单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3921	2025-03-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	本文提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	提出了一种新的copula方法，结合数据驱动的平滑函数，能够建模基因共表达的非线性变化，并考虑了单细胞RNA测序数据中的过离散和零膨胀特性	NA	研究单细胞转录组数据中基因共表达模式的时间轨迹建模	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	copula模型	单细胞RNA测序数据	NA
3922	2025-03-06	A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data 2025-Jan-07, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf005 PMID:39887052	研究论文	本文提出了一种正则化的贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足，本文提出的方法仍需进一步验证和优化	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者水平临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
3923	2025-03-06	Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages 2025-Jan, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007 PMID:39615587	研究论文	本研究通过诱导多能干细胞（iPSCs）开发了人类角膜类器官（HCOs），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析比较了其与人类胎儿角膜的相似性	首次使用单细胞RNA测序技术比较人类角膜类器官与胎儿角膜的发育阶段相似性，并评估了其成熟度	研究结果基于两种iPSC系生成的HCOs，样本量有限，且HCOs的成熟度仍需进一步优化	评估人类角膜类器官（HCOs）的发育成熟度及其与胎儿角膜的相似性	人类角膜类器官（HCOs）和胎儿角膜	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织切片图像	两种iPSC系生成的HCOs（IMR90.4和NCRM-1）
3924	2025-03-06	Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142 PMID:40018519	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的新型线粒体标志物和少突胶质细胞通路	首次使用10种机器学习算法分析单细胞转录组数据，识别出跨疾病的线粒体相关细胞特异性标志物，并验证了这些标志物在多种细胞类型中的表达和甲基化数据	当前研究缺乏有效代表阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中线粒体动力学的细胞特异性标志物	揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的分子机制，特别是涉及线粒体功能障碍的机制	阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者	生物信息学	阿尔茨海默病, 胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq), DNA甲基化分析	机器学习算法	基因表达数据, 甲基化数据	来自ROSMAP、ADNI、TCGA和CGGA队列的阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者的单细胞和单核RNA测序数据
3925	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives 2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1177/23523735251322017 PMID:40034247	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望	整合scRNA-seq和ST技术，深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用，揭示了肿瘤微环境的作用机制	技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战	探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用，以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制	膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
3926	2025-03-06	WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1553352 PMID:40034748	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性	WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络（WCSNs）来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式，从而提高了细胞类型分类的准确性	尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色，但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证	开发一种新的算法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多种数据集
3927	2025-03-06	Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer 2025, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S500215 PMID:40040634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义	识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型，并揭示了三个新的关键基因（VIM、RBMS1和RGS2）与胃癌预后的高度相关性	研究依赖于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	提高胃癌患者的预后，通过更准确的分子分型系统	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机生存森林分析	RNA测序数据	NA
3928	2025-03-06	Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S509749 PMID:40040881	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，识别了与肝细胞癌（HCC）发展相关的浆细胞相关基因，并构建了一个预后模型	首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群，并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制，并构建预后模型以指导临床治疗	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	预后模型	RNA测序数据	正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，内部和外部数据集
3929	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer 2025, Burns & trauma IF:6.3Q1 DOI:10.1093/burnst/tkae065 PMID:40040959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制，并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探索糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微镜结合RNA测序（LCM-seq）、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、图像数据	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本
