单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40449 篇文献，本页显示第 39661 - 39680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 39661 | 2024-08-09 |
Lifelong CMV infection improves immune defense in old mice by broadening the mobilized TCR repertoire against third-party infection
2018-07-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1719451115
PMID:29967140
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研究论文 | 本文探讨了终身感染巨细胞病毒（CMV）对老年小鼠免疫防御的影响，特别是通过扩大动员的TCR库对第三方感染的反应。 | 研究发现，老年小鼠感染CMV后，其针对模型抗原OVA的CD8 T细胞受体β（TCRβ）库显示出更多样化的克隆型，这些克隆型提供了广泛的抗原肽变体识别能力。 | 研究主要集中在老年小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于人类。 | 探讨CMV感染对老年小鼠免疫防御的影响及其潜在的积极作用。 | 研究对象包括老年小鼠、CMV感染以及模型抗原OVA。 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | T细胞受体β（TCRβ）库数据 | 研究涉及成年、老年对照和老年CMV感染的小鼠群体 | NA | NA | NA | NA |
| 39662 | 2024-08-09 |
Transcriptional synergy as an emergent property defining cell subpopulation identity enables population shift
2018-07-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05016-8
PMID:29968757
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录因子协同作用定义细胞亚群身份的计算平台TransSyn，并展示了其在再生医学中的应用潜力 | 开发了一种新的计算平台TransSyn，用于识别决定细胞亚群身份的协同转录核心，并预测细胞亚群间的身份转换 | NA | 开发一种新的计算方法来识别和利用转录因子的协同作用，以定义细胞亚群的身份 | 细胞亚群的身份及其转录因子协同作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 186个亚群，3786对细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 39663 | 2024-08-09 |
AmpUMI: design and analysis of unique molecular identifiers for deep amplicon sequencing
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty264
PMID:29949956
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研究论文 | 本文介绍了AmpUMI软件工具，用于设计和分析基于UMI的扩增子测序研究 | 提出了一个模型来确定防止UMI碰撞和减少等位基因畸变所需的最小UMI长度，并开发了AmpUMI软件工具 | NA | 旨在为扩增子测序实验提供最佳UMI长度设计的指导 | 扩增子测序实验中的UMI设计和分析 | 测序技术 | NA | 扩增子测序 | NA | DNA片段 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39664 | 2024-08-09 |
Scalable preprocessing for sparse scRNA-seq data exploiting prior knowledge
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty293
PMID:29949988
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研究论文 | 本文介绍了一种名为UNCURL的预处理框架，该框架基于非负矩阵分解，用于处理稀疏的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，能够处理不同的采样分布，扩展到大细胞数量，并能整合先验生物学知识 | UNCURL能够处理稀疏的scRNA-seq数据，并能整合先验生物学知识，提高了常见scRNA-seq工具在聚类、可视化和谱系估计方面的性能 | NA | 开发一种能够处理大规模稀疏scRNA-seq数据并整合先验知识的预处理框架 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | scRNA-seq数据 | 130万细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39665 | 2024-08-09 |
Random forest based similarity learning for single cell RNA sequencing data
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty260
PMID:29950006
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研究论文 | 本文介绍了一种基于随机森林的方法RAFSIL，用于从单细胞RNA测序数据中学习细胞间的相似性 | RAFSIL采用两步法，首先针对单细胞RNA测序数据进行特征构建，然后进行相似性学习，能够适应和扩展，并可用于探索性数据分析任务 | NA | 开发一种新的方法来准确获取单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 文本 | 多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 39666 | 2024-08-09 |
A Guide to Single-Cell Transcriptomics in Adult Rodent Brain: The Medium Spiny Neuron Transcriptome Revisited
2018, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2018.00159
PMID:29970990
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研究论文 | 本文分析并简化了从大脑中进行单细胞分离的关键步骤方法，并使用中棘神经元（MSN）作为示例展示了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据。 | 本文通过标准化单细胞分离的重要步骤，提高了数据的比较性，并通过高分辨率的单细胞测序重新定义了MSN的转录组。 | NA | 旨在通过单细胞转录组学技术深入理解大脑的细胞复杂性，并标准化单细胞分离技术以提高数据的可比性。 | 中棘神经元（MSN）及其亚型，特别是表达D1和D2多巴胺受体的MSN亚型。 | 数字病理学 | 精神疾病，神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 39667 | 2024-08-09 |
