单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3961	2025-03-05	Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis Explored Changes in Midnolin-Related Immune Microenvironment and Constructed Combined Prognostic Model for Pancreatic Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503326 PMID:40026303	研究论文	本文通过单细胞测序和转录组分析探索了与midnolin相关的免疫微环境变化，并构建了胰腺癌的联合预后模型	首次结合MIDN表达、10个midnolin相关基因的预后模型和M1细胞浸润构建联合预后模型，为胰腺癌的免疫治疗提供了新视角	未明确说明样本量及具体实验细节	探索midnolin相关基因及免疫浸润细胞在胰腺癌预后中的价值，并构建联合预后模型	胰腺癌	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序, CIBERSORT, Cox回归, LASSO	联合预后模型	单细胞数据, 转录组数据	NA
3962	2025-03-05	Integration of Single Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveals Key Genes and Immune Cell Infiltration to Construct a Predictive Model and Identify Drug Targets in Endometriosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497643 PMID:40026309	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，并构建诊断和预测模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别关键基因和免疫细胞浸润，构建高精度的预测模型并预测潜在药物靶点	研究样本量有限，且仅针对增殖期子宫内膜，未涵盖其他疾病阶段	探索子宫内膜异位症的免疫机制和分子差异，构建诊断和预测模型	子宫内膜异位症患者的增殖期子宫内膜和健康对照	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归	基因表达数据	子宫内膜异位症患者和健康对照的基因表达数据
3963	2025-03-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Peripheral Immune Cell Senescence and Inflammatory Phenotypes in Patients with Premature Ovarian Failure 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496130 PMID:40026314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了早发性卵巢功能不全（POF）患者外周免疫细胞的衰老和炎症表型，并探讨了外周与卵巢局部免疫反应之间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序技术详细描绘了POF患者的外周免疫微环境，并识别了与疾病相关的关键基因和细胞类型	样本量较小，仅包括3名健康个体和4名POF患者，可能限制结果的普遍性	探讨POF患者外周免疫微环境的复杂性及其与卵巢局部免疫反应的相互作用	早发性卵巢功能不全（POF）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3名健康个体和4名POF患者的外周血单核细胞
3964	2025-03-05	HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.17.629023 PMID:39763963	研究论文	本文开发了一种名为HIV-seq的新技术，用于更有效地捕获HIV转录本，包括非多聚腺苷酸化的转录本，以便对HIV感染者（PWH）的细胞进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	开发了HIV-seq技术，显著提高了在HIV感染者中检测HIV RNA+细胞的效率，并揭示了在病毒血症和抗逆转录病毒治疗（ART）抑制期间HIV RNA+细胞的转录特征差异	由于HIV转录细胞的低频率和低水平的HIV转录本，研究这些细胞仍然具有挑战性	研究HIV转录细胞在病毒血症和ART抑制期间的转录特征差异，以更好地理解这些细胞在ART期间持续存在的机制	HIV感染者的细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq	NA	RNA测序数据	配对的血液样本，来自HIV感染者在ART抑制前后的样本
3965	2025-03-05	Olaparib and Radiotherapy Induce Type I Interferon- and CD8+ T Cell-Dependent Sensitization to Immunotherapy in Pancreatic Cancer 2024-Dec-17, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0210 PMID:39688341	研究论文	本文研究了PARP抑制剂奥拉帕尼与放疗联合使用在胰腺导管腺癌（PDAC）中增强抗肿瘤免疫反应的效果	首次揭示了奥拉帕尼增强放疗诱导的I型干扰素（T1IFN）介导的免疫信号，从而促进抗肿瘤免疫反应，并使PDAC对αPD-L1免疫疗法敏感	研究主要基于免疫活性模型，尚未在人体临床试验中全面验证	探讨奥拉帕尼与放疗联合使用在PDAC中增强抗肿瘤免疫反应的机制及其对免疫疗法的敏感性	胰腺导管腺癌（PDAC）	癌症免疫治疗	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化（IHC）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞术数据	免疫活性模型中的PDAC肿瘤样本
3966	2025-03-05	Pseudo-Label Guided Structural Discriminative Subspace Learning for Unsupervised Feature Selection 2024-Dec, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2023.3319372 PMID:37796670	研究论文	本文提出了一种新的无监督特征选择方法，名为伪标签引导的结构判别子空间学习（PSDSL）	该方法将概率图的构建引入特征选择学习过程，作为一个统一的通用框架，并设计了伪标签引导的学习机制，结合基于图的方法和最大化类间散布矩阵的思想，构建了一个能提高所选特征判别性的目标函数	NA	提高无监督特征选择的效果	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	基因数据	九个真实世界的数据集和三个生物单细胞RNA测序基因数据集
3967	2025-03-05	Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics 2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66849 PMID:39584693	研究论文	本研究提出了一种方法，利用快速冷冻的非人灵长类胎儿胰岛组织进行单核RNA测序和ATAC测序，以及批量代谢组学分析	该方法能够避免多批次组织收集中的批次效应，并最大化从不易获得的样本中提取信息	NA	研究目的是开发一种方法，用于大规模多组学实验，如单细胞RNA测序和代谢组学的结合	非人灵长类胎儿胰岛组织	生物信息学	NA	单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱	NA	RNA序列数据, 代谢物数据	两年内收集的非人灵长类胎儿胰岛组织
3968	2025-03-05	Enhancing Single-Cell RNA-seq Data Completeness with a Graph Learning Framework 2024-Nov-06, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	本文提出了一种基于图学习的框架VAImpute，用于增强单细胞RNA测序数据的完整性，通过变分图自编码器技术预测并填补数据中的缺失值	开发了VAImpute，一种基于变分图自编码器的填补技术，利用细胞/基因之间的copula相关性来学习scRNA-seq数据中的固有分布，从而预测并填补缺失值	未提及具体的数据集规模或实验条件的限制	提高单细胞RNA测序数据的完整性，减少由于RNA量低导致的缺失事件	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分图自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
3969	2025-03-05	Genetic variation and molecular profiling of congenital malformations of the female genital tract based on whole-genome sequencing 2024-11, World journal of pediatrics : WJP IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s12519-024-00839-6 PMID:39251565	研究论文	本研究通过全基因组测序分析了590名中国个体的数据，揭示了女性生殖道先天性畸形（CM-FGT）的遗传变异和分子特征	首次在全基因组范围内识别出与CM-FGT相关的7个新发拷贝数变异、12个罕见单核苷酸变异和10个罕见3'UTR突变，并特别强调了ASH1L作为致病基因的重要性	样本主要来自中国人群，可能限制了结果的普遍性	探索女性生殖道先天性畸形的遗传变异和分子机制	590名中国个体，包括95名患者、442名病例对照和53名家族对照	基因组学	女性生殖道先天性畸形	全基因组测序，单细胞测序	NA	基因组数据	590名个体（95名患者，442名病例对照，53名家族对照）
