单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3961	2025-03-01	Assessing the Causal Relationship Between Plasma Proteins and Pulmonary Fibrosis: A Systematic Analysis Based on Mendelian Randomization 2025-Feb-14, Biology DOI:10.3390/biology14020200 PMID:40001968	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法评估血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，并识别潜在药物靶点	首次系统性地通过孟德尔随机化方法分析血浆蛋白与肺纤维化的因果关系，并结合多种生物信息学方法评估靶点的生物学功能和药理潜力	研究依赖于已有的GWAS和pQTL数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索血浆蛋白与肺纤维化之间的因果关系，识别潜在药物靶点	血浆蛋白和肺纤维化	生物信息学	肺纤维化	孟德尔随机化、富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、药物预测、分子对接、单细胞测序	NA	基因组数据、蛋白质数据	血浆蛋白数据样本量35,559，肺纤维化相关GWAS数据样本量469,126
3962	2025-03-01	Towards the Prediction of Responses to Cancer Immunotherapy: A Multi-Omics Review 2025-Feb-12, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life15020283 PMID:40003691	综述	本文综述了利用多组学特征预测肿瘤免疫治疗反应的最新进展	强调了TMB、新抗原、MSI和突变特征在预测ICI反应中的重要性，整合了bulk和单细胞RNA测序以增强对肿瘤免疫微环境的理解	需要大规模和多样化的临床数据集，多组学数据的标准化，以及模型的可解释性	预测肿瘤免疫治疗反应	肿瘤患者	机器学习	癌症	高通量技术，如肿瘤突变负荷（TMB）、基因表达谱和DNA甲基化谱	传统机器学习和深度学习框架	多组学数据	NA
3963	2025-03-01	Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus to boost cooperative innate-adaptive immunity against cancer 2025-Feb-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017 PMID:39674886	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，设计并构建了一种表达五个非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，以增强对癌症的先天-适应性免疫反应	利用单细胞RNA测序数据驱动的设计方法，开发了一种新型武装溶瘤病毒OV-5A，并展示了其在多种模型中的有效免疫反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在大量患者中进行临床试验	开发更有效的溶瘤病毒疗法，以增强对癌症的免疫反应	癌症患者和多种小鼠模型	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统和患者组织切片
3964	2025-03-01	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jan-31, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	本文研究了BNT162b2 COVID-19疫苗接种后，CD16+CD8+ T细胞的扩展及其具有自然杀伤细胞特征的功能	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗接种后，CD16+CD8+ T细胞的扩展及其具有自然杀伤细胞特征的功能，这是对新型疫苗免疫系统影响的深入理解	研究样本量较小，仅包括30名健康个体，且未涉及不同人群或长期效果的评估	旨在表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接受BNT162b2 mRNA疫苗接种的健康个体的外周血	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术和单细胞转录组分析	NA	外周血样本	30名健康个体
3965	2025-03-01	Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection 2025-Jan-30, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines13020146 PMID:40006693	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，全面分析了接种H120减毒活疫苗后鸡外周血单核细胞的体内动态变化，揭示了抗病毒适应性免疫反应启动阶段的特定免疫细胞群体及其分子网络	首次在单细胞水平上使用高通量单细胞转录组测序技术，详细描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血单核细胞的动态免疫反应景观	研究仅限于特定病原体自由鸡，且仅分析了接种后两周内的免疫反应动态	研究鸡接种IBV疫苗后的免疫反应动态，为未来疫苗的合理设计、现有疫苗效力的增强以及免疫程序的优化提供理论支持	特定病原体自由鸡的外周血单核细胞	生物信息学	禽传染性支气管炎	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	29,846个鸡外周血单核细胞
3966	2025-03-01	Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020304 PMID:40002717	研究论文	本研究探讨了磷脂酶C Beta 2在肾细胞癌（RCC）中通过PI3K/AKT信号通路调节上皮-间质转化（EMT）的作用	揭示了磷脂酶C Beta 2在RCC中的具体表达模式和分子机制，特别是其通过PI3K/AKT信号通路调节EMT的作用	研究中使用的细胞系和样本量可能限制了结果的普遍性	探索磷脂酶C Beta 2在RCC进展中的调控功能及其作为治疗靶点的潜力	肾细胞癌（RCC）	生物信息学	肾癌	scRNA-seq, 转录组测序, RT-PCR, 免疫荧光, 救援实验, Western blotting	NA	基因表达数据, 细胞实验数据	RCC样本和细胞系
3967	2025-03-01	Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020305 PMID:40002718	综述	本文综述了炎症性肠病（IBD）发病机制的最新进展，探讨了关键机制及预防和个性化治疗的潜在途径	整合了多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究的结果，聚焦于免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病发生和进展的影响	尽管近期进展支持了新治疗策略的开发，但深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性	旨在综合IBD发病机制的最新进展，探索预防和个性化治疗的潜在途径	炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病和溃疡性结肠炎	NA	炎症性肠病	多组学分析、单细胞转录组学、纵向队列研究	NA	NA	NA
