单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-04	CD55 upregulation in T cells of COVID-19 patients suppresses type-I interferon responses 2025-May-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08066-z PMID:40316776	研究论文	研究发现COVID-19重症患者T细胞中CD55上调抑制了I型干扰素反应	首次揭示了CD55在COVID-19重症患者中对I型干扰素反应的新调控作用	研究主要基于体外实验，需要更多体内实验验证	探究补体调节蛋白在COVID-19发病机制中的作用	COVID-19重症和危重症患者的PBMCs、T细胞和单核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、FACS分析	NA	RNA-seq数据、流式细胞数据	COVID-19重症和危重症患者的PBMCs样本
22	2025-05-04	Integrating analysis of multi-omics summary data identifies novel plasma protein biomarkers and drug targets for bladder cancer 2025-May-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02476-5 PMID:40316856	研究论文	通过整合多组学摘要数据分析，识别与膀胱癌风险相关的血浆蛋白生物标志物和药物靶点	使用孟德尔随机化方法和大样本多中心数据，首次鉴定出14种与膀胱癌发病机制有因果关系的血浆蛋白	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源可能存在异质性	解决膀胱癌的诊断和治疗挑战，寻找潜在的血浆蛋白生物标志物和药物靶点	膀胱癌患者和健康人群的血浆蛋白数据	生物信息学	膀胱癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析	NA	多组学数据(血浆蛋白组、基因组)	5538种血浆蛋白和3个膀胱癌数据集(ieu-b-4874, ukb-b-8193, FinnGen_R11_C3_BLADDER_EXALL)
23	2025-05-04	Whole-body CT scanning radiation improves the immune microenvironment of tumor tissues to enhance the antitumor effect of ICI 2025-May-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14119-7 PMID:40316957	研究论文	探讨全身CT扫描辐射对免疫检查点抑制剂（ICI）治疗中患者抗肿瘤免疫的影响	首次研究CT扫描辐射对ICI治疗效果的影响，发现频繁CT扫描可能增强抗肿瘤免疫反应	研究为回顾性临床研究，样本量可能有限，且小鼠模型结果需进一步验证	研究CT扫描辐射对免疫检查点抑制剂治疗效果的影响	IV期非小细胞肺癌（NSCLC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	全身CT扫描、单细胞测序	激素小鼠模型	临床数据和小鼠实验数据	IV期NSCLC患者和小鼠模型
24	2025-05-04	Exploring ribosome biogenesis in lung adenocarcinoma to advance prognostic methods and immunotherapy strategies 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06489-0 PMID:40316986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了核糖体生物发生（RiboSis）与肺腺癌（LUAD）的关系，并构建了一个与核糖体生物发生相关的特征（RBS），用于预后预测和免疫治疗策略的优化	首次利用单细胞RNA测序技术构建了与核糖体生物发生相关的特征（RBS），并验证了其在肺腺癌预后预测和免疫治疗评估中的优越性能	研究样本量未明确说明，且体外实验仅验证了KIF23基因的功能，未涵盖其他潜在关键基因	探索核糖体生物发生在肺腺癌中的作用，并开发新的预后和免疫治疗评估方法	肺腺癌（LUAD）患者及其肿瘤微环境中的T细胞亚群	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
25	2025-05-04	Exploring secondary extramedullary myeloma disease: a five-predictor scoring system with spotlight on double-hit cytogenetics 2025-May-02, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04086-y PMID:40316968	research paper	本研究探讨了继发性髓外骨髓瘤疾病（sEMD），提出了一个包含五个预测因子的评分系统，并重点关注了双打击细胞遗传学	提出了一个包含五个独立预测因子的评分系统，用于评估sEMD风险，并通过单细胞RNA测序揭示了双打击骨髓瘤中MAPK激活和CD8+记忆及NK效应细胞耗竭的潜在机制	样本量相对较小（77例sEMD患者），且研究时间跨度较长（2013年至2022年）	识别sEMD的预测标志物，并探索双打击骨髓瘤在sEMD发展中的潜在机制	618例新诊断的多发性骨髓瘤患者中的77例sEMD患者	肿瘤学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	时间-事件模型	临床数据和RNA测序数据	77例sEMD患者
26	2025-05-04	Decoding per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) in hepatocellular carcinoma: a multi-omics and computational toxicology approach 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06517-z PMID:40317014	研究论文	本研究采用多组学和计算毒理学方法，揭示了全氟和多氟烷基物质（PFAS）在肝细胞癌（HCC）中的作用机制	结合网络毒理学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学等多种技术，首次构建了PFAS相关HCC特征（PFASRHSig）生存风险模型	研究主要基于公开的转录组数据，实验验证样本量有限	探究PFAS暴露导致HCC的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（HCC）	计算毒理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、分子对接模拟、RT-qPCR、免疫组化染色	机器学习、PPI网络分析	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	多个公开HCC队列数据+实验验证样本
27	2025-05-04	PD-1 regulates the anti-tumor immune function of macrophages through JAK2-STAT3 signaling pathway in colorectal cancer tumor microenvironment 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06469-4 PMID:40317043	research paper	本研究探讨了PD-1在结直肠癌肿瘤微环境中通过JAK2-STAT3信号通路调控巨噬细胞抗肿瘤免疫功能的作用	揭示了PD-1在肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)上的表达及其通过JAK2-STAT3信号通路调控巨噬细胞功能的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床相关性有待进一步验证	探究PD-1在肿瘤微环境中对巨噬细胞功能的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)	肿瘤免疫学	结直肠癌	bulk RNA测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	荧光标记的荷瘤小鼠模型	RNA测序数据和功能实验数据	小鼠模型和体外培养的巨噬细胞
