单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-16	SM22α-Lineage Perivascular Stromal Cells Contribute to Abdominal Aortic Aneurysm 2025-May-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325750 PMID:40371535	research paper	该研究探讨了SM22α谱系血管周围基质细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	揭示了SM22α谱系基质细胞中PGC-1α通过调节YAP信号通路影响血管周围脂肪组织（PVAT）的成脂和成肌纤维分化平衡，进而促进动脉瘤发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究血管周围基质细胞在腹主动脉瘤发病机制中的作用	年轻和老年小鼠的血管周围基质细胞，人类动脉瘤样本	血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序，功能获得和缺失实验，转录组分析	Ang II诱导和脱氧皮质酮乙酸酯/盐诱导的AAA小鼠模型	RNA测序数据，影像数据	年轻（2-3月龄）和老年（18-20月龄）小鼠，人类动脉瘤样本
22	2025-05-16	scRNA-seq and scATAC-seq reveal that Sertoli cell mediates spermatogenesis disorders through stage-specific communications in non-obstructive azoospermia 2025-May-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97958 PMID:40371706	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示了Sertoli细胞在非梗阻性无精子症中通过阶段特异性通讯介导精子发生障碍的机制	鉴定了三种新的Sertoli细胞亚型表型(SC4/immature, SC7/mature, SC8/further mature)及其阶段特异性相互作用模式，并发现Notch1/2/3信号通路是主要调控机制	样本量相对有限，且未探讨其他潜在信号通路的作用	探究非梗阻性无精子症中精子发生障碍的细胞类型特异性异常	梗阻性无精子症(OA)和非梗阻性无精子症(NOA)患者的睾丸组织	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	OA和NOA患者的睾丸组织(具体数量未明确说明)
23	2025-05-16	Evidence of secondary Notch signaling within the rat small intestine 2025-May-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204277 PMID:40371707	research paper	该研究探讨了大鼠小肠中一种罕见的上皮细胞群体CFTR高表达细胞（CHEs）的特定形成机制	揭示了CHEs通过Notch信号通路的二次激活从其他分泌细胞中分化出来的新机制	研究主要基于大鼠模型，未在小鼠中发现CHEs，可能限制结果的普遍性	理解小肠分泌细胞谱系的多样性形成机制	大鼠小肠中的CFTR高表达细胞（CHEs）	分子生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），假时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
24	2025-05-16	Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70095 PMID:40371813	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术开发了基于小胶质细胞的生物年龄标记物	利用单细胞RNA测序数据开发了新的生物年龄计算模型，相比传统批量分析方法能更精确地反映个体生物年龄	研究主要基于小鼠和人类的小胶质细胞数据，可能不适用于其他细胞类型	开发基于小胶质细胞单细胞转录组数据的生物年龄预测模型	人类和小鼠的小胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq	无监督频率汇总模型	单细胞转录组数据	三个不同的单细胞数据集
25	2025-05-16	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	research paper	研究ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调控作用	首次揭示ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证明其可作为新型肿瘤相关巨噬细胞标志物	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探索ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值	胶质瘤患者样本和细胞系	digital pathology	glioma	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	公共数据库数据+自建队列样本
26	2025-05-16	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化	首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异	样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心	分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织	数字病理学	白塞氏综合征	单细胞RNA测序	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	转录组数据	6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者）
27	2025-05-16	Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02562-24 PMID:39611685	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析了致命性Coccidioides posadasii感染期间的肺部免疫动态	识别了单核细胞衍生的表达巨噬细胞作为组织重塑和纤维化的潜在介质，并揭示了TGF-β和IL-6信号通路的激活	研究聚焦于致命性感染，可能不适用于所有类型的Coccidioidomycosis感染	深入了解致命性Coccidioides posadasii感染期间的免疫反应	肺部免疫细胞	免疫学	肺部疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	NA
28	2025-05-16	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	research paper	该研究探讨了肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系，并研究了Pseudoalteromonas elyakovii对肿瘤微环境的代谢重编程作用	揭示了肿瘤内微生物群的组成与肿瘤发展的相关性，并发现Pseudoalteromonas elyakovii的上清液在促进肿瘤生长方面的显著能力	研究样本量较小（102例），且仅在乳腺癌导管癌中进行了研究，未涵盖其他类型的癌症	研究肿瘤内微生物群与乳腺癌发展的关系及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用价值	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织中的微生物群	肿瘤微生物学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组数据、基因表达数据	102例乳腺癌导管癌样本
29	2025-05-16	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	研究论文	本文提出了一种基于Swin Transformer和扩散模型的scRNA-seq数据恢复方法scSTD，旨在解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型相结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物学变异	未明确提及具体局限性，但可能包括计算复杂度较高或对特定数据类型的适应性有限	提高单细胞RNA测序数据的恢复质量，减少丢失事件和技术噪声对下游分析的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, 扩散模型, 深度自编码器	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据集（具体数量未提及）
30	2025-05-16	Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain 2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异	研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系	31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本	分子生物学	阿尔茨海默病	酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31个大脑样本（包括AD和ND）
31	2025-05-16	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	research paper	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了亚细胞水平RNA空间分布的转录组分析，揭示了RNA在亚细胞区室中的功能角色	未提及方法的具体技术限制或应用范围限制	开发一种能够在亚细胞水平分析RNA空间分布的新方法，以理解RNA的功能和调控	RNA在亚细胞区室（如核仁、线粒体和应激颗粒）中的分布	空间转录组学	NA	高分辨率成像与高通量测序结合	NA	RNA空间分布数据	未明确提及具体样本数量，但包括卵巢中的颗粒细胞等
32	2025-05-16	Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein 2025-May-14, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00981-6 PMID:40368950	research paper	该研究探讨了帕金森病患者中对α-突触核蛋白反应的CD4 T细胞的记忆富集差异	发现了CELSR2在PD_R患者CD4效应记忆T细胞中的高表达，以及Granulysin CD4细胞毒性T细胞的减少	研究样本可能有限，且需要进一步验证这些发现的功能意义	深入了解对α-突触核蛋白反应的帕金森病患者的T细胞亚群变化	帕金森病患者和健康对照者的CD4 T细胞	神经免疫学	帕金森病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	帕金森病患者和健康对照者的T细胞样本
33	2025-05-16	Single-cell RNA sequencing reveals immunological link between house dust mite allergy and childhood asthma 2025-May-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01538-6 PMID:40368964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童哮喘与屋尘螨过敏之间的免疫学联系，并探索了潜在的诊断标志物	首次在单细胞分辨率下研究了屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，并识别了HLA-DR和HLA-DP作为主要标志受体	样本量较小（仅8名儿童），且研究仅限于外周血单个核细胞	探索屋尘螨过敏儿童哮喘的免疫学特征，寻找诊断标志物	屋尘螨过敏的哮喘儿童	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	8名4-11岁的哮喘儿童
34	2025-05-16	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	research paper	该研究利用MERFISH技术和深度学习核分割，揭示了人类胎儿大脑皮层的分子、细胞和结构发育，构建了一个包含1800多万个单细胞的空间图谱	发现了两种不同的皮层区域特化模式，并挑战了关于中期妊娠皮层区域化仅涉及梯度样转变的观点	研究仅涵盖胎儿发育阶段，未涉及成人皮层	探索人类大脑皮层的分子特化和发育过程	人类胎儿大脑皮层	digital pathology	NA	MERFISH, 单核RNA测序	深度学习	空间转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
35	2025-05-16	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	research paper	该研究探讨了人类特异性增强子HARE5如何通过调节神经祖细胞的增殖和神经发生能力，精细调控大脑皮层的发育和连接	揭示了人类特异性增强子HARE5通过放大经典WNT信号通路促进祖细胞增殖的新机制，为理解人类大脑皮层扩展和复杂性提供了新视角	研究主要依赖基因编辑小鼠和灵长类模型，人类大脑发育的完全模拟仍存在挑战	探索人类加速区域(HARs)在物种特异性大脑皮层发育中的功能贡献	人类特异性增强子HARE5及其对神经祖细胞和大脑皮层发育的影响	神经科学	NA	基因编辑、单细胞RNA测序、固定和活体成像、谱系分析	基因编辑小鼠(Mus musculus)和灵长类模型(人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官)	基因组数据、RNA测序数据、成像数据	基因编辑小鼠模型、人类和黑猩猩(Pan troglodytes)神经祖细胞及皮层类器官
36	2025-05-16	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统描绘了白血病进展过程中基质细胞信号的时间动态变化，并鉴定出牛磺酸作为骨髓恶性肿瘤的关键调控因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探究骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CRISPR筛选, 多组学分析	TAUT基因功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
37	2025-05-16	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May-14, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌的上皮-间质转化，并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT过程，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	寻找弥漫型胃癌的特异性生物标志物和治疗靶点	弥漫型胃癌(DGC)及其微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组化染色、单细胞RNA测序、类器官培养、共培养系统	数学模型	基因组数据、组织微阵列、单细胞数据	三个基因组数据库(TCGA、GSE62254和GSE26253)的数据，以及组织微阵列和患者血液样本
38	2025-05-16	Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics 2025-May-14, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00845-y PMID:40369312	review	本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择	提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法	NA	探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展	空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
39	2025-05-16	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-May-14, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的机制，并发现其可作为肺腺癌免疫治疗的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学机制及其免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）、巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、组织样本	NA（未明确说明样本数量）
40	2025-05-16	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	研究论文	本研究通过多组学方法探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变患者的相关表观遗传数据	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、mRNA表达数据、miRNA表达数据	公共数据库中的DR相关数据集（具体数量未明确说明）