3968	2025-03-01	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的计算工具，用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络	CellChat v2版本增加了额外的比较功能、扩展的配体-受体对数据库以及丰富的功能注释，并引入了交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但不需专门的生物信息学培训	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下细胞间通讯的变化	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	简化质量作用模型	单细胞转录组数据	NA
3969	2025-03-01	Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1538115 PMID:40012680	研究论文	本研究探讨了妊娠糖尿病（GDM）如何通过影响GABA能系统诱导后代出现自闭症样行为	首次通过单细胞转录组学和代谢组学分析揭示了GDM对后代GABA能系统的影响，并发现GAD2启动子区域的DNA超甲基化导致GAD2表达减少	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨妊娠糖尿病对后代神经发育的影响及其机制	妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代	神经科学	自闭症	单细胞转录组学、代谢组学、c-Fos染色	小鼠模型	行为数据、基因表达数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但使用了妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代
3970	2025-03-01	Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468 PMID:40013100	研究论文	本文探讨了在scRNA-seq数据分析中Seurat函数参数值的潜在陷阱及其对生物学解释的改进	本研究的新颖之处在于采用生物学和生物信息学的综合方法，以阐明数据处理后的生物学见解	文章未讨论在生物学中应用这些方法的合理性，且数据集整合没有既定规则	研究目的是揭示scRNA-seq数据处理中的潜在问题并提出改进方法	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3971	2025-03-01	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞的影响，以优化CAR-T细胞培养条件	首次使用单细胞RNA测序技术系统比较了IL-2、IL-12和IL-21对CAR-T细胞的影响，发现IL-21在防止细胞衰老方面的独特作用	研究仅限于体外实验，未进行体内验证	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子以促进CAR-T细胞的持久性	CAR-T细胞	细胞治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3972	2025-03-01	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	研究论文	本文通过整合机器学习和实验验证，识别了与乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应相关的失巢凋亡相关预后标志物	结合多种机器学习方法生成失巢凋亡相关预后标志物（ANRS），并首次探讨了其与肿瘤微环境、药物敏感性和免疫治疗的相关性	研究结果需要进一步的大规模临床验证	探讨失巢凋亡相关基因（ANRGs）在乳腺癌预后中的作用，并建立预后标志物	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	NA
3973	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3974	2025-03-01	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2024-Oct-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了PerturbView技术，一种能够在多种系统中进行高多重表型读出的光学池筛选技术	PerturbView通过体外转录扩增条形码，使得在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出的筛选成为可能	NA	开发并验证一种新的光学池筛选技术，以扩展其在多种细胞和组织模型中的应用	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片	数字病理学	NA	光学池筛选（OPS）、体外转录、原位测序	NA	图像、转录组数据	包括诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片
3975	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
3976	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本
3977	2025-03-01	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了早产儿肺部在支气管肺发育不良（BPD）和BPD伴随肺动脉高压（PH）早期阶段的细胞和分子动态变化	揭示了BPD+PH中独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究主要基于早产儿和鼠模型，可能无法完全代表所有BPD和PH患者的情况	探讨BPD及其伴随PH的细胞和分子机制	早产儿肺部组织	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	鼠模型	RNA序列数据	早产儿和足月婴儿的肺部样本
3978	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3979	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
3980	2025-03-01	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了甲状腺激素（TH）信号过度如何导致小鼠视锥细胞退化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TH信号过度对视锥细胞转录组的影响，并发现光转导和氧化磷酸化受损以及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨TH信号过度如何导致视锥细胞退化	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	155,866个单细胞