单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3941	2025-02-17	Comprehensive analysis of cytokine and chemokine gene expression in IgG4-related disease by spatial transcriptomics 2025-Feb-14, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.12.010 PMID:39952877	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3942	2025-02-17	PD-L1 Promotes Immunological Tolerance and Enhances Visual Protection of hESC-RPE Grafts in Retinal Degeneration 2025-Feb-14, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70007 PMID:39953740	研究论文	本研究探讨了PD-L1过表达在人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）移植中对免疫排斥的抑制作用及其对视网膜退行性疾病的视觉保护效果	提出了一种无需删除MHC基因的PD-L1过表达策略，保留了hESC-RPE对NK细胞的免疫抑制功能，并显著提高了移植物的存活率和视觉保护效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	提高hESC-RPE移植治疗年龄相关性黄斑变性（AMD）的效率	人类胚胎干细胞衍生的视网膜色素上皮（hESC-RPE）	生物医学工程	年龄相关性黄斑变性（AMD）	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	视网膜退行性模型中的hESC-RPE移植物
3943	2025-02-17	Similarities and differences in the response and molecular characteristics of peripheral sensory neurons associated with pain and itch 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024202 PMID:39953797	研究论文	本文研究了背根神经节（DRG）神经元在疼痛和瘙痒刺激下的反应和分子特征，揭示了多感觉神经元和单感觉神经元在疼痛和瘙痒反应强度上的差异，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了不同亚群在慢性疼痛和瘙痒发展中的转录组变化	使用双光子钙成像和单细胞RNA测序技术，揭示了DRG神经元在疼痛和瘙痒刺激下的不同反应和转录组变化，为治疗这些症状提供了新的见解	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的情况	研究DRG神经元在疼痛和瘙痒刺激下的反应和分子特征	背根神经节（DRG）神经元	神经科学	疼痛和瘙痒	双光子钙成像，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	钙成像数据，RNA测序数据	NA
3944	2025-02-17	Analysis of microarray and single-cell RNA-seq identifies gene co-expression, cell-cell communication, and tumor environment associated with metabolite interconversion enzyme in prostate cancer 2025-Feb-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01926-4 PMID:39946051	研究论文	本研究通过基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序、癌基因和肿瘤抑制基因，利用生物信息学技术分析了前列腺癌中与代谢物互变酶相关的差异表达基因的相互作用网络	这种分析在之前的研究中尚未有记录	NA	提供关于前列腺癌中差异表达基因的分子特性和通路的新视角，并揭示在前列腺癌发生和进展中起关键作用的潜在生物标志物	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	基因表达微阵列、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3945	2025-02-17	Mitochondrial carrier homolog 2 is important for mitochondrial functionality and non-small cell lung cancer cell growth 2025-Feb-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07419-0 PMID:39948081	研究论文	本研究探讨了线粒体载体同源物2（MTCH2）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及其功能作用	首次揭示了MTCH2在NSCLC中的过表达及其通过维持线粒体超功能促进癌细胞生长的机制，提出MTCH2作为治疗NSCLC的新靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索NSCLC的新分子靶点及其在癌细胞生长中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞和组织	癌症研究	肺癌	CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种原代/已建立的人类NSCLC细胞系、裸鼠皮下异种移植模型
3946	2025-02-17	Single-cell transcriptomic atlas of the chicken cecum reveals cellular responses and state shifts during Eimeria tenella infection 2025-Feb-13, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11302-9 PMID:39948469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了鸡盲肠上皮的单细胞图谱，揭示了Eimeria tenella感染期间的细胞反应和状态变化	首次提供了鸡盲肠上皮的全面单细胞图谱，揭示了Eimeria tenella感染对细胞类型组成和状态的显著影响	研究主要关注鸡盲肠上皮，未涉及其他组织或物种	研究Eimeria tenella感染对鸡盲肠上皮细胞的影响	鸡盲肠上皮细胞	单细胞转录组学	球虫病	10X Genomics单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	7,394个细胞
3947	2025-02-17	Unveiling the crucial role of glycosylation modification in lung adenocarcinoma metastasis through artificial neural network-based spatial multi-omics single-cell analysis and Mendelian randomization 2025-Feb-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13650-x PMID:39948531	研究论文	本研究通过整合多种组学方法，揭示了糖基化修饰在肺腺癌转移中的关键作用，并利用人工神经网络和孟德尔随机化方法确定了潜在的生物靶点	首次结合单细胞和空间转录组学分析，利用人工神经网络构建预测模型，并通过孟德尔随机化验证基因与肺腺癌的因果关系	研究主要基于肺腺癌组织样本，未涉及其他类型癌症，且样本量可能限制结果的普适性	探讨糖基化修饰在肺腺癌转移中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	肺腺癌组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、人工神经网络、孟德尔随机化	人工神经网络	转录组数据、空间数据	肺腺癌组织样本
3948	2025-02-17	Integrative machine learning model of RNA modifications predict prognosis and treatment response in patients with breast cancer 2025-Feb-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03651-y PMID:39948551	研究论文	本研究通过整合多种RNA修饰，开发了一个基于机器学习的RNA修饰特征模型（CMRS），用于预测乳腺癌患者的预后和治疗反应	首次整合九种RNA修饰，开发了CMRS模型，并揭示了RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的重要作用	研究为回顾性分析，需要前瞻性研究进一步验证CMRS模型的临床适用性	探索RNA修饰在乳腺癌预后和治疗中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序，免疫浸润分析，免疫组化	CMRS模型	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	15个独立的乳腺癌队列
3949	2025-02-17	Long Non-Coding RNAs in Ovarian Cancer: Mechanistic Insights and Clinical Applications 2025-Jan-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030472 PMID:39941838	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在卵巢癌中的多面角色及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	强调了lncRNA在卵巢癌中的双重作用，既可作为致癌基因也可作为肿瘤抑制基因，并探讨了其在诊断和治疗中的潜力	综述性文章，缺乏原始实验数据支持	探讨lncRNA在卵巢癌发病机制中的作用及其在诊断和治疗中的应用潜力	卵巢癌中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症生物学	卵巢癌	单细胞测序、生物信息学、组学方法	NA	文献数据、组学数据	NA
3950	2025-02-17	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本文利用基因微阵列数据训练了一个能够跨平台预测的模型，验证了性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	使用稳健的集成机器学习方法，训练了一个能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测的模型	预测特征集仅对女性患者有效，对男性患者的应用产生了意外结果	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列数据、RNA-seq、scRNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
3951	2025-02-17	Stem cell expression of CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ 2025-Jan-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263451 PMID:39639824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光染色和谱系追踪技术，揭示了CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并探讨了其在犁鼻器组织组成中的作用	首次发现CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并揭示了其在神经元成熟和非神经元细胞类型中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探讨CXCR4在犁鼻器组织组成和细胞分化中的作用	小鼠的犁鼻器组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠模型
3952	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
3953	2025-02-16	TIGIT expression in extrahepatic cholangiocarcinoma and its impact on CD8 + T cell exhaustion: implications for immunotherapy 2025-Feb-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07388-4 PMID:39939322	研究论文	本研究探讨了TIGIT在肝外胆管癌（ECCA）中的表达及其对CD8+ T细胞耗竭的影响，为免疫治疗提供了新的视角	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了TIGIT在ECCA中的过度表达及其与CD8+ T细胞耗竭的关系，并验证了抗TIGIT治疗在患者来源的异种移植（PDX）模型中的潜在疗效	研究主要基于体外实验和PDX模型，缺乏大规模临床试验数据支持	探讨TIGIT在ECCA中的作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响，为ECCA的免疫治疗提供新策略	肝外胆管癌（ECCA）患者样本及患者来源的异种移植（PDX）模型	肿瘤免疫学	肝外胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、组织微阵列、免疫组化染色、流式细胞术	患者来源的异种移植（PDX）模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	ECCA患者样本及PDX模型
3954	2025-02-16	SpaCcLink: exploring downstream signaling regulations with graph attention network for systematic inference of spatial cell-cell communication 2025-Feb-12, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02141-x PMID:39939849	研究论文	本文提出了一种名为SpaCcLink的细胞间通讯分析方法，该方法考虑了细胞内受体的下游影响，并系统地研究了通讯的空间模式及下游信号网络	SpaCcLink方法首次将细胞内受体的下游信号纳入细胞间通讯分析，能够更系统地解码受细胞间通讯影响的下游基因和信号通路	NA	开发一种能够考虑细胞内受体下游影响的细胞间通讯分析方法，以更全面地理解细胞间通讯机制	人类和小鼠的真实数据集	生物信息学	NA	空间转录组学技术	图注意力网络（GAT）	空间转录组数据	NA
3955	2025-02-16	Single-cell transcriptome analysis reveals the dysregulated monocyte state associated with tuberculosis progression 2025-Feb-12, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-025-10612-3 PMID:39939918	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了与结核病进展相关的单核细胞状态失调	揭示了单核细胞亚群在结核病进展中的关键作用，并识别了与结核病发展相关的基因和转录因子	研究依赖于已有的单细胞RNA-seq数据，可能缺乏实验验证	探讨单核细胞在结核病免疫反应中的作用，以开发新的免疫治疗策略	单核细胞亚群	生物信息学	结核病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq数据	来自SRP247583的单细胞RNA-seq数据
3956	2025-02-16	Integrating Hypoxia Signatures from scRNA-seq and Bulk Transcriptomes for Prognosis Prediction and Precision Therapy in Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma 2025-Feb-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26031362 PMID:39941131	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据中的缺氧特征，构建了宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）特异的缺氧相关评分（CSHRS）风险模型，用于预后预测和精准治疗	首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据，构建了CESC特异的缺氧相关评分（CSHRS）风险模型，并整合临床病理特征构建了nomogram模型，以促进CESC的精准治疗	研究未提及样本的具体数量，且未讨论模型在其他癌症类型中的适用性	研究CESC中缺氧的机制，开发个性化治疗方案	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA），LASSO回归，Cox回归	CSHRS风险模型，nomogram模型	RNA测序数据，临床病理数据	NA
3957	2025-02-16	H4K12 Lactylation Activated-Spp1 in Reprogrammed Microglia Improves Functional Recovery After Spinal Cord Injury 2025-Feb, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70232 PMID:39939834	研究论文	本研究探讨了SPP1信号通路在脊髓损伤（SCI）中的功能及其调控机制，并评估其作为改善损伤后功能恢复的潜在治疗靶点	揭示了H4K12乳酸化激活的Spp1在重编程小胶质细胞中的作用，及其在SCI后功能恢复中的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序和体外实验，需要进一步在更大样本和临床环境中验证	探索SPP1信号通路在SCI中的功能及其调控机制，评估其作为治疗靶点的潜力	脊髓损伤后的小胶质细胞/巨噬细胞	生物医学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），DNA-pulldown实验	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3958	2025-02-16	Single-Cell Analysis of Endothelial Cell Injury in IgA Nephropathy 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70149 PMID:39945225	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析IgA肾病（IgAN）患者的肾脏活检样本，重点研究肾内皮细胞在IgAN中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示IgAN中肾内皮细胞的基因表达变化，并发现IL-6通过Rac1负调控VE-cad表达的新机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于人类肾小球内皮细胞（HRGECs），未涉及体内实验	探讨IgAN中肾内皮细胞在肾脏损伤中的具体作用机制	IgA肾病患者的肾脏活检样本及人类肾小球内皮细胞	生物信息学	IgA肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	IgAN患者和对照组的肾脏活检样本
3959	2025-02-16	Cannabidiol restores hematopoietic stem cell stemness in mouse through Atf2-Lrp6 axis after acute irradiation 2025-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70092 PMID:39949985	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性辐射后通过Atf2-Lrp6轴恢复小鼠造血干细胞干性的作用	发现CBD通过上调Atf2转录因子恢复造血干细胞的干性，并揭示了Atf2-Lrp6轴在辐射损伤修复中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CBD在急性辐射后对造血干细胞的保护作用及其分子机制	小鼠造血干细胞	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
3960	2025-02-16	Heterogeneity in Cancer 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030441 PMID:39941808	综述	本文讨论了癌症异质性在诊断、预后和治疗中的临床意义，强调了需要个性化方法来克服癌症多样性的挑战	强调了新兴分子诊断和分析技术在理解癌症异质性多维复杂性中的作用，并探讨了异质性在治疗抵抗和转移性病变复发中的作用	NA	探讨癌症异质性对诊断、预后和治疗的影响，并探索克服这些挑战的个性化方法	癌症患者及其转移性病变	肿瘤学	癌症	下一代测序（NGS）、单细胞转录组学、液体活检技术、人工智能	NA	分子数据	NA