单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-19	Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance 2025-Sep-17, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00311-6 PMID:40962941	研究论文	本研究揭示了登革病毒非结构蛋白1（NS1）上N207位聚糖通过调控PD-L1/PD-1轴抑制早期炎症反应和T细胞凋亡的免疫逃避机制	首次发现NS1蛋白N207位聚糖缺失可加速病毒清除并减弱免疫病理，揭示PD-L1/PD-1轴在登革热发病机制中的新作用	研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究登革病毒NS1蛋白糖基化修饰的生物学功能及其在免疫调节中的作用	登革病毒NS1蛋白糖基化突变体及感染小鼠的免疫应答	病毒免疫学	登革热	RNA测序（bulk和单细胞）、细胞因子检测、免疫表型分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	临床相关重症登革热小鼠模型
22	2025-09-19	Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis 2025-Sep-17, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01343-1 PMID:40962953	研究论文	本研究揭示了严重酒精相关性肝炎中浸润巨噬细胞的多样功能及其对疾病进展的作用	发现sAH中存在独特的C1Q巨噬细胞群体，可能通过清除凋亡中性粒细胞和调节炎症反应发挥双重作用	人类样本来源于肝移植供体，可能无法完全代表疾病早期阶段；动物模型与人类疾病存在物种差异	探究严重酒精相关性肝炎中巨噬细胞亚群的组成、功能及其在疾病进展中的作用机制	人类肝移植样本（sAH和AC患者）和酒精性肝损伤实验小鼠模型	肝脏病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据，组织病理学数据	人类肝移植样本（sAH和AC患者），C1q KO、S100a8 KO、Apoe KO及WT小鼠
23	2025-09-19	Predicting the structural impact of human alternative splicing 2025-Sep-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03744-x PMID:40963109	研究论文	使用AlphaFold2预测超过11,000种人类剪接异构体的结构，研究可变剪接对蛋白质结构的影响	首次大规模预测人类剪接异构体结构，并系统分析剪接导致的多种结构特性变化	NA	研究可变剪接对蛋白质结构的影响	人类蛋白质剪接异构体	计算生物学	NA	AlphaFold2, 单细胞RNA-seq	神经网络	蛋白质序列数据	超过11,000种人类剪接异构体
24	2025-09-19	Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells 2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178960 PMID:40644411	研究论文	本研究揭示了1型常规树突状细胞（cDC1s）通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达，进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏同种异体移植耐受的机制	首次发现cDC1s线粒体代谢激活是移植耐受诱导的关键分子机制，并证明其通过TGF-β1调控抗原特异性Treg生成	研究基于小鼠模型，尚未在人类临床环境中验证	探究cDC1s在实体器官同种异体移植耐受诱导中的作用机制	小鼠心脏同种异体移植模型和Flt3L衍生的cDC1s细胞	免疫学	移植免疫	单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除模型	NA	基因表达数据、代谢特征数据	使用cDC1缺陷小鼠模型和体外培养的cDC1s细胞
25	2025-09-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.040632 PMID:40913272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了放疗后斑块不稳定的机制，并识别出颗粒酶K+ CD8+ T细胞作为关键致病因素	首次结合双模态同步光学相干断层扫描-血管内超声成像与单细胞转录组学，动态评估放疗对斑块稳定性的影响，并发现GZMK+ CD8+ T细胞亚群的致病作用	研究基于兔和小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究放疗诱导动脉粥样硬化斑块不稳定的细胞分子机制	兔颈动脉斑块及ApoE-/-小鼠的动脉粥样硬化病变	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光学相干断层扫描(OCT), 血管内超声(IVUS), 生物信息学分析, 流式细胞术, 基因敲除	NA	基因表达数据, 影像数据	兔模型和小鼠模型（ApoE-/-小鼠分未照射、早期照射和晚期照射三阶段）
26	2025-09-19	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.041168 PMID:40913267	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成动态变化和免疫浸润机制	首次构建烟雾病浅颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞通过特定通路促进血管细胞增殖和迁移的新机制	样本量较小（2例患者和3例对照），仅使用浅颞动脉样本可能无法完全代表颅内血管变化	阐明烟雾病的细胞组成和分子机制，探索免疫细胞在血管病理中的作用	烟雾病患者和健康对照者的浅颞动脉样本	单细胞组学	烟雾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外实验验证	NA	单细胞转录组数据	5例个体（2例MMD患者+3例健康对照），共26,371个细胞
27	2025-09-19	Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039777 PMID:40932121	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨颈动脉周围淋巴结与斑块稳定性之间的关系	首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联，并识别出关键的免疫细胞亚群和功能	样本仅来自严重颈动脉狭窄患者，可能无法推广到其他人群或疾病阶段	探索淋巴结功能与动脉粥样硬化之间的关系，特别是在单细胞水平	106名接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序，T/B细胞受体测序	NA	转录组数据	106名患者
