单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-24	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞在游离胆固醇与胃癌因果关系中的中介作用	研究结果主要基于遗传数据分析，需要进一步实验验证	探究游离胆固醇与胃癌的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物信息学	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
22	2025-05-24	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	research paper	通过整合生物信息学分析识别阿尔茨海默病与动脉粥样硬化的共同机制	使用加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，发现WIPF3是两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两者共同发生中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索阿尔茨海默病和动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病脑组织和动脉粥样硬化斑块的测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	bulk sequencing, 单细胞RNA测序	Lasso Cox回归, 随机森林	测序数据	NA
23	2025-05-24	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	该研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次研究了5-甲基胞嘧啶（m5C）在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于大鼠模型，未在人类样本中进行广泛验证	探讨m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系	心力衰竭患者样本和大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB, WGCNA, PPI网络分析	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练队列GSE141910包含200例HF和166例NFDs，单细胞RNA-seq数据集GSE183852
24	2025-05-24	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了CAR-T细胞内信号域（ICDs）如何影响T细胞功能，并识别了与持久性体内存活相关的信号特征	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过分子水平影响T细胞功能，并识别了与持久性体内存活相关的独特信号特征	研究发现仅适用于液体肿瘤，对实体瘤效果不明显	解码CAR信号传导设计原则，为下一代ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞分析	癌症	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
25	2025-05-24	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合3D空间转录组学和ECM成像技术，系统性量化了临床肺癌样本中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，克服了传统2D组织切片在捕捉细胞相互作用和ECM信息方面的局限性	仅使用一例临床肺癌样本进行原理验证，样本量有限	开发能够系统性量化肿瘤微环境中细胞相互作用和ECM重塑的技术方法	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及其ECM	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, ECM imaging	NA	3D spatial transcriptomics data, ECM imaging data	1例临床肺癌样本
26	2025-05-24	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	研究论文	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的空间转录组数据	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的空间转录组数据集可视化和对齐框架	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	图像	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
27	2025-05-24	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用scRNA-seq和转录组数据分析，鉴定了与T细胞类型相关的独特生物标志物，并发现了6个核糖体蛋白作为ID的中心基因	研究中仅关注了T细胞相关的生物标志物，可能忽略了其他细胞类型或通路在ID中的作用	寻找与智力障碍（ID）诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍（ID）患者	生物信息学	神经发育疾病	scRNA-seq, 转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
28	2025-05-24	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同作用促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用来共调控TIMP1表达，并揭示了SMARCC1和JUND在COVID-19炎症中的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析，缺乏体内实验验证	探索COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量
29	2025-05-24	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，用于整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式和可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组数据，能够直接整合基因表达数据与临床特征	平台虽然支持用户自定义目标标签和生成假设，但可能仍需进一步验证其在大规模数据集上的适用性和准确性	开发一个计算工具，帮助临床医生和研究人员更好地理解基因表达与临床症状之间的关系	类风湿性关节炎患者及其转录组和临床数据	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	基因表达数据和临床数据	NA
30	2025-05-24	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中对实验性脑缺血再灌注损伤的调节作用	通过单细胞和批量转录组学分析，首次揭示了CD74在小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用，并验证了靶向CD74的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CD74在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的作用	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序、批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用MCAO/R小鼠模型
31	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-May-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅基于小鼠模型，人类疾病中的TLR7机制仍需进一步验证	阐明巨噬细胞TLR7信号在狼疮性肾炎发病中的作用机制	NZBWF1小鼠模型及肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	TLR7缺陷型NZBWF1小鼠及其对照
32	2025-05-24	stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data 2025-May-21, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280 PMID:40403639	研究论文	提出了一种名为stDGAC的新方法，通过结合去噪自编码器和图注意力对比网络，更准确地识别空间转录组数据中的空间域	结合去噪自编码器和图注意力对比网络，有效利用高维和噪声空间转录组数据，提高空间域识别的准确性	NA	提高空间转录组数据中空间域识别的准确性	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学	去噪自编码器, 图注意力对比网络	空间转录组数据	NA
33	2025-05-24	Single-cell RNA sequencing identifies cellular heterogeneity in endothelial and epithelial cells associated with nitrogen dioxide-induced acute lung injury 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118385 PMID:40403690	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究二氧化氮诱导的急性肺损伤中内皮细胞和上皮细胞的异质性	首次使用scRNA-seq技术揭示了NO-ALI中内皮细胞和上皮细胞的异质性变化，并发现Lrg1和Ucp2在内皮细胞中的上调以及Ly6a肺泡细胞的新亚群	研究仅关注了内皮细胞和上皮细胞，未涉及其他可能参与NO-ALI的细胞类型	探究二氧化氮诱导的急性肺损伤的分子机制	内皮细胞和上皮细胞	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
34	2025-05-24	Characterizing microglial heterogeneity in autophagy impairment of Paraquat-induced Parkinson's disease-like neurodegeneration 2025-May-21, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118364 PMID:40403688	研究论文	本研究通过建立百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞在自噬相关转录组景观中的核心作用及其亚型异质性	首次在百草枯暴露背景下生成自噬相关的单细胞RNA测序图谱，发现并验证了一个特定的自噬相关小胶质细胞亚型	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	探究百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变中自噬障碍的细胞异质性机制	百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型中的小胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型和体外细胞模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用动物模型和BV2细胞系
35	2025-05-24	INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering 2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011524 PMID:40404202	research paper	本文介绍了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106，通过优化受体聚类增强抗肿瘤T细胞反应	开发了六价OX40激动剂INBRX-106，独立于Fc介导的交联增强受体聚类，克服传统二价激动剂的局限性	虽然在小鼠模型和临床样本中显示出良好效果，但进一步的临床开发和组合治疗策略仍需验证	开发一种更有效的OX40激动剂，以增强抗肿瘤免疫反应	OX40受体及其在T细胞活化和抗肿瘤反应中的作用	免疫治疗	癌症	NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床样本、小鼠模型数据	小鼠肿瘤模型、体外人类样本及I/II期临床试验(NCT04198766)的患者样本
36	2025-05-24	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达，以扩大免疫检查点抑制剂治疗的适用患者范围	采用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，首次在HNSCC中系统评估PD-L1表达及其与免疫微环境和临床预后的关系	样本量相对有限，特别是空间转录组学分析仅涉及6对样本	评估PD-L1在HNSCC中的表达模式及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、基因表达数据	94例HNSCC临床样本及配对的SIN和NOM样本，其中6对样本进行ST分析
37	2025-05-24	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过巨噬细胞神经元样分化所起的作用	揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样细胞分化的新机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCGA转录组数据分析、体外共培养系统	小鼠疼痛模型	转录组数据、单细胞测序数据	TCGA-NPC数据集和单细胞测序样本（具体数量未明确说明）
38	2025-05-24	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的表观遗传调控机制，特别是ACSS2在其中的作用	首次在单细胞水平揭示了妊娠期β细胞适应的精确过程，并确定了ACSS2介导的特异性表观遗传通路	研究主要基于小鼠模型，在人类妊娠期β细胞适应中的直接应用仍需验证	探究妊娠期胰腺β细胞适应性变化的分子机制	妊娠期小鼠的胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量（小鼠β细胞）
39	2025-05-24	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM	使用1000万人类细胞的多样化数据集训练了一个包含8亿参数的模型，采用改进的RetNet框架在MindSpore上进行训练	未提及具体局限性	解决单细胞数据分析中的噪声、批次效应和稀疏性问题，建立一个统一的细胞状态表示模型	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet框架改进模型	转录组数据	1000万人类细胞
40	2025-05-24	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	research paper	该研究探讨了TGF-β信号如何通过调控Sox11基因的活性，促进部分上皮-间质转化（pEMT）和癌变肠道类器官的集体侵袭	发现Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的关键作用，并揭示其在肠道组织稳态、肿瘤抑制和癌细胞侵袭中的多重调控功能	Sox11对于TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭是必要但不充分的条件，其具体机制仍需进一步研究	探究TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭的分子机制	携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官	癌症研究	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 影像数据	人类结直肠癌样本和肠道类器官