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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3901 - 3920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3901 | 2025-10-06 |
Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989
PMID:38799448
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了视网膜和脑部小胶质细胞的转录组差异 | 首次发现视网膜小胶质细胞比脑部小胶质细胞表达更多MHC I类分子，并具有更强的促进T细胞驱动炎症的能力 | 研究仅使用小鼠模型，样本量有限（20只眼和3个脑组织） | 探究视网膜和脑部小胶质细胞因微环境差异导致的转录组和功能差异 | 2-4月龄野生型小鼠的视网膜和脑部小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 病毒感染和自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序，多参数流式细胞术，淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染模型 | NA | 单细胞基因表达数据，流式细胞数据 | 20只眼睛和3个脑组织来自2-4月龄野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3902 | 2025-10-06 |
Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1410353
PMID:39678375
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研究论文 | 本研究通过梯度提升模型识别结肠癌中与胆固醇代谢相关的空间多样化基因特征 | 首次将XGBoost模型应用于胆固醇代谢基因分析，并发现关键基因ADCY5和SLC2A1在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 研究样本仅限于TCGA数据库，缺乏外部验证队列 | 评估胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并识别关键预后基因 | 结肠腺癌患者的肿瘤和癌旁正常组织样本 | 生物信息学 | 结肠癌 | 差异基因分析，KEGG通路分析，空间转录组学，免疫组织化学 | XGBoost，Cox比例风险模型，随机森林，Lasso回归 | 基因表达数据，空间转录组数据，蛋白质表达数据 | TCGA结肠腺癌项目的配对肿瘤和癌旁样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3903 | 2025-10-06 |
Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329
PMID:37823268
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研究论文 | 利用单分子空间转录组技术揭示人类胸主动脉瘤中与钙化相关的CARTPT表达平滑肌细胞亚型 | 首次在人类胸主动脉瘤中发现空间分布特异的CARTPT表达平滑肌细胞亚型，并证明其与钙化过程相关 | 样本量有限，仅针对胸主动脉瘤组织进行研究 | 探索人类胸主动脉瘤中平滑肌细胞的异质性和空间分布特征 | 人类胸主动脉瘤组织样本和匹配对照样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单分子空间转录组成像，免疫分析，组织染色，体外功能研究 | NA | 空间转录组数据，图像数据，蛋白质表达数据 | 多个人类TAA样本和匹配对照样本，每个样本包含数千个细胞 | NA | 单分子空间转录组成像 | NA | 高分辨率单细胞转录组成像技术 |
| 3904 | 2025-10-06 |
Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad
2023-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad096
PMID:37561446
|
研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析定义了斑马鱼双潜能性腺中关键细胞类型的出现时间 | 首次发现斑马鱼性腺动脉的形成过程，揭示了血管和淋巴管在双潜能性腺中的同步发育，并识别了卵巢周细胞特有的215个基因 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果向其他物种的推广需要进一步验证 | 阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现和功能 | 斑马鱼双潜能性腺中的内皮细胞、周细胞和巨噬细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞测序, 转基因报告基因, 光转换蛋白技术 | NA | 基因表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3905 | 2025-10-06 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
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研究论文 | 对九种单细胞多组学数据整合算法进行基准测试，评估多组学数据对单模态数据分析的指导作用 | 首次系统性地评估了配对和非配对单细胞RNA-seq与ATAC-seq数据的联合整合方法 | 未提及具体的数据集规模和实验设计的局限性 | 评估单细胞多组学数据整合算法在细胞类型注释和peak-基因关联分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据、单核ATAC测序数据和多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序、多组学测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 3906 | 2025-10-06 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
|
研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理流程对深度学习增强空间转录组学分析的影响 | 开发了增强型样本处理工作流程，利用Visium CytAssist检测的灵活性实现自动化H&E染色和高分辨率全玻片成像 | 研究队列规模较小，仅包含13名pT3期结直肠癌患者 | 评估改进的样本处理流程对深度学习空间转录组学分析性能的提升 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3 | 图像, 基因表达数据 | 13名pT3期结直肠癌患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist检测，支持自动化H&E染色和40x分辨率全玻片成像 |