28	2025-09-19	Caloric restriction promotes resolution of atherosclerosis in obese mice, while weight regain accelerates its progression 2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172198 PMID:40627456	研究论文	研究短期热量限制和体重反弹对肥胖小鼠动脉粥样硬化的影响及其机制	发现Fcgr4+巨噬细胞亚群在热量限制期间积累并促进斑块坏死核心清除，而体重反弹导致该细胞消失并加速疾病进展	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究体重循环（减重与反弹）对动脉粥样硬化炎症过程的直接影响	肥胖高胆固醇血症小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
29	2025-09-19	PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling 2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06296-6 PMID:40954243	研究论文	本研究揭示了PPARγ通过促进Th17细胞分化和激活CEBPA/IL-17C信号通路加速口腔鳞状细胞癌进展的机制	发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化和肿瘤相关炎症中的作用	NA	探索PPARγ在调节肿瘤微环境及其对OSCC进展的影响	口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、动物模型	肿瘤免疫学	口腔癌	免疫组化(IHC)、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、体外共培养、体内皮下肿瘤模型	NA	基因表达数据、单细胞数据	NA
30	2025-09-19	Single-cell transcriptome analysis suggests cells of the tumor microenvironment as a major discriminator between brain and extracranial melanoma metastases 2025-Sep-16, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00691-2 PMID:40954493	研究论文	通过单细胞转录组分析比较脑转移和颅外转移黑色素瘤，揭示微环境细胞是主要区分因素	发现肿瘤细胞表达高度同质，但微环境（尤其免疫细胞）是脑转移与颅外转移差异的主要驱动因素	NA	探究脑转移与颅外转移黑色素瘤的分子差异及其微环境作用	黑色素瘤脑转移（MBM）和颅外转移（ECM）患者样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq），细胞类型特异性伪批量分析	NA	单细胞RNA测序数据	25例样本（15例脑转移，10例颅外转移）
31	2025-09-19	Multi-omics analysis reveals the attenuation of the interferon pathway as a driver of chemo-refractory ovarian cancer 2025-Sep-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102316 PMID:40885189	研究论文	通过多组学分析揭示干扰素通路减弱是化疗耐药卵巢癌的驱动因素	首次发现化疗耐药性卵巢癌与干扰素I型通路活性降低及缺氧通路增强相关，并证实干扰素I型活性可独立预测化疗反应	研究基于观察性试验数据，需进一步实验验证临床干预效果	探究卵巢高级别浆液性癌化疗耐药性的分子驱动机制	化疗耐药卵巢癌患者治疗前活检样本	多组学分析	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、空间蛋白质分析	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	DECIDER观察性试验入组的化疗耐药患者活检样本
32	2025-09-19	RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases 2025-Sep-16, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017 PMID:40961941	研究论文	开发了一个名为RetiGene的专家策划基因图谱，用于整合遗传性视网膜疾病的基因和变异数据	通过整合多种数据源（包括变异数据、RNA测序和功能注释）创建了全面的专家策划基因图谱	NA	解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整的问题，支持分子诊断和基因研究	遗传性视网膜疾病相关基因	基因组学	遗传性视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 测序数据	NA
33	2025-09-19	Uncovering essential lncRNAs through transcriptome-scale CRISPR-Cas13 screening 2025-Sep-15, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00082-8 PMID:40952596	研究论文	开发了CaRPool-seq平台，通过转录组规模的CRISPR-Cas13筛选揭示必需lncRNA的功能	首次利用CRISPR-Cas13技术进行全转录组规模筛选，直接靶向RNA并识别出778个必需lncRNA，包括46个跨细胞系通用的生存必需lncRNA	未明确说明筛选平台的假阳性率控制或脱靶效应评估细节	开发高效、特异且可扩展的lncRNA功能鉴定方法	人类长链非编码RNA（lncRNA）	功能基因组学	癌症	CRISPR-Cas13筛选，单细胞转录组学	NA	RNA序列数据	多种人类细胞系（具体数量未明确说明）
34	2025-09-19	Machine learning model in multi-omics perspective demystifies the prognostic significance of crotonylation heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma 2025-Sep-15, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-025-01914-4 PMID:40954501	研究论文	本研究通过多组学方法结合机器学习，揭示了透明细胞肾细胞癌中巴豆酰化异质性的预后意义并构建了稳健的预后模型	整合10种机器学习算法开发5基因预后模型，首次系统解析巴豆酰化异质性在ccRCC中的临床价值并发现潜在治疗药物二乙酰吗啡	研究基于回顾性队列数据，需前瞻性临床验证；模型在外部队列中的普适性有待进一步验证	阐明巴豆酰化异质性在透明细胞肾细胞癌中的预后意义并建立预后模型	透明细胞肾细胞癌患者（TCGA-KIRC及GEO队列）和786-O/HK-2细胞系	机器学习	肾癌	多组学分析（转录组、空间转录组、单细胞测序）、ssGSEA、WGCNA、Cibersort、maftools、oncoPredict、qRT-PCR	集成10种机器学习算法	转录组数据、突变数据、药物敏感性数据、空间转录组数据、单细胞数据	TCGA-KIRC队列及GSE40435、GSE167573、GSE29609数据集（具体样本量未明确说明）
