单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-09	scTail: precise polyadenylation site detection and its alternative usage analysis from reads 1 preserved 3' scRNA-seq data 2025-Aug-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03710-7 PMID:40775355	research paper	介绍了一种名为scTail的计算方法，用于从3' scRNA-seq数据的第一链读取中精确检测多聚腺苷酸化位点（PAS）并分析其替代使用	scTail方法能够利用常被忽略或修剪的第一链读取来精确检测PAS，并通过第二链读取量化其表达，从而检测替代PAS使用	NA	开发一种计算方法来精确检测和分析多聚腺苷酸化位点及其替代使用	3' scRNA-seq数据的第一链和第二链读取	生物信息学	癌症	3' scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
22	2025-08-09	A comparative study of manifold learning methods for scRNA-seq with a trajectory-aware metric 2025-Aug-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14301-8 PMID:40775450	研究论文	比较四种降维方法在scRNA-seq数据上的表现，并引入新的评估指标TAES	引入了新的评估指标Trajectory-Aware Embedding Score (TAES)，综合考虑聚类准确性和发育轨迹的保留	仅使用了三个基准数据集，可能无法涵盖所有scRNA-seq数据的多样性	比较不同降维方法在scRNA-seq数据分析中的效果	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, Diffusion Maps	基因表达数据	三个基准数据集（PBMC3k, Pancreas, BAT）
23	2025-08-09	Integrated bulk and single cell sequencing with experimental validation identifies type 2 diabetes biomarkers 2025-Aug-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14915-y PMID:40775456	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据并结合实验验证，识别出2型糖尿病的生物标志物SLC2A2，并分析了T2D患者胰岛中的免疫细胞浸润情况	结合LASSO和SVM-RFE算法筛选出SLC2A2作为T2D的候选生物标志物，并通过单细胞RNA测序和体内实验验证了其在T2D中的表达变化	研究仅基于GSE76895数据集，样本来源和数量可能有限，需要更多独立数据集验证	识别2型糖尿病的生物标志物并分析免疫细胞在T2D患者胰岛中的浸润情况	2型糖尿病患者和非糖尿病个体的胰岛样本	生物信息学	2型糖尿病	RNA-seq, scRNA-seq, LASSO, SVM-RFE, CIBERSORT算法	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE76895数据集中的T2D和非糖尿病个体胰岛样本（具体数量未明确说明）
24	2025-08-09	Multi-omics dissection of CPNE1 reveals its prognostic value and immune-regulatory function in liver cancer 2025-Aug-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03366-6 PMID:40775545	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CPNE1在肝癌中的预后价值和免疫调节功能	首次提出SNHG6/hsa-miR-101-3p/CPNE1调控轴，并发现CPNE1通过MIF和PPIA-BSG信号通路影响肝癌免疫微环境	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	阐明CPNE1在肝癌中的作用及其与免疫微环境的关系	肝癌组织和免疫细胞	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、生物信息学分析	NA	基因表达数据、测序数据	TCGA数据库中的肝癌样本和GEO数据库中的单细胞测序数据
25	2025-08-09	Integrative multiomics analysis reveals the subtypes and key mechanisms of platinum resistance in gastric cancer: identification of KLF9 as a promising therapeutic target 2025-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06725-7 PMID:40775648	研究论文	通过整合多组学分析揭示了胃癌铂类耐药性的亚型和关键机制，并鉴定KLF9作为潜在治疗靶点	首次利用SNF算法结合多组学数据对胃癌铂类耐药性进行分子分型，并鉴定KLF9作为关键调控因子	研究样本量有限，且需要更多实验验证KLF9的临床转化潜力	阐明胃癌铂类耐药机制并寻找治疗靶点	胃癌患者样本和AGS细胞系	肿瘤基因组学	胃癌	多组学整合分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习	SNF算法、机器学习预测模型	基因表达数据、甲基化数据、体细胞突变数据、单细胞数据、空间转录组数据	STAD患者队列（具体数量未明确）及AGS细胞系
26	2025-08-09	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-Aug-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究通过多组学技术探讨了结直肠癌肝转移(CRLM)中关键微观区域的作用，特别是癌症相关成纤维细胞(CAFs)在促进肿瘤进展中的角色	发现了富含SPP1成纤维细胞的空间区域具有代谢重编程能力和免疫抑制特性，可能通过与肿瘤细胞的相互作用促进转移性生长	样本量相对较小(仅2例未治疗患者的12个新鲜手术样本)，可能限制结果的普遍性	为CRLM的诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学(ST)、空间代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞数据	12个新鲜手术样本(来自2例患者) + 92个冷冻组织样本(来自40例患者)
