单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-21	Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation 2025-Sep-19, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011879 PMID:40971959	研究论文	研究斑马鱼视神经损伤后视网膜神经节细胞的去分化现象及其分子机制	首次利用单细胞RNA测序揭示斑马鱼所有RGC亚型在损伤后均表现出韧性，并发生系统性去分化反应	研究基于斑马鱼模型，其发现向哺乳动物转化的适用性尚需进一步验证	探索视神经损伤后视网膜神经节细胞的保护与再生机制	斑马鱼视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	视神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
22	2025-09-21	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep-19, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	提出一种名为MouSSE的新方法，用于从小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测细胞因子活性	开发了首个专门针对小鼠数据的细胞因子活性估算方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	提高小鼠单细胞水平细胞因子活性表征的准确性	小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症	scRNA-seq, ST, 基因集评分方法	Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	使用Immune Dictionary实验数据和外部scRNA-seq/ST数据集进行验证
23	2025-09-21	Cancer-associated fibroblasts drive lung adenocarcinoma progression via THBS2-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Sep-19, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03569-9 PMID:40973793	研究论文	本研究揭示癌症相关成纤维细胞通过THBS2介导的上皮-间质转化驱动肺腺癌进展	首次发现高表达THBS2的基质CAF亚型，并阐明THBS2-SDC4-EMT信号轴在肿瘤-基质相互作用中的关键作用	NA	解析肺腺癌进展过程中肿瘤-基质相互作用的动态机制	肺腺癌患者组织样本及体内外模型	肿瘤微环境研究	肺腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间定位数据	包含原位腺癌、微浸润腺癌和浸润性腺癌的多阶段临床样本
24	2025-09-21	The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression 2025-Sep-19, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf032 PMID:40973873	研究论文	通过多组学技术研究肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）在上尿路尿路上皮癌（UTUC）进展中的调控作用	首次构建UTUC的全面微环境图谱，发现CAFs通过FN1和COL1A1与高恶性上皮细胞互作，并鉴定出与膀胱尿路上皮癌（BUC）共享的预后标志物	NA	探究CAFs在UTUC进展中的调控机制及与BUC的共性	上尿路尿路上皮癌（UTUC）和膀胱尿路上皮癌（BUC）的肿瘤微环境	肿瘤微环境研究	尿路上皮癌	scRNA-seq, snRNA-seq, Stereo-seq, 免疫荧光芯片	风险模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫荧光数据	多队列样本（具体数量未明确说明）
25	2025-09-21	Bone marrow B lymphopoiesis accelerates early cerebral amyloid pathology 2025-Sep-18, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02419-0 PMID:40962797	研究论文	本研究揭示骨髓B淋巴细胞生成通过IL-6信号通路加速早期脑淀粉样蛋白病理	首次发现Aβ在AD患者颅骨骨髓中优先积累，并证明骨髓来源的年龄相关B细胞通过增强小胶质细胞反应性加剧AD神经病理	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究骨髓造血系统改变对阿尔茨海默病神经炎症和脑Aβ病理的影响	AD患者骨髓样本、5×FAD和APP/PS1转基因小鼠模型	神经免疫学	阿尔茨海默病	流式细胞术、细胞追踪分析、单细胞测序、颅内注射	转基因小鼠模型（5×FAD和APP/PS1）	细胞学数据、分子生物学数据、行为学数据	两种AD小鼠模型及IL-6敲除小鼠，具体样本量未明确说明
26	2025-09-21	Differentiation latency and dormancy signatures define fetal liver hematopoietic stem cells at single-cell resolution 2025-Sep-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116289 PMID:40971295	研究论文	本研究通过单细胞技术揭示了胎儿肝脏造血干细胞（FL-HSCs）的自我更新机制，识别出分化延迟和生物合成休眠等关键特征	开发了模拟胎儿肝脏内皮生态位的培养平台，结合多模态单细胞分析首次定义了具有连续移植能力的FL-HSCs的独特属性	NA	探索胎儿肝脏造血干细胞自我更新的内在和外在调控机制	胎儿肝脏造血干细胞（FL-HSCs）	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像、移植实验	NA	单细胞转录组数据、成像数据、功能实验数据	NA
27	2025-09-21	Neural basis for parental behavioral transitions in mice 2025-Sep-18, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103113 PMID:40972155	综述	本文综述了小鼠亲代行为转换的神经基础，重点探讨激素与特定脑区细胞类型的相互作用机制	整合单细胞转录组学和细胞类型特异性遗传操作技术，揭示激素驱动大脑关键区域可塑性的新机制	主要基于小鼠模型研究，人类相关性尚需进一步验证；性二态性机制的讨论较为初步	阐明哺乳动物亲代行为转换的神经内分泌机制	小鼠的亲代护理行为及其神经基础	神经科学	NA	单细胞转录组学、细胞类型特异性遗传操作	NA	神经生物学数据	NA
28	2025-09-21	SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain 2025-Sep-18, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf208 PMID:40973181	研究论文	本研究揭示了脑肿瘤中缺氧适应性肿瘤细胞通过乳酸极化SPP1+巨噬细胞促进肿瘤进展的机制	发现SPP1+巨噬细胞通过乳酸介导的组蛋白乳酸化被极化，并直接激活MAPK信号通路促进肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究脑肿瘤微环境中缺氧适应性肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制	脑肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组、CRISPR/Cas9基因编辑、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据、实验数据	转基因小鼠模型和实验细胞模型
29	2025-09-21	Conformal Inference for Reliable Single Cell RNA-seq Annotation 2025-Sep-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf521 PMID:40973204	研究论文	本文提出一种基于共形预测框架的方法，用于提供可靠的单细胞RNA测序注释	利用共形推理解决单细胞RNA测序注释中的两个关键挑战：检测查询数据中的分布外细胞类型，以及通过良好校准的预测集进行可靠的细胞注释不确定性量化	NA	为单细胞RNA测序注释提供具有统计保证的可靠标注方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	共形预测框架	基因表达数据	十个批次实验，来源于多种组织
30	2025-09-21	RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics 2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005 PMID:40973591	综述	本文回顾了RNA Velocity及其衍生技术在单细胞转录动力学建模中的进展与应用	系统梳理了从基础模型到第二代计算工具（如scVelo、dynamo、CellRank）的演进，并探讨了与空间多组学数据整合及深度学习方法的前沿结合	讨论了当前RNA Velocity分析存在的挑战与局限性	总结单细胞转录动力学建模技术发展，推动对时间性生物过程的动态理解	单细胞RNA测序数据，重点关注免疫细胞分化与状态转换	计算生物学	过敏与免疫性疾病（如哮喘、特应性皮炎、慢性炎症）	scRNA-seq, RNA Velocity, 深度学习	NA	单细胞转录组数据，空间多模态数据	NA
31	2025-05-02	Spatial transcriptomics: Advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Sep-17, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
32	2025-09-21	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中学习组织架构基序并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构基序，并开发基序富集策略提高空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来关联细胞状态与微环境，并比较不同样本和条件下的空间转录组关系	多样本空间转录组数据集和组织架构基序	计算生物学	NA	空间转录组技术	CNN（卷积神经网络）	空间基因表达数据	NA
33	2025-09-21	Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma 2025-Sep-17, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02937-9 PMID:40960500	研究论文	本研究利用空间转录组学分析复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗的无应答机制	首次在匹配的原发性和复发性GBM样本中应用空间转录组技术（GeoMx）分析肿瘤细胞和TAMs对PD-1阻断的分子响应	样本量较小（n=26），仅基于转录组层面分析未能检测到响应，可能忽略其他生物学层面的变化	探究PD-1阻断疗法在复发性胶质母细胞瘤中无效的分子机制	26例IDH野生型胶质母细胞瘤患者的匹配原发和复发肿瘤样本（其中16例接受nivolumab新辅助治疗）	数字病理学	胶质母细胞瘤	Digital Spatial Profiling (GeoMx), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	26例患者（16例治疗组+10例对照组）的FFPE肿瘤样本
34	2025-09-21	Predicting the structural impact of human alternative splicing 2025-Sep-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03744-x PMID:40963109	研究论文	利用AlphaFold2预测超过11,000种人类剪接异构体结构，研究可变剪接对蛋白质结构的影响	首次大规模预测人类剪接异构体结构，并系统分析剪接导致的多种结构特性变化	NA	探究可变剪接对蛋白质结构的影响	人类蛋白质剪接异构体	计算生物学	NA	AlphaFold2, 单细胞RNA-seq	神经网络	蛋白质序列数据, 单细胞转录组数据	超过11,000种人类剪接异构体
35	2025-09-21	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101368 PMID:40812311	研究论文	提出一种机器学习框架，利用等位基因包含数据识别抗体序列中的异常约束	首次利用等位基因包含事件作为数据源训练模型预测抗体序列的异常性	NA	识别违反表达和靶外反应性约束的抗体序列	人类和小鼠的抗体轻链和重链序列	机器学习	NA	单细胞测序，机器学习	机器学习模型	序列数据	NA
36	2025-09-21	LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease 2025-Sep-17, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf042 PMID:40972652	研究论文	研究LIGHT与IL-13或IL-17协同作用对人肺成纤维细胞炎症转录特征的影响及其在肺部疾病中的意义	首次揭示LIGHT与IL-13或IL-17组合可协同诱导人肺成纤维细胞产生独特的炎症转录特征，并与间质性肺病患者单细胞数据中的成纤维细胞亚群特征相匹配	研究基于体外细胞实验，需进一步体内验证；样本来源及数量未明确说明	探究LIGHT与IL-13/IL-17对肺成纤维细胞炎症转录的调控机制及其在肺部疾病中的作用	人肺成纤维细胞	免疫学与分子生物学	肺部疾病（哮喘与间质性肺病）	RNA-seq（批量与单细胞转录组测序）	NA	转录组数据	NA（未明确样本数量，但涉及患者来源的单细胞数据）
37	2025-09-21	A 30-gene classifier distinguishes low-risk MDS HSPCs from healthy HSPCs 2025-Sep-17, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.105252 PMID:40972808	研究论文	利用单细胞转录组学开发了一个30基因分类器，用于区分低风险MDS与健康造血干细胞祖细胞	首次通过单细胞转录组分析鉴定出30个基因特征，能够区分低风险MDS HSPCs与健康对照，并发现囊泡运输通路异常这一新分子特征	研究局限于低风险MDS患者，未涵盖所有MDS亚型；样本量未在摘要中明确说明	探索低风险骨髓增生异常综合征的病理生理学机制并寻找潜在治疗靶点	低风险MDS患者的造血干细胞祖细胞(HSPCs)	数字病理学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组学	网络分析和分类模型	单细胞RNA测序数据	NA
38	2025-09-21	Epithelial cell-derived lumican modulates extracellular matrix dynamics in early-life airways disease 2025-Sep-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.030 PMID:40972979	研究论文	本研究探讨了上皮细胞来源的lumican在早期气道疾病中调控细胞外基质动态的作用	揭示了lumican作为胶原组织关键重塑因子的先前未表征角色，及其在气道重塑中的直接功能影响	潜在限制包括样本年龄范围较广（1-16岁）以及动物模型与人类疾病的完全可比性	研究学龄前喘息和学龄期哮喘中气道ECM景观改变的机制	儿童患者（PSW和SA）以及HDM暴露的新生小鼠肺部	呼吸病学	哮喘和气道疾病	空间转录组学、共聚焦显微镜、二次谐波产生显微镜	NA	基因表达数据、显微成像数据	儿童患者（1-16岁）和HDM暴露的新生小鼠
39	2025-09-21	Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC 2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf031 PMID:40974077	研究论文	开发多模态CNN-Transformer模型，用于预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的应答	首次结合临床与影像数据构建多模态深度学习模型，并采用自动肝脏肿瘤分割系统减少人工干预偏差	样本量有限（训练队列n=181，验证队列n=30），需进一步扩大验证	预测肝细胞癌患者对靶向联合免疫治疗的应答，优化个性化治疗策略	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞测序，磁共振成像	CNN-Transformer，3D U-Net	影像，临床数据	训练队列181例，独立验证队列30例
40	2025-09-21	Harnessing scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify CD39+T cell genes for rheumatoid arthritis diagnosis and therapy 2025-Sep-17, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf130 PMID:40974094	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术识别CD39+T细胞相关基因，探索类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据聚焦CD39+T细胞，发现PELI1等关键基因并构建lncRNA-miRNA调控网络	NA	识别类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	CD39+T细胞及相关基因	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	NA	RNA测序数据	RA患者和正常样本的RNA-seq数据