单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-09	Integrated bioinformatics analysis identifies CHAD association with osteoporosis and in vitro chondrogenic effects of Wogonin 2025-Jul-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05861-w PMID:40624035	研究论文	本研究通过整合生物信息学方法识别与骨质疏松症相关的基因，并探索中药成分对软骨生成的体外影响	首次将CHAD基因与骨质疏松症关联，并发现汉黄芩素对软骨生成的促进作用	仅进行了体外实验，缺乏体内验证	探索骨质疏松症的新型治疗靶点和中药替代疗法	骨质疏松症相关基因和中药成分	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序、分子对接、qRT-PCR	NA	基因表达数据	NA
22	2025-07-09	Neurogenomic and behavioral principles shape freezing dynamics and synergistic performance in Drosophila melanogaster 2025-Jul-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61313-z PMID:40624091	研究论文	本研究通过大规模行为实验和GWAS分析，揭示了果蝇在集体行为中对威胁刺激的冻结反应的神经和遗传基础	发现了Ptp99A和kirre等关键基因位点，这些基因参与视觉神经元发育并可能影响对同种个体的视觉反应，同时提出了‘多样性效应’的概念，即遗传多样性可诱导群体行为的灵活变化	研究主要集中于果蝇模型，结果在其它物种中的普适性尚待验证	探究果蝇集体行为中威胁反应的神经和遗传机制	黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)	神经科学	NA	GWAS、单细胞转录组学、功能实验、基于代理的模拟	NA	行为数据、基因表达数据	大规模果蝇群体(具体数量未明确说明)
23	2025-07-09	Novel single-cell preservation and RNA sequencing technology unlocks field studies for Plasmodium natural infections 2025-Jul-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08765-x PMID:40624152	研究论文	本文介绍了一种新型的单细胞保存和RNA测序技术，用于研究疟原虫自然感染	开发了适用于低资源环境的单细胞RNA保存和测序技术，首次在自然感染疟原虫的样本中应用单细胞RNA测序	目前仅在P. knowlesi疟原虫中验证了该技术，尚未在其他疟原虫种类中应用	开发适用于疟原虫自然感染研究的单细胞RNA测序技术	疟原虫(P. knowlesi)自然感染样本	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	6个样本，共22,345个P. knowlesi单细胞转录组
24	2025-07-09	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08451-8 PMID:40624286	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25	2025-07-09	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Jul-07, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	research paper	该研究通过生物信息学分析，绘制了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化图谱，并揭示了TGFβ信号通路和Trem2介导的神经炎症在脊髓损伤恢复中的关键作用	整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，揭示了小胶质细胞在脊髓损伤后的动态变化及其分子机制，提出了针对Trem2介导的神经炎症和TGFβ驱动的修复机制的双重调控轴治疗策略	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	研究脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其分子机制，以促进脊髓损伤的功能恢复	脊髓损伤后的小胶质细胞	digital pathology	spinal cord injury	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	RNA sequencing data	来自Gene Expression Omnibus (GEO)的多个数据集
26	2025-07-09	Regulation of revival stem cell differentiation by CREPT/RPRD1B during intestinal regeneration 2025-Jul-07, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01434-6 PMID:40624542	research paper	该研究揭示了CREPT/RPRD1B在肠道再生过程中对复活干细胞（revSCs）分化的调控作用	首次发现CREPT/RPRD1B在肠道再生过程中调控复活干细胞分化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类肠道再生中的相关性尚需验证	探究肠道再生过程中复活干细胞分化的调控机制	复活干细胞（revSCs）及其分化过程	分子生物学	肠道疾病	单细胞转录组分析、谱系追踪实验	Vil-CREPT基因敲除小鼠模型	基因表达数据	Vil-CREPT基因敲除小鼠
27	2025-07-09	Integrated analysis of polytranscriptomics reveals TNFSF ligand genes in pancreatic cancer prognosis and immune regulation 2025-Jul-07, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00733-4 PMID:40624624	研究论文	本研究通过整合分析多转录组数据，揭示了TNFSF配体基因在胰腺癌预后和免疫调节中的作用	首次基于TNFSF配体表达谱对胰腺癌进行分子分型，并发现TNFSF4在B细胞中的高表达与良好预后和免疫治疗反应相关	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究TNF配体家族成员在胰腺癌中的表达模式及预后意义	胰腺癌(PC)患者样本	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解(NMF)、ssGSEA、qRT-PCR	NMF聚类分析	RNA-seq数据	GSE212966和TCGA-PAAD数据集中的样本
28	2025-07-09	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Jul-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本文探讨了衰老小胶质细胞通过选择性消除海马CA1区的兴奋性突触介导神经炎症引起的认知功能障碍的机制	首次揭示了衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍的具体机制，并验证了ABT-737治疗对改善这一过程的潜在效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明神经炎症导致认知功能障碍的细胞机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型	RNA测序数据、电生理数据、蛋白质表达数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多种实验技术验证
29	2025-07-09	Cellular senescence in renal ischemia-reperfusion injury 2025-Jul-07, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003698 PMID:40625295	综述	本文综述了肾缺血再灌注损伤中的细胞衰老现象及其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的关键作用	探讨了细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的核心机制，并介绍了针对细胞衰老的新兴治疗方法如衰老细胞清除剂和衰老调节剂	主要基于现有研究的综述，缺乏原创性实验数据验证	阐明细胞衰老在肾缺血再灌注损伤中的作用机制及潜在治疗策略	肾缺血再灌注损伤过程中的细胞衰老现象	肾脏病理学	急性肾损伤/慢性肾病	单细胞测序技术、人工智能辅助药物筛选	NA	文献数据	NA
30	2025-07-09	Decoding the immune microenvironment of secondary chronic myelomonocytic leukemia due to DLBCL with CD19 CAR-T failure by single-cell RNA-seq 2025-Jul-07, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003690 PMID:40625291	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了CD19 CAR-T治疗失败后继发慢性粒单核细胞白血病（CMML）的免疫微环境	首次报道了CAR-T治疗后出现的继发性CMML，并揭示了其免疫微环境的特征	研究仅基于一个病例，样本量较小	阐明CAR-T治疗后继发肿瘤的发病机制及潜在治疗靶点	CAR-T治疗后继发CMML患者的骨髓样本	数字病理学	慢性粒单核细胞白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1例患者的治疗前后骨髓样本
31	2025-07-09	Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma 2025-Jul-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359541250527042918 PMID:40626537	研究论文	本研究通过整合单细胞测序分析，揭示了与二硫化物凋亡相关的骨肉瘤分子亚型及新型预后系统	首次在骨肉瘤中探索了二硫化物凋亡的作用，并建立了基于DRG的预后模型	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探索二硫化物凋亡相关基因在骨肉瘤中的作用及预后价值	骨肉瘤患者及细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、细胞迁移和侵袭实验	Cox和LASSO回归分析	基因表达数据	公共数据库中的骨肉瘤患者数据及体外实验的细胞系
32	2025-07-09	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，揭示HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需验证发现的生物学意义	探讨空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的应用	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA
33	2025-07-09	Glioma promotes macrophage immunosuppressive phenotype through ANXA1 in a methionine metabolism-dependent manner 2025-Jul-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03112-y PMID:40618309	研究论文	本研究探讨了胶质瘤中甲硫氨酸代谢与肿瘤免疫抑制微环境的关系，揭示了甲硫氨酸代谢在胶质瘤恶性进展和免疫抑制中的关键作用	首次揭示了胶质瘤细胞通过甲硫氨酸代谢依赖的方式上调ANXA1表达，促进巨噬细胞向M2型极化，从而形成免疫抑制微环境的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究甲硫氨酸代谢在胶质瘤免疫抑制微环境形成中的作用	胶质瘤患者样本和胶质母细胞瘤(GBM)细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤/胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 甲硫氨酸代谢活性评分(MMA-score)	NA	基因表达数据, 单细胞测序数据	胶质瘤患者队列(数量未明确)
34	2025-07-09	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化及MSCs治疗的调节机制	研究仅基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭时肝细胞和巨噬细胞中线粒体自噬状态的差异	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织	数字病理学	肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	三组小鼠肝组织样本（具体数量未明确说明）
35	2025-07-09	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	research paper	该研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响，结合scRNA-seq和ST技术	使用scRNA-seq数据捕捉微环境特异性分子相互作用存在局限性，即使利用空间信息	揭示空间组织对细胞间通讯和基因表达的影响	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集
36	2025-07-09	Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10456-6 PMID:40617965	研究论文	本研究通过识别与乳酸相关的关键基因，预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后和免疫特征	识别了六个与ESCC相关的乳酸关键基因，并分析了它们在免疫细胞亚群中的表达差异	研究仅基于基因表达数据，未进行实验验证	探索乳酸相关基因在ESCC中的预后和免疫特征	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本	癌症研究	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, CellChat分析	NA	基因表达数据	两个ESCC细胞系及正常样本
37	2025-07-09	Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery 2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01261-y PMID:40618046	研究论文	本研究探讨了PFKFB3在急性胰腺炎中调节葡萄糖代谢的作用，并评估了通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以缓解代谢功能障碍的潜力	首次将PFKFB3确定为急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的关键治疗靶点，并创新性地采用纳米囊泡递送技术进行干预	研究主要基于动物和体外模型，尚未进行临床验证	探索急性胰腺炎中葡萄糖代谢紊乱的分子机制并开发新型治疗方法	急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢过程	生物医学工程	急性胰腺炎	scRNA-seq, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术	体内和体外AP模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库中的测序数据和实验模型
38	2025-07-09	CEMIP2 sensitizes PDAC to chemotherapy through extracellular matrix remodeling by hyaluronan degradation 2025-Jul-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217898 PMID:40623543	研究论文	本文探讨了CEMIP2通过降解透明质酸（HA）和重塑细胞外基质（ECM）来增强胰腺导管腺癌（PDAC）对化疗的敏感性	揭示了CEMIP2作为预测PDAC化疗反应的生物标志物及其通过HA降解机制增强化疗效果的分子机制	CEMIP2的具体作用机制仍需进一步研究	研究CEMIP2在PDAC化疗敏感性中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	PDAC小鼠模型	临床样本数据、单细胞RNA测序数据	临床PDAC样本和小鼠模型
39	2025-07-09	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序技术，研究dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	首次在胎儿期器官样体和青少年-成人死后脑样本中，揭示了dup15q综合征的细胞类型特异性分子变化及其与特发性自闭症的共享模式	研究依赖于死后脑样本和体外培养的器官样体，可能无法完全反映活体大脑的动态变化	探索dup15q综合征在自闭症谱系障碍中的分子机制	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本	分子生物学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	dup15q患者来源的iPSCs皮质器官样体和死后脑样本
40	2025-07-09	Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes 2025-Jul-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00436-x PMID:40615376	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病小鼠模型中体感神经支配减少对骨骼转录组的单细胞水平影响	首次结合单细胞RNA测序和体外实验，揭示了糖尿病神经病变与骨代谢异常的神经-骨骼信号传导机制	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类样本中进一步验证	探究糖尿病外周神经病变对骨代谢的影响机制	高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	动物模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但包含多组织单细胞测序数据