3930	2025-03-06	Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1476092 PMID:40041860	研究论文	本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与CAFs相关的差异表达基因，并建立了一个高精度的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qRT-PCR	LASSO算法	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
3931	2025-03-06	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	本研究探讨了ETV2-RIG1级联在ETV2介导的细胞重编程中的作用，揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，尚未在人类细胞中进行验证	探讨ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）	细胞生物学	缺血性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）、电泳迁移率变动分析（EMSA）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）
3932	2025-03-06	Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations 2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024 PMID:39122556	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	研究主要集中于斑马鱼和小鼠，未涉及其他脊椎动物，可能限制了结果的普适性	揭示下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高分辨率成像	NA	RNA测序数据，成像数据	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元
3933	2025-03-06	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了调控血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学，表观遗传分析	基因调控网络	基因表达数据，表观遗传数据	NA
3934	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据
3935	2025-03-06	The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498031 PMID:39640482	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控全景，并构建了一个基于机器学习的预后预测模型	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC的表观遗传调控全景，并构建了一个基于17个表观遗传基因的机器学习预后模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现出色（AUC >0.7）	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据异质性和偏差	探索表观遗传调控在PDAC进展和药物反应中的作用，并构建一个预后预测模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、Lasso、随机生存森林	机器学习模型	RNA测序数据、临床数据	多个公共数据库中的数据，具体样本数量未明确
3936	2025-03-06	Construction of a circRNA- lincRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network identifies genes and pathways linked to goat fertility 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1195480 PMID:37547465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，构建了ceRNA调控网络，并鉴定了与山羊生育力相关的基因和通路	首次利用单细胞RNA测序技术比较了高生育力和低生育力山羊的颗粒细胞转录组，并构建了ceRNA调控网络，鉴定了与生育力相关的关键基因和通路	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小，且仅限于Ji'ning Gray山羊	研究山羊生育力的遗传基础，特别是通过转录组分析揭示与生育力相关的基因和通路	高生育力和低生育力的Ji'ning Gray山羊的颗粒细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	30个样本（15个高生育力山羊和15个低生育力山羊）
3937	2025-03-06	Interactions in CSF1-Driven Tenosynovial Giant Cell Tumors 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1898 PMID:36007098	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究了CSF1驱动的腱鞘巨细胞瘤（TGCT）中的细胞相互作用	使用scRNA-seq技术首次在TGCT中识别出两种复发性肿瘤细胞群，并发现这些细胞与正常滑膜细胞高度相似，且不表达CSF1R	样本量较小，仅分析了3个TGCT和2个骨巨细胞瘤（GCTB）样本	研究TGCT中肿瘤细胞与旁观者巨噬细胞之间的相互作用	腱鞘巨细胞瘤（TGCT）和骨巨细胞瘤（GCTB）样本	数字病理学	腱鞘巨细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、长读长RNA测序、免疫荧光和免疫组化（IHC）	NA	单细胞RNA测序数据	18,788个单细胞，来自3个TGCT和2个GCTB样本
3938	2025-03-06	Sphingolipids control dermal fibroblast heterogeneity 2022-04-15, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abh1623 PMID:35420948	研究论文	本文通过高分辨率质谱成像与单细胞转录组学结合，测量了人类皮肤成纤维细胞的脂质组和转录组，揭示了脂质代谢途径的细胞间差异对皮肤结构组织中的细胞状态的影响	首次揭示了脂质代谢途径的细胞间差异在细胞状态确定中的作用，特别是鞘脂代谢重编程驱动细胞状态转变	研究仅限于皮肤成纤维细胞，未涉及其他细胞类型或组织	研究脂质代谢途径的细胞间差异对细胞状态的影响	人类皮肤成纤维细胞	细胞生物学	NA	高分辨率质谱成像，单细胞转录组学	NA	脂质组数据，转录组数据	未明确提及具体样本数量
3939	2025-03-05	Mitigation of ischemia/reperfusion injury via selenium nanoparticles: Suppression of STAT1 to inhibit cardiomyocyte oxidative stress and inflammation 2025-Jul, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123119 PMID:39879840	研究论文	本文提出了一种通过静脉注射球形硒纳米颗粒（SeNPs）来缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤（I/RI）的策略	使用模板法合成的球形SeNPs具有显著的抗氧化和抗炎特性，能够破坏STAT1-ROS循环，从而保护线粒体呼吸并抑制caspase介导的心肌细胞凋亡	NA	研究目的是通过SeNPs缓解心肌梗死后缺血/再灌注损伤	心肌细胞和巨噬细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
3940	2025-03-05	Detection by Single-Cell RNA Sequencing of Virally Mediated Skin Diseases 2025-May, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100348 PMID:40026481	研究论文	本文描述了一种基于单细胞RNA测序的策略，用于检测人类皮肤活检中的病毒转录本，从而在样本中检测病毒感染、单细胞分辨率下识别病毒感染细胞以及后续的转录组扰动	结合单细胞RNA测序数据和病毒组检测策略，提供了一种强大的方法来研究和阐明病毒介导的基因调控在健康和疾病中的作用	在已确定的非病毒介导的炎症性皮肤疾病中未发现一致的病毒感染证据	研究病毒在皮肤疾病中的作用及其精确机制	人类皮肤活检样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个已知病毒阳性的肿瘤样本和已知风疹相关肉芽肿患者的样本