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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3921 | 2025-10-06 |
Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab531
PMID:34929734
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综述 | 本文系统综述了深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示框架,并关联模型损失函数与数据处理步骤的具体目标 | 仅涵盖25种深度学习算法,未涉及所有现有方法 | 为单细胞RNA测序数据分析提供深度学习算法的系统综述和选择指南 | 单细胞RNA测序数据处理流程中的深度学习算法 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, 自编码器, 生成对抗网络, 监督深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3922 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure
2021-12, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2021.102091
PMID:34417156
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示新生期高氧暴露对成年后肺细胞景观的持久性改变 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统揭示新生期高氧暴露导致成年期肺细胞组成持续改变,特别是五类II型细胞状态的独特特征和功能变化 | 研究基于小鼠模型,人类样本验证有限;仅观察了两个时间点(pnd7和pnd60) | 探究早期高氧暴露对后期生命阶段肺细胞景观的长期影响及其与肺损伤的关系 | 新生小鼠肺组织细胞 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过10,000个细胞,45个细胞簇,32种细胞状态 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3923 | 2025-10-06 |
Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0255706
PMID:34780480
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研究论文 | 本研究揭示了Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致年龄和性别依赖的骨髓增生异常综合征样表型 | 首次证明Kdm6a缺陷在造血细胞中会导致年龄和性别依赖的MDS样表型,并利用单细胞RNA-seq技术揭示了其对造血细胞命运决定基因的调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,未在人类样本中验证;Kdm6a缺陷小鼠未发展为明显白血病 | 探究Kdm6a基因在正常造血过程中的功能及其在白血病发病机制中的作用 | 雌性Kdm6a条件性敲除小鼠的造血干细胞和祖细胞 | 表观遗传学 | 白血病 | ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq | 基因敲除小鼠模型 | 基因组学数据,表观基因组学数据,单细胞转录组数据 | Kdm6a-WT和Kdm6a-KO小鼠样本 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | NA |
3924 | 2025-10-06 |
The cellular basis of distinct thirst modalities
2020-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2821-8
PMID:33057193
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了哺乳动物大脑中不同口渴模式的细胞基础 | 首次使用刺激-细胞类型映射方法识别了介导不同类型口渴的特异性神经元组合 | NA | 探索大脑中不同口渴模式的编码机制 | 哺乳动物大脑终板室周器官的神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 光遗传学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3925 | 2025-10-06 |
Single-Nucleus RNA-Sequencing Profiling of Mouse Lung. Reduced Dissociation Bias and Improved Rare Cell-Type Detection Compared with Single-Cell RNA Sequencing
2020-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2020-0095MA
PMID:32804550
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研究论文 | 本研究开发了适用于小鼠肺组织的单核RNA测序方案,并与单细胞RNA测序进行比较分析 | 首次建立了肺组织单核RNA测序方案,解决了传统单细胞测序中的解离偏差问题,提高了稀有细胞类型的检测能力 | 研究仅针对小鼠肺组织,尚未验证在其他物种或组织类型中的适用性 | 比较单核RNA测序与单细胞RNA测序在肺组织研究中的性能差异 | 小鼠肺组织细胞和细胞核 | 单细胞组学 | NA | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组测序数据 | 16,110个单核转录组和11,934个单细胞转录组 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
3926 | 2025-10-06 |
Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression
2020-11-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398
PMID:33207193
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研究论文 | 通过系统功能基因组学分析揭示了tau病理驱动痴呆风险基因网络向慢性炎症状态和免疫抑制发展的机制 | 发现了小胶质细胞免疫通路的复杂时间轨迹,识别了从小鼠到人类保守的基因共表达模块NAct和NSupp | 研究主要基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 理解神经免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用 | 纯化的小胶质细胞和来自小鼠及人类AD、FTD、PSP疾病的脑组织 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 功能基因组学分析、化学遗传学、单细胞测序 | 基因共表达网络分析 | 基因组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
3927 | 2025-10-06 |
Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2528428
PMID:40667611
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了具核梭杆菌通过破坏IgA浆细胞发育和分泌型IgA产生导致结直肠癌预后不良的机制 | 首次发现具核梭杆菌通过破坏肿瘤相关巨噬细胞与IgA浆细胞间的通讯,损害黏膜免疫并增加细菌浸润 | 样本量相对有限(42例患者),且动物模型结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探究具核梭杆菌感染导致结直肠癌预后不良的免疫机制 | 结直肠癌患者组织样本和无菌小鼠模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 42例结直肠癌患者组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3928 | 2025-10-06 |
RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction
2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250573
PMID:40298935
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研究论文 | 本研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和调节性T细胞诱导中的关键作用 | 首次发现RORγt eTACs是口服耐受的关键介导者,并确定其必需的分子特征包括MHCII和整合素β8表达 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的相关性需要进一步验证 | 阐明口服耐受的细胞机制和关键参与者 | RORγt谱系抗原呈递细胞,特别是RORγt eTACs | 免疫学 | 免疫耐受相关疾病 | 谱系追踪,单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3929 | 2025-10-06 |
Thymic Microenvironment Remodeling in Cancer Cachexia as a Determinant of Checkpoint Inhibitor Efficacy and Toxicity
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.13874
PMID:40665793
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研究论文 | 本研究探讨癌症恶病质通过破坏胸腺微环境影响T细胞阴性选择,进而调节免疫检查点抑制剂疗效与毒性的机制 | 首次揭示癌症恶病质通过胸腺髓质成纤维细胞成熟障碍导致T细胞阴性选择受损,并发现血清自身抗体水平与ICI疗效的临床关联 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本量有限,需要更大规模验证 | 探究癌症恶病质对胸腺退化的影响及其与免疫检查点抑制剂治疗的关联 | 肝癌恶病质小鼠模型和接受抗PD-1/L1抗体治疗的晚期癌症患者 | 免疫学 | 肝癌 | 单细胞测序, 免疫荧光, 流式细胞术, 单细胞TCR测序, 共培养实验 | 原位肝癌小鼠模型 | 单细胞测序数据, 流式细胞数据, 临床随访数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
3930 | 2025-10-06 |
ECM1 expression in chronic liver disease: Regulation by EGF/STAT1 and IFNγ/NRF2 signalling
2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101423
PMID:40671832
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研究论文 | 本研究揭示了ECM1在慢性肝病中的调控机制,发现EGF/STAT1信号维持ECM1表达而IFNγ/NRF2信号抑制其表达 | 首次阐明EGF/EGFR/STAT1信号通路通过STAT1 S727磷酸化维持ECM1表达,以及IFNγ通过诱导STAT1 Y701磷酸化和NRF2核转位抑制ECM1的双重调控机制 | 样本量相对有限(小鼠模型2-6只,患者22例),需要更大规模研究验证 | 探究肝细胞中ECM1在病理生理条件下的调控机制 | AML12细胞、小鼠和人类原代肝细胞、小鼠和患者肝组织 | 分子生物学 | 慢性肝病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 启动子分析, 功能测定 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 小鼠模型2-6只,Western饮食喂养小鼠8-10只,慢性肝病患者22例 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
3931 | 2025-10-06 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
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研究论文 | 通过异时共生模型和单细胞RNA测序技术,揭示了AdipoR1在视网膜年轻化中的关键作用 | 首次将异时共生与单细胞RNA测序结合,系统鉴定AdipoR1-AMPK通路为视网膜年轻化的核心分子机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中验证 | 识别视网膜衰老的分子驱动因素和抗衰老靶点 | 小鼠视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 年龄相关性视网膜病变 | 单细胞RNA测序,异时共生模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3932 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment
2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01735-7
PMID:40668312
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序在人动脉粥样硬化斑块中发现具有多向分化潜能的新型平滑肌细胞亚型 | 首次在人冠状动脉斑块中鉴定出独特的平滑肌细胞簇SMC_C5,该细胞亚型具有多向分化潜能并能塑造微环境 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证主要在ApoE小鼠模型中进行 | 研究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其功能 | 人冠状动脉粥样硬化斑块和ApoE小鼠主动脉斑块中的平滑肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | pySCENIC | 单细胞转录组数据 | 三个单细胞RNA测序数据集整合分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3933 | 2025-10-06 |
Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia
2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03504-5
PMID:40671004
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研究论文 | 本研究在小鼠模型中鉴定了一种形态独特的杆状小胶质细胞亚群,并探讨其形成机制 | 首次发现杆状小胶质细胞是神经退行性疾病早期出现的独特活化亚群,其形成不依赖C1q介导的突触修剪机制 | 研究仅基于GCLC缺陷小鼠模型,尚未在其他神经退行性疾病模型中验证 | 探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联机制 | 谷胱甘肽缺陷诱导氧化应激的GCLC缺陷小鼠模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序, 通路富集分析, 分子分析 | NA | 基因表达数据, 形态学数据 | GCLC缺陷小鼠皮质组织 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
3934 | 2025-10-06 |
Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion
2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02348-z
PMID:40671100
