单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-08	Multi-omics profiles reveal immune microenvironment alterations associated with PD-L1 checkpoint in acute pancreatitis in the early phase 2025-03-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151451 PMID:39922059	研究论文	通过多组学分析揭示急性胰腺炎早期阶段PD-L1检查点相关的免疫微环境变化	整合单细胞RNA测序、数字空间分析和CyTOF技术，首次在急性胰腺炎早期阶段揭示了PD-1/PD-L1通路在免疫调节中的关键作用	研究主要聚焦于疾病早期阶段，未涉及疾病进展或慢性阶段的免疫变化	探究急性胰腺炎早期阶段免疫调节的分子机制	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本	多组学分析	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、数字空间分析、CyTOF、bulk-RNA测序	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	CER-AP小鼠模型和AP患者血液样本
22	2025-05-08	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞去分化的异质性和动态变化	首次发现Prom1+癌细胞在发育轨迹中的三种表型，并鉴定出E2F1作为Prom1谱系去分化的主要转录因子	样本量较小，且仅针对Müllerian腺肉瘤进行研究	探究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的异质性和去分化机制	Müllerian腺肉瘤（MASO）及其配对正常组织	数字病理学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫组化	NA	RNA测序数据，免疫组化数据	MASO及配对正常组织样本
23	2025-05-08	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	research paper	该研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，能够捕捉新辅助治疗期间肿瘤内部的动态异质性	模型需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证	准确预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解(pCR)并探索其生物学基础	2279名乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	MRI, 放射组学, 转录组学, 单细胞RNA测序	multi-modality model	MRI图像, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	2279名患者(来自12个中心)
24	2025-05-08	Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748 PMID:39921941	研究论文	通过先进的单细胞转录组学分析，识别囊性纤维化中的新型治疗靶点	发现了以前未与囊性纤维化气道疾病相关的新基因和调控网络，为开发更有效的干预措施提供了新的潜在治疗靶点	NA	深入了解囊性纤维化相关基因表达，以改善囊性纤维化患者的预后和生活质量	囊性纤维化患者和健康对照者的单细胞转录组数据	数字病理学	囊性纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25	2025-05-08	Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study 2025-Mar, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104446 PMID:39923360	research paper	本研究通过生物信息学方法探讨内质网应激(ERS)和未折叠蛋白反应(UPR)在复发性流产(RPL)中的作用	首次发现ERS和UPR过程与RPL发生相关，并确定了6个关键基因在RPL诊断中的潜在价值	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索ERS和UPR过程作为RPL预防、诊断和治疗靶点的可能性	复发性流产患者样本数据	生物信息学	复发性流产	差异表达基因分析、机器学习、scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	两个RPL数据集(GSE165004和GSE26787)
26	2025-05-08	Single-cell transcriptomics reveals the alteration of immune cell profile in peripheral blood of Henoch-Schonlein purpura 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110443 PMID:39924084	research paper	该研究通过单细胞转录组学和多参数流式细胞术，揭示了过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化	首次全面评估了HSP患者外周血单个核细胞的免疫细胞类型和状态，揭示了不同HSP亚型中免疫细胞的动态变化	研究样本量未明确说明，且仅关注外周血免疫细胞，未涉及组织特异性免疫反应	探究过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化及其与疾病亚型的关系	健康供体和HSP患者的外周血单个核细胞	免疫学	过敏性紫癜	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多参数流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞术数据	健康供体和HSP患者（具体数量未说明）
27	2025-05-08	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-Mar, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了黑色素瘤原发肿瘤和肺转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特转录特征及其与中性粒细胞的相互作用	首次在黑色素瘤转移中识别出CAFs的独特亚群，并揭示了其通过SAA3和IL1b相关信号通路与中性粒细胞的肿瘤依赖性串扰	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大样本量	探究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	小鼠黑色素瘤原发肿瘤及肺转移组织中的CAFs和正常成纤维细胞，以及人类黑色素瘤转移样本	肿瘤微环境研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据、RNA和蛋白质水平空间表征数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
