单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-08	DISCO: A DIFFUSION MODEL FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS DATA COMPLETION 2025-Sep, Proceedings. International Conference on Image Processing DOI:10.1109/icip55913.2025.11084277 PMID:40909878	研究论文	提出一种基于扩散模型的框架DISCO，用于空间转录组学数据中缺失区域的补全	首次将扩散模型应用于空间转录组数据补全，结合图神经网络编码器与双重扩散模块（位置扩散和基因表达扩散），并引入邻域信息引导去噪过程	NA	解决空间转录组技术中数据缺失问题，提升下游分析准确性	空间转录组数据中的缺失区域	计算生物学	NA	空间转录组测序	扩散模型（Diffusion Model）、图神经网络（GNN）	空间基因表达数据	跨多个测序平台、物种和数据集的验证（未提供具体样本数）
22	2025-09-08	Spatial Transcriptomics and Single Cell-RNASeq Reveals Cellular Heterogeneity of SARS-CoV-2 in Lung Tissues and Global Mutational Patterns in COVID-19 Patients 2025-Sep, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70586 PMID:40910395	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示COVID-19患者肺组织中SARS-CoV-2的细胞异质性及全球突变模式	首次结合scRNA-seq与空间转录组学定位肺组织病毒热点区域，并关联免疫细胞浸润与病毒基因表达的空间分布	样本地理来源有限（主要基于GISAID数据库），未明确说明临床样本数量	解析SARS-CoV-2在宿主内的空间分布特征及突变进化规律	COVID-19患者肺组织样本及全球SARS-CoV-2毒株序列	空间转录组学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学, GISAID数据分析	Seurat, Pseudotime, CellChat	单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 病毒基因组序列	未明确样本数（使用GISAID全球数据库突变数据）
23	2025-09-08	Identification of Core gene expression alterations regulated by gut microbiota in tumor progression and immunotherapy resistance through integrative pan-cancer analysis 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146911 PMID:40819753	研究论文	通过整合性泛癌分析识别肠道微生物在肿瘤进展和免疫治疗耐药中调控的核心基因表达变化	开发了微生物相关特征评分（MAS）方法，首次在33种癌症和29种正常组织中量化微生物驱动的转录改变，并结合单细胞和空间转录组学验证	研究主要基于计算分析和初步实验验证，需要更多功能性实验和临床队列验证	揭示肠道微生物通过基因表达调控影响癌症进展和免疫治疗耐药的机制	33种癌症类型和29种正常组织，重点关注肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	整合性泛癌分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、转录组数据	33种癌症类型和29种正常组织的多组学数据
24	2025-09-08	Integrative spatial multi-omics identifies the TEK receptor tyrosine kinase as a central biomacromolecule of endothelial-immune interactions in glioblastoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146964 PMID:40834945	研究论文	本研究通过整合空间多组学分析，发现TEK受体酪氨酸激酶是胶质母细胞瘤内皮-免疫相互作用的核心生物大分子，并验证其作为潜在治疗靶点	首次通过多组学整合方法揭示TEK在胶质母细胞瘤微环境中的关键作用，并发现三个具有强结合亲和力的TEK靶向小分子候选物	NA	探索胶质母细胞瘤微环境中内皮-免疫相互作用的分子机制并识别治疗靶点	胶质母细胞瘤微环境中的内皮细胞、恶性细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、全基因组关联研究、结构基药物筛选、免疫组化、免疫荧光、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因组数据、转录组数据、空间组学数据、蛋白质结构数据	NA
25	2025-09-08	stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf429 PMID:40905789	研究论文	介绍stImage开源R包，通过深度学习和54种整合策略优化空间转录组分析	首个在统一框架中完全协同基因表达、组织学特征和精确空间坐标的方法，提供诊断图指导用户选择最佳整合策略	NA	开发一个全面灵活的空间转录组分析框架，提升组织生物学见解	空间转录组数据（基因表达、组织学图像和空间信息）	数字病理学	NA	空间转录组学（ST），深度学习	深度学习（具体架构未指定）	基因表达数据、组织学图像、空间坐标	多个数据集（具体样本数量未说明）
26	2025-09-08	Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases 2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101222 PMID:40882404	研究论文	本研究探讨代谢相关脂肪肝病（MAFLD）通过改变肝脏免疫细胞毒性和定位促进结直肠癌肝转移的机制	首次揭示高脂饮食和西方饮食通过不同免疫机制（IL-10/TGF-β1升高和细胞毒性标志物表达降低）促进肝转移，并发现CD8+ T细胞耗竭反而增强NK细胞杀伤能力	研究基于小鼠模型，结果需要人类数据验证；饮食诱导的MAFLD/MASH模型可能无法完全模拟人类疾病进展	阐明MAFLD代谢应激下肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响	小鼠模型（MC38癌细胞注射诱导的CRLM模型）和肝脏免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌肝转移	scRNA-seq, RT-PCR, 免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织学数据	饮食诱导的MAFLD/MASH小鼠模型（具体数量未明确说明）
27	2025-09-08	A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.23.671952 PMID:40909636	研究论文	系统评估五种半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景中的性能表现	首次在六种不同数据集和五种实际标注场景下系统比较半监督与无监督整合方法	仅评估了五种半监督方法，可能未涵盖所有现有方法	评估半监督scRNA-seq整合方法在实际应用中的有效性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust	基因表达数据	六个不同数据集
28	2025-09-08	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性中心	首次结合空间转录组学、单细胞技术和同位素示踪成像，揭示肾小管厚壁升支在能量代谢中的核心地位及其对丙泊酚的特异性脆弱性	研究主要基于小鼠模型和肾移植患者，需在更广泛AKI人群中验证	探究急性肾损伤的代谢机制和肾小管厚壁升支的脆弱性	小鼠缺血再灌注模型和人类肾移植患者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、影像数据	小鼠模型和人类肾移植患者（具体数量未明确说明）
29	2025-09-08	Nitrogen-Driven Orchestration of Lateral Root Development: Molecular Mechanisms and Systemic Integration 2025-Aug-21, Biology DOI:10.3390/biology14081099 PMID:40906392	综述	本文综述了氮素如何通过分子机制和系统整合调控植物侧根发育	整合了氮素感知、信号转导与侧根发育的分子网络，并强调了系统信号通路和碳氮平衡等新兴领域	NA	阐明氮素作为主要营养元素调控根系构型的分子机制与系统整合	植物侧根发育过程	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、先进成像技术	NA	NA	NA
30	2025-09-08	Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670370 PMID:40894541	研究论文	通过整合多组织单细胞转录组数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互模式	首次在跨组织和血管类型组合背景下系统研究内皮细胞异质性，并开发计算流程分析代谢物/蛋白质介导的细胞通讯	研究仅基于15种人体组织，可能存在未覆盖的组织类型；单细胞数据整合可能引入批次效应	探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及其微环境调控机制	人类内皮细胞及其他组织驻留细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, 主题建模	计算分析流程	单细胞转录组数据	超过300万个单细胞，涵盖15种人体组织
31	2025-09-08	TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.17.670735 PMID:40894666	研究论文	提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA测序数据中推断群体水平标签	首次利用Transformer架构分析细胞群体组成信号，突破传统单细胞级别分析方法，能同时保持单细胞分辨率	NA	开发能够利用细胞组成信号推断组织身份和疾病状态的计算方法	小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，空间转录组技术	Transformer	单细胞RNA表达谱数据	NA
32	2025-09-08	Integrative analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify lactylation-related gene signatures in lung ischemia-reperfusion injury after lung transplantation 2025-Aug-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115361 PMID:40914702	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别肺移植后缺血再灌注损伤中与乳酸化修饰相关的基因特征	首次在肺移植缺血再灌注损伤中系统研究蛋白质乳酸化修饰作用，并整合多组学数据与机器学习方法发现新型生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证	探究蛋白质乳酸化修饰在肺移植缺血再灌注损伤中的分子机制并寻找治疗靶点	肺移植后发生缺血再灌注损伤的组织样本和小鼠模型	生物信息学	肺移植并发症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, LASSO, random forest, western blotting, RT-qPCR	机器学习算法（LASSO、随机森林）	转录组数据、单细胞数据、实验验证数据	两个公共数据集（GSE145989、GSE18995）和小鼠模型实验样本
33	2025-09-08	SMAD1/5-mediated recruitment of the histone demethylase KDM1A controls cell fate programs in embryonic stem cells 2025-Aug-12, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110591 PMID:40812426	研究论文	本研究揭示了SMAD1/5通过招募组蛋白去甲基化酶KDM1A调控胚胎干细胞命运程序的转录抑制机制	首次发现SMAD1/5通过招募KDM1A去除H3K4me1/2标记来抑制增强子活性，调控细胞特异性基因表达程序	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类细胞中的适用性尚未验证	阐明SMAD1/5在胚胎干细胞中的分子机制和功能	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	表观遗传学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	NA	基因组测序数据，单细胞转录组数据	Smad1/5双敲除和野生型小鼠胚胎干细胞
