单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2025-03-28	Pathogenesis of systemic sclerosis: an integrative review of recent advances 2025-Apr-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.2024.0129 PMID:40134549	综述	本文综述了系统性硬化症（SSc）的发病机制最新研究进展，强调了从基础研究向精准治疗方法的转变	整合了最新的转录组、基因组、蛋白质组和表观基因组数据，探索了流式细胞术和单细胞RNA测序等技术在研究致病细胞亚型中的潜力	NA	探讨系统性硬化症的发病机制，并推动未来研究向个性化和精准干预方向发展	系统性硬化症（SSc）的发病机制	医学研究	系统性硬化症（SSc）	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、蛋白质组、表观基因组数据	NA
3922	2025-03-28	Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone 2025-Mar-26, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf043 PMID:40143416	研究论文	通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，研究发现小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞均来源于表达Sox9的祖细胞	揭示了Sox9表达祖细胞在出生后骨骼发育中的重要作用，以及一类位于软骨膜和生长板软骨细胞之间的独特软骨细胞对成骨细胞谱系的贡献	研究仅在小鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需验证	探究小鼠骨骼中成骨细胞前体细胞的来源	小鼠骨骼中的成骨细胞前体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠骨骼组织样本
3923	2025-03-28	CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data 2025-Mar-25, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01137-1 PMID:40133495	研究论文	本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯的生物信息学工具包	增加了约1000种非肽配体介导的相互作用，提供了新的查询方式，整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略，并引入了交互式可视化模块CellPhoneDBViz	需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟	提高细胞间通讯推断的精确度，为生理微环境中的组织生物学提供新见解	单细胞多组学数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞基因组学技术、空间转录组学技术、染色质可及性测定	NA	单细胞多组学数据	NA
3924	2025-03-28	RBAD: the first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165 PMID:40145964	research paper	该研究开发了一个基于1468个血液样本的RNA数据库RBAD，专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床相关性	首次建立了专注于阿尔茨海默病血液RNA变化的网络分析平台RBAD，并发现了与患者生存率和认知衰退相关的RNA标志物	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义	阿尔茨海默病患者的血液RNA特征	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	1468个血液样本（包含人类和小鼠研究数据）
3925	2025-03-28	Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974 PMID:40145972	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了脊髓损伤后食蟹猴背根神经节中的免疫细胞微环境变化及其对轴突再生的影响	首次在食蟹猴模型中全面解析脊髓损伤后背根神经节的转录组特征，并揭示了巨噬细胞亚群在免疫微环境中的关键作用	研究仅基于食蟹猴模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脊髓损伤后背根神经节免疫微环境的细胞组成及其功能机制	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓细胞	digital pathology	spinal cord injury	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓组织样本
3926	2025-03-28	Organelle symphony: nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子红系2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用	强调了Nrf2和NF-κB在中风中的相互作用及其在氧化应激、炎症和神经保护中的角色，并探讨了单细胞测序和空间转录组学在中风研究中的新应用	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要基于现有文献的综合分析	探讨Nrf2和NF-κB在中风病理生理学中的作用及其潜在治疗靶点	缺血性和出血性中风的病理机制	神经科学	中风	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
3927	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA
3928	2025-03-28	The multi-target mechanism of action of Selaginella doederleinii Hieron in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: a network pharmacology and multi-omics analysis 2025-01-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83921-3 PMID:39747499	研究论文	本研究通过网络药理学和多组学分析探讨了石上柏在治疗鼻咽癌中的多靶点作用机制	结合网络药理学、多组学分析及分子对接技术，揭示了石上柏活性成分通过多靶点、多途径协同作用治疗鼻咽癌的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，需进一步实验验证	探究石上柏治疗鼻咽癌的多靶点作用机制	鼻咽癌相关靶基因及石上柏活性成分	网络药理学	鼻咽癌	WGCNA分析、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因表达数据、蛋白质互作数据	GSE53819数据集（具体样本数未提及）
3929	2025-03-28	Discrepancies between human and murine model cerebral aneurysms at single-cell resolution 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1512938 PMID:40134579	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	首次在单细胞分辨率下系统地比较了人类和小鼠模型脑动脉瘤的差异，揭示了表型可修饰细胞的关键不同	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行功能验证实验	探究人类和小鼠模型脑动脉瘤的细胞和分子差异	人类和小鼠模型的脑动脉瘤组织	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
3930	2025-03-28	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了DYRK1A抑制剂在人类胰岛中促进α细胞转化为β细胞的潜在机制	首次发现循环α细胞可能是DYRK1A抑制剂作用下转化为β细胞的前体细胞	研究机制尚未完全阐明，且未进行体内功能验证	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的潜在治疗方法	人类胰岛细胞	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	药物处理的人类胰岛细胞样本
3931	2025-03-28	B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy 2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52190 PMID:39186315	研究论文	本研究探讨了B细胞耗竭对HTLV-1相关脊髓病（HAM）的治疗效果及其机制	首次提出并验证了B细胞耗竭作为HAM治疗的新策略，并揭示了B细胞在HTLV-1感染免疫中的作用	样本量较小（14例患者），且未设置安慰剂对照组	探索HAM的新治疗方法和发病机制	HTLV-1感染的T细胞和B细胞，以及HAM患者	传染病学	HTLV-1相关脊髓病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外细胞培养，临床试验	NA	基因表达数据，临床数据	14例HAM患者
3932	2025-03-28	An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae476 PMID:39367648	research paper	本文探讨了通过改进组织制备和成像协议来提升深度学习在空间转录组学中从组织形态推断基因表达的性能	提出了一种优化的组织处理和成像协议，采用临床级标准（永久切片、自动组织染色和临床级扫描），显著提升了模型性能	研究仅针对13例病理T分期为III期的结直肠癌患者，样本量较小	评估改进的组织制备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学中性能的影响	结直肠癌患者的组织切片	digital pathology	colorectal cancer	spatial transcriptomics, automated hematoxylin and eosin staining	Inceptionv3	whole slide images	13例病理T分期为III期的结直肠癌患者
3933	2025-03-28	An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium 2024-Sep, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01873-w PMID:39198675	研究论文	介绍了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱（HECA），整合了63名女性的子宫内膜单细胞转录组数据集，包括有和无子宫内膜异位症的患者	首次构建了一个高分辨率的子宫内膜单细胞参考图谱，识别了先前未报告的细胞类型，并通过空间转录组学验证	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有子宫内膜异位症的亚型	研究人类子宫内膜的细胞组成及其在子宫内膜异位症中的变化	人类子宫内膜细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	313,527个细胞（63名女性），312,246个细胞核（63名捐赠者）
3934	2025-03-28	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae134 PMID:39345754	research paper	本文介绍了一个名为scDAPP的R语言工作流程，用于单细胞或细胞核转录组数据的比较分析	开发了一个自动化、标准化的单细胞转录组数据分析流程，支持跨组比较，并提供了丰富的数据可视化	未提及具体的性能对比或与其他工具的详细比较	解决单细胞转录组数据分析中自动化、标准化和跨组比较的需求	单细胞或细胞核转录组数据	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	NA
3935	2025-03-28	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	通过单细胞转录组分析CHD8杂合脑类器官，揭示了神经发育中的分子和网络破坏	首次使用单细胞RNA-seq分析CHD8基因在脑类器官中的功能，揭示了与ASD相关的基因表达和细胞通讯变化	研究仅关注早期神经发育阶段，未涵盖ASD临床表型的全部复杂性	研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，以及与ASD临床表现的联系	CHD8杂合脑类器官	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9编辑	脑类器官模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但分析了21个细胞簇
3936	2025-03-28	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了细菌表型异质性通过单细胞RNA测序的研究进展	应用单细胞转录组学技术研究微生物群体，为细胞分化和细菌生态学提供新见解	NA	探讨微生物系统中的转录异质性及其在细胞生物学和异质性机制中的作用	细菌群体及其转录异质性	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3937	2025-03-28	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性niche相关基因	niche-DE方法能够识别由细胞-细胞相互作用驱动的局部基因表达变化，而非全局基因表达变化	NA	开发新的统计方法以分析空间转录组数据中的细胞-细胞相互作用	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
3938	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
3939	2025-03-28	m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021109895 PMID:35971838	研究论文	本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用	揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系	研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证	探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制	涡虫干细胞(neoblasts)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
3940	2025-03-28	Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair 2022-11, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00919-5 PMID:36127466	研究论文	本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口中的巨噬细胞	分子生物学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠糖尿病伤口样本