单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-23	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	研究论文	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
22	2025-06-23	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2025-Jun-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086 PMID:40543500	研究论文	开发了一种名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座因子（TE）位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中TE表达的图谱	首次在单细胞水平上量化了位点特异性TE表达，并揭示了TE表达在细胞类型和亚群中的新作用	TE的重复序列内容和注释不完善可能影响分析的准确性	研究转座因子在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
23	2025-06-23	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础	首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其代谢交换机制	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析
24	2025-06-23	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs），这些结构与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的产生相关	发现了IFN-HEVs与CXCL9分泌的关联，并开发了一个预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的评分系统CTRscore	研究主要聚焦于鼻咽癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤三级淋巴结构的形成机制及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者的三级淋巴结构和干扰素反应性高内皮小静脉	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析	NA	转录组数据、单细胞数据	三个独立的鼻咽癌队列
25	2025-06-23	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Jun-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的潜在治疗和诊断价值	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），其中LDHA抑制剂在小鼠模型中显著降低了死亡率	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，未涉及大规模临床验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	小鼠模型和人类主动脉组织	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA分析、ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和人类主动脉组织样本
26	2025-06-23	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Jun-09, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin（FLCN）基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊性形成	揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用，特别是在Henle环中，为Birt-Hogg-Dubé综合征的发病机制提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究FLCN基因在肾单位发育中的具体作用及其与TFEB激活的关系	小鼠肾脏中的肾单位，特别是Henle环	分子生物学	Birt-Hogg-Dubé综合征	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	基因敲除小鼠及其对照组
27	2025-06-23	Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment 2025-Jun-09, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156960 PMID:40543234	研究论文	本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素（formononetin）在增强骨肉瘤细胞对顺铂化疗敏感性中的作用	首次证明芒柄花素通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡并重塑肿瘤免疫微环境来增强顺铂敏感性	研究仅基于PDX模型，尚未进行临床验证	探索增强骨肉瘤对顺铂化疗敏感性的新策略	骨肉瘤细胞和肿瘤免疫微环境	肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	PDX模型	测序数据	7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
28	2025-06-23	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探究了母体暴露于多氯联苯（PCBs）对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激途径特异性影响雌性后代肝脏的代谢和免疫功能	研究仅针对雌性后代，未评估雄性后代的影响；样本量相对较小	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	出生后28天的雌性小鼠肝脏组织	单细胞转录组学	代谢紊乱	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	出生后28天的雌性小鼠肝脏组织（具体数量未明确说明）
29	2025-06-23	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	研究论文	本文通过整合固定细胞的新数据集与先前发表的活细胞数据，更新并验证了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱	发现了新的免疫细胞群体、神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个特定于匍匐茎的细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹	之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞，包括刺细胞、神经元、腺细胞、上皮细胞和干细胞等	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞，来自摄食息肉和匍匐茎组织
30	2025-06-23	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	研究论文	通过基于成像的空间转录组学分析17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	应用计算聚类方法识别队列中的共享分子模式，揭示了发育过程中组织结构和分子空间关系的协调及疾病中的破坏	研究样本数量有限，仅包括17个婴儿肺部样本	理解肺器官发生的分子机制，特别是在发育和疾病中的细胞转变	人类婴儿肺部在不同发育和损伤阶段的细胞	空间转录组学	新生儿急性肺损伤	成像基空间转录组学	计算聚类方法	基因表达数据	17个人类婴儿肺部样本，约120万个细胞
31	2025-06-23	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，开发了一个基于深度学习的结直肠癌肝转移病理组学模型，用于预测结直肠癌患者的肝转移风险	识别了一种触发肝转移的恶性细胞类型（LMTMCs），并通过多组学细胞通讯分析揭示了成纤维细胞与LMTMCs之间的相互作用机制，开发了无需人工标注的弱监督学习模型	模型在外部验证集中的AUC值存在差异（0.72-0.89），可能需要进一步优化和验证	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者和肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC组织图像内部测试集和两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院）
32	2025-06-23	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	研究论文	研究探讨了BCAT1在糖尿病视网膜病变中如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进炎症	揭示了BCAT1在糖尿病视网膜病变中的新作用机制，包括其对支链氨基酸代谢的重塑和通过表观遗传学调控炎症基因的表达	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本的验证不足	探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用	糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型	代谢组学与表观遗传学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验	NA	测序数据、代谢组数据、免疫荧光图像	糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
33	2025-06-23	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞多组学技术研究瘢痕疙瘩的抗纤维化新策略	发现POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的不同作用，揭示了它们在纤维化过程中的关键角色	样本量较小（3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本）	探索瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，开发新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学分析，流式细胞术	NA	RNA测序数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
34	2025-06-23	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯和基因表达变化适应土壤压力	研究仅针对水稻，其他植物物种的适应性机制可能不同	探究根部组织在单细胞尺度上适应不同土壤条件的分子机制	水稻根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	不同生长条件(凝胶与土壤)下的水稻根部细胞
35	2025-06-23	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	本文通过多代单细胞追踪技术，研究了DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性	结合内源性标记蛋白和定制计算工具，首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪	研究仅限于最多四代细胞的追踪，可能无法完全反映长期细胞演化过程	解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	异步生长的细胞系	单细胞生物学	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞追踪数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
36	2025-06-23	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	本文通过大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，揭示了NKG7作为细胞毒性稳定标记物的重要性	发现NKG7作为细胞毒性的强标记物，其表达与整体细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），并且在可靠性和一致性上超越了传统的标记物如颗粒酶B和穿孔素	尽管NKG7显示出作为细胞毒性标记物的潜力，但其具体的功能机制仍需进一步研究	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能，并比较其与传统标记物的性能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱
37	2025-06-23	Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656393 PMID:40502193	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者肝脏代谢的广泛变化，并探讨了饮食脂肪对基因表达、胆汁酸和肝脏病理的影响	首次在唐氏综合征患者和小鼠模型中发现了胆汁酸代谢紊乱及肝脏功能障碍的蛋白质特征，并通过单细胞转录组学进一步解析了相关细胞类型	研究样本量相对有限（400多人），且主要基于血浆分析，可能无法完全反映组织水平的代谢变化	探究唐氏综合征患者的肝脏代谢变化及其潜在机制	唐氏综合征患者和小鼠模型	代谢组学	唐氏综合征	多组学分析、RNA测序、单细胞转录组学	Dp16小鼠模型	血浆代谢组数据、RNA测序数据	400多人的血浆样本及小鼠模型
38	2025-06-23	White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656577 PMID:40501707	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了白色和棕色脂肪前体细胞，揭示了它们共有的纤维脂肪祖细胞群	首次在棕色脂肪组织中发现了纤维脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了祖细胞群的已知范围	研究仅限于体外培养的脂肪前体细胞，未涉及体内环境	研究脂肪组织异质性及其在生理和病理过程中的功能	白色和棕色脂肪前体细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	培养的原代白色和棕色脂肪前体细胞
39	2025-06-23	MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656468 PMID:40502104	研究论文	介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析	结合了高通量基因破坏和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物胚胎中大规模基因功能图谱的绘制	技术主要应用于斑马鱼胚胎，可能在其他模型生物中的适用性有待验证	开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育过程中以细胞分辨率绘制基因功能	斑马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq), CRISPR	NA	单细胞基因表达数据	1000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子
40	2025-06-23	Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655632 PMID:40501660	research paper	该研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了人类巨噬细胞在不同组织中的特征	揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，并与小鼠巨噬细胞进行了同源性比较	研究仅涵盖特定器官（如肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结），可能无法代表所有组织类型	探索人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化	人类巨噬细胞和单核细胞	免疫学	NA	多模态单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	来自个体器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本