单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-23	LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease 2025-Sep-17, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf042 PMID:40972652	研究论文	本研究探讨LIGHT细胞因子与IL-13或IL-17协同作用对人肺成纤维细胞炎症转录特征的影响	首次揭示LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用可诱导独特的炎症转录特征，并在间质性肺病患者成纤维细胞中得到验证	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究LIGHT细胞因子在肺部疾病相关炎症反应中的作用机制	人肺成纤维细胞	分子生物学	肺部疾病（哮喘和间质性肺病）	RNA-seq（批量RNA测序和单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	来自间质性肺病患者的成纤维细胞样本
22	2025-09-23	Sphingolipid metabolism patterns reveal distinct prognostic and immune landscapes in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Sep-15, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156233 PMID:40976120	研究论文	本研究首次建立基于鞘脂代谢的五基因标志物模型，用于预测头颈鳞癌的预后和免疫反应	首次在头颈鳞癌中构建基于鞘脂代谢基因的预后模型，并揭示其与免疫微环境的关联	研究依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	开发头颈鳞癌的预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值	头颈鳞癌患者和临床样本	生物信息学	头颈鳞癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Lasso回归、WGCNA分析、qRT-PCR、IHC	五基因风险模型	转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的头颈鳞癌患者数据及临床标本
23	2025-09-23	Spatial transcriptomics meets diabetic kidney disease: Illuminating the path to precision medicine 2025-Sep-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v16.i9.107663 PMID:40980298	综述	本文介绍空间转录组学技术在糖尿病肾病研究中的应用与进展	首次系统阐述空间转录组学如何通过空间定位分析揭示糖尿病肾病的微环境异质性和细胞互作机制	存在空间分辨率有限、数据复杂度高和计算需求大等技术挑战	探讨空间转录组学技术推动糖尿病肾病精准医疗发展的潜力	糖尿病肾病患者的肾脏组织（肾小球和肾小管）	数字病理学	糖尿病肾病	空间转录组学（Slide-seqV2）、单细胞RNA测序	机器学习、网络分析	空间基因表达数据	NA
24	2025-09-23	Chondrolectin regulates the sublaminar localization and regenerative function of muscle satellite cells in mice 2025-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675211 PMID:40964242	研究论文	本研究鉴定出软骨凝集素（CHODL）作为调控肌肉卫星细胞定位和再生功能的关键因子	首次发现CHODL通过调控细胞外基质相互作用和Notch信号通路维持卫星细胞生态位定位	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究CHODL在肌肉卫星细胞生物学功能中的调控机制	小鼠骨骼肌卫星细胞	细胞生物学	肌肉再生障碍	单细胞RNA测序、条件性基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻和年老小鼠的肌肉卫星细胞
25	2025-09-23	Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675151 PMID:40964368	研究论文	通过单细胞转录组测序技术构建秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组图谱	首次在单细胞分辨率下揭示Q神经母细胞谱系的上皮-间质转化过程以及Wnt/β-catenin不对称通路的新型调控机制	NA	探究神经母细胞迁移和分化的分子机制	秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、FACS、功能富集分析、成像技术	NA	单细胞转录组数据	Q谱系细胞在不同发育阶段的分离样本
26	2025-09-23	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	通过整合六个小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集，分析神经干细胞标记物选择对细胞状态识别的影响	首次系统比较不同神经干细胞标记物（Gfap、Nestin、Sox2）对特定细胞状态的选择性偏好，并建立优化富集策略的框架	研究仅基于小鼠模型数据，未验证人类神经干细胞的异质性	评估不同神经干细胞标记物方法对细胞状态识别的选择性差异	成年小鼠脑室下区的神经干细胞	单细胞测序分析	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	六个已发表的小鼠脑室下区单细胞RNA测序数据集
27	2025-09-23	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物及其与人类神经系统疾病的关联	首次应用计算数字分选算法从复杂基因表达数据中解析出神经祖细胞特异性基因，并发现其人类同源基因与孟德尔神经疾病及新型致病变异的关联	基于小鼠模型数据推导人类同源基因，需进一步实验验证功能性关联	揭示神经祖细胞的分子特征及其在神经系统疾病中的作用机制	小鼠神经干细胞/祖细胞（NPCs）及其人类同源基因	生物信息学	神经系统疾病	计算数字分选算法（DSA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、生物信息学分析	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表的小鼠scRNA-seq数据集，鉴定129个NPCs富集基因
28	2025-09-23	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	通过单细胞转录组和表面蛋白组分析揭示成人视网膜色素上皮细胞的异质性	首次应用CITE-seq技术同时分析成人RPE的单细胞转录组和表面蛋白特征，发现具有空间分布和功能差异的RPE亚群	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序）、免疫组织化学分析	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白数据	成人视网膜色素上皮细胞（包含原生RPE和培养RPE细胞）
29	2025-09-23	Single-cell profiling reveals immunoregulation of artemisinin on CD8+GZMB+ T cells via JAK2-STAT3 in malaria-infected mice 2025-Sep-08, Innovation (Cambridge (Mass.)) DOI:10.1016/j.xinn.2025.101080 PMID:40979296	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示青蒿素通过JAK2-STAT3通路调节CD8+GZMB+ T细胞的免疫调节作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统描绘疟疾感染及青蒿素治疗下的免疫细胞图谱，发现青蒿素通过JAK2-STAT3通路调控致病性CD8+GZMB+ T细胞的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究青蒿素在疟疾感染中的免疫调节机制	疟疾感染小鼠的肝脏、脾脏和外周血免疫细胞	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	241,837个细胞来自多个小鼠组织
30	2025-09-23	Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673125 PMID:40950173	研究论文	结合单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达	开发了识别振荡基因和细胞类型的严谨统计方法，首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡表达模式	未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，研究范围限于幼虫发育阶段	系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式	果蝇幼虫发育过程中的不同细胞类型（包括胶质细胞、神经元和肌肉细胞）	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序、PCA分析、UMAP可视化	统计模型	单细胞转录组数据	识别超过5,000个振荡基因
31	2025-09-23	Gene-Expression Programs in Salivary Gland Adenoid Cystic Carcinoma Analyzed Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.01.673548 PMID:40950184	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析唾液腺腺样囊性癌的基因表达程序	首次对唾液腺腺样囊性癌进行空间转录组学分析，结合单细胞数据揭示肿瘤空间异质性和微环境特征	样本量有限（单细胞n=4，空间样本n=5），需要更大队列验证发现	解析SGACC的肿瘤异质性和分子特征以指导靶向治疗	唾液腺腺样囊性癌组织样本	空间转录组学	唾液腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学（Visum HD）、多组学分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	4例单细胞样本，5例空间转录组样本
32	2025-09-23	Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf919 PMID:40973453	研究论文	提出ASCENT计算方法，用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中亚兆碱基片段的绝对拷贝数变异检测	基于统计建模实现真正的绝对拷贝状态推断，无需参考样本即可检测拷贝中性杂合性缺失	未明确说明方法在其他癌症类型或更大样本规模下的适用性	开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的拷贝数变异检测算法	单细胞DNA测序数据	生物信息学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组测序（WGS），单细胞DNA测序	统计模型	DNA测序数据	儿科B-ALL样本（具体细胞数量未明确说明）
33	2025-09-23	Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate 2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673173 PMID:40949951	研究论文	本研究通过建立新型谱系追踪技术，揭示了原索动物生殖系干细胞在衰老过程中的关键作用及进化保守机制	开发了结合膜标记GSC移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用PacBio基因组组装技术首次实现原索动物GSC的精准分离	研究聚焦于原索动物模型，其结论在哺乳动物中的普适性需进一步验证	探究衰老对生殖系干细胞适应性的影响及其进化保守机制	原索动物（Ciona）的生殖系干细胞及其分化产物（配子）	发育生物学	生殖衰老	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、PacBio基因组组装、膜标记干细胞移植	NA	单细胞转录组数据	年轻与年老原索动物的生殖系干细胞群体
34	2025-09-23	Morphogen-guided neocortical organoids recapitulate regional areal identity and model neurodevelopmental disorder pathology 2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.672952 PMID:40950130	研究论文	开发了一种通过形态发生素引导生成具有区域特异性的大脑皮层类器官的方法，并用于模拟神经发育障碍	建立了通过短期早期暴露于前后轴形态发生素来生成区域化类器官的简便方法，首次在类器官中重现了大脑皮层区域特异性	当前的大脑皮层类器官模型大多无法重现这种区域化模式	建立能够重现大脑皮层区域特性并模拟神经发育障碍病理的平台	人类新皮层类器官、脆性X综合征模型	发育神经生物学	神经发育障碍、脆性X综合征、自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、形态发生素处理	类器官模型	基因表达数据、分子标记数据	NA
35	2025-09-23	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发用于单细胞水平T细胞功能状态注释的计算流程TCAT	提出首个可同时量化T细胞预定义基因表达程序的标准化分析框架，突破传统亚类互斥的认知局限	NA	建立可重复的T细胞单细胞注释系统以解析其功能状态连续性	人类T细胞	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序	计算流程/软件工具	单细胞转录组数据	170万个T细胞（来自700名个体，涵盖38种组织和5种疾病背景）
36	2025-09-23	scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487 PMID:40905625	研究论文	开发了一个用于牛津纳米孔单细胞RNA测序数据的标准化分析流程	首个基于nf-core框架的长读长单细胞RNA测序分析流程，无需依赖短读长数据即可完成细胞条形码识别和转录本定量	未提及具体性能指标验证或与其他工具的对比结果	解决长读长单细胞RNA测序数据分析流程的模块化和可移植性问题	单细胞和单细胞核RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore单细胞RNA测序	NA	基因组测序数据	NA
37	2025-09-23	Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study 2025-Sep, Physiological reports IF:2.2Q3 DOI:10.14814/phy2.70571 PMID:40969146	研究论文	通过空间转录组学首次绘制人类睑板腺细胞分化图谱的探索性研究	首次应用空间转录组技术解析人类睑板腺的空间转录景观，发现三个功能不同的睑板腺细胞亚群及其分化轨迹	样本量有限（仅1例主要样本+3例验证样本），均为老年个体，属于初步探索性研究	揭示睑板腺分泌功能的转录调控机制	人类眼睑组织（重点关注睑板腺结构）	空间转录组学	眼表疾病	空间转录组学(ST)、免疫组织化学	自组织映射(SOM)、伪时间分析	空间转录组数据、组织切片图像	1例60岁男性主要样本，另加3例老年验证样本
38	2025-09-23	scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483 PMID:40889281	研究论文	提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，用于在单细胞分辨率下联合分析染色质可及性峰值和基因表达数据	通过整合峰值-峰值、峰值-基因和基因-基因相互作用关系，在共享低维空间中为相关峰值-基因对分配更接近的表示	数据本身具有高度稀疏和噪声特性，导致信号较弱	识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，揭示基因调控机制	染色质可及性峰值和表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	嵌入方法	基因组学数据	数据集来自10× Genomics和GEO数据库（GSE194122、GSE239916）
39	2025-09-23	scafari: exploring scDNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477 PMID:40891892	研究论文	介绍了一个用于单细胞DNA测序数据质量控制和探索性分析的开源工具scafari	开发了首个用户友好的单细胞DNA测序数据质量分析和可视化工具，填补了该领域开源软件的空白	NA	为单细胞DNA测序数据提供易用的数据处理和质量分析工具	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞DNA测序	NA	基因组测序数据	NA
40	2025-09-23	Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells 2025-Sep, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.70061 PMID:40974348	研究论文	本研究通过分析缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠，揭示了Vγ1 T细胞在IL-17产生中的部分补偿作用	首次证明Vγ1 T细胞在Vγ4和Vγ6 T细胞缺失情况下对IL-17产生的部分补偿机制	研究仅限于小鼠模型，人类γδ T细胞生物学可能存在差异	探究缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR情况下IL-17产生的补偿机制	小鼠γδ T细胞亚群（Vγ1、Vγ4、Vγ6 T细胞）	免疫学	NA	流式细胞术、TCR测序、单细胞转录组学	NA	细胞生物学数据、基因表达数据	基因缺陷小鼠模型的淋巴和非淋巴组织样本