28	2025-05-04	SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data 2025-May-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03573-y PMID:40317049	研究论文	开发了一种名为SlideCNA的计算工具，用于从稀疏的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号	SlideCNA利用表达感知的空间分箱技术克服数据稀疏性限制，同时保持空间信号以恢复CNA模式	仅针对Slide-seq类似的空间转录组数据进行了测试，未涉及其他类型数据	从空间转录组数据中检测拷贝数变异，以研究实体肿瘤的空间异质性	转移性乳腺癌的模拟和真实Slide-seq数据	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	空间转录组数据	模拟和真实Slide-seq数据（未明确样本数量）
29	2025-05-04	Systematic evaluation of single-cell RNA-seq analyses performance based on long-read sequencing platforms 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.020 PMID:38782298	研究论文	本文系统地评估了基于长读长测序平台的单细胞RNA-seq分析性能	首次系统地比较了ONT和PacBio在单细胞RNA-seq分析中的性能，包括细胞类型识别、新异构体鉴定和等位基因特异性表达分析的可靠性	研究仅基于特定数量的单细胞cDNA文库，可能无法完全代表所有情况	评估长读长测序技术在单细胞转录组研究中的性能表现	单细胞cDNA文库	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq, ONT, PacBio, NGS	NA	RNA测序数据	不同细胞数量的单细胞cDNA文库
30	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
31	2025-05-04	Sympathetic hyperinnervation drives abdominal aortic aneurysm development by promoting vascular smooth muscle cell phenotypic switching 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.05.028 PMID:38821358	research paper	本研究探讨了交感神经过度支配在腹主动脉瘤（AAA）发展中的作用及其机制	揭示了交感神经过度支配通过释放eATP激活eATP-P2rx4-p38信号通路促进VSMC表型转换的新机制，并发现破骨样细胞分泌的Sema4D诱导交感神经扩散和过度支配	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究交感神经过度支配在AAA发展中的作用及潜在机制	小鼠AAA模型和AAA患者	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	Western blotting, 免疫化学染色, 转录组分析, 单细胞RNA测序	小鼠模型	分子生物学数据, 组织学数据	小鼠模型和AAA患者样本
32	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
33	2025-05-04	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-May, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究通过全面的单细胞分析揭示了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次在单细胞分辨率下揭示了TPPU通过调节肝脏巨噬细胞和中性粒细胞发挥免疫调节作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序和蛋白质组学分析	小鼠盲肠结扎穿孔模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型
34	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
35	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）
36	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
37	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)
38	2025-05-04	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-May, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	发现脂肪酸氧化通过调节代谢流和蛋白质乙酰化控制卫星细胞功能	未探讨其他能量来源对卫星细胞代谢的影响	研究卫星细胞代谢调控机制	成年肌肉干细胞（卫星细胞）	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
39	2025-05-04	Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013 PMID:40118065	研究论文	通过整合人类骨骼干细胞（hSSCs）的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，研究了骨骼发育和再生过程中hSSCs的功能多样性及其与骨骼表型的关联	揭示了hSSCs在不同骨骼部位的亚型组成及其独特的克隆动态，发现与年龄相关的骨形成和再生障碍源于hSSCs池中的病理性成纤维细胞转变，并提供了治疗衰老和骨骼疾病的新策略	研究主要基于实验室分离的hSSCs，可能无法完全反映体内复杂环境下的细胞行为	探索人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育和再生中的作用	人类骨骼干细胞（hSSCs）	干细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自十个骨骼部位的hSSCs
40	2025-05-04	Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012 PMID:40245869	研究论文	该研究通过整合分子表型分析揭示了代谢控制对干细胞胚胎模型形态变异的调控作用	利用机器学习整合时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析，识别了预测表型终态的早期特征，并揭示了氧化磷酸化和糖酵解早期失衡导致形态异常和神经谱系偏好的机制	研究结果主要基于体外干细胞胚胎模型，可能无法完全反映体内胚胎发育的复杂性	探究干细胞胚胎模型表型变异的生物学基础并提高其可重复性	模拟胚胎躯干形成的干细胞结构	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、机器学习、成像表型分析	机器学习模型	转录组数据、图像数据	NA