单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3901	2025-03-01	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了早产儿肺部在支气管肺发育不良（BPD）和BPD伴随肺动脉高压（PH）早期阶段的细胞和分子动态变化	揭示了BPD+PH中独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究主要基于早产儿和鼠模型，可能无法完全代表所有BPD和PH患者的情况	探讨BPD及其伴随PH的细胞和分子机制	早产儿肺部组织	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	鼠模型	RNA序列数据	早产儿和足月婴儿的肺部样本
3902	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3903	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
3904	2025-03-01	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了甲状腺激素（TH）信号过度如何导致小鼠视锥细胞退化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TH信号过度对视锥细胞转录组的影响，并发现光转导和氧化磷酸化受损以及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨TH信号过度如何导致视锥细胞退化	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	155,866个单细胞
3905	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
3906	2025-03-01	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序数据中激活KIR基因表达不足的问题，指出这是由于KIR基因的错误分配所致	揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在KIR转录本分配上的倾向性问题，特别是激活KIR转录本常被误分类为抑制性KIR表达	未提及具体的研究限制	研究单细胞RNA测序数据中KIR基因表达量的准确性	KIR基因转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3907	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织
3908	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者
3909	2025-03-01	Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes 2023-02-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112046 PMID:36708514	研究论文	本文通过代谢网络分析，研究了单核吞噬细胞（MNP）在不同组织中的代谢多样性，并开发了一种基于网络的基因和代谢物（GAM）聚类方法	引入了三个大规模转录数据集，并开发了一种新的网络计算方法GAM聚类，用于无偏识别关键代谢子网络	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类MNP的代谢多样性	理解单核吞噬细胞在不同组织中的代谢多样性	单核吞噬细胞（MNP）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GAM聚类	转录数据	337个样本（ImmGen MNP数据集），202个样本（ImmGen Phase I数据集），51,364个细胞（Tabula Muris Senis数据集）
3910	2025-03-01	Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma 2023-Jan-26, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00340-x PMID:36702834	研究论文	本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征	首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路	样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化	探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素	18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本
3911	2025-03-01	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了在RNA测序中使用oligo(dT)引物进行mRNA富集和逆转录引发的系统性偏差问题，并开发了一种计算算法来识别和去除这些偏差	首次全面描述了内部oligo(dT)引发对基因表达量化的影响，并开发了一种新的计算算法来解决这一问题	研究主要基于公共数据集，可能无法涵盖所有实验条件和平台	探讨内部oligo(dT)引发对RNA测序数据的影响，并开发解决方案以提高基因表达测量的准确性	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序数据	转录组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
3912	2025-02-28	Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma 2025-Feb-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01556-7 PMID:40014154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了504个肺鳞状细胞癌（LUSC）样本，揭示了肿瘤微环境（TME）和临床特征，并构建了预后模型	首次使用单细胞RNA测序技术结合计算算法（ESTIMATE和CIBERSORT）分析LUSC的肿瘤微环境和免疫细胞浸润，并构建了基于3个差异表达基因（DEGs）的预后模型	研究样本量较大，但未提及是否涵盖不同种族或地理区域的样本，可能影响结果的普适性	揭示肺鳞状细胞癌的肿瘤微环境和临床特征，并构建预后模型	504个肺鳞状细胞癌样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	COX回归模型	基因表达数据	504个肺鳞状细胞癌样本
3913	2025-02-28	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Feb-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	研究论文	本文探讨了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	揭示了NOTCH1二聚体信号在人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）白血病发生中的重要性，并鉴定了依赖Notch二聚化的基因特征	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植（PDXs），可能不完全反映所有T-ALL病例的复杂性	研究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	RNA/Chip-sequencing, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）
3914	2025-02-28	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本文通过整合TCGA的多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤（GBM）	研究首次揭示了ANXA2和ANXA4在胶质母细胞瘤中主要由M2巨噬细胞表达，并强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究中使用的分析工具存在差异，可能影响结果的准确性	探讨ANXA家族在癌症中的表达模式和功能影响，特别是其在胶质母细胞瘤中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达，特别是胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	多组学数据分析，单细胞测序分析	NA	多组学数据，单细胞测序数据	NA
3915	2025-02-28	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	本文提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了快速傅里叶变换（FFT）和增强型Transformer，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	scFTAT方法首次将FFT与增强型Transformer结合，通过LDA减少数据稀疏性，并引入核近似、位置编码增强和注意力增强模块来提高训练性能	NA	解决单细胞RNA测序数据注释中的高稀疏性和繁琐手动注释问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型的人类和小鼠组织scRNA-seq数据集
3916	2025-02-28	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	本文研究了GPSM1/CSF1信号通路在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用，并提出了针对GPSM1的新治疗策略	揭示了GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化，促进其在肿瘤微环境中的浸润，从而介导抗PD-1耐药的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模临床试验验证	探索GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用及其机制，寻找增强免疫检查点阻断疗法疗效的新策略	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、质谱分析、免疫共沉淀	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、质谱数据	抗PD-1耐药的结直肠癌患者肿瘤样本、C57BL/6小鼠模型
3917	2025-02-28	Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning 2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073350964241203080017 PMID:40012292	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物	首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用	研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证	探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR	LASSO回归, SVM-RFE	mRNA表达数据	来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本
3918	2025-02-27	Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury 2025-Feb-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57048-6 PMID:39994192	研究论文	本文探讨了纳米疗法在心血管疾病治疗中的应用，特别是通过将纳米药物重定向至脾脏，利用其作为远程调节心肌再灌注损伤的高效靶点	提出了脾脏作为纳米药物靶向治疗的新途径，并发现IRF7在脾脏-心脏通讯网络中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探索纳米疗法在心血管疾病治疗中的新应用，特别是针对心肌再灌注损伤的治疗	脾脏和心肌再灌注损伤	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	雄性小鼠的临床前模型
3919	2025-02-28	CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Feb-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00400-9 PMID:39994205	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了CCN2在膝关节纤维化中通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CCN2在膝关节纤维化中的具体作用机制，并提出了CCN2作为潜在生物标志物的可能性	样本量较小，仅包括6名患者，可能需要更大规模的研究来验证结果	研究膝关节纤维化的病理机制，特别是CCN2在成纤维细胞与巨噬细胞相互作用中的作用	膝关节纤维化患者的滑膜组织	生物信息学	膝关节纤维化	单细胞RNA测序分析，流式细胞术	NA	RNA测序数据	6名膝关节纤维化患者
3920	2025-02-28	Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90869-5 PMID:39994306	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析，识别了乳腺癌中与脂质代谢相关的基因表达模式及其预后意义，并构建了基于这些特征的预后风险模型	首次通过单细胞转录组分析识别出乳腺癌中特定的脂质代谢特征基因，并构建了预后风险模型，揭示了CEBPD在乳腺癌细胞增殖中的抑制作用	研究主要基于转录组数据，缺乏对脂质代谢具体分子机制的深入探索	探索乳腺癌中脂质代谢相关基因的表达模式及其对预后的影响	乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 批量转录组分析	预后风险模型	转录组数据	原发性乳腺癌样本