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研究论文 | 本研究揭示了空肠弯曲菌通过调节宿主细胞周期进程来增强细胞入侵能力 | 首次发现空肠弯曲菌通过调控宿主细胞G1期来促进细菌入侵和炎症反应 | 研究主要使用INT 407细胞系,未在体内模型或原代细胞中验证 | 探究空肠弯曲菌如何通过调控宿主细胞周期来增强其致病性 | 空肠弯曲菌感染的INT 407人上皮细胞 | 细胞生物学 | 肠道感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,RT-qPCR,共聚焦显微镜,ELISA | NA | 基因表达数据,细胞图像,细胞周期数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3935 | 2025-10-06 |
Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function
2025-Jul-15, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236
PMID:40662221
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了经皮迷走神经刺激通过调节心脏驻留巨噬细胞功能改善射血分数保留型心衰的机制 | 首次发现tVNS通过改变心脏驻留巨噬细胞亚群的功能(减少CCR2+巨噬细胞及其Spp1表达,同时诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1)来改善HFpEF | 研究基于小鼠模型,需要在人类患者中进一步验证 | 探究迷走神经刺激改善HFpEF的心脏驻留巨噬细胞机制 | HFpEF小鼠模型 | 心血管研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,超声心动图 | NA | 基因表达数据,心脏功能数据 | 对照组、HFpEF+假刺激组、HFpEF+tVNS组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3936 | 2025-10-06 |
Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer
2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03464-x
PMID:40665335
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研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选和RNA测序发现ENO1是膀胱癌抗PD-L1免疫治疗疗效的关键调控因子 | 首次发现ENO1通过SPPO-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化,揭示了肿瘤内在ENO1在免疫逃避中的新机制 | 研究主要聚焦于膀胱癌,其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索膀胱癌免疫治疗耐药机制并寻找新的治疗靶点 | 膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 癌症免疫学 | 膀胱癌 | CRISPR-Cas9筛选, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 临床膀胱癌样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
3937 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer
2025-Jul-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06847-y
PMID:40665360
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术,识别胃癌中过度增殖的RRM2+细胞特征并发现治疗靶点 | 首次结合scRNA-seq和ST-seq技术系统解析胃癌中过度增殖细胞的表型可塑性,发现RRM2过表达的关键作用并验证其抑制剂奥沙利胺的抗肿瘤效果 | 样本量相对有限(40个scRNA-seq样本和6个ST样本),需要更大规模研究验证 | 探究胃癌中过度增殖细胞的特征及其在肿瘤进展中的作用机制 | 人类胃组织样本,涵盖肿瘤进展不同阶段 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 40个scRNA-seq样本和6个ST样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3938 | 2025-10-06 |
SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo
2025-Jul-12, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020
PMID:40659088
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研究论文 | 本研究揭示了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路抵抗黑色素细胞铁死亡的新机制 | 首次发现SIRT7在白癜风中通过SMAD3-ATF3-GPX4信号通路调控黑色素细胞铁死亡的新机制 | 机制研究主要基于体外实验,临床转化潜力仍需进一步验证 | 探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控机制 | 白癜风患者皮损组织、黑色素细胞、Sirt7基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序、基因敲除、生化分析 | NA | 蛋白质表达数据、基因表达数据、scRNA-seq数据 | 白癜风患者皮损组织与健康供体组织对比 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3939 | 2025-10-06 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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研究论文 | 通过整合慢性疼痛GWAS数据与单细胞测序数据,揭示慢性疼痛遗传变异在脑部和背根神经节细胞类型中的病因学基础 | 首次系统整合慢性疼痛GWAS与人类脑部、背根神经节及小鼠背角的单细胞数据,揭示细胞类型特异性遗传架构 | 样本量相对有限(慢性疼痛患者n=12),主要基于遗传关联分析,需要进一步功能验证 | 解析慢性疼痛的遗传基础及其在神经系统特定细胞类型中的分布 | 人类脑组织、背根神经节、小鼠背角组织及急慢性疼痛患者样本 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 全基因组关联分析(GWAS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞染色质可及性分析 | 遗传关联分析 | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | GWAS样本1,235,695例,急慢性疼痛患者12例 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞染色质可及性分析 | NA | NA |
3940 | 2025-10-06 |
Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction
2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636113
PMID:39975332
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了年龄相关前庭功能障碍中毛细胞分子特征变化及毛束退化机制 | 首次在单细胞水平揭示前庭毛细胞衰老的分子特征,发现毛束退化是前庭功能衰退的关键因素且早于毛细胞丢失 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究年龄相关前庭功能障碍的病因和分子机制 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞 | 单细胞转录组学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序,成像技术,电生理记录 | NA | 转录组数据,图像数据,电生理数据 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |