单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-08	Recurrence of acute allergic asthma depends on the role of ILC2 driven by Il1rl1 signaling 2025-May-06, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02220-0 PMID:40329299	研究论文	本文通过建立急性过敏性哮喘复发小鼠模型，利用单细胞转录组学等技术，揭示了ILC2s通过Il1rl1信号通路在哮喘复发中的关键作用	首次揭示了ILC2s通过Il1rl1信号通路驱动急性过敏性哮喘复发的机制，并提出了靶向Il1rl1作为预防哮喘恶化的新治疗策略	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究哮喘复发的细胞和分子机制，寻找预防哮喘恶化的新治疗靶点	急性过敏性哮喘复发小鼠模型	免疫学	哮喘	单细胞转录组学、流式细胞术、基因敲除实验	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
22	2025-05-08	Investigating the mechanisms by which low NAT1 expression in tumor cells contributes to chemo-resistance in colorectal cancer 2025-May-06, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01882-4 PMID:40329330	研究论文	本研究探讨了NAT1低表达在结直肠癌细胞中如何导致化疗耐药性	揭示了NAT1通过代谢重编程和VEGFA-VEGFR轴信号调控化疗耐药性的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	评估NAT1在结直肠癌化疗耐药中的作用并寻找克服策略	结直肠癌细胞系(CaCO2和HCT116)和肿瘤组织	癌症研究	结直肠癌	多组学分析(代谢组学和NGS)、scRNA-seq、Cellchat检测、Western blot	NA	基因表达数据、代谢数据、蛋白质数据	两种结直肠癌细胞系和肿瘤组织样本
23	2025-05-08	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	研究论文	通过小鼠模型中的定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，研究肠道上皮细胞更新的细胞机制	结合三种互补的小鼠模型、数学建模和单细胞RNA测序，提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	解析肠道上皮细胞更新的细胞机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞、Lgr5+肠道干细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
24	2025-05-08	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	揭示了X染色体再激活的动力学特征及其与PRC2依赖机制的关联	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探究雌性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制	小鼠胚胎中的原始生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	小鼠胚胎从E9.5到E16.5的原始生殖细胞
25	2025-05-08	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地条件的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进根系伸长和增厚以增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系发育和抗旱性	研究仅聚焦于根系发育的分子机制，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地条件的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系发育	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系组织
26	2025-05-08	Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease 2025-May-05, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02884-5 PMID:40323467	研究论文	本研究通过单核RNA测序和基于图像的空间转录组学技术，探讨了帕金森病(PD)患者背侧纹状体中少突胶质细胞的多样性和疾病影响	首次在PD患者背侧纹状体中定义了15种少突胶质细胞亚类，其中4种与疾病相关，并揭示了这些细胞群的分子特征和空间分布	研究样本量相对有限(~200,000个细胞核)，且仅关注了背侧纹状体区域	阐明少突胶质细胞在帕金森病中的角色及其分子机制	人类尾状核和壳核(背侧纹状体)中的少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	sn-RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学分析	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据	约200,000个少突胶质细胞核
27	2025-05-08	Integrated multiomics and Mendelian randomization identify CHIT1 as a novel sepsis biomarker and therapeutic target 2025-May-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99619-z PMID:40325173	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，识别出CHIT1作为脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	首次发现CHIT1在脓毒症非存活者中高表达，并与28天死亡率相关，揭示了其在加剧中性粒细胞过度炎症和免疫抑制中的作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	寻找能预测脓毒症患者预后的新生物标志物并探索其分子机制	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	批量转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	单变量Cox回归模型、细胞通讯分析	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682等)和eQTLGen Consortium、IEU OpenGWAS项目的样本
28	2025-05-08	Modulation of senescent Lepr+ skeletal stem cells via suppression of leptin-induced STAT3‒FGF7 axis activation alleviates abnormal subchondral bone remodeling and osteoarthritis progression 2025-May-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04342-1 PMID:40325465	研究论文	本研究通过抑制瘦素诱导的STAT3-FGF7轴激活来调节衰老的Lepr+骨骼干细胞，从而缓解异常软骨下骨重塑和骨关节炎进展	揭示了瘦素-Lepr信号通路通过激活STAT3-FGF7轴促进骨骼干细胞衰老并加剧骨关节炎进展的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索骨骼干细胞衰老在骨关节炎进展中的作用及潜在治疗策略	小鼠膝关节的关节软骨和软骨下骨	骨生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), microCT, 病理分析	小鼠创伤后骨关节炎(PTOA)模型	基因表达数据, 影像数据, 病理数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
29	2025-05-08	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-May-05, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞分析揭示了敌草快诱导的氧化应激及其对器官特异性毒性的影响	首次构建了敌草快中毒后小鼠多器官单细胞图谱，揭示了氧化应激微环境在多器官损伤中的核心作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究敌草快诱导的多器官损伤特征及其分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾脏	单细胞测序	中毒性器官损伤	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过270,000个小鼠细胞
30	2025-05-08	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过多模态方法研究肠道隐窝组织中干细胞的动态变化	整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示隐窝底部干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	NA	解析肠道隐窝组织中干细胞的动态变化及其在维持肠道上皮稳态中的作用	肠道隐窝底部的Lgr5阳性干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	single-cell RNA sequencing data	NA
31	2025-05-08	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-05, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	本文探讨了不同情境下小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞转录状态的多样性，并探讨了非稳态条件下特定情境特征的诱导	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义，以推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
32	2025-05-08	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息增强的细胞类型特异性（CTS）差异基因表达分析，并应用于AD相关表型研究	ST数据样本量较小可能影响分析效力	提高AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
33	2025-05-08	Lipopolysaccharide alters cell communication at the maternal-fetal interface revealed by single-cell RNA-sequencing 2025-May-04, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143939 PMID:40328399	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探讨了脂多糖（LPS）诱导的炎症对母胎界面细胞组成、细胞间相互作用及关键信号通路的影响	首次利用单细胞RNA测序揭示LPS如何改变母胎界面的细胞通讯及信号通路	研究仅关注了LPS诱导的炎症反应，未涉及其他类型感染的影响	研究LPS诱导的炎症对母胎界面细胞通讯的影响	母胎界面组织中的各种细胞类型	生殖医学	妊娠相关疾病	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及多种细胞类型（如子宫内膜上皮细胞、基质细胞、成纤维细胞等）
34	2025-05-08	Transcriptomic and proteomic characterization of cell and protein biomarkers of checkpoint inhibitor-induced liver injury 2025-May-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04033-z PMID:40317333	研究论文	本研究通过多组学方法分析了免疫检查点抑制剂（ICI）引起的肝损伤（ChILI）患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性、基因表达和蛋白质的变化	首次通过转录组学和蛋白质组学结合的方法，全面描述了ChILI的免疫和分子机制，并识别了潜在的生物标志物	样本量有限，且仅针对特定类型的免疫检查点抑制剂引起的肝损伤	研究免疫检查点抑制剂引起的肝损伤的免疫和分子机制	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者	生物医学	肝损伤	转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、质谱分析	NA	血液样本、PBMCs、血浆外泌体	ChILI患者组与对照组
35	2025-05-08	The immunosuppressive role of VSIG4 in colorectal cancer and its interaction with the tumor microenvironment 2025-May-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02411-8 PMID:40317372	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了VSIG4在结直肠癌免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤微环境的相互作用	首次证明VSIG4、CYBBC3AR1和FCGR1A在结直肠癌免疫微环境中起关键作用，特别是VSIG4在巨噬细胞活性和CD8+T细胞免疫耗竭中的免疫调节功能	未提及具体样本量限制或实验设计的潜在缺陷	探究结直肠癌免疫微环境中的关键基因及其作用机制	结直肠癌患者数据及巨噬细胞亚群	癌症免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PCR、非负矩阵分解(NMF)、LASSO和随机森林模型	LASSO、随机森林	基因表达数据、单细胞转录组数据	TCGA-COAD数据集和GEO数据库中的结直肠癌患者数据（具体数量未说明）
36	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals a fibroblast gene signature that promotes T-cell infiltration in muscle-invasive bladder cancer 2025-May-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08094-9 PMID:40319103	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了促进T细胞浸润的成纤维细胞基因特征在肌层浸润性膀胱癌中的作用	发现了两种干扰素响应的成纤维细胞群在MIBC肿瘤微环境中的主导作用，并揭示了Tex细胞与CAFs之间的双向作用机制	样本量较小（19个组织样本来自12名患者）	探究肌层浸润性膀胱癌中肿瘤微环境的复杂相互作用机制	肌层浸润性膀胱癌患者的组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个组织样本（来自12名患者：7例MIBC，3例NMIBC，9例正常组织）
37	2025-05-08	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和转录组分析，发现了一种特定的FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，能够提高肝细胞癌（HCC）患者对PD-1抑制剂的治疗反应	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示了其通过CCL19-CCR7轴促进三级淋巴结构形成和免疫细胞浸润的机制，为HCC免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的分子机制	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、时间飞行质谱流式细胞术	小鼠原位HCC模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同PD-1治疗反应的HCC患者样本和小鼠模型
38	2025-05-08	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	研究评估了HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及Entinostat或αPD-1联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合用于治疗HPV16+癌症，并展示了优于αPD-1组合的疗效	研究仅在αPD-1耐药的HPV16+癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+癌症小鼠模型（TC-1和mEER肿瘤）	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序（TCR富集）	NA	细胞表型数据、转录组数据	HPV16+癌症小鼠模型
39	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
40	2025-05-08	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药性的机制	首次发现CTHRC1+ CAFs通过TGF-β/Smad3信号通路增强癌细胞糖酵解活性，并通过组蛋白乳酸化形成正反馈环路维持EGFR-TKI耐药性	未明确说明研究样本量及临床前模型的验证范围	探究CAFs在EGFR-TKI耐药性中的作用机制并寻找克服耐药性的策略	肺癌患者肿瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA