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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-11 |
PH2ST: Prompt-guided hypergraph learning for spatial transcriptomics prediction in whole slide images
2026-May, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2026.104008
PMID:41775138
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研究论文 | 提出了一种基于提示引导的超图学习框架PH2ST,用于从H&E染色全切片图像预测空间转录组学数据 | 提出提示引导的超图学习框架,利用有限的空间转录组信号指导多尺度组织学表示学习,实现准确稳健的空间基因表达预测 | 未明确说明,但基于摘要推断可能受限于数据集规模和提示采样策略的普适性验证 | 开发从H&E染色图像预测空间转录组学的计算框架,克服现有技术成本高、覆盖有限和异质性挑战 | 两个公共空间转录组学数据集 | 数字病理学 | 未指定 | 空间转录组学 | 超图学习、提示引导学习 | 图像(H&E染色全切片图像)和基因表达数据 | 两个公共空间转录组数据集 | 未指定 | 空间转录组学 | 未指定 | 未指定 |
| 22 | 2026-06-11 |
Inhibiting VTCN1 overcomes immunosuppression in colorectal cancer to activate T cells via galectin-3
2026-May-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00323.2025
PMID:41778365
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研究论文 | 通过多组学框架阐明VTCN1-半乳糖凝集素3轴在结直肠癌中驱动免疫抑制,抑制VTCN1可激活T细胞并抑制肿瘤进展 | 首次揭示VTCN1-半乳糖凝集素3轴作为结直肠癌免疫抑制的关键通路,并验证VTCN1抑制剂SGN-B7H4的治疗潜力 | NA | 探究VTCN1和半乳糖凝集素3在结直肠癌免疫抑制中的作用机制及治疗潜力 | 结直肠癌细胞及T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | 单细胞数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-06-11 |
Unraveling pancreatic ductal adenocarcinoma at single-cell resolution with spatial insights: From mechanisms to clinical translation
2026-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218391
PMID:41771343
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综述 | 综述单细胞RNA测序在揭示胰腺导管腺癌异质性与肿瘤微环境中的进展,并探讨结合空间多组学方法转化至临床应用 | 系统整合单细胞与空间多组学方法,提出以单细胞和空间分辨率理解胰腺导管腺癌生物学的框架 | NA | 总结单细胞RNA测序在胰腺导管腺癌研究中的应用,探索从机制到临床翻译的路径 | 胰腺导管腺癌细胞及其肿瘤微环境,包括T细胞、髓系细胞、成纤维细胞和恶性上皮细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | scRNA-seq, 空间多组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-06-11 |
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-May, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111224
PMID:41780767
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研究论文 | 比较单细胞测序技术在兔精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 | 首次在兔精子细胞中利用长读长测序技术进行等位基因特异性表达分析,并比较了不同测序平台的性能 | 短读长测序(Illumina)被认为不适用于该分析,且结果需要进一步验证其在基因生物防治中的适用性 | 识别兔精子细胞中候选等位基因特异性表达基因,用于未来基因生物防治研究 | 欧洲兔(Oryctolagus cuniculus)的精子细胞 | 数字病理学 | 遗传性疾病 | 单细胞测序、长读长测序、短读长测序 | NA | 序列数据 | 兔精子细胞样本(具体数量未提及) | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 长读长测序平台(具体未指定) | 短读长测序采用Illumina平台,长读长测序采用未明确指定的平台 |
| 25 | 2026-06-11 |
Spatial transcriptomics characterisation of radionecrotic changes in glioblastoma patients
2026-May-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag026