27	2025-08-09	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Aug-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了亨廷顿病小鼠脑部区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能不完全反映人类亨廷顿病的所有特征	理解亨廷顿病的分子机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部在出生后第0天(P0)、4周和12周的时间点
28	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals the sphingolipid metabolism pathway plays an important role in leaf senescence in tobacco 2025-Aug-06, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07051-2 PMID:40764913	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示了烟草叶片衰老过程中鞘脂代谢途径的重要作用	首次在衰老烟草叶片中分析单细胞转录组，发现鞘脂代谢途径基因在衰老样本中显著上调	烟草叶片衰老的细胞过程及其调控机制仍不完全清楚	阐明烟草叶片衰老过程的分子机制	烟草叶片组织在成熟和衰老阶段的细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,100个高质量细胞，分为15个簇和10种细胞类型
29	2025-08-09	Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features 2025-Aug-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.101918 PMID:40767624	研究论文	通过深度全长单细胞RNA测序技术，识别和描述了人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态，以及与视网膜母细胞瘤相关的视锥细胞特异性特征	揭示了之前未解决的视锥细胞前体状态，并提出了早期视锥前体内在表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的实验验证	理解人类视锥细胞和视杆细胞发育的差异及其与视网膜母细胞瘤的关系	人类视锥细胞和视杆细胞的发育状态	生物医学	视网膜母细胞瘤	全长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
30	2025-08-09	Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus 2025-Aug-06, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123599 PMID:40774033	研究论文	本研究开发了一种针对门静脉癌栓(PVTT)的纳米载体，用于共同递送小干扰RNA(siRNA)和多激酶抑制剂，以增强PVTT的治疗效果	利用新型脂质包被的聚乳酸-羟基乙酸共聚物纳米颗粒系统下调CAFs中的CXCL12表达，重塑肿瘤微环境，显著抑制肿瘤细胞迁移、侵袭和对索拉非尼的耐药性	研究仅在PVTT的异种移植小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	克服肝细胞癌(HCC)伴门静脉癌栓(PVTT)患者对索拉非尼的耐药性	肝细胞癌伴门静脉癌栓	纳米医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, RNA测序	NA	基因表达数据	PVTT异种移植小鼠模型
31	2025-08-09	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Aug-06, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	review	本文讨论了比较转录组学领域的三个主要发展方向，包括测序技术的进步、更广泛的系统发育覆盖以及新的建模框架的开发	探讨了单细胞和空间转录组学如何推动研究范式向细胞类型中心转变，以及机器学习方法在进化生物学和生物医学应用中的新进展	未具体提及研究的局限性	理解分子进化如何驱动生命树中的表型分化	比较转录组学研究	进化生物学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
32	2025-08-09	β-Sitosterol improves murine ulcerative colitis by inhibiting the expression of ribosomal proteins and the attempted polarization of type 1 macrophages 2025-Aug-05, International journal of colorectal disease IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s00384-025-04974-y PMID:40762728	研究论文	本研究探讨了β-谷甾醇通过抑制核糖体蛋白表达和MΦ1巨噬细胞极化来改善小鼠溃疡性结肠炎的机制	首次揭示β-谷甾醇通过调控核糖体信号通路关键基因的转录活性和表达来抑制MΦ1巨噬细胞极化和炎症活性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探究β-谷甾醇对溃疡性结肠炎的治疗作用及其分子机制	溃疡性结肠炎小鼠模型和RAW264.7来源的MΦ1巨噬细胞	免疫学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, KEGG分析, FCM, ELISA, Western blotting, qRT-PCR	小鼠溃疡性结肠炎模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量
33	2025-08-09	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	research paper	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	NA	开发一个能够整合空间转录组学和组织学图像分析的平台	空间转录组学数据和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer	spatial transcriptomics (ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq, Visium HD)	anti-shrinking Markov diffusion method	image, gene expression data	模拟数据和多个空间平台数据（ISH, MERFISH, Xenium, Stereo-seq）
34	2025-08-09	Clock pathway inhibitor overcomes tumor immune-exclusion via regulation of fibrocyte differentiation 2025-Aug-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01066-6 PMID:40764393	研究论文	该研究探讨了时钟通路抑制剂通过调节纤维细胞分化来克服肿瘤免疫排斥的机制	首次揭示了时钟基因在纤维细胞分化中的作用，并证明时钟通路抑制剂KL001能够抑制纤维细胞向αSMA CAFs的分化，从而增强免疫细胞浸润和免疫检查点抑制剂的疗效	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证	克服肿瘤免疫排斥，提高免疫检查点抑制剂的治疗效果	肺腺癌组织中的纤维细胞和αSMA CAFs	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
35	2025-08-09	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达及预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能变化及其预后价值	研究依赖于单细胞测序和流式细胞术数据，样本量可能有限，且未涉及其他潜在影响因素	研究T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌中的作用及其预后意义	结直肠癌患者的T细胞亚型（Tex和pf-Trm）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、流式细胞术数据、TCGA数据	结直肠癌患者队列（具体数量未明确）
36	2025-08-09	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究卵巢透明细胞癌(OCCC)中恶性上皮细胞的特性及其分子特征	首次在单细胞分辨率下建立OCCC相关的转录图谱，并识别出与OCCC相关的173个候选因子及6个关键转录因子	研究样本可能不足以代表所有OCCC亚型的多样性	探索OCCC中恶性上皮细胞的识别、起源及分子特征	正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性OCCC及复发性OCCC组织中的上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量，涉及正常卵巢、卵巢子宫内膜异位症、原发性及复发性OCCC组织
37	2025-08-09	The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi 2025-Aug-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.010 PMID:40774251	研究论文	该研究通过多中心、多组学数据分析，识别了肾细胞癌伴瘤栓（RCC-TT）的两种临床相关亚型，并揭示了细胞外基质重塑在预后不良亚型中的作用	发现了由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑在预后不良亚型中的关键作用，并验证了LOX抑制在破坏肿瘤免疫屏障和增强免疫治疗敏感性中的潜力	研究样本量相对有限（164例患者），且需要进一步验证LOX抑制在临床治疗中的实际效果	探索肾细胞癌伴瘤栓的分子亚型及其治疗靶点	164例肾细胞癌伴瘤栓患者的多中心、多组学数据	数字病理学	肾细胞癌	多组学测序、空间转录组学（ST）、多重免疫荧光染色	NA	多组学数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	164例RCC-TT患者
38	2025-08-09	RNA m6A Methylation Regulates CDH6 to Promote Epithelial-to-Mesenchymal Transition in Cholangiocytes of Biliary Atresia 2025-Aug-05, Journal of pediatric surgery IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.jpedsurg.2025.162492 PMID:40774478	research paper	本研究探讨了m6A甲基化通过调控CDH6表达促进胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化的机制	首次揭示了m6A甲基化通过YTHDF2介导的CDH6转录本稳定性调控在胆道闭锁胆管细胞EMT进程中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物模型验证	探索m6A修饰在胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化中的作用机制	胆道闭锁患者的胆管细胞	分子生物学	胆道闭锁	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA免疫沉淀, RNA-seq	NA	RNA测序数据, 免疫荧光图像	公开单细胞数据集HRA003163及体外培养胆管细胞
39	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) reveals dynamic gene expression trajectories regulating vascular cell senescence in Hylocereus undatus 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149718 PMID:40774524	研究论文	利用单细胞转录组测序技术研究火龙果果皮血管细胞衰老过程中的基因表达动态变化	首次在火龙果果皮中构建了血管细胞的单细胞图谱，并鉴定了两个衰老调控关键基因HuCEP和HuSCPL48	研究仅针对火龙果(Hylocereus undatus)这一特定物种，结果可能不具普适性	探究采后果实血管细胞衰老的分子机制	火龙果(Hylocereus undatus)果皮组织	植物分子生物学	NA	scRNA-seq(单细胞转录组测序)	SCODE(基因调控网络构建算法)	单细胞基因表达数据	13个果皮细胞簇(其中血管细胞主要位于簇10)
40	2025-08-09	Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors 2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039 PMID:40192595	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了遗传性弥漫性胃癌（DGC）中早期印戒细胞（SRC）病变与晚期DGC的分子表型差异	揭示了SRC病变中CDH1基因表达降低及细胞外基质重塑增加的特征，并发现SRC病变缺乏胃癌已知驱动基因的突变	样本量较小（20例），可能影响结果的普遍性	阐明早期SRC病变与晚期DGC的分子差异	人类全胃切除标本中的SRC病变与晚期DGC组织	癌症基因组学	胃癌	空间转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20例人类全胃切除标本