单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3941	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
3942	2025-03-08	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Feb-25, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用，并发现眼内浸润的浆细胞通过表达炎症因子促进这些细胞的产生	首次识别出MUC1浆细胞作为主要致病亚型，并揭示了Rab1A小G蛋白在浆细胞生存和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究较少，可能限制了结果的普适性	探索自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献，以开发有效治疗方法	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	EAU小鼠模型和VKH患者的浆细胞样本
3943	2025-03-08	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	研究论文	本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成现实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法	研究主要基于模拟数据，实际应用中的效果可能需要进一步验证	评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性	单核多组学实验中的解复用方法	生物信息学	NA	单核多组学测序	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
3944	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
3945	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
3946	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
3947	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
3948	2025-03-08	Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612119 PMID:39314416	研究论文	本文通过多组学分析（单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术）研究了300多名健康成年人的外周免疫系统，揭示了年龄相关的免疫细胞动态变化	利用多组学技术对健康成年人进行长期免疫分析，创建了包含超过1600万个PBMC的单细胞RNA测序数据集，并开发了新的免疫健康图谱	研究主要关注健康成年人，未涉及特定疾病状态下的免疫变化	研究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，以开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪	免疫学	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪
3949	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因
3950	2025-03-08	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-04, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	本文研究了急性髓性白血病（AML）微环境中炎症对健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的影响	揭示了HSPCs在白血病微环境中作为炎症传播的未被识别的组成部分，并发现AML来源的纳米级细胞外囊泡（EV）足以触发HSPCs的炎症反应	研究主要基于两种同源AML模型，可能无法完全代表所有AML亚型的炎症反应	探讨AML微环境中炎症对HSPCs功能的影响及其在疾病进展中的作用	健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	两种同源AML模型
3951	2025-03-08	Tetrahedral DNA loaded siCCR2 restrains M1 macrophage polarization to ameliorate pulmonary fibrosis in chemoradiation-induced murine model 2024-Mar-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.01.022 PMID:38273656	研究论文	本文通过整合博来霉素气管内给药和胸部照射，构建了一种模拟特发性肺纤维化（IPF）临床特征的鼠模型，揭示了CCL2/CCR2轴在驱动M1巨噬细胞极化中的决定性作用，并开发了一种新型的FNA-siCCR2治疗策略	构建了一种新的IPF鼠模型，揭示了M1巨噬细胞在IPF中的关键作用，并开发了FNA-siCCR2作为潜在的治疗策略	研究主要基于鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究特发性肺纤维化（IPF）的发病机制及潜在治疗方法	鼠模型和IPF患者	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	鼠模型	基因表达数据	鼠模型和IPF患者的scRNA-seq数据
3952	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
3953	2025-03-08	Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-230861 PMID:38217599	综述	本文综述了单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病研究中的应用	单细胞测序技术能够在个体细胞水平上研究复杂疾病，克服了传统批量测序无法反映细胞异质性的问题	NA	探讨单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用	阿尔茨海默病	数字病理学	老年病	单细胞测序技术，包括转录组学、表观基因组学、基因组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
3954	2025-03-08	Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01167-z PMID:36050550	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞疾病相关性评分（scDRS）的方法，通过将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多基因疾病风险在单细胞分辨率上联系起来，独立于注释的细胞类型	scDRS方法能够在单细胞水平上识别与疾病相关的基因表达过量的细胞，且不依赖于现有的细胞类型标签，揭示了疾病相关细胞的亚群	NA	通过单细胞RNA测序数据，研究多基因疾病风险与单个细胞的关联	74种疾病/特征和31个组织/器官中的130万个单细胞基因表达谱	单细胞RNA测序	炎症性肠病、精神分裂症、甘油三酯水平相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	130万个单细胞基因表达谱
3955	2025-03-08	Transcriptional programming of immunoregulatory responses in human Langerhans cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.892254 PMID:36203560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析研究了人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	揭示了稳态LCs存在于一个成熟状态的连续体中，并在迁移过程中上调抗原呈递基因和免疫调节模块，同时发现迁移诱导的转录因子IRF4、KLF6和RelB在免疫调节基因调控网络中的关键作用	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探讨人类表皮朗格汉斯细胞在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCENIC, Partial Information Decomposition in Context	RNA测序数据	NA
3956	2025-03-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Mar-06, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法揭示了甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别出ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	首次使用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在肿瘤侵袭和血管生成中的核心作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3957	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
3958	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3959	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
3960	2025-03-06	PERK+ macrophages drive immunotherapy resistance in lymph node metastases of oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3135 PMID:40036693	研究论文	本研究评估了口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者淋巴结转移的病理反应率，并探索了改善治疗效果的潜在靶点	首次系统评估了OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并发现PERK+巨噬细胞在免疫治疗抵抗中的作用	研究样本量有限，且主要基于小鼠模型，需进一步临床试验验证	评估OSCC患者淋巴结转移的病理反应率，并探索改善治疗效果的潜在靶点	OSCC患者及其淋巴结转移	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	小鼠模型	转录组数据、免疫组化数据	参与随机双臂II期临床试验的OSCC患者