单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3941	2025-02-07	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2025-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012855 PMID:39869679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了西尼罗河病毒（WNV）感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异，特别是肠内分泌细胞（EE）中病毒RNA的高水平复制	未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调，且研究仅限于库蚊中肠，未涉及其他组织或物种	研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	库蚊中肠细胞
3942	2025-02-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	本文分析了PAX6和LHX2这两个在哺乳动物大脑皮层发育中起基础作用的转录因子的下游靶标	通过比较PAX6和LHX2的染色质占据和转录失调，揭示了它们在神经发生过程中可能通过部分非重叠的途径进行调控	研究主要基于单细胞RNA-seq数据集，可能未涵盖所有相关细胞类型或发育阶段	探讨PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶标	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3943	2025-02-07	Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82406-7 PMID:39732739	研究论文	本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物	使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少	揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Single Cell Variational Inference (scVI)	基因表达数据	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本
3944	2025-02-07	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	本文研究了心脏骤停和复苏后早期炎症和神经学结果与多样化NKT细胞的关系	首次发现多样化NKT细胞在心脏骤停后神经保护中的作用，并提出了通过增强dNKT细胞数量或功能来治疗心脏骤停的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大量心脏骤停患者和小鼠模型
3945	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
3946	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3947	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
3948	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
3949	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点
3950	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
3951	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
3952	2025-02-07	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者接受至少1个月CBD治疗后外周血单核细胞中的基因表达变化	首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示了CBD治疗与髓系细胞中抗炎基因表达特征之间的关联	样本量较小（仅3名HIV感染者），且未设置安慰剂对照组	探究CBD治疗对HIV感染者外周血单核细胞基因表达的影响	HIV感染者的外周血单核细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名HIV感染者的约41,000个外周血单核细胞
3953	2025-02-07	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	研究论文	本文通过建立基因工程小鼠模型，研究了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）的分子异质性和细胞命运异质性，揭示了其与小细胞肺癌（SCLC）的相似性	首次建立了高转移性ONB的基因工程小鼠模型，并揭示了ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运异质性上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究嗅觉神经母细胞瘤的分子异质性和细胞命运异质性，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	分子生物学	嗅觉神经母细胞瘤，小细胞肺癌	基因工程小鼠模型，单细胞转录组学	基因工程小鼠模型	基因表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
3954	2025-02-07	Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1456004 PMID:39906661	研究论文	本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系	首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关	样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病	研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制	43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本	分子遗传学	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	无监督聚类	RNA测序数据	147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本
3955	2025-02-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究探讨了与细胞焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），以识别乳腺癌（BC）的潜在治疗靶点，并构建了lncRNA特征以确定BC患者的预后和免疫治疗反应	构建了一个包含六个lncRNA的细胞焦亡-免疫特征，有效预测乳腺癌预后并揭示不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并构建lncRNA特征以确定患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	Cox回归分析	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas数据集和GSE176078单细胞测序数据的样本
3956	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）
3957	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
3958	2025-02-07	Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010 PMID:32553173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类胸腺生成过程中的细胞谱系特化轨迹和T细胞发育的承诺谱	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了人类胸腺生成过程中的细胞分化轨迹和T细胞发育的承诺状态	研究仅限于人类出生后胸腺中的CD34祖细胞，未涉及其他发育阶段或组织	理解人类胸腺生成和T细胞发育的分子机制	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（sRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物
3959	2025-02-06	Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433 PMID:39902149	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用	首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点	创伤性脑损伤后的海马神经元	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3960	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA