasts activation to foster tumor progression through Warburg effect by downregulating PANK3 2025-Apr-25, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02434-8 PMID:40280913	research paper	研究揭示了肾癌细胞通过外泌体下调PANK3激活成纤维细胞，促进肿瘤进展的机制	首次发现肾癌细胞外泌体通过下调PANK3激活成纤维细胞，并促进Warburg效应	研究未涉及PANK3下调的具体分子机制	探究肾癌细胞与基质细胞相互作用的机制及其在肿瘤进展中的作用	肾癌细胞、癌相关成纤维细胞(CAFs)和正常成纤维细胞(NFs)	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞测序、转录组测序、能量代谢测试	NA	测序数据、代谢数据	不同进展阶段的肾细胞癌组织样本
39	2025-04-29	Telomere-related gene risk model predicts prognostic and immune microenvironment alterations in prostate cancer 2025-Apr-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98663-z PMID:40280966	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，分析了前列腺癌中与端粒相关基因的风险模型，预测了预后和免疫微环境的改变	识别了15种不同的细胞类型，并发现髓样树突状细胞（mDCs）作为端粒活跃细胞在前列腺癌发展中的重要作用，同时构建了预测患者生存率的风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	提高前列腺癌的预测能力，探索端粒相关基因在疾病发展中的作用	前列腺癌患者和细胞系（LNCaP和DU145细胞）	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	risk model	RNA-seq data	147,856 cells (31,256 with high telomere-related gene score)
40	2025-04-29	Direct cell interactions potentially regulate transcriptional programmes that control the responses of high grade serous ovarian cancer patients to therapy 2025-Apr-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98463-5 PMID:40280979	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据中的细胞双联体，研究高等级浆液性卵巢癌患者对治疗反应的转录调控机制	利用单细胞RNA测序中的生物双联体推断细胞间物理相互作用网络，揭示了与临床预后相关的转录景观	研究样本量较小（7名患者），且仅针对治疗初期的卵巢癌患者	探索细胞间直接物理相互作用如何调控高等级浆液性卵巢癌患者对治疗的反应	高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	约18,000个细胞，来自7名未接受治疗的卵巢癌患者