PMID:41783996
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研究论文 | 通过空间转录组学分析,表征胶质母细胞瘤患者放疗后放射性坏死变化的细胞和分子特征 | 首次使用空间单细胞转录组学技术(Xenium平台)详细描绘胶质母细胞瘤进展与放射性坏死脑组织的空间转录组图谱,揭示肿瘤细胞在不同病理状态下的基因表达差异,特别是EGFR表达和增殖特征 | 样本量较小(9例患者的10个样本),可能限制结果的普适性;研究依赖手术切除的组织样本,无法完全反映动态的肿瘤微环境变化 | 区分胶质母细胞瘤放疗后放射性坏死与肿瘤进展的分子和空间特征,为临床诊断和治疗提供新见解 | IDH野生型胶质母细胞瘤患者的放疗后组织样本,包括肿瘤复发和放射性坏死样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间单细胞转录组数据 | 9例患者的10个样本(4例肿瘤复发、4例放射性坏死、1例两者兼有) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium平台 | Xenium空间单细胞转录组分析平台 |
| 26 | 2026-06-11 |
Neutrophil CAPNS1 regulates cardiac inflammation and injury by promoting NETosis in CVB3-induced myocarditis
2026-May, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 研究了中性粒细胞CAPNS1在柯萨奇病毒B3诱导的心肌炎中通过促进NETosis调节心脏炎症和损伤的作用 | 首次揭示中性粒细胞CAPNS1通过calpain介导的Nesprin 1降解促进NETs形成,从而加重病毒性心肌炎的心脏损伤,并提出了靶向CAPNS1的新治疗策略 | 未提及 | 探讨中性粒细胞CAPNS1在CVB3诱导心肌炎中的免疫调节机制及其作为治疗靶点的潜力 | CVB3感染的小鼠模型及分离的骨髓来源中性粒细胞 | machine learning | 心肌炎 | 单细胞测序,免疫共沉淀,条件性基因敲除 | NA | 单细胞测序数据 | CVB3感染小鼠及对照小鼠的心脏组织、骨髓来源中性粒细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 27 | 2026-06-11 |
Targeting ACSS2 disrupts metabolic-epigenetic crosstalk to restore apoptosis and temozolomide chemosensitivity in pancreatic neuroendocrine tumors
2026-May-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218406
PMID:41786280
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研究论文 | 本研究发现乙酰辅酶A合成酶2通过代谢表观遗传轴驱动胰腺神经内分泌肿瘤对替莫唑胺的耐药性,并揭示了靶向ACSS2/BCL6/P53通路可恢复凋亡和化疗敏感性 | 首次阐明ACSS2通过代谢-表观遗传互作调控BCL6转录进而抑制TP53表达的耐药机制,并验证了ACSS2抑制剂联合免疫治疗的协同增效作用 | 未提及具体研究局限 | 探究胰腺神经内分泌肿瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找治疗新靶点 | 胰腺神经内分泌肿瘤细胞、患者源性类器官和免疫活性Rip1-Tag2小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床队列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-06-11 |
Sensitizer-Induced Basophils Accelerate Skin Re-Epithelialization via IL-4/IL-13-Mediated Macrophage Polarization
2026-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70279
PMID:41787818
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research paper | 本研究揭示致敏物诱导的嗜碱性粒细胞通过IL-4/IL-13介导的巨噬细胞极化加速皮肤再上皮化 | 发现嗜碱性粒细胞在致敏皮肤中具有促进组织修复的新功能,超越其传统致痒和促炎作用,并阐明IL-4/IL-13依赖的巨噬细胞重编程机制 | 未在论文标题和摘要中明确说明局限性 | 探究致敏皮肤反应中募集的嗜碱性粒细胞是否促进伤口愈合 | 嗜碱性粒细胞在致敏物诱导的皮肤损伤模型中的功能 | machine learning | atopic dermatitis | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、RT-qPCR、免疫组化 | NA | image | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-06-11 |
Single-Cell Analysis Identified a Recurrent Malignant-Associated Transcriptional State in Colorectal Cancer
2026-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70335
PMID:41770629
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研究论文 | 对四名日本结直肠癌患者的肿瘤及癌旁组织进行单细胞RNA测序,识别出一个共同的恶性相关转录状态,并发现KCNQ1OT1高表达与RASSF6低表达的特征 | 首次在日本人结直肠癌队列中通过单细胞分析发现一个跨患者共有的恶性相关转录状态,并揭示RASSF6表达在东亚人群中与西方人群存在差异 | 仅基于四名日本患者数据,样本量小且种族单一,结论的普适性需进一步验证 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌的肿瘤异质性和恶性细胞特征 | 四名日本结直肠癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名日本结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-05-09 |
TRAP5 Inhibition Targeting Scar-Associated Macrophages Ameliorates Acute Kidney Injury to Chronic Kidney Disease Transition
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202519855
PMID:41773735
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research paper | 通过单细胞RNA测序图谱,研究发现靶向疤痕相关巨噬细胞中的TRAP5可抑制急性肾损伤向慢性肾病的转变 | 首次发现TRAP5阳性疤痕相关巨噬细胞在AKI-CKD转化中的致病作用,并验证药理学抑制TRAP5可保护肾功能和结构 | 该研究主要基于小鼠模型,未在大型动物或人类临床试验中验证,且观察到的主要是短期疗效 | 探究急性肾损伤向慢性肾病转化中巨噬细胞状态的变化及TRAP5的作用机制 | 使用马兜铃酸I诱发的小鼠急性肾损伤模型,以及缺血再灌注损伤和单侧输尿管梗阻模型 | machine learning | kidney disease | single-cell RNA-seq | NA | single-cell RNA-seq data | 39345个细胞,来自对照、急性期和重塑期小鼠肾脏,共18个细胞簇 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 31 | 2026-06-11 |
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-Apr-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199694
PMID:41785046
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研究论文 | 本研究利用人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型,评估ICIs单独或联合促炎细胞因子对肾脏的影响,并测试选择性TNF-α阻断能否预防ICI相关的急性间质性肾炎 | 首次在人源化小鼠模型中研究TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂相关肾炎的缓解作用,并揭示ICIs与促炎细胞因子的协同效应 | 未指出具体局限性 | 探索TNF-α阻断在预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎中的作用 | 人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠 | 机器学习和数字病理学交叉领域 | 免疫相关急性间质性肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4组小鼠(每组数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2026-06-11 |
Tumor-Educated Extracellular Vesicle-Derived LINC01116 Drives Non-Small Cell Lung Cancer Progression and Immunosuppression by Sponging miR-3614-5p to Upregulate ARHGAP1
2026-Apr-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116347
PMID:41764827
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研究论文 | 该文章研究了肿瘤教育细胞外囊泡来源的LINC01116通过海绵吸附miR-3614-5p上调ARHGAP1,驱动非小细胞肺癌进展和免疫抑制 | 首次发现细胞外囊泡来源的LINC01116在非小细胞肺癌中通过ceRNA机制调控ARHGAP1表达,并促进肿瘤进展和免疫抑制 | 未提及具体局限性 | 探究细胞外囊泡来源的长链非编码RNA在非小细胞肺癌进展和肿瘤免疫微环境中的作用 | 非小细胞肺癌患者组织样本、血液样本、细胞系、小鼠模型 | 机器学习 | 肺癌 | NGS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA数据集中的非小细胞肺癌样本 | Illumina | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA数据使用的测序平台 |
| 33 | 2026-06-11 |
The ZNF737-CXCL10 axis drives immune exclusion and resistance to anti-PD-1 therapy in bladder cancer
2026-Apr-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116443
PMID:41785601
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研究论文 | 系统研究ZNF737-CXCL10轴在膀胱癌中介导免疫排斥及抗PD-1治疗抵抗的机制 | 首次揭示ZNF737作为膀胱癌特异性免疫逃逸关键转录因子,通过直接转录抑制CXCL10导致CD8+ T细胞募集受损,并在人源化小鼠模型中验证其作为“冷-热”转化治疗靶点的潜力 | 缺乏大规模前瞻性临床队列验证ZNF737作为生物标志物的敏感性,且ZNF737在非膀胱癌类型中的免疫调控机制未涉及 | 阐明膀胱癌免疫排斥表型的肿瘤内在分子驱动机理,探索新联合治疗策略 | 膀胱癌细胞、CD8+ T细胞、HLA匹配的人源化小鼠模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测 | CNN | 图像, 文本, 测序数据 | 多个独立患者队列(含多组免疫治疗队列) | Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'用于单细胞测序,Illumina NovaSeq用于批量测序 |
| 34 | 2026-06-11 |
Norepinephrine promotes colorectal cancer liver metastasis via mechanisms dependent on Kupffer cells
2026-Apr-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116449
PMID:41785604
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研究论文 | 该研究通过整合临床分析、单细胞转录组图谱及体内外实验,揭示了去甲肾上腺素通过β2-AR/PI3K/Akt通路促进库普弗细胞M2样极化并分泌CXCL12,从而加速结直肠癌肝转移的神经免疫机制 | 首次从单细胞层面揭示去甲肾上腺素通过β2-AR信号重编程肝库普弗细胞向促转移表型转化的具体分子机制,并阐明CXCL12-CXCR4轴在其中的关键作用 | 主要基于小鼠模型和体外实验,缺乏去甲肾上腺素对人类肝脏免疫微环境直接影响的临床验证;单细胞数据仅来自部分患者样本,可能存在人群异质性 | 探究去甲肾上腺素如何通过影响肝驻留巨噬细胞(库普弗细胞)促进结直肠癌肝转移的分子机制 | 结直肠癌肝转移患者的血液样本、肿瘤组织样本,以及小鼠结直肠癌肝转移模型中的库普弗细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床检测数据、小鼠模型实验数据 | 包含有/无肝转移的结直肠癌患者血液及肿瘤组织样本,以及小鼠模型中的多个样本组 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序,检测患者CRLM病变中的免疫细胞转录组 |
| 35 | 2026-06-11 |
Single-nucleus multiomic profiling of the aging mouse substantia nigra reveals conserved gene alterations linked to Parkinson's disease
2026-Apr-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281113.125
PMID:41781332
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学测序技术,对小鼠黑质在衰老过程中的转录组和表观遗传组进行分析,揭示了与帕金森病相关的保守基因变化 | 首次利用单核多组学技术,整合转录组和表观遗传组数据,跨生命历程系统剖析小鼠黑质中与衰老和帕金森病相关的细胞特异性基因调控变化 | 研究基于小鼠模型,结果向人类的推广性有限;且未涉及功能验证实验 | 探索衰老与帕金森病病理之间的分子机制,并识别潜在的易感基因和调控网络变化 | 小鼠黑质组织中的各类细胞(包括多巴胺能神经元、少突胶质细胞、小胶质细胞和谷氨酸能神经元等) | 机器学习 | 帕金森病 | 单核多组学测序 | NA | 基因表达数据 | 40,125个细胞核,覆盖小鼠整个生命周期 | 10x Genomics | 单核多组学 | 10x Genomics 单核多组学测序平台 | 10x Genomics 单核多组学测序,同时捕获转录组和表观遗传组信息 |
| 36 | 2026-06-11 |
Scalable cell-specific coexpression networks for granular regulatory pattern discovery with NeighbourNet
2026-Apr-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281171.125
PMID:41786602
|
研究论文 | 提出NeighbourNet方法,通过构建细胞特异性共表达网络,实现细粒度调控模式的发现 | 首次提出无需预定义聚类或细胞状态的细胞特异性共表达网络构建方法,结合主成分分析与局部回归克服单细胞数据噪声和稀疏性挑战 | 未明确提及局限性,但KNN回归在小样本量下的稳定性仍需进一步验证 | 开发可扩展的细胞特异性共表达网络构建方法,用于发现基因调控中的细微动态变化 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达调控模式 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | KNN回归,主成分分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2026-06-11 |
Identification of Novel Drug Targets for Pulmonary Arterial Hypertension through Integrated Plasma Proteomics
2026-Apr-03, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.5c01199
PMID:41777075
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研究论文 | 通过整合血浆蛋白质组学数据,利用蛋白质组范围孟德尔随机化方法识别肺动脉高压的新药靶点 | 首次通过整合两个大规模蛋白质组GWAS数据集与PAH GWAS数据,运用PWMR、贝叶斯共定位和SMR等多种方法优先筛选出CASP10、NOTCH3和NCAM2三个候选靶点,并结合分子对接、单细胞RNA测序和PheWAS进行多维度验证 | 研究主要基于欧洲人群的遗传数据,结果可能不适用于其他种族人群;需要进一步的实验验证来确认CASP10和NOTCH3作为治疗靶点的可行性和安全性 | 利用蛋白质组学数据识别与肺动脉高压相关的血浆蛋白,发现新的药物靶点 | 肺动脉高压患者与对照组的血浆蛋白质及相关遗传数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 蛋白质组学GWAS、孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 两个大型蛋白质组GWAS数据集和两个PAH GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-06-11 |
Spatial transcriptomics and single-cell analysis reveal GSTO2-mediated protective networks in oral squamous cell carcinoma tumor microenvironment
2026-Apr, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示GSTO2在口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中介导的保护性网络 | 首次通过单细胞和空间转录组学整合分析,发现GSTO2阳性上皮细胞具有增强的代谢重编程和免疫相互作用,并验证GSTO2与MX1的直接结合 | 研究主要基于公开数据,可能缺乏独立的队列验证;分子机制需进一步功能实验确认 | 研究口腔鳞状细胞癌中GSTO2介导的代谢和免疫保护网络及其作为生物标志物的潜力 | 口腔鳞状细胞癌样本中的细胞群和基因表达调控因子 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化, 分子对接, 免疫共沉淀 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 50,667个细胞,来自口腔鳞状细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 39 | 2026-06-11 |
Direct Cardiac Reprogramming in the Omics Era: Advances, Mechanisms, and Applications
2026-Apr, Cellular reprogramming
IF:1.2Q4
DOI:10.1177/21524971261427184
PMID:41766575
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综述 | 本文综述了组学时代下直接心脏重编程的进展、机制及其在心血管疾病治疗中的应用前景 | 通过整合多组学分析全面揭示了成纤维细胞向诱导心肌细胞样细胞转化过程中的分子机制和调控网络 | 未涉及具体实验验证或临床转化数据,主要基于已有文献综述 | 系统总结组学技术在直接心脏重编程研究中的应用及其对心血管疾病治疗的启示 | 成纤维细胞直接重编程为诱导心肌细胞样细胞的过程及相关分子机制 | 组学分析 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | NA |
| 40 | 2026-06-11 |
Transcriptome Comparison Between the Cultured and In Vivo Chick Primordial Germ Cells by SMART-Seq-Based Single-Cell RNA Sequencing
2026-Apr, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.70049
PMID:41775620
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研究论文 | 通过SMART-seq单细胞RNA测序比较培养与体内鸡原始生殖细胞的转录组差异 | 首次使用SMART-seq单细胞RNA测序揭示培养过程使PGC从MYC依赖转向MYCN依赖的基因调控网络,并发现新的种系偏向未分化细胞群体 | 未说明具体局限性 | 理解培养与体内鸡原始生殖细胞在分子水平的差异及其对发育过程的影响 | 鸡原始生殖细胞(PGCs) | 数字病理学 | 不适用 | SMART-seq单细胞RNA测序 | 不适用 | 转录组数据 | 单细胞样本(具体数量未提及) | 不适用 | 单细胞RNA测序 | SMART-seq | SMART-seq单细胞RNA测序 |