单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3941 - 3960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3941 | 2025-10-06 |
Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction
2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636113
PMID:39975332
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了年龄相关前庭功能障碍中毛细胞分子特征变化及毛束退化机制 | 首次在单细胞水平揭示前庭毛细胞衰老的分子特征，发现毛束退化是前庭功能衰退的关键因素且早于毛细胞丢失 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究年龄相关前庭功能障碍的病因和分子机制 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞 | 单细胞转录组学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序，成像技术，电生理记录 | NA | 转录组数据，图像数据，电生理数据 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3942 | 2025-10-06 |
Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf339
PMID:40668554
|
综述 | 本文对RNA速度的计算方法、创新应用和生物学意义进行了系统性综述 | 首次将RNA速度模型系统分类为稳态方法、轨迹方法和状态外推方法，并全面比较了各类方法的假设前提和计算策略 | 模型假设存在局限性，预处理流程和可视化方法仍需优化 | 梳理RNA速度领域的发展现状，为动态转录组研究提供实施指南 | RNA速度计算方法及其在生物学研究中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo等RNA速度模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3943 | 2025-10-06 |
Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway
2025-Jul-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102305
PMID:40591485
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞消融技术揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统阐明心脏成纤维细胞通过胶原信号通路直接调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的时空动态关系 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类心脏发育中验证；长期消融后的代偿机制仍需进一步研究 | 探究心脏发育过程中成纤维细胞对心肌和血管发育的调控作用 | 小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心脏发育缺陷 | 单细胞mRNA测序、RNA染色、白喉毒素A消融系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织染色图像 | 不同发育阶段的小鼠心脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3944 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70721
PMID:40660426
|
研究论文 | 通过多组学分析和真实世界数据验证，研究丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用 | 首次对丝氨酸代谢相关基因进行泛癌分析，并在结直肠癌中深入探索其表达模式、预后意义及与肿瘤微环境的关联 | 研究主要基于公共数据库和回顾性队列，需要进一步前瞻性研究验证 | 阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式、遗传改变和临床意义 | 结直肠癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组学、基因组学、表观遗传学、单细胞RNA测序、免疫组化 | NA | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的泛癌数据，两个独立的结直肠癌真实世界队列 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3945 | 2025-10-06 |
Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193
PMID:40662787
|
研究论文 | 提出了一种基于树结构分支过程的贝叶斯推理方法FiTree，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观 | 将表型适应性参数化与贝叶斯推理方案结合，统一了癌症进展的概率图模型与群体遗传学 | 未明确说明模型的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 推断肿瘤进化中的适应性景观，理解突变间的表型相互作用 | 单细胞肿瘤突变树和急性髓系白血病数据集 | 计算生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞测序 | 树结构多类型分支过程模型，贝叶斯推理 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3946 | 2025-10-06 |
Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253
PMID:40662778
|
研究论文 | 提出一种基于Wasserstein-1的快速可扩展神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测 | 采用Wasserstein-1对偶公式简化优化过程，避免了复杂的极小极大优化问题，并通过对抗训练恢复传输映射 | W1对偶仅揭示传输方向，不直接提供唯一最优传输映射，需要额外步骤确定传输步长 | 开发快速可扩展的最优传输求解器用于单细胞扰动响应预测 | 单细胞扰动数据分布映射 | 机器学习 | NA | 最优传输理论，对抗训练 | 神经网络 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3947 | 2025-10-06 |
Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241
PMID:40662783
|
研究论文 | 提出一种将层次信息整合到基于注意力的多示例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测 | 在基于注意力的多示例学习框架中同时考虑细胞和细胞类型的层次结构信息 | NA | 提高单细胞RNA测序数据患者表型预测的性能和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞和细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于注意力的多示例学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3948 | 2025-10-06 |
Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194
PMID:40662790
|
研究论文 | 本文改进了Tangram空间映射工具，通过多种策略提高单细胞到空间映射的可靠性 | 提出了四种改进策略：在信息基因子集上训练模型、应用细胞过滤、引入多种正则化形式以及整合邻域信息，显著提高了映射一致性 | 研究主要基于小鼠数据集，在其他物种或组织类型中的适用性需要进一步验证 | 提高单细胞RNA测序与空间转录组学数据整合的可靠性和一致性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Tangram模型改进 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 真实和模拟的小鼠数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3949 | 2025-10-06 |
Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201
PMID:40662792
|
研究论文 | 提出一种跨模态统一表示学习框架CUCA，用于从组织学图像预测细粒度细胞类型 | 利用跨模态嵌入对齐范式协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距 | NA | 从组织学图像识别细粒度细胞类型，为肿瘤生物学研究提供见解 | 细胞类型识别和空间组织结构分析 | 数字病理学 | 肿瘤 | 跨模态表示学习 | 跨模态统一表示学习框架 | 组织学图像、空间转录组数据 | 三个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3950 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268
PMID:40662813
|
研究论文 | 本研究评估了空间转录组学反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性 | 首次系统评估RNA反卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态模拟框架 | RNA反卷积方法在解析稀有细胞类型时表现略优于染色质可及性方法，表明仍需开发专门方法 | 验证空间转录组反卷积方法在空间染色质可及性数据上的通用性 | 空间染色质可及性数据和空间转录组数据 | 空间组学 | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | Cell2location, RCTD | 空间染色质可及性数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间染色质可及性分析, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3951 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy
2025-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70406
PMID:40665579
|
综述 | 本文系统总结了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用，并评估了靶向CSCs的临床治疗策略 | 有机整合了CSCs的基础机制与临床转化研究，提出了多组学引导的精准医疗和微环境重塑等解决方案 | NA | 探讨癌症干细胞在肿瘤发生发展中的作用及其临床治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 多组学分析、谱系追踪、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3952 | 2025-10-06 |
The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy
2025-Jun-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01498-6
PMID:40588764
|
研究论文 | 本研究探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR-T细胞疗法相关神经毒性中的作用机制 | 首次发现CXCR6+细胞毒性T细胞在ICANS脑脊液中富集，并揭示CXCL16/CXCR6轴与神经毒性严重程度的相关性 | 样本量较小（n=11），且严重病例数量有限 | 阐明CAR-T细胞疗法中免疫效应细胞相关神经毒性综合征的发病机制 | 接受CAR-T细胞治疗并发生ICANS的患者外周血和脑脊液样本，以及尸检脉络丛和脑组织 | 单细胞生物学 | 神经毒性综合征 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 多模态空间转录组学, 免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 空间转录组数据, 免疫荧光图像 | 11例ICANS患者（分级：1级3例，2级4例，3级1例，4级3例） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3953 | 2025-10-06 |
Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome
2025-Jun-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743
PMID:40131028
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质母细胞瘤中微血管增殖的细胞组成及其与免疫抑制的关联 | 首次在胶质瘤中鉴定出与微血管增殖相关的间充质干细胞和癌症相关成纤维细胞群体，并发现PDGFRB是驱动间充质干细胞向成熟血管/血管周围基质细胞分化的关键基因 | 样本量相对有限（16例患者），研究结果需要在更大队列中验证 | 探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的细胞机制和生物学后果 | 胶质瘤患者的血管/血管周围基质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，RNA速率分析，信号网络分析，数字空间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例原发性胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3954 | 2025-10-06 |
Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain
2025-Jun, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01561-5
PMID:39976844
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析紫杉醇诱导的小鼠脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示紫杉醇诱导的内皮细胞衰老通过改变细胞连接组装和细胞外基质重塑相关基因表达导致血脑屏障功能障碍 | 研究仅基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式 | 紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞 | 单细胞转录组学 | 化疗相关认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3955 | 2025-10-06 |
Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.06.561193
PMID:38370853
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用 | 发现了一种新型终末雪旺细胞亚型，并确定SPP1信号通路是神经肌肉接头动态的关键调节因子 | 研究仅限于特定神经损伤模型，未涉及其他病理条件 | 阐明雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的分子机制 | 肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头 | 单细胞生物学 | 神经肌肉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 稳定神经支配与部分/完全去神经支配再神经支配模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3956 | 2025-10-06 |
Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model
2025-May-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181775
PMID:40100323
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了CTLA4阳性T细胞在肺纤维化消退过程中的关键作用 | 首次发现CTLA4在CD8+ T细胞上的表达与纤维化区域相邻，并证明靶向CTLA4的治疗可加速肺上皮再生和纤维化消退 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的直接转化仍需进一步验证 | 探究免疫检查点蛋白CTLA4在肺纤维化消退过程中的作用机制 | 人源化CTLA4敲入小鼠模型、人类特发性肺纤维化组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 人源化小鼠模型和人类肺纤维化组织样本 | NA | 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 3957 | 2025-10-06 |
[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia]
2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析T细胞大颗粒淋巴细胞白血病患者的免疫谱系特征 | 首次在单细胞水平揭示T-LGLL的免疫谱系特征，发现效应CD8+ T细胞异常扩增、Treg细胞减少及功能异常等关键免疫失衡特征 | 样本量较小（5例患者和3例健康对照），单中心研究 | 研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病的免疫谱系改变及其致病机制 | T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 5例T-LGLL患者（治疗前后配对样本）和3例健康对照 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞转录组测序技术 |
| 3958 | 2025-10-06 |
POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
|
研究论文 | 提出Popari概率图模型用于多样本空间转录组数据的因子分解分析 | 引入差异先验正则化空间一致性和空间下采样实现多分辨率层次分析 | 未明确说明模型计算复杂度和可扩展性限制 | 开发多样本空间转录组数据整合分析方法 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病, 卵巢癌 | 空间转录组学 | 概率图模型 | 空间基因表达数据 | 多个生物样本（小鼠大脑、胸腺、卵巢癌） | NA | 空间转录组学 | STARmap PLUS, Slide-TCR-seq, CosMx | NA |
| 3959 | 2025-10-06 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkaf045
PMID:40036847
|
研究论文 | 本研究构建了首个小鼠精囊的单细胞转录组图谱，揭示了该组织的细胞组成和功能特征 | 首次创建小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，系统定义了该组织的细胞类型和转录组特征 | 研究仅基于小鼠模型，结果向人类推演需谨慎；样本数量相对有限 | 解析精囊组织的细胞组成和功能，理解精液形成的分子基础 | 小鼠精囊组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23只不同年龄和饮食条件的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3960 | 2025-10-06 |
Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology
2025-May, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006
PMID:39503694
|
综述 | 本文综述了空间多组学技术的基本原理及其在皮肤病学研究中的应用前景 | 介绍了能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质的空间多组学新技术，突破了传统空间转录组学的局限 | 作为综述文章，未涉及具体实验验证和数据分析 | 探讨空间多组学技术在皮肤病学研究中的原理、优势和局限性 | 皮肤组织的空间分子特征 | 空间生物学 | 皮肤病 | 空间多组学技术 | NA | 基因组、表观基因组、蛋白质组空间数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间多组学 | NA | NA |