单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-07	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据构建DFU的氧化应激景观，并鉴定出BCL2和FOXP2作为诊断标志物	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的潜在机制	糖尿病足溃疡患者的RNA测序数据和成纤维细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	RNA-seq, 单细胞RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(来自10个不同簇)
22	2025-07-07	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过使用0.05%胰蛋白酶和温和的机械解离步骤最大化单细胞产量，同时避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育以减少细胞聚集和提高细胞存活率	未提及该方案是否适用于其他类型的癌症类器官或非癌症类器官	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌患者来源类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源的类器官（PDOs）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	未明确说明样本数量
23	2025-07-07	Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease 2025-Jul-04, Respiratory investigation IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008 PMID:40617174	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，揭示了表达IL-32的CD4+ T细胞在系统性硬化症伴间质性肺病(SSc-ILD)中的潜在致病作用	首次发现IL32基因在SSc-ILD患者CD4+ T细胞中的高表达，并确定了其在Th1、Th2和Th17细胞以及记忆T细胞中的表达模式	需要进一步研究IL-32的具体作用机制和治疗潜力	阐明CD4+ T细胞亚群在SSc-ILD发病机制中的异常细胞因子产生	系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞	免疫学	系统性硬化症/间质性肺病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、微阵列分析	NA	基因表达数据	13例SSc和11例健康对照的肺活检样本，18例SSc-ILD和16例健康对照的外周血样本
24	2025-07-07	Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection 2025-Jul-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013 PMID:40513559	研究论文	本研究利用长期培养的器官模型，分别从表面气道上皮（SAE）和黏膜下腺体（SMGs）中提取，以研究它们在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性	首次利用SMG器官模型研究呼吸道炎症和感染，揭示了SMG分泌细胞对特定冠状病毒的选择性易感性	研究仅关注了SMG和SAE的器官模型，未涉及其他呼吸道组织或更广泛的病原体	研究呼吸道炎症和感染的生理机制	人类气道上皮和黏膜下腺体的器官模型	生物医学研究	呼吸道感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	器官模型	基因表达数据	NA
25	2025-07-07	Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling 2025-Jul-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03643-1 PMID:40611203	研究论文	介绍Ensemblex，一种基于精度加权的集成遗传解复用框架，用于人口规模单细胞RNA测序样本池	整合四种不同算法以识别最可能的样本标签，提高高度复用实验中的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序样本池中个体遗传解复用的准确性	单细胞RNA测序样本池	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成框架（Ensemblex）	RNA测序数据	计算和实验池化样本
26	2025-07-07	Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering 2025-Jul-03, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.06.018 PMID:40617259	研究论文	该研究通过克隆追踪、单细胞和空间转录组学技术，探索了小鼠肝脏生长过程中肝细胞异质性的演变及其对体内基因工程的影响	揭示了新生肝脏中克隆形成性肝细胞的空间定位及其在肝脏生长中的关键作用，并阐明了肝细胞异质性对慢病毒基因传递效率的影响	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索肝脏生长过程中肝细胞异质性的动态变化及其对基因治疗的影响	小鼠肝脏不同发育阶段的肝细胞	基因治疗	单基因疾病	克隆追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、慢病毒基因转移、靶向基因编辑	NA	转录组数据	不同年龄阶段的小鼠肝脏样本
27	2025-07-07	Single-cell RNA Sequencing Reveals the Role of Heat Shock Protein 90AA1 in Müller Cell Proliferation via the Necroptosis/MAPK Pathway in Diabetic Retinopathy 2025-Jul-03, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110508 PMID:40617280	研究论文	本研究探讨了热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）在糖尿病视网膜病变（DR）中Müller细胞增殖中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中通过坏死性凋亡/MAPK通路调控Müller细胞增殖的机制	样本量较小（4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者）	阐明糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制	Müller细胞	生物医学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者的视网膜样本
28	2025-07-07	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，首次揭示了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞和分子反应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，系统分析了四指马鲅鳃在缺氧条件下的细胞异质性，并识别了潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼阶段，成年鱼的反应可能不同；未对候选生物标志物进行功能验证	揭示四指马鲅对缺氧的细胞和分子响应机制	四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼的鳃组织	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA-seq, HE染色, 透射电镜(TEM)	NA	RNA测序数据, 形态学图像数据	未明确说明样本数量，但涉及缺氧和常氧条件下的四指马鲅幼鱼鳃组织
29	2025-07-07	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，结果可能不适用于其他发育阶段或其他昆虫物种	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、形态学观察、流式细胞术	NA	基因表达数据、显微镜图像	家蝇幼虫血细胞
30	2025-07-07	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性、口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群扩展中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
31	2025-07-07	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究揭示了ID3通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	首次发现ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	分子生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, scratch wound assays	hTCEpi细胞模型	RNA测序数据, 细胞迁移数据	未明确说明具体样本数量
32	2025-07-07	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG末端的富集，揭示了YAP1作为nAChR信号的关键下游效应物	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探究烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的具体作用机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据	NA
33	2025-07-07	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
34	2025-07-07	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本来自多种癌症类型，可能影响结果的普遍性	揭示NK-T细胞在肝转移癌中的相互作用及其功能	肝转移癌患者的NK和T细胞	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
35	2025-07-07	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了高分辨率的染色质景观映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
36	2025-07-07	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Jun-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析发现ETS2是促进骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键基因，并揭示了ETS2通过靶向CEBPB调控OC分化的机制	首次发现ETS2通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化，并验证了ETS2敲低可缓解OA进展	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	揭示骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM小鼠模型	基因表达数据	DMM模型小鼠
37	2025-07-07	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Jun-30, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态	通过空间转录组学技术，克服了单细胞转录组学缺乏空间信息的局限，全面解析了肺腺癌的细胞景观	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌微环境的空间功能和异质性	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
38	2025-07-07	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）在胃印戒细胞癌（GSRC）中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而增强YAP活性，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于体外细胞实验和裸鼠移植瘤模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌（GSRC）细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	未明确说明具体样本数量，涉及GSRC细胞系和裸鼠模型
39	2025-07-07	SOX11 and GLIS2: Novel Biomarkers for Understanding the Progression of Oral Leukoplakia 2025-Jun-20, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100872 PMID:40543136	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，探讨了口腔白斑病（LP）的转录调控机制，并鉴定了SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标志物	首次将SOX11和GLIS2鉴定为口腔白斑病的特异性分子标志物，并揭示其通过调控EMT和血管生成影响病变发展的机制	研究样本量有限，且未进行功能性实验验证SOX11和GLIS2的具体作用机制	探索口腔白斑病进展的分子机制并鉴定相关生物标志物	口腔白斑病组织和口腔鳞状细胞癌（OSCC）样本	分子生物学	口腔癌	单细胞RNA测序，大块RNA测序，免疫组化染色	NA	RNA测序数据，临床生存数据，免疫组化数据	口腔白斑病组织样本和TCGA数据库中的OSCC样本
40	2025-07-07	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了R6/2亨廷顿病小鼠脑部在不同时间和区域的分子模式变化	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和匹配的单核RNA测序数据，揭示了亨廷顿病小鼠脑部的区域、时间和细胞类型特异性调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能不完全反映人类亨廷顿病的所有特征	理解亨廷顿病的分子机制和细胞调控通路	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部在出生后第0天 (P0)、4周和12周的时间点