34	2025-09-08	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53功能获得性突变直接调控PLAUR/uPAR表达，并阐明其在吉西他滨治疗后持续激活ERK信号通路和促进癌细胞侵袭的关键作用	主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证和临床前瞻性研究数据	探究胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）和TCGA数据库中的PDAC患者数据	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘、信号通路分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、临床生存数据	两种PDAC细胞系和TCGA数据库中的PDAC患者样本
35	2025-09-08	Novel Insights into T-Cell Exhaustion and Cancer Biomarkers in PDAC Using ScRNA-Seq 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081015 PMID:40906153	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示胰腺导管腺癌中T细胞耗竭和癌症生物标志物的新见解	识别出16个癌症和T细胞的新型标志物，为PDAC免疫景观研究提供新基础	需要进一步的临床研究来验证这些新型标志物作为潜在治疗靶点	研究PDAC中T细胞耗竭机制和癌症生物标志物	人类PDAC数据集中的癌细胞和T细胞	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, PPI分析, GEPIA2, TISCH2	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性肿瘤和邻近正常组织的人类PDAC公开数据集
36	2025-09-08	Mechanistic Study of NT5E in Reg3β-Induced Macrophage Polarization and Cooperation with Plasma Proteins in Myocarditis Injury and Repair 2025-Aug-07, Biology DOI:10.3390/biology14081017 PMID:40906170	研究论文	本研究探讨NT5E通过Reg3β调控巨噬细胞极化并与血浆蛋白协同影响心肌炎损伤修复的机制	首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子对接等多方法揭示NT5E在巨噬细胞极化及心肌炎免疫调控中的双重作用	研究主要基于分子和细胞水平实验，尚未进行动物模型或临床试验验证	阐明NT5E调控巨噬细胞极化及与血浆蛋白互作影响心肌炎发展的分子机制	巨噬细胞、血浆蛋白、免疫细胞类型及心肌炎相关病理过程	分子生物学与免疫学	心血管疾病	RNA测序、Western blotting、qPCR、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据、药物结合数据	涉及80种血浆蛋白及12种免疫细胞类型的分析
37	2025-09-08	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本研究揭示贾第虫通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症	首次证明贾第虫通过STAT6依赖性机制促进IL-10产生型Th2细胞扩增，实现寄生虫持续感染与炎症保护的双重效果	研究局限于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的免疫调节机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道感染性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	尼日利亚儿童群体及小鼠实验模型
38	2025-09-08	Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01504-2 PMID:40744996	研究论文	通过单细胞测序技术研究系统性红斑狼疮肾炎进展中CD8 T细胞的克隆动态与免疫失调机制	首次整合单细胞RNA与T细胞受体测序揭示CD8效应T细胞克隆扩张是疾病恶化的关键驱动因素，并发现干扰素信号通路与细胞毒性T细胞功能障碍的关联	样本量较小（6名SLE患者），需外部数据集验证	探究系统性红斑狼疮疾病活动性波动的免疫机制并寻找潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及健康捐赠者的外周血单核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	单细胞转录组数据, TCR序列数据	6名SLE患者（19个样本）和32名健康捐赠者，外部验证含79对照/62患者（批量测序）和99对照/162患者（单细胞测序）
39	2025-09-08	Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01496-z PMID:40804481	综述	本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化（APA）和选择性剪接（AS）检测与差异分析的计算方法	系统总结了单细胞RNA测序专用分析技术，并提供了群体和单细胞水平基因调控的新见解	NA	综述转录后基因调控中APA和AS的计算分析方法	选择性多聚腺苷化和选择性剪接事件	生物信息学	NA	RNA测序（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
40	2025-09-08	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次发现肥胖小鼠脂肪干细胞中DPP4+亚群比例减少是治疗效果下降的关键机制，并验证了DPP4+细胞的优越软骨生成潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性仍需进一步验证	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞	细胞治疗	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)、组织学分析	NA	基因表达数据、行为学数据、组织学图像	野生型和ob/ob小鼠模型，具体数量未明确说明