35	2025-09-19	A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015 PMID:40957419	研究论文	研究三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结内成纤维细胞-单核细胞轴通过TLR4信号促进免疫抑制和转移的机制	揭示了TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在淋巴结转移中的作用，并证明局部TLR4抑制联合αPD-1疗法可增强T细胞功能	NA	探究三阴性乳腺癌转移过程中肿瘤引流淋巴结的细胞网络重组机制	三阴性乳腺癌小鼠模型及人类患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	空间转录组学、体外抑制实验	NA	基因表达数据、空间转录数据	小鼠模型及人类TNBC患者样本（具体数量未明确说明）
36	2025-09-19	Comprehensive analysis of the tumor immune microenvironment in gastric cancer and peritoneal metastasis based on single-cell RNA sequencing analysis 2025-Sep-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13892-6 PMID:40954153	研究论文	基于单细胞RNA测序分析胃癌及腹膜转移的肿瘤免疫微环境	首次通过单细胞分辨率揭示TAMs向肥大细胞分化的潜在轨迹及CCL5-CCR1信号轴在腹膜转移中的关键作用	样本量有限（20个样本），依赖公共数据库数据，需进一步实验验证	解析胃癌腹膜转移的免疫微环境机制并寻找治疗靶点	胃癌细胞与腹膜转移细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, GO/KEGG/GSAV富集分析, CytoTRACE, CellChat, Monocle3	NA	单细胞RNA测序数据	20个scRNA-seq样本（含2,626,594个腹膜转移细胞和17,894个胃癌细胞）
37	2025-09-19	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Sep-15, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02770-8 PMID:40954300	研究论文	提出iSCALE方法，用于重建大规模、超分辨率基因表达图谱并自动注释超出当前空间转录组平台捕获范围样本的细胞级组织结构	突破了现有空间转录组技术在成本、分辨率、基因覆盖和组织捕获面积方面的限制，能够分析更大尺寸的组织样本并揭示传统方法无法检测的细胞特征	NA	开发能够分析大尺寸组织样本的空间转录组技术，以揭示细胞级组织结构和空间特征	多发性硬化症人脑样本	空间转录组学	多发性硬化症	空间转录组技术，免疫组化染色	NA	基因表达数据，组织图像数据	NA
38	2025-09-19	YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer 2025-Sep-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139 PMID:40962000	研究论文	本研究揭示了YWHAG通过促进上皮-间质转化（EMT）驱动非小细胞肺癌进展和转移的分子机制	首次阐明YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴调控EMT过程，并在体内外实验中验证其促癌功能	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床样本验证相对有限	阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能和机制贡献	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、小鼠模型和临床数据	癌症生物学	肺癌	scRNA-seq, Co-IP, 免疫荧光, 通路活性检测, 生物发光成像	基因敲除小鼠模型, 原位肿瘤模型	多组学数据, 测序数据, 影像数据, 病理数据	TCGA泛癌数据集、2个NSCLC scRNA-seq数据集（GSE117570 & GSE148071）、公共NSCLC小鼠模型
39	2025-09-19	Cutting-edge nanobiosensors: Revolutionizing cancer diagnosis and enabling precision medicine 2025-Sep-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2025.120613 PMID:40962167	综述	本文综述了结合纳米技术与人工智能的尖端纳米生物传感器在癌症诊断和精准医疗中的应用与进展	整合AI优化传感器设计、信号处理及临床工作流集成，并探索RNA靶向和单细胞测序等前沿诊断技术	面临可扩展制造、长期稳定性、法规合规及环境可持续性等重大挑战	推动癌症早期诊断、实时监测和精准治疗策略的发展	循环肿瘤DNA（ctDNA）、循环肿瘤细胞（CTCs）和微RNA（miRNAs）等关键生物标志物	数字病理学	癌症	纳米生物传感器技术（光学、电化学、磁性和压电系统）、单细胞测序、表观转录组检测	NA	生物分子数据	NA
40	2025-09-19	Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential 2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology IF:3.3Q2 DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976 PMID:40953858	研究论文	通过整合基因组关联研究和多组学分析，揭示胆石病的遗传基础并发现新的易感位点	发现UGT1A4和FADS1/3等新的易感基因位点，并通过孟德尔随机化证实不饱和脂肪酸水平与胆石病的因果关系	研究主要基于欧洲和日本人群数据，可能存在人群特异性偏差	识别胆石病相关的遗传位点并探索其临床和治疗意义	胆石病患者及健康对照人群	基因组学	胆石病	GWAS, meta分析, 孟德尔随机化, 转录组关联研究	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	UK Biobank, FinnGen R11和Biobank Japan的多队列样本