单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-19	Spatiotemporal dynamic changes of meningeal microenvironment influence meningeal lymphatic function following subarachnoid hemorrhage: from inflammatory response to tissue remodeling 2025-May-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03460-0 PMID:40380229	研究论文	研究探讨了蛛网膜下腔出血（SAH）后脑膜微环境的时空动态变化如何影响脑膜淋巴功能，从炎症反应到组织重塑的过程	揭示了脑膜微环境从炎症反应到组织重塑的时空转变，并发现胎盘生长因子（PGF）可能是促进脑膜淋巴功能早期修复的关键因素	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究SAH后脑膜转录反应及脑膜微环境对脑膜淋巴功能的动态影响	小鼠模型中的脑膜淋巴管（mLVs）和脑膜微环境	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序和空间转录组学	小鼠模型	转录组数据	NA
22	2025-05-19	Single-cell transcriptomic analysis deciphers the inflammatory microenvironment characterized by CXCL9+ fibroblasts and ACKR1+ endothelial cells in immune-related myocarditis 2025-May-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06551-x PMID:40380233	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了免疫相关心肌炎中由CXCL9+成纤维细胞和ACKR1+内皮细胞主导的炎症微环境	首次在单细胞水平上解析了免疫相关心肌炎的炎症微环境，并识别了CXCL9+成纤维细胞和ACKR1+内皮细胞等关键细胞亚群	样本量较小，仅基于一例患者的活检样本	阐明免疫相关心肌炎的病理机制并寻找潜在治疗靶点	免疫检查点抑制剂引发的免疫相关心肌炎患者心脏组织	单细胞转录组学	心肌炎	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	1例患者活检样本+对照样本
23	2025-05-19	Single-cell transcriptomics reveals metabolic remodeling and functional specialization in the immune microenvironment of bone tumors 2025-May-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06346-0 PMID:40380260	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究骨肿瘤免疫微环境中的代谢重塑和功能特化	揭示了骨肿瘤微环境中免疫细胞的代谢和功能可塑性，并识别了FN1作为免疫协调的中心调控因子	样本量较小（13个骨肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	探究骨肿瘤微环境中免疫细胞的代谢重塑和功能特化	骨肿瘤（包括尤文肉瘤、骨肉瘤和骨巨细胞瘤）的免疫微环境	数字病理学	骨肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	13个骨肿瘤样本
24	2025-05-19	Novel exosome-associated LncRNA model predicts colorectal cancer prognosis and drug response 2025-May-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00445-0 PMID:40380258	research paper	该研究首次构建了基于外泌体相关lncRNA的预后模型，用于预测结直肠癌的预后和药物反应，并深入分析了MIR4713HG在结直肠癌中的生物学作用	首次构建了基于外泌体相关lncRNA的预后模型EALncRI，并发现MIR4713HG可能成为结直肠癌的重要治疗靶点	研究主要基于TCGA数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	预测结直肠癌的预后和药物反应，探索外泌体相关lncRNA的生物学功能	结直肠癌患者及其外泌体相关lncRNA	machine learning	colorectal cancer	scRNA-seq, LASSO, 多元Cox回归分析	SVM-REF, LASSO, Cox回归模型	基因表达数据, 临床数据	TCGA-CRC队列数据
25	2025-05-19	Resident CD24 +LCN2 + LPCs aggravate fibrosis and inflammatory progression via the recruitment of TPPP3 +COL10A1 + macrophages in NASH 2025-May-16, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025081 PMID:40380802	研究论文	该研究探讨了驻留CD24+LCN2+肝祖细胞（LPCs）在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中通过招募TPPP3+COL10A1+巨噬细胞加重纤维化和炎症进展的机制	首次揭示了驻留CD24+LCN2+ LPCs在NASH中的激活及其通过促进促炎性COL10A1+TPPP3+巨噬细胞亚型的激活来推动纤维化进展的机制	研究主要基于小鼠模型和临床样本的验证，人类样本的直接实验证据可能有限	研究LPCs在NASH中的分子表型及其调控机制	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）患者和小鼠模型中的肝祖细胞（LPCs）和巨噬细胞	分子生物学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat、NicheNet	NA	RNA测序数据、临床样本数据	NASH患者和小鼠模型（CDAHFD和HFD）的样本