| 3907 | 2025-10-06 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过单细胞组织学模式推断空间转录组学的方法，用于研究结肠癌肿瘤异质性 | 开发了细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，实现从组织学单独推断空间mRNA表达模式 | 需要与病理学家合作进行精确的空间细胞类型识别，并需使用更先进的检测方法进行严格验证 | 探索整合单细胞组织学和转录组数据来推断空间mRNA表达模式 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间基因表达解决方案 |
| 3908 | 2025-10-06 |
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
2023-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39895-3
PMID:37422469
|
研究论文 | 提出CeLEry算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置信息 | 开发了基于监督深度学习的算法，通过数据增强程序提高鲁棒性，能够从scRNA-seq数据中恢复细胞的多层次空间信息 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞空间位置信息缺失的问题 | 大脑和癌组织中的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 监督深度学习, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 多个数据集 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium, MERSCOPE, MERFISH, Xenium | 10x Visium空间转录组平台, Vizgen MERSCOPE平台, NanoString GeoMx DSP平台 |
| 3909 | 2025-10-06 |
Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data
2023-Jul, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-023-00476-5
PMID:37974651
|
研究论文 | 提出一种名为MAGICAL的层次贝叶斯方法，通过单细胞多组学数据解析疾病相关的调控回路 | 开发了能够同时建模跨细胞和条件的多组学信号变化的创新算法，实现了高精度的调控回路推断 | 仅应用于脓毒症研究，需要验证在其他疾病中的适用性 | 解析染色质重塑相关的基因表达变化，理解疾病状态 | 脓毒症患者和未感染对照者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 单细胞转座酶可及染色质测序 | 层次贝叶斯模型 | 单细胞多组学数据 | 脓毒症患者和未感染对照者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3910 | 2025-10-06 |
A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction
2023-05, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019
PMID:36738840
|
研究论文 | 本研究开发了基于人肝类器官的高通量和器官芯片平台用于药物性肝损伤风险预测 | 首次将人肝类器官同时应用于高通量筛选和器官芯片系统进行DILI风险评估，并展示了其在预测协同肝毒性和机制研究方面的能力 | 仅使用了三个iPSC细胞系，样本规模有限；需要进一步验证在更广泛药物和患者群体中的适用性 | 评估人肝类器官在药物性肝损伤风险预测中的应用价值 | 人肝类器官、肝毒性化合物 | 器官芯片技术 | 药物性肝损伤 | 单细胞转录组学、生化检测、形态学分析 | 器官芯片、类器官模型 | 转录组数据、图像数据、生化指标数据 | 三个独立的iPSC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3911 | 2025-10-06 |
SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning
2023-04-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04761-x
PMID:37029267
|
研究论文 | 开发了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组数据中的细胞类型反卷积 | 首次结合基因表达、空间位置和组织学信息进行细胞类型反卷积的半监督学习方法 | 仅使用四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集进行评估 | 解决空间条形码SRT技术缺乏单细胞分辨率的问题，推断细胞类型的空间分布 | 空间转录组数据中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 半监督学习 | 基因表达数据、空间位置数据、组织学图像 | 四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3912 | 2025-10-06 |
Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy
2023-03-03, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad003
PMID:36869704
|
研究论文 | 本研究评估了炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞用于细胞治疗的适用性和功能性 | 首次系统性评估自体肠道MSCs作为细胞治疗平台的潜力，并发现IFN-γ预处理可消除基线转录差异 | 样本量相对较小（克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照14例），需要更大规模研究验证 | 评估自体肠道MSCs作为炎症性肠病细胞治疗平台的可行性 | 炎症性肠病（克罗恩病和溃疡性结肠炎）患者和对照组的肠道黏膜活检来源的间充质基质细胞 | 细胞治疗 | 炎症性肠病 | 显微镜检查，流式细胞术，bulk RNA测序，单细胞RNA测序，Luminex多重检测 | NA | 图像，流式细胞数据，基因表达数据，蛋白质分泌数据 | 克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | 30-plex Luminex panel |
| 3913 | 2025-10-06 |
Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice
2022-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI159672
PMID:36519543
|
研究论文 | 本研究探索了通过淋巴结靶向纳米递送抗CD40L抗体促进小鼠心脏移植耐受的机制 | 首次发现成纤维网状细胞在抗CD40L诱导移植耐受中的关键作用，并开发了MECA-79修饰的纳米颗粒实现淋巴结特异性递送 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在大型动物或人体中验证 | 研究淋巴结靶向递送共刺激阻断剂促进心脏移植耐受的机制 | 小鼠心脏移植模型 | 免疫学 | 器官移植排斥 | 单细胞RNA测序, 纳米颗粒递送技术 | NA | 基因表达数据, 移植存活数据 | 小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3914 | 2025-10-06 |
MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac430
PMID:36208175
|
研究论文 | 提出MuSiC2方法用于多条件下批量RNA-seq数据的细胞类型反卷积分析 | 扩展MuSiC方法，通过迭代估计程序解决批量RNA-seq数据与单细胞参考数据临床条件不匹配时的细胞类型比例估计偏差问题 | 需要至少一个与单细胞参考数据不同的临床条件，且依赖参考数据的质量 | 开发适用于多临床条件下批量RNA-seq数据的细胞类型反卷积方法 | 人类胰岛和视网膜组织的批量RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | 迭代估计算法 | 基因表达数据 | 两个批量RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3915 | 2025-10-06 |
Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics
2022-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-34185-w
PMID:36323668
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研究论文 | 提出一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位 | 首次将领域知识融入贝叶斯变分推断框架，能够量化相位估计的不确定性 | 未明确说明算法在特定细胞类型或条件下的适用性限制 | 开发更准确的计算方法从单细胞RNA测序数据推断昼夜节律相位 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯变分推断 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3916 | 2025-10-06 |
A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation
2022-Nov, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-022-00545-w
PMID:36873621
|
研究论文 | 提出一种名为sciPENN的多功能深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，并实现细胞表面蛋白预测和填补 | 开发支持多种功能的一体化深度学习框架，包括数据整合、蛋白表达预测与填补、不确定性量化及细胞类型标签转移 | NA | 解决CITE-seq和单细胞RNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用效率 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | 免疫相关疾病，流感，COVID-19 | CITE-seq，单细胞RNA-seq | 深度学习 | 单细胞RNA和蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞多组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3917 | 2025-10-06 |
Insight into 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin-induced disruption of zebrafish spermatogenesis via single cell RNA-seq
2022-Jul, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgac060
PMID:35799832
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究TCDD暴露对斑马鱼精子发生的破坏机制 | 首次在环境相关浓度TCDD暴露下，利用单细胞RNA-seq技术解析斑马鱼睾丸中各细胞类型对病理学的不同贡献 | 研究仅针对斑马鱼模型，结果向人类推广需谨慎 | 探究TCDD暴露导致男性不育的环境暴露解释 | 斑马鱼睾丸组织中的各类生殖细胞 | 单细胞生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育期暴露TCDD的成年斑马鱼睾丸组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 3918 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling of lung endothelial cells identifies dynamic inflammatory and regenerative subpopulations
2022-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.158079
PMID:35511435
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序识别肺内皮细胞在炎症损伤过程中的动态炎症和再生亚群 | 首次在肺微血管内皮中发现具有明确功能分工的免疫反应亚群(immuneEC)和血管发育亚群(devEC)，并证实Sox17过表达可抑制内皮细胞炎症激活 | 研究主要基于LPS诱导的急性肺损伤模型，在其他类型肺损伤中的普适性需进一步验证 | 探究肺内皮细胞亚群在炎症损伤过程中的动态变化和功能分工 | 肺血管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 35,973个肺内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3919 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation
2022-06, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011
PMID:35339536
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3920 | 2025-10-06 |
PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease
2022-02-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01022-0
PMID:35180881
|
研究论文 | 本研究探讨了PLCG2在阿尔茨海默病炎症反应中的作用及其与淀粉样斑块的关联 | 首次在人类AD患者和5xFAD小鼠模型中系统验证PLCG2表达与淀粉样斑块密度的正相关性，并通过单细胞RNA测序揭示其与炎症反应信号通路的关联 | 研究主要基于相关性分析，PLCG2在AD中的具体作用机制仍需进一步实验验证 | 阐明PLCG2在阿尔茨海默病发病机制中的作用 | 晚发性阿尔茨海默病患者、5xFAD小鼠模型、野生型和Plcg2失活小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, 免疫染色 | 差异表达分析, 共表达网络分析 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 1249例人类脑组织样本，小鼠模型若干 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |