单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2025-03-03	Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay 2024-Mar, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00859-w PMID:38817399	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在揭示病毒与宿主相互作用中的革命性作用	scRNA-seq技术通过高分辨率评估揭示细胞异质性，克服了传统测序技术只能检测细胞群体平均表达水平的不足	尽管scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中具有潜力，但其分析方法和多组学方法的进一步发展仍需改进	研究目的是利用scRNA-seq技术深入理解病毒与宿主之间的相互作用，以促进新型抗病毒治疗策略的开发	病毒与宿主细胞的相互作用	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3922	2025-03-03	Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development 2024-03, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25599 PMID:38488687	研究论文	本文探讨了胚胎发育过程中嗅觉基板（OP）产生的迁移神经元，特别是GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系	发现了Prokr2在GnRH-1神经元形成、迁移和诱导嗅觉球（OB）形态发生的关键时期在终末神经（TN）神经元中的表达，并通过单细胞RNA测序确定了TN神经元与嗅觉神经元的不同	GnRH-1神经元与嗅觉系统之间精确的机制联系仍不明确	揭示GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的机制联系	小鼠和人类的GnRH-1神经元及终末神经（TN）神经元	神经科学	Kallmann综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3923	2025-03-03	Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology 2024-Mar, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458 PMID:38617035	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经毒理学研究中的应用	利用scRNA-seq技术测量单个细胞的转录组，揭示不同细胞类型对毒性刺激的响应	需要将毒理学数据转化为对人类健康的影响，并理解物种间的差异	研究神经毒理学中生物变化与神经元功能之间的联系	多细胞类型样本中的细胞类型及其对毒性刺激的响应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3924	2025-03-03	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231219987 PMID:38411696	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析唾液腺内皮细胞的转录组，揭示了其在纤维化和再生过程中的独特基因表达和配体-受体相互作用	研究仅针对雌性小鼠的颌下腺和舌下腺，未涉及其他性别或物种的唾液腺	研究唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用及其与其他细胞类型的相互作用	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺内皮细胞	单细胞转录组学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺细胞
3925	2025-03-03	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文介绍了一种多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于scRNA-seq数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形揭示细胞网络的复杂关系	未提及具体的数据集或实验规模，可能限制了方法的普适性验证	解决scRNA-seq数据分析中的挑战，特别是细胞类型分类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多尺度微分几何（MDG）	单细胞RNA测序数据	NA
3926	2025-03-03	Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution 2024-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956 PMID:38348657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重误差稳健荧光原位杂交技术，定义了小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型，并分析了动脉和静脉内皮细胞的发育轨迹	首次在单细胞分辨率下提供了胚胎内皮细胞异质性的时空图谱，揭示了胚胎内皮细胞多样性来源于组织起源和血管床位置	研究主要基于小鼠胚胎，人类胚胎内皮细胞的异质性可能有所不同	研究血管系统发育过程中内皮细胞异质性的建立，特别是动脉和静脉内皮细胞的指定	小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 多重误差稳健荧光原位杂交, CRISPR功能缺失实验	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	7682个E9.5至E15.5的小鼠胚胎内皮细胞, 15448个内皮细胞的空间转录组分析
3927	2025-03-02	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性，包括克隆进化、遗传不稳定性、肿瘤微环境的作用以及治疗抵抗的机制	强调了单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）在理解MM异质性和耐药机制中的关键作用	尽管技术先进，MM仍是一种无法治愈的疾病，临床应用面临高成本、数据复杂性和标准化生物信息学需求的挑战	旨在通过深入研究MM的进展机制，提高个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
3928	2025-03-02	Single-cell analysis of cerebrospinal fluid reveals common features of neuroinflammation 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101733 PMID:39708811	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者脑脊液中免疫细胞的功能特征	揭示了脑脊液在细胞组成和基因表达方面与外周血的区别，并发现不同神经炎症性疾病中脑脊液的细胞和转录景观具有显著的相似性	未明确提及样本量大小，可能限制了结果的广泛适用性	探索神经炎症中脑脊液免疫细胞的功能特征，以寻找多发性硬化症等疾病的新药物靶点	不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液	生物信息学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3929	2025-03-02	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇（P）和羟氯喹（H）联合使用在增强胰腺导管腺癌（PDAC）对吉西他滨（G）化疗敏感性中的作用	揭示了PH组合通过上调自噬和内质网应激相关转录物，减少Ki67、FAP和SMA表达成纤维细胞，增加M1极化和CD4、CD8 T细胞，减少调节性T细胞（Tregs）的分子机制	研究主要基于体外实验、小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在广泛临床应用中验证	阐明PH组合的分子特性及其在增强PDAC对吉西他滨化疗敏感性中的潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）	NA	胰腺癌	蛋白质组学和单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA-seq数据	体外实验、原位小鼠模型和患者来源的异种移植模型
3930	2025-03-02	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了在接受化疗免疫治疗的患者中，肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	结合了外周血单核细胞的时间进程RNA测序和预处理肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的丰富性及其在治疗中的扩展	研究样本量较小（N=54），且为单臂试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗中肿瘤与免疫细胞之间的复杂相互作用	接受化疗免疫治疗的间皮瘤患者	生物信息学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA测序数据	54名患者
3931	2025-03-02	Single-cell and spatial analysis reveals the interaction between ITLN1+ foam cells and SPP1+ macrophages in atherosclerosis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1510082 PMID:40017519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的相互作用	首次揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的关键作用	需要进一步验证这些机制以开发有效的免疫治疗策略	研究动脉粥样硬化中不同细胞群体的调控功能及其相互作用	血管平滑肌细胞（VSMC）衍生的ITLN1+泡沫细胞和SPP1+ FABP5+巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
3932	2025-03-02	Single-cell Analysis Highlights Anti-apoptotic Subpopulation Promoting Malignant Progression and Predicting Prognosis in Bladder Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251323569 PMID:40018511	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了膀胱癌中抗凋亡亚群在恶性进展和预后预测中的关键作用	识别了一个独特的抗凋亡肿瘤亚群，该亚群通过特定的信号通路与免疫和基质细胞相互作用，促进肿瘤进展，并开发了一个5基因风险模型来预测患者预后	NA	阐明膀胱癌肿瘤异质性对患者预后的影响，并探索抗凋亡亚群在肿瘤进展中的作用	膀胱癌肿瘤和类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
3933	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）
3934	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
3935	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
3936	2025-03-02	Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad207 PMID:37934854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞类型，揭示了其异质性及其对肿瘤特性的影响	首次在单细胞水平上构建了PHGG的转录组数据集，并识别了主要的肿瘤细胞类型及其基因表达特征	样本量较小（19个PHGG样本），可能限制了结果的普遍性	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用，以理解其异质性和治疗反应差异	儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多通道免疫荧光染色（IF）	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	19个PHGG样本
3937	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
3938	2025-03-02	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.16.575895 PMID:38293110	研究论文	本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的代谢重塑作用及其对肿瘤生长和进展的促进作用	揭示了铜通过调控线粒体呼吸链复合物、谷胱甘肽代谢和NRF2靶基因的表达，协调生物能量产生与氧化还原保护，促进ccRCC的进展	未明确铜积累与ccRCC进展的具体分子机制，且未涉及铜靶向治疗的临床验证	探讨铜在ccRCC代谢重塑和肿瘤进展中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	肿瘤代谢	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
3939	2025-03-02	Single-cell analysis of lizard blastema fibroblasts reveals phagocyte-dependent activation of Hedgehog-responsive chondrogenesis 2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40206-z PMID:37563130	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞群体，揭示了吞噬细胞依赖的Hedgehog信号通路调控的软骨形成机制	首次在蜥蜴尾巴再生过程中识别出与软骨形成相关的成纤维细胞和吞噬细胞群体，并揭示了吞噬细胞诱导的成纤维细胞基因激活层级	研究仅限于蜥蜴尾巴再生模型，未涉及其他物种或组织类型的再生机制	探索蜥蜴尾巴再生过程中成纤维细胞和吞噬细胞在软骨形成中的作用机制	蜥蜴尾巴再生过程中的成纤维细胞和吞噬细胞	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	蜥蜴尾巴再生过程中的细胞群体
3940	2025-03-02	Chemotherapy Coupled to Macrophage Inhibition Induces T-cell and B-cell Infiltration and Durable Regression in Triple-Negative Breast Cancer 2022-06-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3714 PMID:35442423	研究论文	本文通过临床前同基因p53缺失小鼠模型，开发了一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs药理学抑制的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	创新点在于结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，有效治疗多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型，并通过单细胞RNA测序和高维成像技术揭示了治疗后的免疫反应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发并验证一种结合低剂量环磷酰胺和TAMs抑制剂的治疗方案，用于治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌（TNBC）小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，高维成像技术	NA	RNA测序数据，成像数据	多种高度侵袭性的TNBC小鼠乳腺肿瘤和肺转移模型