Deconstructing Adipogenesis Induced by β3-Adrenergic Receptor Activation with Single-Cell Expression Profiling
2018-08-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2018.05.025
PMID:29937373
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了在β3-肾上腺素受体激活下，附睾白色脂肪组织（eWAT）和腹股沟白色脂肪组织（iWAT）中基质/血管细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面且无偏地解析了β3-肾上腺素受体激活诱导的脂肪生成过程中基质细胞的异质性，并揭示了不同亚群间的功能交互 | NA | 探究β3-肾上腺素受体激活对脂肪生成的影响及其机制 | 附睾和腹股沟白色脂肪组织中的基质/血管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过33,000个基质/血管细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39668 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Dynamic Early Embryonic-like Programs during Chemical Reprogramming
2018-Jul-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2018.05.025
PMID:29937202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了化学重编程过程中多个时间点的36,199个单细胞转录组，揭示了从XEN样状态到多能性的动态早期胚胎样程序 | 首次揭示了化学重编程中早期胚胎样程序的关键作用，并通过精细调节化学处理加速了重编程过程 | NA | 探索化学重编程过程中分子动力学，特别是多能性获得的分子基础 | 化学重编程过程中的单细胞转录组 | NA | NA | RNA测序 | NA | 转录组 | 36,199个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39669 | 2024-08-09 |
A stromal cell population that inhibits adipogenesis in mammalian fat depots
2018-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0226-8
PMID:29925944
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，在小鼠模型中揭示了皮下脂肪组织中基质血管部分的不同亚群的脂肪干细胞和前体细胞，并发现其中一种亚群CD142脂肪生成调节细胞能抑制体内外的脂肪细胞形成。 | 本研究首次揭示了脂肪生成调节细胞的存在及其在调节脂肪组织可塑性中的潜在重要作用。 | 研究主要基于小鼠模型，对人类中的功能保守性尚需进一步验证。 | 探讨脂肪细胞发育和分化的机制及其在肥胖和相关并发症中的作用。 | 脂肪干细胞和前体细胞，特别是CD142脂肪生成调节细胞。 | NA | 肥胖，2型糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮下脂肪组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 39670 | 2024-08-09 |
SAVER: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing
2018-07, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0033-z
PMID:29941873
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SAVER的单细胞RNA测序（scRNA-seq）基因表达恢复方法 | SAVER方法通过跨基因和细胞的信息借用，为所有基因提供准确的表达估计 | NA | 解决单细胞RNA测序中基因表达量化不准确的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39671 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling of breast cancer T cells reveals a tissue-resident memory subset associated with improved prognosis
2018-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0078-7
PMID:29942092
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了乳腺癌中的T细胞，揭示了与改善预后相关的组织驻留记忆T细胞亚群 | 首次展示了乳腺癌中高数量的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）含有具有组织驻留记忆T细胞特征的CD8 T细胞，并且这些细胞表达高水平的免疫检查点分子和效应蛋白 | 研究主要集中在早期三阴性乳腺癌，可能需要进一步研究以验证其他乳腺癌亚型的结果 | 探讨乳腺癌中T细胞亚群的定量和定性差异与患者预后的关系 | 乳腺癌中的T细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 6,311个T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39672 | 2024-08-09 |
Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing
2018-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-018-0045-3
PMID:29942094
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对14名未经治疗的非小细胞肺癌患者的12,346个T细胞进行了深入分析，揭示了肿瘤浸润淋巴细胞的组成、谱系和功能状态 | 发现了大量具有高度迁移特性的跨组织效应T细胞，以及两种表现出衰竭前状态的细胞簇，这些发现有助于理解T细胞在肺癌中的功能状态和动态变化 | NA | 旨在描绘非小细胞肺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的基线景观，以帮助理解其功能状态和动态变化 | 非小细胞肺癌患者的T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,346个T细胞来自14名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 39673 | 2024-08-09 |
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
2018-06-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04724-5
PMID:29925878
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术研究多焦点前列腺癌中的组织间基因表达异质性 | 采用了一种新的反卷积方法分析了近6750个组织区域的转录组，提取了不同组织成分的独特表达谱 | NA | 揭示前列腺癌转录组的空间异质性，为未来的研究提供参考 | 多焦点前列腺癌的基因表达异质性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 近6750个组织区域 | NA | NA | NA | NA |
