单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-24	The role of LAMA5 in breast cancer progression and its potential in immunotherapy 2025-Jul-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03113-x PMID:40694271	研究论文	本研究探讨了LAMA5在乳腺癌进展中的作用及其在免疫治疗中的潜在应用	揭示了LAMA5在乳腺癌中的表达模式及其与免疫调节和药物敏感性的关联	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索LAMA5在乳腺癌中的生物学功能和临床意义	乳腺癌组织和正常组织	肿瘤学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	DESeq2, Kaplan-Meier, Cox回归模型, CIBERSORT, ESTIMATE	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的样本
22	2025-07-24	Microarray and Single-Cell RNA Sequencing Reveals G-Protein Gene Expression Signatures of Spermatogonia Stem Cell 2025-Jul-22, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-025-10942-4 PMID:40694278	研究论文	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，研究人类精原干细胞（SSCs）中G蛋白基因的表达特征	揭示了G蛋白基因在人类精原干细胞中的表达特征，并提供了关于SSC发育分子机制的新见解	样本量较小（仅来自六个人类睾丸），可能影响结果的普遍性	研究人类精原干细胞的发育机制，以阐明男性生育的基础	人类精原干细胞（SSCs）	生殖生物学	NA	微阵列分析、单细胞RNA测序、生物信息学分析、免疫荧光标记	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	六个人类睾丸的单细胞样本
23	2025-07-24	Fibroblast-derived PI16 enhances tumor immune-suppressive microenvironment via inducing Tregs differentiation 2025-Jul-22, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01090-5 PMID:40694273	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞来源的PI16在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境（TME）中的作用，特别是其通过诱导调节性T细胞（Tregs）分化增强肿瘤免疫抑制微环境的机制	揭示了PI16+成纤维细胞通过DOCK2依赖性机制促进Tregs分化的新机制，并提出了PI16+成纤维细胞作为克服肿瘤免疫抑制的新治疗靶点	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限	探究成纤维细胞来源的PI16在ESCC肿瘤微环境中的免疫调节作用	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境及其中成纤维细胞和T细胞	肿瘤免疫学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞共培养、免疫沉淀-质谱分析、多重荧光免疫组化（mfIHC）	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织图像数据	公共scRNA-seq数据集（GSE203115）及实验模型样本
24	2025-07-24	Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice 2025-Jul-22, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011505 PMID:40694594	研究论文	通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用	采用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程，构建了基础上皮细胞的基因调控网络，并鉴定了与癌症起始和进展相关的独特亚群	单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性	探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关系	P4HA1基因敲除小鼠和对照组小鼠的基础上皮细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序、SCENIC流程	NA	单细胞RNA测序数据	两组小鼠（5Ht对照组和6Ho P4HA1敲除组）
25	2025-07-24	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jul-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）的转录组，探讨胆碱能波对RGCs转录组的有限影响	揭示了胆碱能信号在视网膜中的转录组影响有限，且以类型特异性方式微妙调节分子程序	未深入探讨转录后机制在自发活动依赖性分子变化中的作用	探讨胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和β2KO小鼠的RGCs（具体数量未明确说明）
26	2025-07-24	Targeting Treg-fibroblast interaction to enhance immunotherapy in steatotic liver disease-related hepatocellular carcinoma 2025-Jul-22, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335084 PMID:40695620	研究论文	本研究探讨了脂肪性肝病相关肝细胞癌（SLD-HCC）中免疫微环境及其相互作用，揭示了TNFSF14-TNFRSF14信号通路在免疫治疗抵抗中的关键作用	首次揭示了TNFSF14-TNFRSF14介导的Treg-CAF相互作用是SLD-HCC免疫治疗抵抗的关键驱动因素，并提出了针对该信号轴的治疗策略	样本量相对有限（22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC），且主要在实验模型中进行验证	研究SLD-HCC中免疫微环境的特征及其对免疫治疗抵抗的影响	脂肪性肝病相关肝细胞癌（SLD-HCC）患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）、空间转录组学、多重免疫组织化学	NA	转录组数据、蛋白质表达数据、空间分布数据	22例SLD-HCC和31例非SLD-HCC病例，103例患者的独立队列验证
27	2025-07-24	Transdifferentiation of tongue muscle cells into cancer-associated fibroblasts in response to tongue squamous cell carcinoma 2025-Jul-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61951-3 PMID:40695868	研究论文	本研究揭示了舌鳞状细胞癌(TSCC)中舌肌细胞(TMCs)向癌症相关成纤维细胞(CAFs)转分化的过程，并提出了通过IL-17a抑制剂抑制这一过程的治疗策略	首次证实了舌肌细胞在TSCC环境下可转分化为CAFs，并鉴定了四个关键的转分化标志基因	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类TSCC中得到验证	探究TSCC中肿瘤微环境的重编程机制	舌鳞状细胞癌(TSCC)及其微环境中的舌肌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境研究	口腔癌/舌鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、细胞模型评估、谱系追踪移植实验	4-NQO诱导的TSCC小鼠模型	单细胞RNA测序数据	NA
28	2025-07-24	Mitochondria-related gene-based molecular subtypes of lung adenocarcinoma and their prognostic implications 2025-Jul-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07982-8 PMID:40695869	研究论文	本研究基于线粒体相关基因对肺腺癌患者进行分子亚型分类，并探讨其预后意义	首次利用线粒体相关基因对肺腺癌患者进行分子亚型分类，并揭示了亚型间的免疫浸润特征和药物敏感性差异	研究样本量相对有限，且未进行实验验证	提高肺腺癌患者的精准预测能力，为临床治疗提供新见解	515名肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	XGBoost	基因表达数据	515名肺腺癌患者（来自TCGA和GEO数据库）
29	2025-07-24	Beyond the nuclear border: single-cell analysis of in situ sequenced human brain tissue using cellular features 2025-Jul-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08518-6 PMID:40696148	研究论文	该研究评估了原位测序（ISS）在分析福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）人脑组织中的适用性，并提出了一种基于细胞形态的转录本分配策略	结合荧光成像数据（18S RNA和IBA1蛋白）指导转录本分配，提高了检测的微胶质细胞数量和转录本分配的特异性	研究主要针对FFPE保存的人脑组织，可能不适用于其他类型的组织或保存方法	优化中枢神经系统（CNS）细胞分割和转录本分配，提高空间转录组学分析的准确性	福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的人脑组织	空间转录组学	NA	原位测序（ISS）、荧光成像	NA	图像、转录组数据	NA
30	2025-07-24	FedscGen: privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03684-6 PMID:40696440	研究论文	介绍了一种名为FedscGen的隐私保护联邦学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正	结合了scGen模型和安全多方计算技术，支持联邦训练和批次效应校正工作流程，包括新研究的整合	NA	解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题，同时保护基因组数据的隐私	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGen, 联邦学习	基因表达数据	在Human Pancreas数据集上进行了基准测试
31	2025-07-24	Cerulenin partially corrects the disrupted developmental transcriptomic signature in Huntington's disease striatal medium spiny neurons 2025-Jul-21, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf029 PMID:40336225	研究论文	该研究探讨了亨廷顿病(HD)中突变HTT蛋白对纹状体中等棘神经元(MSNs)发育的影响，并发现Cerulenin部分恢复了HD MSNs的DARPP-32水平和电活动	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了HD MSNs发育轨迹的转录组特征，并发现Cerulenin能部分纠正这些异常	研究仅使用了体外诱导的多能干细胞模型，未在动物模型或人体中进行验证	探究突变HTT蛋白对MSNs发育的影响并寻找潜在治疗药物	亨廷顿病患者的诱导多能干细胞分化的MSNs	神经退行性疾病研究	亨廷顿病	单细胞RNA测序	iPSC分化模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用HD iPSCs和同基因对照
32	2025-07-24	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2025-Jul-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086 PMID:40543500	研究论文	开发了一个名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座子元件位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中转座子表达的图谱	首次在单细胞水平上量化位点特异性转座子元件表达，并揭示其在细胞类型和亚群定义中的作用	由于转座子元件的重复序列内容和注释不完善，分析存在挑战	研究转座子元件在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
33	2025-07-24	Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR 2025-Jul-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088 PMID:40633544	研究论文	本文介绍了一种名为ThresholdR的自动化工具，用于去噪CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	开发了ThresholdR这一新型工具，能够可靠且系统地找到区分信号与噪声的阈值，解决了现有方法DSB和CellBender高假阴性率的问题	未提及该方法在不同实验条件下的普适性或计算效率方面的局限性	提高CITE-seq数据中ADT信号的质量，改善细胞类型注释和下游分析	CITE-seq数据中的抗体衍生标签(ADT)信号	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	ThresholdR（基于R的算法）	单细胞测序数据	多个数据集和平台（具体数量未说明）