26	2025-05-19	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2025-May-15, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定的WTAP如何通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤(GBM)的恶性进展	揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和USP7介导的去泛素化增强蛋白稳定性，进而通过m6A修饰调控LOXL2 mRNA的稳定性，促进GBM的间质转化和免疫逃逸	未明确提及	探究m6A在GBM肿瘤免疫抑制微环境(TIME)形成中的作用机制	间质胶质母细胞瘤干细胞(MES GSCs)和髓系来源的巨噬细胞(MDMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、RNA免疫沉淀(RIP)、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	未明确提及
27	2025-05-19	Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035 PMID:40179881	研究论文	研究开发了一种名为EchoBack-CAR T细胞的声遗传学工程细胞，用于治疗实体瘤	使用从库中筛选的超敏感热休克启动子，并结合CAR信号的正反馈循环，实现了在聚焦超声刺激下持久的CAR表达	NA	开发一种更有效且安全的CAR T细胞疗法，用于治疗实体瘤	EchoBack-CAR T细胞	生物医学工程	胶质母细胞瘤、前列腺癌	声遗传学、单细胞RNA测序	NA	NA	小鼠模型和3D胶质母细胞瘤模型
28	2025-05-19	Rorγt-positive dendritic cells are required for the induction of peripheral regulatory T cells in response to oral antigens 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.020 PMID:40185101	研究论文	本文研究了Rorγt阳性树突状细胞在口服抗原诱导外周调节性T细胞中的作用	通过删除Rorc基因的特定顺式调控元件，开发了一种RORγt抗原呈递细胞减少的小鼠模型，揭示了RORγt树突状细胞在维持肠道免疫平衡中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究RORγt阳性树突状细胞在外周调节性T细胞诱导中的作用机制	小鼠模型中的RORγt阳性树突状细胞和调节性T细胞	免疫学	炎症性肠病、食物过敏	单细胞RNA测序、流式细胞术	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	NA
29	2025-05-19	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	research paper	该研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信的机制，这些细胞表达对有害化学物质的GPCRs受体，触发吞咽和咳嗽样反射	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护反射的化学感应终端器官及其超反应性的位点	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	研究喉咙中化学物质引发的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经科学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	Calhm3和Pou2f3敲除小鼠模型	基因表达数据、行为数据	NA
30	2025-05-19	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	research paper	该研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证明其可作为新型肿瘤相关巨噬细胞标志物	研究主要基于公共数据库分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其临床意义	胶质瘤患者样本和细胞系	digital pathology	glioma	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	基因表达数据, 组织切片图像	公共数据库数据+自有队列样本
31	2025-05-19	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	研究论文	本文研究了在T细胞中靶向Setdb1基因如何在不影响抗肿瘤免疫的情况下诱导移植耐受	发现Setdb1缺失可以诱导Treg细胞分化，从而在不影响抗肿瘤免疫的情况下抑制移植排斥反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索选择性抑制移植排斥反应同时保持抗肿瘤免疫的方法	小鼠T细胞和移植模型	免疫学	移植排斥	RNA测序、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
32	2025-05-19	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	research paper	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于分析单细胞RNA测序数据中的动态基因表达网络和推断细胞分化轨迹	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用（全局特征）和提取差异表达顺序（网络特征），并整合不同降维方法的表达特征	NA	深入理解细胞命运决定中的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
33	2025-05-19	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析证实NAT10与结肠癌的因果关系及其在免疫逃逸中的作用	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	探索乙酰化相关基因在结肠癌发展中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化	细胞-细胞相互作用模型	基因组数据, 转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
34	2025-05-19	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	本研究探讨了酪氨酸酶在黑色素瘤中如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并证明酪氨酸酶缺失可增强PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制	B16黑色素瘤细胞和小鼠模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用B16黑色素瘤细胞和小鼠模型
35	2025-05-19	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老半月板中Atf3+衰老软骨细胞的关键作用及其通过ANGPTL4通路驱动的退化机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4信号轴驱动退化	研究仅基于大鼠模型，人类半月板衰老的机制可能有所不同	阐明衰老半月板的细胞和分子机制，寻找年龄相关性半月板退化的治疗靶点	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	生物医学研究	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，免疫组化	NA	基因表达数据，组织学数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
36	2025-05-19	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	该研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞（CCT细胞）的差异表达基因，建立GBM的预后模型并探索其临床意义	揭示了CCT细胞在GBM中的关键作用，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型，为GBM的免疫逃逸机制提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究GBM中CCT细胞的基因表达特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者中的CCT细胞	digital pathology	glioblastoma multiforme	单细胞RNA测序，全基因组表达谱分析	LASSO回归	基因表达数据，临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的数据
37	2025-05-19	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-May-15, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后，并筛选出潜在的治疗靶点	提出了一个新的基于自噬相关基因（ARGs）的风险预测模型，并筛选出核心基因SQSTM1作为独立的预后因素，同时发现SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞（TAM）中显著富集	研究依赖于公共数据集（TCGA、GEO、ICGC），可能受到数据质量和样本量的限制，且实验验证部分未详细描述	阐明自噬通路在肝细胞癌（HCC）中的作用，并识别潜在的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、机器学习、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、单细胞测序数据分析	机器学习模型	基因表达数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC患者样本
38	2025-05-19	Regulation of RNA polymerase II transcription through re-initiation and bursting 2025-May-15, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.011 PMID:40378829	review	本文总结了RNA聚合酶II（RNAPII）在真核细胞中通过再起始和爆发性转录调控基因表达的机制	提出了RNAPII再起始和爆发性转录作为基因调控的常见现象，并探讨了其分子机制和开放性问题	文章主要基于已有研究的总结，未提供新的实验数据	探讨RNAPII转录调控的分子机制及其在健康和疾病中的意义	RNA聚合酶II（RNAPII）及其相关调控蛋白和复合物	分子生物学	NA	活细胞成像和单细胞转录组学	NA	NA	NA
39	2025-05-19	Macrophage sensitivity to bexmarilimab-induced reprogramming is shaped by the tumor microenvironment 2025-May-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011292 PMID:40379271	研究论文	本研究探讨了肿瘤微环境（TME）对bexmarilimab（一种巨噬细胞重编程疗法）的响应性，揭示了TAM靶向治疗的复杂性	利用乳腺癌患者来源的外植体培养模型（PDEC）和单细胞RNA测序等技术，揭示了TME的炎症状态是bexmarilimab响应的主要决定因素	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索TME对bexmarilimab的响应机制，优化患者选择以提高治疗效果	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤微环境（TME）	肿瘤免疫学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、多重细胞因子分析	PDEC模型	基因表达数据、细胞因子数据	乳腺癌患者来源的外植体培养模型
40	2025-05-19	Identification of MAGE-A10 specific T cell receptor promising in immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-14, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144243 PMID:40379175	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序技术，识别出针对肝癌细胞特异性抗原MAGE-A10的T细胞受体，为肝癌的TCR-T免疫治疗提供了新策略	首次利用单细胞测序技术识别出针对MAGE-A10抗原的TCR，并验证其在肝癌免疫治疗中的潜在应用	研究样本量有限，且未进行大规模临床验证	探索肝癌的新型免疫治疗方法	肝癌患者样本中的T细胞受体	免疫治疗	肝癌	scRNA-seq, scTCR-seq, GLIPH2, TCRMatch, NetMHCpan, DLpTCR	NA	单细胞测序数据	肝癌患者样本（具体数量未明确说明）