28	2025-05-08	Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis 2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024 PMID:39925133	research paper	研究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用	揭示了TGF-β通过YAP/TAZ调控FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制，并提出了YAP/TAZ作为肌肉纤维化治疗靶点的潜力	对FAPs分化为肌成纤维细胞的核调控因子理解尚处于初级阶段	阐明TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的调控机制	骨骼肌中的纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)及其向肌成纤维细胞的分化过程	分子生物学	肌肉萎缩症	空间转录组学分析	小鼠纤维化模型	基因表达数据	小鼠模型和原代培养的FAPs
29	2025-05-08	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	研究探讨了应激诱导的结肠运动加速中肠胶质细胞CRF-R1/Cx43的作用	首次揭示了肠胶质细胞中CRF-R1的表达及其通过Cx43激活在应激诱导结肠运动反应中的作用	研究仅使用雄性C57BL/6小鼠，未考虑性别差异或其他动物模型	阐明应激诱导结肠运动加速的分子机制	肠胶质细胞(EGCs)及其CRF-R1/Cx43信号通路	胃肠病学	应激性结肠运动障碍	免疫荧光、单细胞RNA测序	小鼠应激模型	分子表达数据、行为数据	雄性C57BL/6小鼠
30	2025-05-08	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596 PMID:39933264	研究论文	通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析，揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点	首次在14种外周血免疫细胞中利用26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）进行孟德尔随机化和共定位分析，发现了58个先前未报道的基因与COVID-19的关联	研究依赖于GWAS数据的可用性和质量，且部分发现的基因功能尚未通过实验验证	探索COVID-19的免疫介导调控机制并识别潜在药物靶点	14种外周血免疫细胞中的16,597个基因	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、共定位分析、深度学习模型	深度学习模型	单细胞转录组数据、GWAS数据	26,597个sc-eQTL
31	2025-05-08	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	研究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的保护作用及其机制	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径在无菌性肺损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和人类scRNA-seq数据，未涉及其他动物模型或更广泛的人类样本	探索MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能及其保护机制	MAIT细胞及其在无菌性肺损伤中的作用	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, 光谱分析, 过继转移	小鼠模型	RNA序列数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
32	2025-05-08	Combining T cell receptor sequencing and transcriptomics to characterize tissue-resident T cells from human gut biopsies 2025-02-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151353 PMID:39837221	研究论文	本研究首次结合流式细胞术、T细胞受体测序和转录组学，分析来自人类肠道活检组织的T细胞	首次将流式细胞术、TCR测序和转录组学结合，从批量分选的T细胞和单细胞水平分析T细胞库	研究为概念验证性质，样本量有限，且仅关注特定炎症条件下的T细胞反应	深入理解胃肠道T细胞在黏膜免疫中的作用及其在炎症条件下的反应	人类胃、结肠活检样本及血液样本中的T细胞	免疫学	胃炎	NGS, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因表达数据, TCR序列数据	来自有/无炎症患者的胃、结肠活检样本及血液样本
33	2025-05-08	Targeted FTO knockout in endothelial cells Boosts adhesion and lowers inflammatory infiltration to alleviate pulmonary arterial hypertension 2025-02-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151339 PMID:39869947	研究论文	本研究探讨了内皮细胞特异性FTO敲除对肺动脉高压（PAH）发展的影响	首次揭示了内皮细胞中FTO的缺失通过调节内皮粘附和炎症反应缓解PAH的机制	研究主要关注内皮细胞中的FTO作用，未全面探讨其他细胞类型中FTO的可能影响	探索FTO在肺动脉高压中的作用及其潜在治疗策略	内皮细胞和肺动脉高压模型	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
34	2025-05-08	Autonomous function of Antennapedia in adult muscle precursors directly connects Hox genes to adult muscle development 2025-Feb-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204341 PMID:39918891	研究论文	本研究揭示了果蝇Hox基因Antennapedia在成年飞行肌发育中的自主功能，直接连接Hox基因与成年肌肉发育	挑战了T2作为'Hox-free'区域的观念，揭示了Antp通过调控细胞周期速率和Hedgehog信号传导在成年飞行肌发育中的关键作用	研究仅针对果蝇模型，结果在其他生物中的普适性尚待验证	探究Hox基因在成年肌肉发育中的直接作用机制	果蝇成年飞行肌前体细胞(AMPs)	发育生物学	NA	单细胞转录组学、CRISPR技术、功能获得性实验	NA	基因表达数据	果蝇翅盘单细胞样本