34	2025-07-24	Biomimetic phosphorus dendrimer multi-epitope nanovaccine enhances humoral and cellular immune response against African swine fever virus 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03593-7 PMID:40685337	研究论文	本研究开发了一种针对非洲猪瘟病毒(ASFV)的树突状细胞靶向仿生纳米疫苗，通过增强体液和细胞免疫反应来对抗ASFV	首次开发了一种结合纳米抗体、多表位抗原和仿生膜技术的ASFV纳米疫苗，显著提高了免疫反应	研究仅在老鼠模型中进行，尚未进行猪类动物实验或临床试验	开发一种有效的ASFV疫苗	非洲猪瘟病毒(ASFV)	疫苗开发	非洲猪瘟	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 仿生纳米技术	NA	免疫学数据, 基因表达数据	老鼠模型
35	2025-07-24	An adeno-associated virus gene therapy strategy for anti-obesity treatment by nanocarrier-based delivery systems 2025-Jul-21, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03595-5 PMID:40685368	研究论文	本文探讨了通过纳米载体递送系统使用腺相关病毒基因疗法治疗肥胖的策略	设计了能够长期粘附于肠道上皮的交联纳米颗粒，其中吸附了AAV，增强了体内稳定性和保留性，为持续高效的基因递送提供了平台	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果和安全性	探索通过增强结肠内分泌细胞中Scg2表达来治疗代谢紊乱的潜在治疗方法	无菌小鼠和常规饲养小鼠，以及高脂饮食或ob/ob基因型小鼠	基因治疗	肥胖症	腺相关病毒(AAV)基因递送，单细胞转录组分析，多组学分析	NA	基因表达数据，代谢激素水平数据	无菌小鼠和常规饲养小鼠，高脂饮食或ob/ob基因型小鼠
36	2025-07-24	Differential expression pattern of CC chemokine receptor 7 guides precision treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Jul-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02308-6 PMID:40685403	研究论文	本研究通过分析CC趋化因子受体7（CCR7）在肝细胞癌（HCC）中的差异表达模式，探索了其对精准治疗的指导作用	揭示了肿瘤细胞和基质细胞来源的CCR7表达的相反效应，并发现VEGF-C通过激活淋巴管生成和CCL21/CCR7轴促进三级淋巴结构形成，从而增强抗PD-1免疫治疗效果	研究主要基于临床前实验，需要进一步临床试验验证	探索HCC精准治疗的新策略	肝细胞癌（HCC）	肿瘤微环境研究	肝细胞癌	组织微阵列（TMA）、空间转录组学、单细胞测序、CRISPR-Cas9基因敲除	NA	基因表达数据、临床数据	未明确说明样本数量
37	2025-07-24	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡（small EVs）在乳腺癌原发和远处微环境中的关键作用及其临床应用潜力	强调了小EVs在免疫调节、基质重塑和转移灶形成中的作用，并探讨了其在液体活检中的诊断潜力及工程化治疗应用	讨论了小EVs的异质性和追踪限制等主要挑战，以及临床转化中的关键问题	探讨小EVs在乳腺癌微环境中的功能及其在精准肿瘤学中的转化潜力	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	肿瘤微环境研究	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA等分子数据	NA
38	2025-07-24	Immune signaling mediates stromal changes to support epithelial reprogramming in celiac duodenum 2025-Jul-21, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116039 PMID:40694474	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了乳糜泻患者十二指肠组织的细胞变化，揭示了免疫信号介导的间质变化如何支持上皮重编程	构建了迄今为止最全面的乳糜泻单细胞RNA测序数据集，揭示了T-髓系-间质-上皮细胞通讯在乳糜泻中的作用	样本量相对有限（21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本）	研究乳糜泻中免疫信号如何介导间质变化以支持上皮重编程	乳糜泻患者和对照组的十二指肠组织	生物医学	乳糜泻	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	203,555个细胞，来自21例活动性乳糜泻和11例对照十二指肠样本
39	2025-07-24	Deciphering the prognostic value and immunotherapeutic strategy of aggrephagy in melanoma: Integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Jul-21, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152371 PMID:40695191	研究论文	本研究探讨了聚集自噬（aggrephagy）在皮肤黑色素瘤（CM）中的作用，并探索其作为预后和治疗靶点生物标志物的潜力	结合单细胞测序技术和机器学习算法，构建了聚集自噬相关特征（ARS），并验证其在预后预测和免疫治疗策略中的价值	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	研究聚集自噬在皮肤黑色素瘤中的预后价值和免疫治疗策略	皮肤黑色素瘤（CM）患者数据和小鼠模型	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序, 机器学习	NA	转录组数据	TCGA数据库数据及3个独立的GEO数据库数据集
40	2025-07-24	Exploring Immunogenetic Mechanisms in Parkinson's Disease Using Single-Cell Transcriptomics and Mendelian Randomization 2025-Jul-21, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010378080250711022253 PMID:40696559	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、表达数量性状位点分析和单细胞RNA测序，探索帕金森病中的免疫遗传机制	首次结合单细胞转录组学和孟德尔随机化方法，揭示了SAT1-PARK7和FGR-ABCA4等新型免疫遗传调控网络在帕金森病中的作用	研究受限于人群异质性和因果关系推断的挑战	阐明帕金森病进展中的免疫遗传机制	帕金森病患者与对照组的免疫细胞组成和基因调控网络	基因组学	帕金森病	单细胞RNA测序、孟德尔随机化、表达数量性状位点分析	NA	基因组数据	未明确说明样本数量（帕金森病患者与对照组）