3970	2025-03-05	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿性关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类数据仅来自一个RA-ILD队列，样本量有限	探讨MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者	数字病理学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列
3971	2025-03-05	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	本文介绍了一种名为VITAE的统计方法，通过结合潜在层次混合模型和变分自编码器来推断单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	VITAE方法通过整合潜在层次混合模型和变分自编码器，提高了轨迹推断的准确性和可解释性，并提供了细胞投影的不确定性量化	尽管VITAE在多种轨迹拓扑结构上表现优异，但其在更广泛的数据集和应用中的通用性仍需进一步验证	研究目标是开发一种能够同时进行轨迹推断和数据整合的统计方法，以提高单细胞测序数据分析的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞测序数据集中的细胞发育轨迹	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	三个不同的小鼠新皮层单细胞RNA测序数据集
3972	2025-03-05	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	本文研究了酰基辅酶A结合蛋白（ACBP/DBI）在癌症诊断和免疫监视中的作用	发现ACBP/DBI水平升高是癌症发展的风险因素，并证明其中和可以增强化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探讨ACBP/DBI在癌症发展和免疫监视中的作用	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型	癌症研究	肺癌、乳腺癌、肉瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	血浆样本、小鼠模型数据	癌症高风险个体、携带TP53或BRCA1/2突变的患者、非综合征健康个体以及小鼠模型
3973	2025-03-05	Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer 2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00914-x PMID:38965396	综述	本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力	提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响	快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战	改善小细胞肺癌患者的治疗效果	小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	NA
3974	2025-03-05	Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases 2024-Apr-02, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02375-3 PMID:38561568	comments	本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估	强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性	数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面	评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性	ECM重塑的脑膜瘤细胞	digital pathology	脑膜瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
3975	2025-03-05	Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells 2024-Mar-16, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02349-5 PMID:38491247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	首次在单细胞水平上对ECM重塑脑膜瘤细胞进行了全面的转录组分析，揭示了其与细胞粘附和细胞外基质组织相关的基因表达特征	研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性	研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性	脑膜瘤细胞	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明
3976	2025-03-05	Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06823-w PMID:38092919	研究论文	本文通过单细胞分析技术，将小鼠大脑中的神经元与其远程投射联系起来，揭示了神经元表观基因组与细胞类型之间的关系	使用epi-retro-seq技术，首次将单细胞表观基因组与远程投射的细胞类型联系起来，提供了全面的神经元投射类型与转录组和表观基因组关系的分析	研究仅限于小鼠大脑，未涉及其他物种或人类大脑	研究神经元表观基因组与远程投射之间的关系，解析细胞类型及其功能	小鼠大脑中的33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标	神经科学	NA	epi-retro-seq, 空间转录组学	NA	表观基因组数据, 转录组数据	33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标
3977	2025-03-05	Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103784 PMID:35169687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	揭示了成骨祖细胞在再生过程中与上皮-间质转化（EMT）及其反向过程（MET）相关的成分富集，并提供了EMT标记物在去分化细胞和分化成骨细胞中共同表达的证据	研究局限于斑马鱼模型，可能不直接适用于其他物种	阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序	斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3978	2025-03-04	TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling 2025-Mar-01, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05241-y PMID:40025258	研究论文	本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制，发现TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而促进EMT和干细胞特性	揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路的新机制，为膀胱癌的诊断、治疗和预后提供了潜在策略	TCF7在膀胱癌中的具体生物学功能和转录调控机制仍需进一步研究	研究TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制	膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
3979	2025-03-04	IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach 2025-Feb-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01989-3 PMID:40019680	研究论文	本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别	通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别	结直肠癌（CRC）	生物信息学	结直肠癌	甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析	K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF）	基因表达数据、甲基化数据	使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明
3980	2025-03-04	Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential 2025-Feb-28, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009 PMID:40023663	review	本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用	利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响	NA	探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制	皮肤黑色素瘤	digital pathology	melanoma	单细胞测序, 空间多组学技术	NA	单细胞数据, 多组学数据	NA