单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2025-03-19	Harnessing the Foundation Model for Exploration of Single-cell Expression Atlases in Plants 2025-Mar-17, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024 PMID:40094454	研究论文	本文介绍了一种名为scPlantLLM的Transformer模型，用于处理植物单细胞RNA测序数据，以解决批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	开发了scPlantLLM模型，采用顺序预训练策略，结合掩码语言建模和细胞类型注释任务，生成鲁棒且可解释的单细胞数据嵌入	NA	解决植物单细胞RNA测序数据中的批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战	植物单细胞RNA测序数据	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	单细胞RNA测序数据	数百万个植物单细胞数据点
3922	2025-03-19	Cell Fate Determination of the Potato Shoot Apex and Stolon Tips Revealed by Single-Cell Transcriptome Analysis 2025-Mar-17, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15459 PMID:40095217	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞命运决定	首次对马铃薯茎尖和匍匐茎尖进行单细胞RNA测序，揭示了23个不同的细胞簇及其特异性基因表达模式	未提及具体局限性	研究马铃薯茎尖和匍匐茎尖的转录差异及其细胞命运决定机制	马铃薯茎尖和匍匐茎尖的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
3923	2025-03-19	A Gremlin 1-expressing splenic niche cell population restrains chronic myeloid leukemia by antagonizing the BMP pathway 2025-Mar-17, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00933-2 PMID:40097655	研究论文	本文探讨了脾脏在白血病发病机制中的关键作用，特别是Gremlin 1表达的脾脏微环境细胞群通过拮抗BMP通路抑制慢性髓性白血病（CML）的进展	揭示了Gremlin 1及其表达的脾脏微环境细胞群在抑制CML中的新机制，这是首次发现脾脏通过这种方式对抗白血病	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究脾脏微环境在慢性髓性白血病中的作用机制	小鼠模型和人类样本中的脾脏微环境细胞群	生物医学	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类样本
3924	2025-03-19	Kinesin family member 14 expression and its clinical implications in colorectal cancer 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102696 PMID:40092935	研究论文	本研究评估了Kinesin家族成员14（KIF14）在结直肠癌（CRC）中的表达及其临床意义，并探讨了其与氯化硝基喹啉（NC）的相互作用	首次通过多中心高通量数据和单细胞测序技术验证了KIF14在CRC中的表达及其作为治疗靶点的潜力	研究样本量有限，且未进行大规模临床试验验证KIF14作为治疗靶点的有效性	评估KIF14在CRC中的临床意义及其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌（CRC）患者和细胞系	癌症研究	结直肠癌	免疫组织化学染色、高通量数据分析、单细胞测序、CRISPR敲除筛选、全基因组测序、分子对接	NA	蛋白质表达数据、mRNA水平数据、单细胞测序数据	208名CRC患者、2436个CRC样本、1320个非癌性结直肠组织对照
3925	2025-03-19	Advances and global trends of precancerous lesions of gastric cancer: A bibliometric analysis 2025-Mar-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i3.102111 PMID:40092937	综述	本文通过文献计量学方法，全面回顾了胃癌前病变（PLGC）的研究现状，分析了发展趋势和研究热点	利用文献计量学工具（如VOSviewer、CiteSpace等）对2004年至2023年间发表的PLGC相关研究进行了系统分析，揭示了研究热点和未来方向	研究主要基于Web of Science数据库，可能未涵盖所有相关文献，且未深入探讨具体研究方法的局限性	全面回顾胃癌前病变的研究现状，分析发展趋势和研究热点，为未来研究提供指导	胃癌前病变（PLGC）相关研究	文献计量学	胃癌	单细胞测序、空间分辨分析、多组学方法、人工智能、机器学习	NA	文献数据	4097篇文章
3926	2025-03-19	Artificial intelligence-driven integration of single-cell RNA sequencing and transcriptome analysis to decipher APOE's role in gastric cancer prognosis and therapy 2025-Mar-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02100-6 PMID:40082390	研究论文	本研究利用人工智能驱动的单细胞RNA测序和转录组分析，探索了胃肿瘤微环境，并识别了新的预后标志物和治疗靶点	结合人工智能技术，首次揭示了APOE在胃癌中的免疫抑制作用及其通过M2巨噬细胞极化促进肿瘤进展的机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索胃癌的肿瘤微环境，识别新的预后标志物和治疗靶点	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	AI增强的分析方法	RNA测序数据	胃癌患者的单细胞RNA测序和转录组数据集
3927	2025-03-19	Single-cell transcriptomic analyses reveal heterogeneity and key subsets associated with survival and response to PD-1 blockade in cervical squamous cell carcinoma 2025-Mar-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03725-x PMID:40082876	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境的异质性及其与生存和PD-1阻断治疗反应相关的关键细胞亚群	首次在CSCC中通过单细胞RNA测序结合TCGA数据，识别了10种主要细胞类型和35个基质及免疫细胞亚群，并发现PCLAF+ TAEpis与CD8+ T细胞数量、患者生存率及抗PD-1治疗反应呈负相关	研究样本量有限，且主要基于单中心数据，需要更大规模的多中心研究验证	探讨CSCC肿瘤微环境的异质性及其对PD-1阻断治疗反应的影响	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者肿瘤组织中的细胞	数字病理	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据、TCGA数据	50,649个细胞
3928	2025-03-19	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Mar-12, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	本文探讨了心力衰竭伴射血分数保留（HFpEF）中髓系脂肪酸代谢对邻近造血干细胞激活的作用及其对系统性炎症和心脏舒张功能障碍的促进作用	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了髓系脂肪酸代谢在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本的验证仍需进一步研究	研究HFpEF的病理机制，特别是炎症和代谢在其中的作用	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压小鼠模型	RNA测序数据、质谱数据	患者样本和动物模型
3929	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
3930	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
3931	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
3932	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
3933	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
3934	2025-03-19	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	本文开发了一种基于图的三维空间基因邻域网络嵌入方法（3D-spaGNN-E），用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在三维空间中解析亚细胞基因邻近关系，并通过可解释性分析识别亚细胞通讯模式	三维数据的复杂性增加了分析难度，且需要新的分析方法来处理这些数据	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系及其模式	间充质干细胞（MSCs）、外周血单核细胞（PBMCs）、小鼠下丘脑和皮质的星形胶质细胞与神经元	数字病理学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮质组织
3935	2025-03-19	Multi-Omics Profiling Identifies a High-Risk Subgroup of Breast Cancer Stem Cells for Prognostic Stratification and Personalized Treatment 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.109589 PMID:40092692	研究论文	本研究通过多组学分析识别出乳腺癌干细胞中的一个高风险亚群，用于预后分层和个性化治疗	利用单细胞RNA测序数据集将乳腺癌干细胞分为两个亚群，并研究了它们的伪时间发育动态，揭示了BCSCs-2亚群的预后和治疗重要性	研究主要基于单细胞RNA测序和TCGA-BRCA的转录组数据，可能缺乏其他类型的数据验证	研究乳腺癌干细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态作用，以提供预后和治疗的生物标志物	乳腺癌干细胞（BCSCs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	459个乳腺癌干细胞
3936	2025-03-19	Multi-omics analysis reveals lysosome-associated molecular subtype characterization and prognostic modeling system in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105351 PMID:40092704	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肺腺癌中与溶酶体相关的分子亚型特征，并构建了一个预后模型系统	首次通过多组学整合分析开发了基于溶酶体相关基因（LRGs）评分的肺腺癌预后风险分层系统，并验证了关键预后靶点SLC2A1的功能	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏大规模临床样本的验证	探索溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用，并构建预后风险分层系统	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	多组学分析、单细胞测序、Western blotting、PCR、集落形成实验、Transwell实验	LASSO回归、单变量和多变量Cox分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
3937	2025-03-19	Identification of M2 macrophage markers for predicting outcome and therapeutic response in osteosarcoma: Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104855 PMID:40092698	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，以预测患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别了骨肉瘤中M2巨噬细胞的标志物，并构建了风险评分模型，揭示了M2巨噬细胞在骨肉瘤发展中的作用及其与免疫治疗反应的关系	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且需要进一步实验验证	提高骨肉瘤患者免疫治疗的疗效，识别有效的生物标志物	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的M2巨噬细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的多个数据集
3938	2025-03-19	Identification of glycolysis-related gene signatures for prognosis and therapeutic targeting in idiopathic pulmonary fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1486357 PMID:40093327	研究论文	本研究通过分析特发性肺纤维化（IPF）中的糖酵解相关基因（GRGs），识别出与预后和治疗靶向相关的基因特征	首次系统地识别了IPF中的糖酵解相关基因，并构建了预后模型，揭示了这些基因在纤维化肺微环境中的免疫调节作用	研究主要基于公共数据集，实验验证仅限于小鼠模型，未进行大规模临床验证	探索IPF中糖酵解相关基因的作用及其作为预后和治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	生物信息学	肺纤维化	基因表达分析、LASSO回归、SVM-RFE、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫浸润分析、GSEA、GSVA、RT-qPCR	LASSO回归模型	基因表达数据	三个IPF基因表达数据集和一个小鼠模型
3939	2025-03-19	Dehydrodiisoeugenol targets the PLK1-p53 axis to inhibit breast cancer cell cycle 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545498 PMID:40093330	研究论文	本研究探讨了中药高良姜中的脱氢二异丁香酚（DHIE）通过调控PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	首次筛选并验证了高良姜中的DHIE作为主要抗乳腺癌活性成分，并通过多组学分析揭示了其通过PLK1-p53信号轴抑制乳腺癌细胞周期的机制	DHIE在不同亚型乳腺癌细胞中对p53的调控机制及其与其他化疗药物联合使用的优势仍需进一步探索	探索高良姜中主要抗乳腺癌活性成分及其作用机制	乳腺癌细胞及小鼠模型	癌症研究	乳腺癌	LC-MS、WGCNA、网络药理学、分子对接、转录组测序分析、免疫浸润分析、单细胞测序、CCK-8、流式细胞术、Western blot	NA	分子数据、细胞数据、动物模型数据	NA
3940	2025-03-19	Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1547974 PMID:40093602	综述	本文综述了植物细菌病原体诊断的现状和未来展望，从基于培养的策略发展到无培养检测	介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平上快速、无标记、非侵入性地鉴别存活但不可培养的病原体的创新应用	光谱学方法在检测先前未知的植物病原体方面仍显不足	探讨植物细菌病原体诊断技术的发展及其应用前景	植物细菌病原体	植物病理学	NA	微拉曼光谱技术、单细胞测序、合成生物学	NA	光谱数据	NA