单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2025-02-28	POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90817-3 PMID:39994401	研究论文	本研究探讨了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）中的抗肿瘤免疫作用及其对患者生存的影响	首次揭示了POU2F2+ B细胞在NSCLC中的关键作用，并提出了POU2F2作为NSCLC免疫治疗的新靶点	研究主要基于单细胞RNA测序和多重免疫组化数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC患者生存和免疫细胞浸润中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	两个NSCLC单细胞RNA测序数据集和两个NSCLC免疫治疗相关的大规模RNA测序数据集
3922	2025-02-28	Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken 2025-Feb-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11363-w PMID:39994525	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育的不同轨迹和动态基因表达谱	首次构建了胚胎鸡骨骼肌的全面细胞图谱，并揭示了大恒肉鸡和藏鸡在胚胎肌生成和脂肪生成中的关键基因差异	研究仅限于胚胎期的三个时间点，未涵盖整个发育过程	探究不同鸡品种骨骼肌表型差异的分子机制	大恒肉鸡和藏鸡的胚胎骨骼肌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	29,579个高质量细胞，代表6种不同的细胞类型
3923	2025-02-28	THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells 2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03382-x PMID:39994679	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用，特别是通过诱导内皮细胞铁死亡加剧损伤的机制	首次揭示了THBS1在巨噬细胞来源的外泌体中的作用，通过THBS1-OTUD5-GPX4轴驱动内皮细胞铁死亡和脑损伤	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用及其机制	巨噬细胞来源的外泌体、内皮细胞、脑缺血再灌注损伤	生物医学	脑缺血再灌注损伤	蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	AIS患者外周血中的外泌体和单核细胞、OGD/R刺激的THP-1和RAW264.7细胞、tMCAO小鼠脑中的巨噬细胞
3924	2025-02-28	Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications 2025-Feb-24, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-024-00034-z PMID:39994831	review	本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用	整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解	NA	探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用	T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）	生物信息学	NA	RNA测序	NA	序列数据	NA
3925	2025-02-28	A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.635509 PMID:39975238	研究论文	本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织	AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态	研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应	免疫学	病毒感染	高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序	NA	空间转录组数据，长读长测序数据	五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本
3926	2025-02-28	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题	causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号	NA	解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系	基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据	基因组学	自闭症, 阿尔茨海默病	单细胞测序, CRISPR技术	NA	基因组数据	两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究
3927	2025-02-28	MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116 PMID:39710325	研究论文	本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制	揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证	探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本
3928	2025-02-28	Discovery of Endothelial-Monocyte Crosstalk in Ischemic-Reperfusion Injury Following Liver Transplantation Based on Integration of Single-Cell RNA and Transcriptome RNA Sequencing 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70336 PMID:39993960	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，揭示了肝移植后缺血再灌注损伤中内皮细胞与单核细胞之间的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，深入探讨了肝缺血再灌注损伤中非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用，并识别了关键基因表达变化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	揭示肝移植后缺血再灌注损伤的细胞相互作用和信号通路	肝移植患者的单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，以及小鼠模型	生物信息学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组RNA测序，免疫荧光技术，流式细胞术，Western Blot	小鼠模型	RNA测序数据	肝移植患者的单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，以及小鼠模型样本
3929	2025-02-28	Bulk and Single-Cell Transcriptomic Reveals Shared Key Genes and Patterns of Immune Dysregulation in Both Intestinal Inflammatory Disease and Sepsis 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70415 PMID:39993996	研究论文	本文通过批量转录组和单细胞转录组分析，揭示了炎症性肠病（IBD）和败血症在免疫失调方面的共同关键基因和模式	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了IBD和败血症的共同差异表达基因（DEGs），并验证了BCL2A1和CEBPB作为潜在诊断标志物	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现	探索IBD和败血症在免疫失调方面的共同分子和病理生理机制	炎症性肠病（IBD）和败血症	生物信息学	炎症性肠病, 败血症	单细胞RNA测序, 实时PCR, 蛋白质印迹	机器学习算法	RNA测序数据	小鼠模型
3930	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
3931	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
3932	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
3933	2025-02-28	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	本文通过多组学分析和机器学习预测，研究了小鼠输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和蛋白质组学数据，利用基于transformer的机器学习模型整合转录组学和蛋白质组学数据，预测影响蛋白质丰度的转录因子	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较有限	揭示输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用	小鼠输卵管组织	机器学习	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组学数据	小鼠输卵管组织在不同交配后时间点的样本
3934	2025-02-28	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究通过DNA/RNA检测、空间转录组学和高分辨率质谱分析，对HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉进行了全面评估，揭示了HIV感染者晚期动脉粥样硬化斑块中更高的炎症水平与HIV拷贝数的相关性	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV持续存在，并揭示了其与局部炎症增加和疾病进展的关联	研究样本来自已故患者，可能无法完全反映活体情况	探讨HIV感染者中动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉	NA	心血管疾病	DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析	NA	生物样本数据	已故HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉样本
3935	2025-02-28	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了包含26个胰腺癌肿瘤的空间多组学图谱，并利用机器学习辅助的H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法，揭示了三级淋巴结构（TLS）在肿瘤微环境中的空间关系及其与免疫治疗应答的关联	样本量相对较小（26个肿瘤），且研究结果需要进一步验证	探讨胰腺癌中三级淋巴结构（TLS）在免疫治疗中的作用及其空间分布特征	胰腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术、H&E图像分类、空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR分析	机器学习模型、无监督学习模型	图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26个胰腺癌肿瘤样本
3936	2025-02-28	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究探讨了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路如何增强免疫检查点抑制的效果	揭示了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的损伤，并证明恢复该通路可显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析，尚未在广泛的人类临床试验中验证	探讨KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的功能改变及其对免疫治疗的影响	KRAS突变的肺肿瘤	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的晚期小鼠和人类肿瘤样本
3937	2025-02-28	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类管道，用于自动化细胞标记	SIMS是一种可扩展、可解释的机器学习工具，能够在少量训练数据（<3,500个细胞）下实现高精度的细胞分类，并揭示神经元分化过程中的遗传变化	NA	开发一种高效的单细胞RNA分类工具，用于自动化细胞标记	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	不同组织和物种的数据集，包括大脑和皮质类器官的单细胞RNA数据集
3938	2025-02-28	Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02522-5 PMID:38238426	研究论文	本文研究了氧化还原信号通过HIF1α激活p63，导致表型和代谢重编程，从而促进乳腺癌转移的机制	首次揭示了GPx2敲低通过HIF1α激活p63，调控表型和代谢可塑性，促进乳腺癌转移的分子机制	研究主要基于PyMT乳腺肿瘤模型，结果是否适用于其他乳腺癌模型尚需验证	探讨氧化还原信号在乳腺癌转移中的作用机制	PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	PyMT乳腺肿瘤模型及其配对肺转移灶
3939	2025-02-28	Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies 2023-08, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-023-00785-7 PMID:37079217	研究论文	本文通过开发一种体内来源的衰老特征（SenSig），利用p16-CreER;Ai14报告小鼠的外来体反应驱动的纤维化模型，识别了周细胞和“软骨样”成纤维细胞为衰老细胞，并定义了细胞类型特异性的衰老相关分泌表型（SASPs）	开发了一种新的体内衰老特征（SenSig），并应用转移学习和衰老评分技术，在不同病理的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集中识别了衰老细胞群体	研究中使用的模型和数据集可能限制了结果的普遍适用性	研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用，并识别衰老细胞的表型	p16-CreER;Ai14报告小鼠的周细胞和“软骨样”成纤维细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转移学习	RNA测序数据	NA
3940	2025-02-28	Spatial Transcriptomics Depict Ligand-Receptor Cross-talk Heterogeneity at the Tumor-Stroma Interface in Long-Term Ovarian Cancer Survivors 2023-05-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1821 PMID:36787106	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系	首次通过空间转录组学揭示了HGSC长期存活者肿瘤微环境中特定CAF亚型与肿瘤细胞亚型之间的空间配体-受体相互作用，并发现其与患者长期生存相关	需要进一步研究确认这些相互作用是否在调节HGSC恶性表型中起作用，并验证其作为患者生存预测生物标志物的潜力	探讨HGSC长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系，以识别潜在的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序，多重免疫组化	NA	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	高级别浆液性卵巢癌长期存活者（LTS）和短期存活者（STS）的肿瘤组织样本