单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3961	2025-03-05	Single-cell eQTL mapping reveals cell subtype-specific genetic control and mechanism in malignant transformation of colorectal cancer 2025-Mar-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561 PMID:40029140	研究论文	本研究通过单细胞转录组、空间转录组和单核多组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）发展过程中的细胞和分子变化及动态细胞间相互作用	创建了CRC单细胞eQTL图谱，识别了16,833对显著关联，其中76%为细胞类型特异性，且多基因风险评分显著提高了CRC风险预测	NA	揭示结直肠癌恶性转化的细胞亚型特异性遗传控制和机制	142个多阶段样本的751,531个单细胞转录组、空间转录组和单核多组学数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组、空间转录组、单核多组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、单核多组学数据	142个多阶段样本
3962	2025-03-05	Plasma Exosomes Derived from Patients with Primary Immune Thrombocytopenia Attenuate TBX21+ Regulatory T Cell-Mediated Immune Suppression via MiR-363-3p 2025-Mar-04, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02275-8 PMID:40032779	研究论文	本研究探讨了原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者血浆外泌体通过miR-363-3p减弱TBX21+调节性T细胞介导的免疫抑制的机制	揭示了ITP患者外泌体通过miR-363-3p调控ARID3A/SPI1/TBX21轴，从而减弱调节性T细胞功能的机制	研究中未明确外泌体中miR-363-3p的具体来源及其在其他免疫细胞中的作用	探究ITP患者调节性T细胞功能减弱的分子机制	原发性免疫性血小板减少症（ITP）患者	免疫学	原发性免疫性血小板减少症	Treg功能检测、细胞因子分析、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、血浆外泌体数据	ITP患者样本
3963	2024-09-13	From genes to geography: Mapping allergic disease landscapes with spatial transcriptomics 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.08.025 PMID:39260791	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3964	2025-03-05	Single-cell RNA sequencing of chronic idiopathic erythroderma defines disease-specific markers 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.037 PMID:39694280	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，并与红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）、中重度特应性皮炎、银屑病及健康对照组进行了比较	首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了CIE患者血液和皮肤中CD8A+KLRK1+ T细胞克隆的低水平但一致的扩增模式，并发现了CIE特有的致病特征	样本量较小，仅包括5名CIE患者，可能影响结果的普遍性	建立慢性特发性红皮病（CIE）的分子疾病图谱，以改善对其致病机制的理解并发现未来的治疗靶点	慢性特发性红皮病（CIE）患者、红皮病性皮肤T细胞淋巴瘤（eCTCL）患者、中重度特应性皮炎患者、银屑病患者及健康对照个体	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	5名CIE患者、8名eCTCL患者、15名中重度特应性皮炎患者、10名银屑病患者及20名健康对照个体
3965	2025-03-05	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	本研究通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中上皮细胞的显著异质性	首次在NUT癌中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤微环境中上皮细胞的异质性及免疫细胞浸润低的特征	样本量有限，仅针对一名患者进行研究，结果可能不具有普遍性	研究NUT癌的生物学特性、生长机制及潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理学	NUT癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的肿瘤组织
3966	2025-03-05	Cell autonomous TLR4 signaling modulates TGF-β induced activation of human cardiac fibroblasts 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42452 PMID:40028530	研究论文	本文研究了心脏成纤维细胞中TLR4信号在TGF-β诱导的纤维化过程中的作用	揭示了TLR4作为心脏成纤维细胞中的主要免疫传感器，并展示了抑制TLR4信号如何减少TGF-β诱导的纤维化变化	研究主要基于体外实验，未涉及体内模型的验证	探讨心脏成纤维细胞中TLR4信号在纤维化过程中的调控机制	成年人类心脏成纤维细胞	细胞生物学	心血管疾病	FACS, 单细胞测序	NA	基因表达数据	来自Collagen1-α1GFP小鼠和人类心力衰竭患者的心脏成纤维细胞
3967	2025-03-05	Global landscape of hepatic organoid research: A bibliometric and visual study 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.95624 PMID:40027550	研究论文	本文通过文献计量分析，研究了全球肝脏类器官研究的科学产出，评估了当前成就和未来趋势	利用CiteSpace 6.3.R1进行文献计量分析，揭示了肝脏类器官研究的关键领域和未来趋势	研究仅限于Web of Science Core Collection中的文献，可能未涵盖所有相关研究	分析全球肝脏类器官研究的科学产出，评估当前成就和未来趋势	肝脏类器官研究	生物医学研究	肝病	文献计量分析	NA	文献数据	991篇文章
3968	2025-03-05	Uncovering immune cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma by combining single-cell RNA sequencing with T-cell receptor sequencing 2025-Feb-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i2.99046 PMID:40027555	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了肝细胞癌中免疫细胞的异质性	首次结合单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，分析肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其功能，并发现新的T细胞簇和潜在生物标志物基因	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	研究肝细胞癌中免疫细胞亚群的异质性及其在肿瘤发展中的作用	肝细胞癌组织和癌旁正常组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	NA
3969	2025-03-05	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	本研究探讨了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制作为急性肾损伤（AKI）新型肾保护策略的潜力	首次提出MTAP抑制作为AKI的潜在治疗策略，并通过RNA测序揭示了其对炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证尚不充分	探索MTAP抑制在AKI中的肾保护作用及其机制	AKI小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据	代谢组学	急性肾损伤	RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
3970	2025-03-05	Single-cell transcriptomics identifies a dampened neutrophil function and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了烟草味电子烟暴露后小鼠肺部免疫细胞的功能变化，特别是Ly6G-中性粒细胞功能的减弱和T细胞细胞毒性的增强	研究样本量较小（每组每性别仅2只小鼠），且为初步研究，需要进一步验证和扩展	探讨烟草味电子烟暴露对小鼠肺部免疫细胞功能的影响	C57BL/6J小鼠	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	RNA测序数据	71,725个细胞，每组每性别2只小鼠
3971	2025-03-05	The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure 2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.02.19.25322567 PMID:40034764	研究论文	本研究评估了血管生成素-2（ANGPT2）作为对乙酰氨基酚（APAP）诱导的急性肝衰竭（ALF）患者不良预后的生物标志物的有效性	首次发现ANGPT2在APAP诱导的ALF患者中作为预后生物标志物的有效性，尤其是在早期表现的患者中具有更高的预测价值	研究样本量相对较小，且仅针对APAP诱导的ALF患者，未涵盖其他原因引起的ALF	评估ANGPT2作为APAP诱导的ALF患者不良预后的生物标志物的有效性	APAP诱导的急性肝衰竭患者	生物医学	急性肝衰竭	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据、血浆样本数据	两个独立队列：Phoenix队列（n=43）和ALF研究组队列（n=80），合并后总样本量为110
3972	2025-03-05	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.638196 PMID:40027653	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和基因敲除实验，研究了Yap和Taz在嗅鞘细胞（OECs）和施万细胞发育中的作用，发现它们对GnRH-1神经元迁移无影响	揭示了Yap和Taz在OECs和施万细胞发育中的不同作用，并首次证明这些变化不影响GnRH-1神经元的迁移	研究仅限于小鼠胚胎模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究Yap和Taz在嗅鞘细胞和施万细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻部组织中的嗅鞘细胞、施万细胞和GnRH-1神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除	NA	基因表达数据	小鼠胚胎鼻部组织
3973	2025-03-05	Powerful and accurate case-control analysis of spatial molecular data with deep learning-defined tissue microniches 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637149 PMID:39975274	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和统计原理的方法VIMA，用于发现与疾病相关的空间特征	VIMA方法通过变分自编码器提取组织小块的生物内容，定义大量微环境，并使用严格的统计学方法识别与病例对照状态相关的微环境	NA	识别与疾病相关的关键空间结构	空间分子数据	数字病理学	阿尔茨海默病、溃疡性结肠炎、类风湿性关节炎	空间转录组学、CODEX、免疫组织化学	变分自编码器	空间分子数据	140基因空间转录组数据集、54标记CODEX数据集、7标记免疫组织化学数据集
3974	2025-03-05	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过构建空间分辨的单细胞转录组图谱，揭示了大脑老化过程中细胞邻近效应的影响	开发了空间老化时钟，利用机器学习模型识别老化和再生的空间及细胞类型特异性转录组特征，并发现T细胞和神经干细胞对邻近细胞的显著影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	研究大脑老化过程中细胞间相互作用及其对组织衰退的影响	420万个来自20个不同年龄段的成年小鼠大脑细胞	生物信息学	老年疾病	空间转录组学	机器学习模型	单细胞转录组数据	420万个细胞
3975	2025-03-05	Cross-tissue multi-omics analyses reveal the gut microbiota's absence impacts organ morphology, immune homeostasis, bile acid and lipid metabolism 2025-Feb, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.272 PMID:40027481	研究论文	本文通过比较无菌小鼠和特定病原体自由小鼠，利用空间转录组学、单细胞RNA测序和靶向胆汁酸代谢组学，系统地评估了肠道微生物群缺失对器官形态、免疫稳态、胆汁酸和脂质代谢的影响	揭示了肠道微生物群缺失对多个器官的形态、免疫细胞、胆汁酸和脂质代谢的显著影响，特别是发现了无菌小鼠中自噬驱动的脂滴分解和ZBTB20-LPL轴在血浆脂质稳态中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨肠道微生物群缺失对宿主器官形态、免疫稳态和代谢的影响	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠	代谢组学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、靶向胆汁酸代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠
3976	2025-03-05	scDMSC: Deep multi-view subspace clustering for single-cell multi-omics data 2025-Jan-22, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	本文提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重建协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，揭示了组学之间的相关性	未明确提及算法的计算复杂度或在大规模数据集上的性能限制	开发一种新的聚类算法，以更好地处理单细胞多组学数据的高维性、稀疏性和异质性	单细胞多组学数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
3977	2025-03-05	Role of pericytes in regulating penile angiogenesis and nerve regeneration 2025-Jan-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202455 PMID:39162179	综述	本文综述了周细胞在调节阴茎血管生成和神经再生中的作用，特别是在糖尿病性和神经性勃起功能障碍（ED）中的具体机制	本文通过综述2000年至2023年PubMed上的研究成果，深入探讨了周细胞功能障碍在ED发病机制中的重要作用，为未来研究提供了新的方向	本文主要基于文献综述，缺乏原始实验数据支持，且对周细胞在ED中的具体机制仍需进一步研究	分析周细胞在勃起功能障碍（ED）中的具体作用，特别是糖尿病性和神经性ED	周细胞及其在ED中的作用	生物医学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序	NA	文献数据	NA
3978	2025-03-05	Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503326 PMID:40026303	研究论文	本文通过单细胞测序和转录组分析探索了与midnolin相关的免疫微环境变化，并构建了胰腺癌的联合预后模型	首次结合MIDN表达、10个midnolin相关基因的预后模型和M1细胞浸润构建联合预后模型，为胰腺癌的免疫治疗提供了新视角	未明确说明样本量及具体实验细节	探索midnolin相关基因及免疫浸润细胞在胰腺癌预后中的价值，并构建联合预后模型	胰腺癌	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序, CIBERSORT, Cox回归, LASSO	联合预后模型	单细胞数据, 转录组数据	NA
3979	2025-03-05	Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497643 PMID:40026309	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，并构建诊断和预测模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别关键基因和免疫细胞浸润，构建高精度的预测模型并预测潜在药物靶点	研究样本量有限，且仅针对增殖期子宫内膜，未涵盖其他疾病阶段	探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，构建诊断和预测模型	子宫内膜异位症患者的增殖期子宫内膜和健康对照	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归	基因表达数据	子宫内膜异位症患者和健康对照的基因表达数据
3980	2025-03-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496130 PMID:40026314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早发性卵巢功能不全（POF）患者外周免疫细胞的衰老和炎症表型，并探讨了外周与卵巢局部免疫反应之间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了POF患者的外周免疫微环境，并识别了与疾病相关的关键基因和细胞类型	样本量较小，仅包括3名健康个体和4名POF患者，可能限制结果的普遍性	探讨POF患者外周免疫微环境的复杂性及其与卵巢局部免疫反应的相互作用	早发性卵巢功能不全（POF）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3名健康个体和4名POF患者的外周血单核细胞