单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3961	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA
3962	2025-02-06	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-Feb-04, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	研究论文	本文介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中有效表征与表型相关的特征	PASSAGE框架能够利用样本的生理/病理状态信息，在多个异质性空间切片中表征与表型相关的特征，突破了传统无监督方法的局限	未明确提及具体局限性	开发一种深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习框架	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
3963	2025-02-06	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Feb-03, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	综述了单细胞测序技术的最新进展及其在揭示细胞核机制和细胞状态之间相互作用中的应用	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	细胞核生物学中的单细胞测序技术	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
3964	2025-02-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196 PMID:39904693	研究论文	本文通过单细胞转录组分析开发了一个与efferocytosis相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个新的efferocytosis相关基因签名（ER.Sig），并利用多组学方法深入解析了HCC的预后特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和一致性的限制	预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据	多个公共数据库中的HCC患者样本
3965	2025-02-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境的动态变化	识别了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）亚型和具有显著免疫抑制特征的巨噬细胞亚型，并发现雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅包括10个原发性和复发性NMIBC样本	深入了解尿路上皮膀胱癌（UBC）复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10个原发性和复发性NMIBC样本
3966	2025-02-06	Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells 2025-Feb-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024 PMID:39819042	研究论文	本研究探讨了通过间充质干细胞（MSCs）递送载有CDKN1A质粒的硫化铜（CuS）纳米颗粒（NPs）对成纤维细胞表型的调控及其在骨关节炎（OA）软骨修复中的作用	引入了MSCs@CuS@CDKN1A这一纳米工程化的MSC平台，通过调控CDKN1A表达，不仅增强了软骨修复，还有效减轻了成纤维细胞驱动的炎症，标志着OA治疗领域的显著进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是探讨MSCs递送CuS纳米颗粒载有CDKN1A质粒对成纤维细胞表型的调控及其在OA软骨修复中的作用	成纤维细胞和软骨细胞	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序、PCA降维、tSNE聚类、伪时间分析、GO/KEGG富集分析、WGCNA	小鼠OA模型	RNA测序数据、显微CT扫描数据、组织学分析数据	小鼠OA模型
3967	2025-02-05	Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure 2025-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70071 PMID:39901941	研究论文	本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化	首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证	研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制	TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞	数字病理学	白血病	下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术	小鼠模型	单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据	TCF3-PBX1白血病小鼠模型
3968	2025-02-06	Inhibition of vascular smooth muscle cell PERK/ATF4 ER stress signaling protects against abdominal aortic aneurysms 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183959 PMID:39846252	研究论文	本文研究了通过抑制血管平滑肌细胞中的PERK/ATF4内质网应激信号通路来预防腹主动脉瘤（AAA）的扩张	首次在人类AAA组织中通过单细胞RNA测序发现PERK/eIF2α/ATF4通路的激活，并证明通过靶向抑制该通路可以有效预防AAA的扩张	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索预防腹主动脉瘤扩张的有效治疗方法	血管平滑肌细胞（VSMCs）	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类AAA组织样本及动物模型
3969	2025-02-06	CD34hi subset of synovial fibroblasts contributes to fibrotic phenotype of human knee osteoarthritis 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183690 PMID:39846253	研究论文	本文通过单细胞分辨率分析人类滑膜样本，识别了与骨关节炎（OA）病理生理相关的滑膜细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）识别出与炎症和纤维化表型相关的滑膜细胞亚群，特别是CD34hi成纤维细胞在OA中的独特作用	研究样本量未明确，且未涉及其他类型关节炎的比较	识别与骨关节炎病理生理相关的滑膜细胞亚群，并探索其调控机制	人类滑膜样本	数字病理学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	未明确
3970	2025-02-06	Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach 2025-Jan-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278812.123 PMID:39622637	研究论文	本文提出了一种新的深度学习方法scIDST，用于推断单细胞转录组数据中的疾病进展阶段	scIDST方法通过弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，解决了患者来源组织中细胞异质性问题	NA	开发一种新的单细胞测序分析方法，以识别真实的疾病相关分子特征	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞/核基因组测序	深度学习	单细胞转录组数据	NA
3971	2025-02-06	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1 PMID:39877088	研究论文	本研究比较了基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本中的性能	首次系统评估了商业化的空间转录组学平台在空间生物学研究中的性能，并揭示了组织年龄和探针设计等参数对数据质量的影响	研究仅限于肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，可能不适用于其他类型的肿瘤	比较不同单细胞空间转录组学平台的性能，以确定其在肿瘤生物学研究中的适用性	福尔马林固定、石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学（ST）、RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx数字空间分析仪、苏木精和伊红染色	NA	图像、RNA测序数据	肺腺癌和胸膜间皮瘤样本的组织微阵列
3972	2025-02-06	Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632413 PMID:39868226	研究论文	本研究探讨了PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药性中的疗效，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用	研究发现PI3K抑制剂gedatolisib能有效抑制顺铂耐药的HNSCC增殖，并通过激活自噬、衰老和破坏脂肪酸代谢来增强顺铂的疗效	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	评估PI3K抑制剂在克服Nrf2介导的顺铂耐药性中的效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	转录组学、代谢组学、空间转录组学	皮下、原位和转移性异种移植模型	转录组数据、代谢组数据	使用免疫缺陷和人源化小鼠模型进行体内实验
3973	2025-02-06	Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616802 PMID:39868275	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的变化	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化中外膜成纤维细胞的动态变化，并发现SERPINH1基因在其中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，寻找新的治疗靶点	小鼠主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性Ldlr -/-小鼠，每组3只，共两组
3974	2025-02-06	De novo root regeneration from leaf explant: a mechanistic review of key factors behind cell fate transition 2025-Jan-14, Planta IF:3.6Q1 DOI:10.1007/s00425-025-04616-1 PMID:39808280	综述	本文综述了从叶片外植体进行新生根再生的机制，重点介绍了细胞命运转变的关键因素	提出了一个更新的新生根再生模型，并探讨了特殊细胞、活性氧、乙烯和茉莉酸在早期伤口信号建立中的作用	需要进一步研究这些特殊细胞的信号机制，以完全理解新生根再生的机制	探讨新生根再生的细胞和分子框架，特别是针对拟南芥叶片外植体	拟南芥叶片外植体	植物生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
3975	2025-02-06	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626638 PMID:39677753	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态速度和分子机制	GraphVelo通过保留向量大小和方向信息在不同数据表示之间的转换，扩展了RNA速度到多模态数据，并揭示了基因、病毒与宿主细胞之间以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	研究目的是从高通量单细胞数据中提取时间分辨信息，并扩展RNA速度到多模态数据	单细胞数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
3976	2025-02-06	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	研究论文	本文探讨了利用空间转录组学技术解析正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的研究机会与挑战	利用新一代测序（NGS）、单细胞转录组学和空间转录组学技术，提供了高分辨率的疾病组织分子图谱，揭示了肿瘤内结构和细胞间交流	技术限制和计算工具的瓶颈仍然是当前研究的主要挑战	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性，以揭示肿瘤异质性和治疗抗性的机制	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
3977	2025-02-06	HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data 2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629494 PMID:39763944	研究论文	本文介绍了一个名为HapCNV的综合统计框架，用于在单细胞或低细胞DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测	HapCNV框架通过构建新型基因组位置特异性伪参考，使用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留了常见的CNV，从而在CNV检测中表现出色，特别是在短CNV的检测上	虽然HapCNV在模拟和真实寄生虫数据集中表现出色，但其在更广泛的应用场景和不同生物样本中的普适性仍需进一步验证	开发一种适用于单细胞或低细胞DNA测序数据的CNV检测方法，以克服现有方法在单倍体基因组中的局限性	单细胞或低细胞DNA测序数据中的CNV	基因组学	NA	DNA测序	统计框架	DNA测序数据	模拟数据和真实寄生虫数据集
3978	2025-02-06	Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma 2025-Jan-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运规范的进化重构	利用单细胞转录组分析技术，比较了H. erythrogramma和Lytechinus variegatus的发育时间序列，揭示了胚胎模式中的多种进化变化	研究依赖于单细胞转录组数据，可能无法完全捕捉所有调控互作的变化	研究目的是识别发育机制中的进化变化，特别是在胚胎细胞命运规范方面	研究对象为海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个物种的胚胎细胞样本
3979	2025-02-06	Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae103 PMID:39804726	研究论文	本文介绍了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类	STMSGAL框架通过结合图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类，能够更好地解析空间转录组数据中的复杂结构，并充分利用不同层次的特征	NA	提高对组织结构和生物功能的理解，通过准确解析空间域、识别差异表达基因和推断细胞轨迹	空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	图注意力自编码器、多尺度深度子空间聚类网络	空间转录组数据	四个10x Genomics Visium数据集、1个小鼠视觉皮层STARmap数据集、2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集
3980	2025-02-06	GP73 reinforces cytotoxic T-cell function by regulating HIF-1α and increasing antitumor efficacy 2025-Jan-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009265 PMID:39762082	研究论文	本研究探讨了GP73在调节T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	揭示了GP73通过调节HIF-1α增强T细胞功能的新机制，为肿瘤免疫治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限，需要进一步验证	研究GP73在T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	小鼠T细胞和临床肿瘤患者的T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序、RNA测序、实时定量PCR、Western blotting、流式细胞术、Seahorse分析、葡萄糖摄取和L-乳酸分泌测定	GP73敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞代谢数据	小鼠模型和临床肿瘤患者的血液样本