35	2025-05-08	Mesenchymal retinoic acid signaling is required for normal diaphragm development in mice 2025-Feb-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402182R PMID:39921473	研究论文	本研究探讨了间充质视黄酸信号在小鼠正常膈肌发育中的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了发育中膈肌的10种不同细胞群，并发现间充质细胞是CDH和视黄酸信号相关基因的主要表达者	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	更好地理解膈肌发育和先天性膈疝(CDH)的病因学	小鼠发育中的膈肌	发育生物学	先天性膈疝	单细胞RNA测序	条件性视黄酸受体显性阴性敲入小鼠模型	RNA测序数据	NA
36	2025-05-08	Characterization of canine tumor-infiltrating leukocyte transcriptomic signatures reveals conserved expression patterns with human osteosarcoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03950-3 PMID:39932553	研究论文	本研究通过公开可用的犬骨肉瘤单细胞RNA测序数据，比较了肿瘤浸润免疫细胞与循环白细胞，揭示了与人类骨肉瘤保守的转录组模式	首次在犬骨肉瘤模型中系统分析肿瘤浸润免疫细胞的转录组特征，并与人类骨肉瘤进行比较，发现保守的转录组响应模式	研究依赖于公开数据集，可能受限于样本数量和数据质量	探究骨肉瘤肿瘤微环境对免疫细胞转录组的影响	犬骨肉瘤肿瘤浸润免疫细胞和循环白细胞	免疫肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	公开可用的犬骨肉瘤scRNA-seq数据集
37	2025-05-08	Neutrophil-induced pyroptosis promotes survival in patients with hepatoblastoma 2025-Feb-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03922-z PMID:39932547	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞诱导的细胞焦亡（NIP）与肝母细胞瘤（HB）患者生存之间的关系	构建了基于中性粒细胞和细胞焦亡相关基因的NIP评分，揭示了NETs相关中性粒细胞在诱导细胞焦亡和延长生存中的关键作用	样本量较小（仅38例患者），且研究结果需要进一步验证	揭示中性粒细胞诱导的细胞焦亡与肝母细胞瘤患者预后的关系	肝母细胞瘤患者	肿瘤免疫学	肝母细胞瘤	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq），LASSO回归，KEGG/GO/GSVA/ssGSEA富集分析	LASSO回归模型	RNA测序数据，临床数据	38例肝母细胞瘤患者（来自上海儿童医学中心）
38	2025-05-08	Benchmarking the translational potential of spatial gene expression prediction from histology 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56618-y PMID:39934114	研究论文	本文对从组织学图像预测空间基因表达的十一种方法进行了全面的基准测试研究	首次对多种预测空间基因表达的方法进行综合评估，并考察了它们的泛化能力和转化潜力	研究仅基于五个空间分辨转录组数据集和TCGA数据进行验证，可能无法涵盖所有情况	评估从组织学图像预测空间基因表达的方法的准确性和实用性	空间基因表达预测方法	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	五个空间分辨转录组数据集和TCGA数据
39	2025-05-08	Analysis of effector/memory regulatory T cells from arrhythmogenic cardiomyopathy patients identified IL-32 as a novel player in ACM pathogenesis 2025-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07364-y PMID:39934117	研究论文	分析心律失常性心肌病（ACM）患者的效应/记忆调节性T细胞，发现IL-32是ACM发病机制中的新参与者	首次全面表征了ACM患者的循环免疫细胞，揭示了Treg的丰富性，并发现IL-32在ACM Treg中的高表达可能加速心脏重塑	研究主要基于体外实验，需要进一步体内研究验证IL-32的作用	探究ACM发病机制中的免疫介导因素	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞及记忆Treg细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	流式细胞术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	ACM患者和健康对照者的外周血单核细胞
40	2025-05-08	Splicing diversity enhances the molecular classification of pituitary neuroendocrine tumors 2025-Feb-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56821-x PMID:39934142	研究论文	本研究通过RNA测序技术全面调查了垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）中的可变剪接失调，揭示了剪接多样性在肿瘤分子分类中的重要作用	首次在PitNETs中系统研究了可变剪接（AS）的失调情况，发现了剪接异质性可以更好描述肿瘤异质性，并成功区分了静默型促肾上腺皮质激素亚型	研究主要基于RNA测序数据，缺乏蛋白质水平验证；样本量可能有限	提高垂体神经内分泌肿瘤的分子分类精度	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	bulk RNA测序、全长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA测序数据