| 39674 | 2024-08-09 |
dropEst: pipeline for accurate estimation of molecular counts in droplet-based single-cell RNA-seq experiments
2018-06-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1449-6
PMID:29921301
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研究论文 | 本文介绍了一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道dropEst，该管道实现了条形码校正、细胞质量分类和液滴库的诊断信息 | 引入了先进的组合偏差和测序错误校正方法，以提供更准确的单个细胞中分子计数的估计 | NA | 开发一种用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据的可扩展管道 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39675 | 2024-08-09 |
Gene expression profiling of periodontitis-affected gingival tissue by spatial transcriptomics
2018-06-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-27627-3
PMID:29921943
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，对牙周炎影响下的牙龈组织进行基因表达分析，揭示了不同区域的基因表达特征 | 首次结合RNA测序与组织学分析，使用空间转录组学技术对牙周炎牙龈组织进行基因表达的定量与定位 | NA | 旨在表征牙周炎影响下牙龈组织的基因表达 | 牙周炎影响下的牙龈组织 | 数字病理学 | 牙周病 | 空间转录组学 | NA | RNA序列 | 牙龈组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 39676 | 2024-08-09 |
Single-cell whole-genome sequencing identifies human papillomavirus integration in cervical tumour cells prior to and following radiotherapy
2018-Jun, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2018.8567
PMID:29928338
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研究论文 | 本研究通过单细胞全基因组测序技术，分析了一位46岁女性宫颈癌患者在接受放疗前后采集的宫颈细胞，揭示了人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈肿瘤细胞中的整合情况及其对放疗的响应 | 首次通过单细胞全基因组测序技术揭示了放疗前后宫颈肿瘤细胞中HPV整合的动态变化 | 样本量较小，仅来自一位患者 | 探讨单细胞测序技术在揭示宫颈癌中HPV整合及其对放疗响应的应用 | 宫颈癌患者的宫颈肿瘤细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 25个宫颈细胞（13个来自放疗前，12个来自放疗后） | NA | NA | NA | NA |
| 39677 | 2024-08-09 |
Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database
2018-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006245
PMID:29939984
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研究论文 | 本文介绍了scRNA-tools数据库，该数据库用于收集和分类单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工具 | 创建了scRNA-tools数据库，为研究人员提供了一个方便选择合适分析工具的平台 | NA | 旨在帮助研究人员更好地导航和选择适合的scRNA-seq分析工具 | scRNA-seq分析工具 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39678 | 2024-08-09 |
Single-Cell Non-coding RNA in Embryonic Development
2018, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_3
PMID:29943293
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研究论文 | 本文关注单细胞非编码RNA在胚胎发育中的表达及其作用 | 采用单细胞RNA测序技术检测胚胎发育过程中非编码RNA的表达 | NA | 探讨非编码RNA在胚胎发育中的调控作用 | 非编码RNA如长非编码RNA、微小RNA、环状RNA、小核仁RNA和Piwi相互作用RNA | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39679 | 2024-08-09 |
High Throughput Single Cell RNA Sequencing, Bioinformatics Analysis and Applications
2018, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_4
PMID:29943294
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研究论文 | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的高通量生物信息学分析及其在癌症生物学中的应用 | scRNA-seq技术使得研究人员能够重新审视癌症生物学中的长期问题，如癌症转移、异质性和进化 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在癌症生物学中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在癌症转移、异质性和进化中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | NGS | NA | RNA-seq | NA | NA | NA | NA | NA |
| 39680 | 2024-08-09 |
Application of Single Cell Sequencing in Cancer
2018, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-0502-3_11
PMID:29943301
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review | 本文综述了单细胞测序技术在癌症研究与应用中的现状 | 单细胞测序技术提供了前所未有的手段来表征肿瘤内异质性并分析癌细胞的基因组 | NA | 探讨单细胞测序技术在癌症诊断和预后应用中的潜力 | 癌症细胞及其基因组 | digital pathology | cancer | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |